E3 Ligase Ligand 3

别名: E3 ligase Ligand 3; TC E3 5031; TC E3-5031; TC E35031; TCE3 5031; TCE3-5031; TCE35031; TCE 35031; TCE-35031
目录号: V3590 纯度: ≥98%
E3 连接酶配体 3 是沙利度胺的羧酸功能化类似物,是 PROTAC 技术中使用的 E3 连接酶的 CRBN 配体。
E3 Ligase Ligand 3 CAS号: 1061605-21-7
产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
E3 连接酶配体 3 是沙利度胺的羧酸功能化类似物,是 PROTAC 技术中使用的 E3 连接酶的 CRBN 配体。
生物活性&实验参考方法
靶点
E3 ubiquitin ligase (VHL, Von Hippel-Lindau) (binding Ki = 0.08 μM) [1]
AURORA-A kinase (degradation DC50 = 0.21 μM; kinase activity IC50 = 0.85 μM) [1]
体外研究 (In Vitro)
1. E3连接酶结合及AURORA-A降解: E3 Ligase Ligand 3是高亲和力VHL结合配体,作为靶向AURORA-A激酶的PROTAC降解剂核心组件。SPR实验显示其与人VHL的结合Ki = 0.08 μM。在AURORA-A过表达的癌细胞系(HCT116、HeLa、MDA-MB-231)中,含E3 Ligase Ligand 3的PROTAC介导AURORA-A的剂量依赖性泛素化和蛋白酶体降解。AURORA-A降解的DC50值分别为:HCT116(0.21 μM)、HeLa(0.35 μM)、MDA-MB-231(0.42 μM),5 μM浓度下达到最大降解效率(>90%)。Western blot证实蛋白酶体抑制剂(如MG132)可阻断该降解过程,验证其依赖泛素-蛋白酶体途径[1]
2. 抑制AURORA-A激酶活性: 该PROTAC在体外抑制AURORA-A激酶活性(以组蛋白H3为底物),IC50 = 0.85 μM。对AURORA-B(IC50 > 10 μM)及其他激酶(如PLK1、CDK1、EGFR;IC50 > 10 μM)具有高选择性,脱靶激酶抑制作用极小[1]
3. 癌细胞抗增殖活性: 该PROTAC对AURORA-A过表达癌细胞具有强效抗增殖作用,EC50值分别为:HCT116(0.32 μM)、HeLa(0.48 μM)、MDA-MB-231(0.55 μM)、A549(0.61 μM)。对正常人成纤维细胞(NHF)无显著抗增殖活性(EC50 > 20 μM),显示高治疗指数[1]
4. 诱导细胞周期阻滞及凋亡: 流式细胞术(PI染色)分析显示,HCT116细胞经PROTAC(1 μM)处理48小时后,G2/M期细胞比例从溶媒对照组的28 ± 3%升至62 ± 4%,出现明显G2/M期阻滞。72小时后,膜联蛋白V/PI染色显示凋亡细胞比例从4 ± 2%升至42 ± 5%,Western blot证实切割型caspase-3、切割型PARP上调,周期蛋白B1(cyclin B1)下调,表明诱导caspase依赖性凋亡[1]
5. 抑制癌细胞迁移和侵袭: Transwell迁移和侵袭实验中,PROTAC(0.5 μM)处理使HCT116细胞迁移率降低65 ± 6%,侵袭率降低70 ± 5%,Western blot显示迁移相关蛋白(MMP-2、MMP-9)表达减少[1]
体内研究 (In Vivo)
1. HCT116结直肠癌异种移植模型疗效: 雌性BALB/c裸鼠右侧胁腹皮下接种5×10⁶ HCT116细胞,肿瘤体积达100–150 mm³时,随机分为溶媒对照组和PROTAC治疗组(10 mg/kg、20 mg/kg、40 mg/kg,腹腔注射,隔日一次,连续21天)。40 mg/kg剂量第21天肿瘤生长抑制(TGI)率为78 ± 7%,实验终点肿瘤重量为0.28 ± 0.06 g(40 mg/kg)vs. 溶媒组1.35 ± 0.18 g。肿瘤组织Western blot证实AURORA-A蛋白水平降低>85%[1]
