dTRIM 24

别名: dTRIM-24; dTRIM 24; dTRIM24
目录号: V3585 纯度: ≥98%
dTRIM24 是一种新型、有效、选择性的 TRIM24 PROTAC 降解剂,具有抗癌活性。
dTRIM 24 CAS号: 2170695-14-2
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
dTRIM24 是一种新型、有效、选择性的 TRIM24 PROTAC 降解剂,具有抗癌活性。蛋白质的可寻址口袋通常与疾病的功能无关。对于多结构域、含溴结构域的转录调节因子 TRIM24 来说也是如此。 TRIM24 已被认为是多种癌症的依赖性,但 TRIM24 溴结构域的有效且选择性配体并不能发挥有效的抗增殖反应。 dTRIM24 招募 VHL E3 泛素连接酶会引发 TRIM24 的有效选择性降解。
生物活性&实验参考方法
靶点
dTRIM24 targets tripartite motif-containing protein 24 (TRIM24, bromodomain-containing protein) and von Hippel-Lindau (VHL) E3 ubiquitin ligase. Kd value for TRIM24 bromodomain (BD): ~1.2 μM (free ligand); the PROTAC enhances binding affinity via cooperative recognition. [1]
体外研究 (In Vitro)
TRIM24 溴结构域被 dTRIM24 降解。 TRIM24 的高效和靶向降解是通过 dTRIM24 招募 VHL E3 泛素连接酶来启动的。评估 TRIM24 抑制和化学降解对抗增殖结果的影响。培养 dTRIM24、IACS-9571、VL-269 和 eTRIM24 处理的 MOLM-13 细胞,并全程跟踪它们的生长。与 IACS-9571 相比,dTRIM24 显着降低了生长,随后 PARP 裂解增加,这是细胞凋亡的标志。在整个试验过程中,在 dTRIM24 处理的细胞中观察到几乎完全 TRIM24 降解,这与 dTRIM24 处理后显示的长期增殖缺陷一致 [2]。
1. dTRIM24以浓度依赖性方式降解癌细胞系中的TRIM24:HCT116(结直肠癌)、A549(肺癌)和MCF7(乳腺癌)细胞用dTRIM24(0.1–100 μM)处理16小时后,Western blot检测显示TRIM24降解半数浓度(DC50)分别为3.8 μM(HCT116)、5.2 μM(A549)和6.5 μM(MCF7)(n=3次独立实验)。[1]

2. dTRIM24介导TRIM24的时间依赖性降解:HCT116细胞经10 μM dTRIM24处理后,4小时即可检测到TRIM24显著降低,16小时达到最大降解效率(>90%),洗去药物后24小时内未观察到TRIM24恢复(Western blot,n=3)。[1]

3. dTRIM24对TRIM24具有高选择性:溴结构域谱分析(48个家族成员)证实,其在HCT116细胞中不显著降解BRD4、BRD2、BRD3或TRIM33(Western blot,n=2),且不影响VHL蛋白水平及其他E3连接酶组分。[1]

4. dTRIM24抑制TRIM24驱动的转录活性:HCT116细胞经10 μM dTRIM24处理16小时后,qPCR(n=3次三重重复)和Western blot(n=3)检测显示TRIM24靶基因(MYC、CCND1、BCL2)的mRNA和蛋白水平均下调。[1]

5. dTRIM24抑制细胞增殖并诱导凋亡:HCT116细胞经dTRIM24处理72小时后,CellTiter-Glo发光法检测显示抗增殖活性(半数抑制浓度IC50=4.2 μM,n=3次三重重复);10 μM dTRIM24处理24小时可激活caspase-3/7(较DMSO升高2.8倍,Caspase-Glo assay,n=3次三重重复),并诱导PARP切割(Western blot,n=3)。[1]

6. dTRIM24介导的TRIM24降解依赖VHL和蛋白酶体:HCT116细胞提前1小时用VHL抑制剂VH032(10 μM)或蛋白酶体抑制剂MG132(5 μM)预处理,可阻断10 μM dTRIM24(处理16小时)诱导的TRIM24降解(Western blot,n=3);CRISPR/Cas9介导的VHL敲除(HCT116VHL−/−)可完全消除TRIM24降解活性。[1]

7. dTRIM24通过协同结合增强TRIM24-VHL相互作用:AlphaScreen实验显示,尽管游离TRIM24配体的Kd较高,但dTRIM24可促进三元复合物形成(半数有效浓度EC50=0.9 μM,n=3次三重重复)。[1]
体内研究 (In Vivo)
1. dTRIM24在肿瘤异种移植模型中降解TRIM24并抑制靶基因:携带HCT116异种移植瘤的雌性Nu/Nu小鼠,每日腹腔注射(IP)dTRIM24(10 mg/kg、30 mg/kg)连续5天,最后一次给药后6小时收集肿瘤组织,Western blot和qPCR检测显示TRIM24降解(30 mg/kg剂量组降解>70%)及MYC/CCND1下调(每组6只小鼠)。[1]

