E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates 20 TFA

别名: E3连接酶-配体-连接物缀合物17
目录号: V32005 纯度: ≥98%
E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates 20 (TFA) 是一种合成化合物,其中包含 E3 连接酶配体和 PROTAC 技术中使用的连接体。
E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates 20 TFA CAS号: 1950635-16-1
产品类别: E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
E3 连接酶配体-连接子缀合物 20 (TFA) 是一种合成化合物,包含 E3 连接酶配体和用于 PROTAC 技术的连接子。
E3 连接酶配体-连接子缀合物 20 TFA (CAS 1950635-16-1) 是一种合成化合物,包含 E3 连接酶配体和用于 PROTAC 技术的连接子。它也被称为沙利度胺-O-氨基-C8-NH2 TFA 和 Cereblon 配体-连接子缀合物 2 TFA。该化合物的分子式为 C₂₅H₃₁F₃N₄O₈,分子量为 572.53。它包含基于沙利度胺的 cereblon 配体和连接子。TFA 盐形式可提高化合物的溶解度和稳定性。该化合物用于 PROTAC 技术中,将靶蛋白和泛素化机制结合在一起。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary molecular target engaged by E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates 20 TFA is the cereblon (CRBN) E3 ubiquitin ligase complex. The compound contains the Thalidomide-based cereblon ligand, which binds with high affinity to the CRBN protein, a substrate recognition component of the CRBN E3 ubiquitin ligase complex. This ligand directs the E3 ligase to ubiquitinate the target protein that is recruited by the complete PROTAC molecule. The linker connects the cereblon ligand to a functional group that can be attached to a warhead (a target-binding moiety). When used in PROTACs, the compound enables the formation of a ternary complex between the target protein, the PROTAC, and the CRBN E3 ligase, leading to ubiquitination and proteasomal degradation of the target protein.
体外研究 (In Vitro)
体外研究表明,E3连接酶配体-连接子偶联物20 TFA可整合到PROTAC分子中,从而诱导靶向蛋白降解。该化合物能够促进靶蛋白、PROTAC和CRBN E3连接酶之间形成三元复合物,进而导致靶蛋白泛素化并最终被蛋白酶体降解。连接子的长度和柔性适中,有利于三元复合物的形成。基于沙利度胺的配体确保与CRBN具有高亲和力结合,从而实现高效的靶蛋白降解。该化合物的活性通过Western blot检测靶蛋白水平以及评估下游功能效应(例如抑制细胞增殖和诱导细胞凋亡)来评价。
体内研究 (In Vivo)
E3连接酶配体-连接子偶联物20 TFA的体内研究是在含有该偶联物的PROTAC分子的背景下进行的。含有该连接子的PROTAC已在多种癌症和其他疾病的动物模型中进行了评估。在异种移植模型中,含有该偶联物的PROTAC通过降解靶蛋白表现出显著的肿瘤生长抑制作用。这些化合物通常通过腹腔注射或静脉注射给药,剂量根据药代动力学和毒理学研究确定。药效学终点包括测量肿瘤组织中靶蛋白的降解、评估下游信号通路抑制情况以及评价抗肿瘤疗效。
酶活实验
对于 CRBN 结合测定,使用表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 测量沙利度胺基配体与 CRBN 的亲和力。将纯化的 CRBN-DDB1 复合物固定在传感器芯片上,并将不同浓度的配体-连接子偶联物 (0.001-100 µM) 注入芯片表面。计算结合动力学 (ka, kd) 和亲和力 (Kd)。对于偶联反应,将化合物与含有合适功能基团的活性基团反应。该反应通常在有机溶剂(例如 DMF 或 DCM)和碱中进行。反应产物(完整的 PROTAC)通过 HPLC 纯化,并通过质谱进行表征。
细胞实验
在细胞降解实验中,将表达靶蛋白的癌细胞培养于含10%胎牛血清(FBS)和抗生素的适宜培养基中。将细胞接种于6孔或12孔板中,并用不同浓度(0.001-10 µM)的含有靶蛋白偶联物的PROTACs处理4-24小时。用含蛋白酶抑制剂的RIPA裂解缓冲液裂解细胞,并使用特异性抗体通过Western blot分析靶蛋白水平。降解效率通过密度扫描法定量,并以DC50和Dmax表示。在细胞活力实验中,将细胞用PROTACs处理48-72小时,并通过MTT或CellTiter-Glo法评估细胞活力。细胞凋亡通过Annexin V/PI染色或caspase-3/7活性检测进行评估。
动物实验
在体内疗效研究中,使用6-8周龄的雌性免疫缺陷小鼠(例如裸鼠或SCID小鼠)。将表达靶蛋白的癌细胞皮下植入小鼠侧腹部。当肿瘤体积达到约100-200 mm³时,将动物随机分组(每组n=6-10)。将含有靶蛋白偶联物的PROTACs配制于载体(例如10% DMSO、40% PEG400、50% PBS)中,并以1-50 mg/kg的剂量进行静脉或腹腔注射,通常每日一次或隔日一次给药,持续2-3周。每周使用游标卡尺测量两次肿瘤体积。监测体重变化以评估毒性。研究结束后,切除肿瘤并进行靶蛋白降解的Western blot分析、组织病理学分析和生物标志物分析。
药代性质 (ADME/PK)
E3 连接酶配体-连接子偶联物 20 TFA 的药代动力学特性是作为包含该偶联物的完整 PROTAC 分子的一部分进行研究的。该连接子对整体药代动力学特征有贡献。含有该偶联物的 PROTAC 通常表现出良好的药代动力学特性,包括中等至良好的口服生物利用度、合理的血浆半衰期和足够的组织分布。该偶联物的组成(沙利度胺-O-氨基-C8-NH2)旨在为 PROTAC 药物开发提供最佳特性。然而,目前尚未有大量关于该偶联物本身或含有该特定偶联物的 PROTAC 的具体药代动力学数据报道。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
E3连接酶配体-连接子偶联物20 TFA的毒理学数据来源于含有该偶联物的PROTAC的毒理学研究,而非单独研究该偶联物本身。该偶联物被认为是PROTAC分子中的无毒成分,因为它是一种合成化学物质,通常会被代谢清除。基于沙利度胺的配体可能具有免疫调节作用,这可能会影响最终PROTAC的药理学特性和毒性。含有该偶联物的PROTAC的安全性和耐受性通过动物毒理学研究进行评估。评估的参数包括临床观察、体重、食物消耗量、临床病理学、器官重量和组织病理学。
参考文献