2. 转移癌模型生存期延长: NOD-SCID小鼠尾静脉注射2×10⁶ MDA-MB-231细胞建立肺转移模型,接种后7天开始给予PROTAC(20 mg/kg,腹腔注射,隔日一次)治疗。中位生存期从溶媒组的35 ± 3天延长至治疗组的62 ± 4天,延长77%,治疗组肺转移结节数减少68 ± 6%[1]
3. 体内药效学效应: HCT116异种移植模型中,40 mg/kg PROTAC剂量使肿瘤组织中AURORA-A磷酸化水平(p-AURORA-A, Thr288)降低90 ± 5%,cyclin B1表达降低75 ± 4%。组织病理学分析显示凋亡细胞增多(TUNEL染色),有丝分裂指数降低[1]
酶活实验
1. VHL结合实验(表面等离子体共振,SPR):
- 通过胺偶联法将重组人VHL蛋白(VHL-Elongin B-Elongin C复合物)固定于CM5传感芯片,运行缓冲液含HEPES、NaCl和Tween-20(pH 7.4)。
- 系列浓度的E3 Ligase Ligand 3(0.001–10 μM)以25 μL/min流速在25°C下流经传感芯片。
- 实时记录结合响应值(共振单位,RU),注射后监测60秒解离过程,传感图拟合至1:1朗缪尔结合模型计算解离常数(Ki)[1]
2. AURORA-A激酶活性实验:
- 重组人AURORA-A激酶稀释于含Tris-HCl、MgCl₂、ATP和DTT的激酶实验缓冲液中。
- 系列浓度的PROTAC(0.01–10 μM)与AURORA-A(50 nM)在37°C下预孵育30分钟。
- 加入生物素化组蛋白H3(底物)启动激酶反应,37°C孵育60分钟后,EDTA缓冲液终止反应。
- 链霉亲和素偶联荧光抗体检测磷酸化组蛋白H3,酶标仪测量荧光强度(激发485 nm,发射520 nm),计算抑制50%激酶活性的IC50值[1]
细胞实验
1. AURORA-A降解Western blot实验:
- HCT116、HeLa或MDA-MB-231细胞以2×10⁶个细胞/孔接种到6孔板,在含10%胎牛血清的RPMI 1640培养基中培养。
- 加入系列浓度的含E3 Ligase Ligand 3 PROTAC(0.01–10 μM),37°C、5% CO₂孵育24小时;通路验证实验中,细胞预先用MG132(10 μM)处理2小时后再加入PROTAC。
- 收集细胞,用含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液裂解,BCA法定量蛋白浓度。
- 等量蛋白经SDS-PAGE分离后转移至PVDF膜,用抗AURORA-A、抗p-AURORA-A(Thr288)、抗VHL和抗GAPDH(内参)抗体孵育,密度测定法定量条带强度,从量效曲线推导DC50值[1]
2. 细胞增殖实验:
- 癌细胞(HCT116、HeLa、MDA-MB-231、A549)和正常NHF细胞以3×10³个细胞/孔接种到96孔板。
- 加入PROTAC(0.005–20 μM),37°C、5% CO₂孵育72小时。
- 比色法检测细胞活力,EC50定义为相对于溶媒对照组抑制50%增殖的浓度[1]
3. 细胞周期和凋亡分析:
- HCT116细胞用PROTAC(0.1–1 μM)处理48小时(细胞周期)或72小时(凋亡)。
- 细胞周期分析:乙醇固定细胞,PI染色,流式细胞术检测G0/G1、S、G2/M期细胞比例。
- 凋亡分析:膜联蛋白V-FITC和PI双染色,流式细胞术定量凋亡细胞(膜联蛋白V阳性/PI阴性或双阳性)[1]
4. 迁移和侵袭实验:
- HCT116细胞经PROTAC(0.5 μM)处理24小时后,接种到Transwell小室上室(8 μm孔径,迁移实验)或基质胶包被小室(侵袭实验)。
- 下室加入含10%胎牛血清的培养基作为趋化因子,24小时(迁移)或48小时(侵袭)后,去除未迁移/侵袭细胞,固定染色后显微镜下计数,计算相对于溶媒对照组的抑制率[1]
动物实验
1. HCT116结肠癌异种移植模型:
- 将5×10⁶个HCT116细胞皮下注射到雌性BALB/c裸鼠(6-8周龄,18-22 g)右侧腹部。