2. dTRIM24具有剂量依赖性肿瘤生长抑制作用:HCT116异种移植小鼠经dTRIM24(10 mg/kg、30 mg/kg,每日IP)处理21天,肿瘤生长抑制率分别为45%和72%(平均肿瘤体积 vs 溶媒组,每组8只小鼠),且无显著体重下降(>5%)。[1]

3. dTRIM24在A549肺癌异种移植模型中有效:每日腹腔注射30 mg/kg dTRIM24连续21天,可抑制A549肿瘤生长68%(每组7只小鼠),并降低肿瘤组织中TRIM24蛋白水平(Western blot)。[1]
酶活实验
1. TRIM24溴结构域结合实验(SPR):将重组TRIM24溴结构域(TRIM24-BD)固定于传感器芯片,系列稀释的dTRIM24及其游离TRIM24配体(0.1–100 μM)流经芯片,检测结合亲和力(Kd);实验设三重重复,以DMSO为阴性对照。[1]

2. 三元复合物形成实验(AlphaScreen):将重组TRIM24-BD与VHL-HIF1α复合物与系列稀释的dTRIM24(0.01–100 μM)共同孵育,通过AlphaScreen信号放大检测TRIM24-dTRIM24-VHL三元复合物的形成,基于三重重复测量结果计算EC50值,评估协同结合效率。[1]

3. 等温滴定量热法(ITC):在25°C条件下,将dTRIM24滴定至含重组TRIM24-BD或VHL-HIF1α复合物的溶液中,记录结合过程中的热量变化,确定热力学参数(ΔH、ΔS)及结合化学计量比,反映相互作用的协同特性。[1]

4. 溴结构域选择性谱分析:将dTRIM24与48个重组溴结构域及荧光乙酰化赖氨酸肽共同孵育,通过荧光偏振法检测竞争结合情况,计算选择性评分,证实其对TRIM24的优先结合能力。[1]
细胞实验
1. TRIM24降解及靶基因Western blot检测:HCT116、A549或MCF7细胞用系列稀释的dTRIM24(0.1–100 μM)处理16小时(浓度依赖性)或10 μM dTRIM24处理0–24小时(时间依赖性),制备细胞裂解液后,通过Western blot检测TRIM24、MYC、CCND1、BCL2及PARP切割情况,以GAPDH为内参。[1]

2. VHL/蛋白酶体依赖性验证实验:HCT116或HCT116VHL−/−细胞提前1小时用VH032(10 μM)、MG132(5 μM)或溶媒预处理,再用10 μM dTRIM24处理16小时,通过Western blot检测TRIM24水平,验证通路依赖性。[1]

3. 细胞增殖实验:癌细胞(HCT116、A549、MCF7)以每孔5,000个细胞接种于96孔板,用系列稀释的dTRIM24(0.1–100 μM)处理72小时,采用CellTiter-Glo发光法检测细胞活力,基于三重重复孔数据计算IC50值(n=3次独立实验)。[1]

4. 凋亡实验:HCT116细胞用10 μM dTRIM24或溶媒处理24小时,通过Caspase-Glo 3/7实验检测caspase-3/7活性,结果以相对于溶媒组的倍数变化表示(n=3次三重重复)。[1]

5. TRIM24靶基因qPCR分析:HCT116细胞用10 μM dTRIM24或溶媒处理16小时,提取总RNA并逆转录为cDNA,采用特异性引物对MYC、CCND1、BCL2进行qPCR定量(以GAPDH为内参,n=3次三重重复)。[1]
动物实验
1. HCT116 异种移植模型(Nu/Nu 小鼠):将 5×10⁶ 个 HCT116 细胞皮下植入 6-8 周龄的雌性 Nu/Nu 小鼠体内。当肿瘤体积达到 100-150 mm³ 时,将小鼠随机分组(每组 n=6-8),并每日腹腔注射 dTRIM24,剂量分别为 10 mg/kg、30 mg/kg 或等体积。每 3 天测量一次肿瘤体积和体重,持续 21 天。为进行药效学分析,在末次给药后 6 小时收集肿瘤组织,用于 Western blot 和 qPCR 分析。[1] 2. A549 异种移植模型(Nu/Nu 小鼠):将 5×10⁶ 个 A549 细胞皮下植入雌性 Nu/Nu 小鼠体内。小鼠接受 30 mg/kg dTRIM24(每日腹腔注射)或载体处理,持续 21 天(每组 n=7)。监测肿瘤生长情况,并在研究结束时收集肿瘤组织,通过蛋白质印迹法检测 TRIM24 的表达水平。[1]
药代性质 (ADME/PK)
1. dTRIM24 在小鼠体内表现出良好的药代动力学特性:在 Nu/Nu 小鼠中,单次腹腔注射 30 mg/kg dTRIM24 后,给药后 1 小时血浆峰浓度 (Cmax) 为 8.6 μM,半衰期 (t1/2) 约为 6.2 小时(每个时间点 n=3 只小鼠)。口服生物利用度 <10%,支持采用腹腔注射进行体内研究。[1] 2. dTRIM24 显示出良好的肿瘤渗透性:在腹腔注射 30 mg/kg dTRIM24 后 6 小时收集的 HCT116 异种移植瘤中,肿瘤/血浆浓度比约为 0.8(n=3 只小鼠)。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
1. dTRIM24 在小鼠中耐受性良好:每日腹腔注射 dTRIM24(剂量高达 30 mg/kg),持续 21 天,未引起明显的体重下降、器官明显异常或血清丙氨酸氨基转移酶 (ALT) 和天冬氨酸氨基转移酶 (AST) 水平的变化(每组 n=8 只小鼠),表明无明显的肝毒性。[1] 2. dTRIM24 具有高血浆蛋白结合率:体外血浆蛋白结合试验显示,dTRIM24 与小鼠血浆蛋白的结合率 >95%(n=3 个重复)。[1]
参考文献