[1]. Methods to induce targeted protein degradation through bifunctional molecules. WO 2017024317 A2.

其他信息
E3 连接酶配体-连接子偶联物 20 TFA(CAS 1950635-16-1),又名沙利度胺-O-氨基-C8-NH2 TFA,是一种用于 PROTAC 技术的合成化合物。它包含基于沙利度胺的 cereblon 配体和一个连接子。该化合物的分子式为 C₂₅H₃₁F₃N₄O₈,分子量为 572.53。它通过劫持 CRBN E3 泛素连接酶实现靶向蛋白质降解。TFA 盐可提高其溶解度和稳定性。该化合物是开发 PROTAC 分子的关键构建模块,仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H31F3N4O8
分子量
572.5308573246
精确质量
572.209
CAS号
1950635-16-1
PubChem CID
121411067
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
185
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
12
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
40
分子复杂度/Complexity
841
定义原子立体中心数目
0
SMILES
FC(C(=O)O)(F)F.O(CC(NCCCCCCCCN)=O)C1=CC=CC2=C1C(N(C2=O)C1C(NC(CC1)=O)=O)=O
InChi Key
AJVLNIUPDHKOPS-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C23H30N4O6.C2HF3O2/c24-12-5-3-1-2-4-6-13-25-19(29)14-33-17-9-7-8-15-20(17)23(32)27(22(15)31)16-10-11-18(28)26-21(16)30;3-2(4,5)1(6)7/h7-9,16H,1-6,10-14,24H2,(H,25,29)(H,26,28,30);(H,6,7)
化学名
N-(8-aminooctyl)-2-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyacetamide;2,2,2-trifluoroacetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ≥ 131 mg/mL (~228.81 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.37 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.37 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.37 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.7466 mL 8.7332 mL 17.4663 mL
5 mM 0.3493 mL 1.7466 mL 3.4933 mL
10 mM 0.1747 mL 0.8733 mL 1.7466 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们