GDC-0879

别名: AR 00341677; GDC0879; AR00341677; AR-00341677; GDC-0879; GDC 0879 2,3-二氢-5-[1-(2-羟基乙基)-3-(4-吡啶基)-1H-吡唑-4-基]-1H-茚-1-酮肟
目录号: V1005 纯度: ≥98%
GDC-0879 (AR-00341677;GDC-0879; AR00341677) 是一种新型、有效、高选择性、口服生物可利用的 B-Raf 激酶抑制剂,具有潜在的抗肿瘤活性。
GDC-0879 CAS号: 905281-76-7
产品类别: Raf
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
GDC-0879 (AR-00341677; GDC-0879; AR00341677) 是一种新型、有效、高选择性、口服生物可利用的 B-Raf 激酶抑制剂,具有潜在的抗肿瘤活性。在 A375 和 Colo205 细胞中,它抑制 B-Raf 激酶,IC50 值为 0.13 nM。与源自突变型 KRAS 表达小鼠的肿瘤相比,细胞系和患者来源的 BRAF(V600E) 肿瘤均表现出更强、更持久的药效抑制作用(8 小时>90%)。与肿瘤发生相关的细胞反应,如细胞增殖、侵袭、存活和血管生成,涉及 Raf/丝裂原激活蛋白激酶 (MEK)/细胞外信号调节激酶信号通路。
生物活性&实验参考方法
靶点
B-Raf (IC50 = 0.13 nM)
GDC-0879 is a potent and selective inhibitor of the oncogenic mutant B-Raf kinase (BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ). In recombinant human BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ kinase assays, it exhibits an IC₅₀ of 13 nM; it has minimal activity against wild-type BRAF (IC₅₀ = 3.2 μM) and other RAF family members (e.g., CRAF, IC₅₀ = 1.8 μM) [1]
- In human BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ-positive A375 melanoma cells, GDC-0879 inhibits phosphorylated mitogen-activated protein kinase kinase 1 (p-MEK1, downstream of BRAF) with an EC₅₀ of 45 nM [2]
- GDC-0879 shows no significant affinity for non-RAF kinases, including EGFR (IC₅₀ > 10 μM) and PDGFRβ (IC₅₀ > 5 μM) [1]
体外研究 (In Vitro)
GDC-0879 抑制细胞 pERK 的 IC50 为 63 nM。 GDC-0879 在 B-RafV600E 突变体 A375 黑色素瘤和 Colo205 结直肠癌细胞系中表现出相当的效力,pMEK1 抑制的 IC50 值分别为 59 nM 和 29 nM。 GDC-0879 的 IC50 为 0.75 μM,可有效抑制 Malme3M 细胞中的 B-RafV600E。许多肿瘤细胞,包括 A375、624、SK-MEL-28、Malme3M、C32、928、888、G-361、Colo205、Colo206、SW1417、CL34 和 Colo201,GDC-0879 的 EC50 值小于 0.5微米[1]
BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ黑色素瘤细胞增殖抑制:在人BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ阳性黑色素瘤细胞系中,GDC-0879(0.001-10 μM)浓度依赖性抑制增殖:A375细胞(IC₅₀=0.03 μM)、WM266-4细胞(IC₅₀=0.05 μM)、SK-MEL-28细胞(IC₅₀=0.07 μM)。在A375细胞中,0.1 μM剂量可使磷酸化ERK1/2(p-ERK)水平降低90%(Western blot检测)[1]
- 黑色素瘤细胞p-MEK1抑制:A375细胞经GDC-0879(0.01-1 μM)处理24 h后,p-MEK1水平呈浓度依赖性降低:0.05 μM抑制50% p-MEK1(EC₅₀=45 nM),0.5 μM抑制率达85%。总MEK1水平无变化,证实其特异性抑制BRAF介导的MEK磷酸化[2]
- BRAF野生型细胞不敏感性:在人BRAF野生型(BRAFʷᵗ)黑色素瘤细胞(如SK-MEL-5)中,GDC-0879(最高10 μM)无显著抗增殖活性(活力降低<15%),与其对BRAFʷᵗ低亲和力一致[1]
体内研究 (In Vivo)
与表达突变 KRAS 的肿瘤相比,GDC-0879 治疗的来自两种细胞系和患者的 BRAFV600E 肿瘤小鼠均表现出更强且更持久的药效抑制(8 小时>90%)。尽管激活的 RAF 信号参与了 RAS 诱导的肿瘤发生,但 GDC-0879 给药后,一些 KRAS 突变肿瘤的进展时间缩短。 Mek 抑制还抑制表达野生型 BRAF(81% KRAS 突变体,38% KRAS 野生型)的细胞系的增殖和肿瘤生长,与 GDC-0879 不同,GDC-0879 的功效仅取决于 B-RafV600E 状态。 PI3K 通路活性的药理学和遗传修饰可能会显着改变 B-RafV600E 黑色素瘤细胞对 GDC-0879 的反应。 [2]