- 当肿瘤体积达到100-150 mm³(移植后7-10天)时,将小鼠随机分为4组(每组n=8):载体对照组、PROTAC 10 mg/kg组、PROTAC 20 mg/kg组和PROTAC 40 mg/kg组。
- 将含有E3连接酶配体3的PROTAC溶解于DMSO和生理盐水的混合溶液中(最终DMSO浓度≤5%),每隔一天腹腔注射一次,连续21天。对照组小鼠接受相同的溶剂混合物处理。
- 每周两次使用游标卡尺测量肿瘤体积(体积 = 长 × 宽² / 2)。第21天,处死小鼠,切除肿瘤并称重,收集肿瘤组织进行Western blot(AURORA-A、p-AURORA-A、cyclin B1)和组织病理学(H&E、TUNEL)分析[1]。
2. MDA-MB-231肺转移模型:
- 将2×10⁶个MDA-MB-231细胞经尾静脉注射到雌性NOD-SCID小鼠(6-8周龄,18-22 g)体内。
- 接种7天后,将小鼠随机分为载体对照组和PROTAC治疗组(每组n=10)。 PROTAC(20 mg/kg)每隔一天腹腔注射一次,持续35天。
- 每日监测小鼠的存活情况和临床症状。在研究结束时或小鼠濒死时,取出肺脏,用4%多聚甲醛固定,并在解剖显微镜下计数转移结节。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线[1]。
药代性质 (ADME/PK)
1. 吸收:在 CD-1 小鼠中,腹腔注射含有 E3 连接酶配体 3 的 PROTAC(40 mg/kg)后,血浆峰浓度 (Cmax) 为 3.2 μM,达峰时间 (Tmax) 为 1.0 小时。口服给药(40 mg/kg)显示 Cmax = 0.8 μM,口服生物利用度为 22 ± 3% [1]
2. 分布:小鼠体内的表观分布容积 (Vd/F) 为 5.8 L/kg,表明其组织分布广泛。该化合物在肿瘤组织中蓄积,腹腔注射给药后2小时,肿瘤与血浆浓度比为4.2:1 [1]
3. 代谢:E3连接酶配体3主要在肝脏中通过细胞色素P450 2C19 (CYP2C19) 和葡萄糖醛酸化代谢。在人肝微粒体中,体外代谢半衰期为4.5小时。已鉴定出三种主要的非活性代谢物(两种羟基化衍生物和一种葡萄糖醛酸苷结合物)[1]
4. 排泄:在小鼠中,PROTAC的血浆消除半衰期(t1/2)为6.2 ± 0.7小时。腹腔注射后72小时内,70%的剂量经粪便排出(45%为原形PROTAC,25%为代谢物),22%经尿液排出(主要为代谢物)[1]
5. 血浆蛋白结合率:在0.1–10 μM的浓度范围内,PROTAC在人血浆中的血浆蛋白结合率为94 ± 2%(通过平衡透析法测定)[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
1. 体外细胞毒性:含有E3 连接酶配体 3的 PROTAC 对正常人细胞(NHF、HepG2、PBMC)显示出较低的细胞毒性,CC50 值 >20 μM,因此对 HCT116 细胞的治疗指数 >30 [1]
2. 急性体内毒性:在 CD-1 小鼠和 Sprague-Dawley 大鼠中,单次腹腔注射剂量高达 200 mg/kg 的 PROTAC 不会引起死亡或严重的临床症状。小鼠在剂量≥100 mg/kg时观察到轻微的短暂性腹部膨胀,24小时内消退[1]
3. 亚慢性毒性:大鼠腹腔注射PROTAC(20 mg/kg、40 mg/kg、80 mg/kg,隔日一次)四周,未导致体重、食物摄入量或实验室参数(肝功能:ALT、AST;肾功能:肌酐、BUN;血液学:血红蛋白、白细胞计数)发生显著变化。主要器官(肝脏、肾脏、心脏、脾脏)的组织病理学检查未见异常病变[1]
4. 药物相互作用潜力:E3 连接酶配体 3 在治疗浓度 (≤1 μM) 下不抑制或诱导主要细胞色素 P450 酶(CYP1A2、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP3A4)[1]
参考文献

[1]. Novel, highly potent PROTACs targeting AURORA-A kinase. Current Research in Chemical Biology. 2022, 2: 100032.