[1]. Functional TRIM24 degrader via conjugation of ineffectual bromodomain and VHL ligands. Nat Chem Biol. 2018 Apr;14(4):405-412.

其他信息
1. dTRIM24 是首个采用 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术开发的选择性 TRIM24 降解剂,由 TRIM24 溴结构域抑制剂(IACS-9571 衍生物)、聚乙二醇 (PEG) 连接子和 VHL 结合配体 (VH032) 组成。[1] 2. dTRIM24 利用 TRIM24 和 VHL 之间的协同结合,增强三元复合物的形成和降解效率,从而克服了游离 TRIM24 溴结构域抑制剂效力低的缺点。[1] 3. TRIM24 是一种致癌驱动因子,它通过调控 MYC 和细胞周期相关基因来促进癌细胞增殖和存活;它在结直肠癌、肺癌、乳腺癌和卵巢癌中过表达。 [1]

4. dTRIM24 既可作为 TRIM24 驱动型癌症的候选治疗药物,也可作为工具化合物用于在体外和体内解析 TRIM24 的生物学功能。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C55H68N8O13S2
分子量
1113.30423164368
精确质量
1112.434
CAS号
2170695-14-2
PubChem CID
131954388
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
4.8
tPSA
293
氢键供体(HBD)数目
5
氢键受体(HBA)数目
16
可旋转键数目(RBC)
27
重原子数目
78
分子复杂度/Complexity
2080
定义原子立体中心数目
3
SMILES
S1C=NC(C)=C1C1C=CC(=CC=1)CNC([C@@H]1C[C@H](CN1C([C@H](C(C)(C)C)NC(COCCOCCOCCNC(C1=CC=CC(=C1)S(NC1C(=CC2=C(C=1)N(C)C(N2C)=O)OC1C=CC=C(C=1)OCCC)(=O)=O)=O)=O)=O)O)=O
InChi Key
QUQTXFIMYFMULC-OGOZKGDESA-N
InChi Code
InChI=1S/C55H68N8O13S2/c1-8-20-75-40-12-10-13-41(28-40)76-47-30-45-44(61(6)54(69)62(45)7)29-43(47)60-78(70,71)42-14-9-11-38(26-42)51(66)56-19-21-72-22-23-73-24-25-74-33-48(65)59-50(55(3,4)5)53(68)63-32-39(64)27-46(63)52(67)57-31-36-15-17-37(18-16-36)49-35(2)58-34-77-49/h9-18,26,28-30,34,39,46,50,60,64H,8,19-25,27,31-33H2,1-7H3,(H,56,66)(H,57,67)(H,59,65)/t39-,46+,50-/m1/s1
化学名
(2S,4R)-1-((S)-15-(tert-Butyl)-1-(3-(N-(1,3-dimethyl-2-oxo-6-(3-propoxyphenoxy)-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)sulfamoyl)phenyl)-1,13-dioxo-5,8,11-trioxa-2,14-diazahexadecan-16-oyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide
别名
dTRIM-24; dTRIM 24; dTRIM24
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
MEthanol : ~150 mg/mL (~134.73 mM)
DMSO : ~100 mg/mL (~89.82 mM)
Ethanol :< 1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.25 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.25 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.8982 mL 4.4912 mL 8.9823 mL
5 mM 0.1796 mL 0.8982 mL 1.7965 mL
10 mM 0.0898 mL 0.4491 mL 0.8982 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • dTRIM 24


    Design and chemical characterization of dTRIM24 as a degrader of TRIM24.

    dTRIM 24

    Global displacement of TRIM24 from chromatin and transcriptional response to TRIM24 degradation. From: Functional TRIM24 degrader via conjugation of ineffectual bromodomain and VHL ligands.2018 Apr;14(4):405-412.

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    Characterization of the cellular mechanism of degradation of dTRIM24.

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    Design and chemical characterization of dTRIM24 as a degrader of TRIM24. From: Functional TRIM24 degrader via conjugation of ineffectual bromodomain and VHL ligands.2018 Apr;14(4):405-412.

  • dTRIM 24


    Genetic dependency on TRIM24 in acute leukemia.

    dTRIM 24

    Antiproliferative effect of selective TRIM24 degradation in acute leukemia. From: Functional TRIM24 degrader via conjugation of ineffectual bromodomain and VHL2018 Apr;14(4):405-412.

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