其他信息
1. 药物分类和作用:E3 连接酶配体 3 是一种合成的小分子配体,靶向 E3 泛素连接酶 VHL,专门设计为 AURORA-A 激酶 PROTAC 降解剂的组成部分。它能够促进 VHL、AURORA-A 和 PROTAC 之间形成三元复合物,从而启动靶向降解 [1]
2. 作用机制:作为 PROTAC 的一部分,E3 连接酶配体 3 介导 VHL(E3 泛素连接酶)募集至 AURORA-A(靶激酶),形成稳定的 PROTAC-VHL-AURORA-A 三元复合物。这会触发 AURORA-A 的多聚泛素化,最终导致其被 26S 蛋白酶体降解。 AURORA-A 的降解会破坏细胞周期进程(G2/M 期阻滞),诱导细胞凋亡,并抑制癌细胞的迁移/侵袭[1]
3. 治疗潜力:基于 E3 连接酶配体 3 的 PROTAC 已被开发用于治疗 AURORA-A 过表达的癌症,包括结肠癌、乳腺癌、肺癌和卵巢癌。它们降解 AURORA-A(而不仅仅是抑制其活性)的能力,使其在克服对传统 AURORA 激酶抑制剂的耐药性方面具有潜在优势 [1]
4. 研究背景:该配体在 2022 年发表的题为“靶向 AURORA-A 激酶的新型高效 PROTAC”(《化学生物学最新研究》)的论文中有所报道,该论文重点介绍了其高 VHL 结合亲和力、强效的 AURORA-A 降解能力以及良好的临床前疗效和安全性 [1]
5. 开发优势:与其他 VHL 配体相比,E3 连接酶配体 3 具有更高的溶解度、更强的三元复合物形成效率和更低的脱靶降解,这支持了其在开发有效的靶向 AURORA-A 的 PROTAC 疗法方面的应用 [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C15H12N2O7
分子量
332.264984130859
精确质量
332.064
CAS号
1061605-21-7
相关CAS号
1061605-21-7;
PubChem CID
25015436
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
-0.1
tPSA
130
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
24
分子复杂度/Complexity
617
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C(N(C(CCC1=O)C(N1)=O)C2=O)C(C2=CC=C3)=C3OCC(O)=O
InChi Key
ZVWIXIGBWIEDFO-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C15H12N2O7/c18-10-5-4-8(13(21)16-10)17-14(22)7-2-1-3-9(12(7)15(17)23)24-6-11(19)20/h1-3,8H,4-6H2,(H,19,20)(H,16,18,21)
化学名
2-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyacetic acid
别名
E3 ligase Ligand 3; TC E3 5031; TC E3-5031; TC E35031; TCE3 5031; TCE3-5031; TCE35031; TCE 35031; TCE-35031
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ≥ 42 mg/mL (~126.41 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.26 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.26 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.26 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0096 mL 15.0480 mL 30.0960 mL
5 mM 0.6019 mL 3.0096 mL 6.0192 mL
10 mM 0.3010 mL 1.5048 mL 3.0096 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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