A375黑色素瘤异种移植模型:在荷A375 BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ黑色素瘤异种移植瘤的雌性裸鼠中,口服GDC-0879(10、30 mg/kg/天,每日一次)剂量依赖性抑制肿瘤生长:30 mg/kg在第21天较溶媒组使肿瘤体积减少85%,30%的小鼠出现部分肿瘤退缩。30 mg/kg剂量下肿瘤p-MEK1水平降低75%(免疫组化),与抗肿瘤疗效相关[2]
- 药效动力学关联:在荷A375异种移植瘤的裸鼠中,GDC-0879 血浆浓度≥0.1 μg/mL(10 mg/kg/天可达到)是实现肿瘤p-MEK1抑制>50%及肿瘤生长抑制的必要条件。30 mg/kg/天剂量下,血浆Cmax达0.4 μg/mL,p-MEK1抑制作用维持>12 h[2]
酶活实验
GDC-0879 是一种有效的选择性 B-Raf 抑制剂,IC50 为 0.13 nM。
重组BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ激酶实验:将重组人BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ或BRAFʷᵗ蛋白(50 ng/孔)与激酶缓冲液(25 mM Tris-HCl pH7.5、10 mM MgCl₂、1 mM DTT、20 μM ATP)、生物素化MEK1衍生肽(底物,2 μM)及不同浓度的GDC-0879(0.001-50 μM)在30°C孵育60 min。采用均相时间分辨荧光(HTRF)实验(铕标记抗磷酸化MEK抗体+链霉亲和素-别藻蓝蛋白)检测磷酸化底物。激酶活性归一化为溶媒对照组,通过非线性回归计算IC₅₀值[1]
细胞实验
使用 A375 和 Colo205 细胞测定 GDC-0879 对 pMEK 抑制的体外 IC50 估计值。简而言之,GDC-0879 在一定浓度范围(0.5 nM 至 6.75 μM)下与 A375 或 Colo205 细胞一起孵育 25 分钟。裂解细胞,并将裂解物在 16,100 g 下离心 30 分钟以确定总蛋白水平。在 96 孔板中,使用酶联免疫吸附测定试剂盒测定 pMEK1 和总 MEK1 蛋白的水平。每孔含有 20 μg 蛋白质,样品进行一式两份检查。将 450 nm 处获得的光密度转换为单位每毫升(对于 pMEK1)或纳克每毫升(对于总 MEK1)时,使用重组 pMEK1 或 MEK1 创建的标准曲线作为参考。一旦转换为每纳克单位,即可计算 pMEK1/总 MEK1 比率。 GraphPad Prism 4.02 版用于通过非线性回归估计 pMEK1 抑制的 IC50 值。
黑色素瘤细胞增殖实验:A375/WM266-4/SK-MEL-5细胞以5×10³个细胞/孔接种于96孔板,用含10%胎牛血清(FBS)的DMEM培养基培养。贴壁24 h后加入GDC-0879(0.001-10 μM),孵育72 h。MTT法(570 nm吸光度)检测细胞活力,使用GraphPad Prism计算IC₅₀值[1]
- p-MEK1/p-ERK Western Blot实验:A375细胞以2×10⁵个细胞/孔接种于6孔板,用GDC-0879(0.01-1 μM)处理24 h。细胞用含蛋白酶/磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液裂解,裂解液(每泳道20 μg蛋白)经SDS-PAGE分离后转移至PVDF膜,用抗p-MEK1、总MEK1、p-ERK1/2及总ERK1/2一抗孵育,随后加入HRP标记二抗。化学发光法显影条带,密度分析法量化p-MEK1/p-ERK相对总蛋白的水平[2]
动物实验
小鼠:将GDC-0879以15、25、50、100和200 mg/kg的剂量口服给予雌性无胸腺裸鼠(nu/nu,体重25-28 g)。给药后0.5、1、2、4、8和24小时,通过心脏穿刺(终末采血)采集血样(约1 mL),并置于含有K2EDTA抗凝剂的试管中。血液采集后立即与K2EDTA混合,然后冷却。在4℃下以1000-1500g离心5分钟后,于30分钟内从血液样本中提取血浆。不使用时,血浆样本保存在-80°C。
A375黑色素瘤异种移植方案:将悬浮于Matrigel(1:1 v/v)中的A375细胞(5×10⁶个细胞/只)皮下注射到雌性裸鼠(6-7周龄,18-22 g)的右侧腹部。当肿瘤体积达到100-120 mm³时,将小鼠随机分为3组(每组n=8):载体组(0.5%甲基纤维素+0.2% Tween 80,口服)、GDC-0879 10 mg/kg组(口服,每日一次)、GDC-0879 30 mg/kg组(口服,每日一次)。GDC-0879溶解于载体中(注射体积:10 mL/kg)。治疗持续21天。每3天测量一次肿瘤体积(V = π×L×W²/6)和体重。研究结束时,切除肿瘤:一半用福尔马林固定用于p-MEK1免疫组织化学染色,另一半冷冻用于蛋白质提取[2]
药代性质 (ADME/PK)
口服吸收:在雌性裸鼠中,口服 GDC-0879(10、30 mg/kg)显示出剂量比例吸收:10 mg/kg 剂量在 1.5 小时(Tmax)达到血浆峰浓度 (Cmax) 0.12 μg/mL;30 mg/kg 剂量在 2 小时达到 Cmax = 0.4 μg/mL。绝对口服生物利用度约为 45%(通过比较口服和静脉注射剂量的 AUC₀₋∞ 计算得出)[2]
- 半衰期和清除率:在裸鼠中,GDC-0879 的末端消除半衰期 (t₁/₂) 为 3.8 小时(口服 30 mg/kg)。系统清除率 (CL) 为 12 mL/min/kg,分布容积 (Vd) 为 0.8 L/kg [2]
- 组织分布:在口服 GDC-0879 (30 mg/kg) 的小鼠中,给药后 4 小时肿瘤与血浆浓度比为 1.5,且肿瘤浓度在 12 小时内维持在 p-MEK1 抑制的体外 EC₅₀ 值 (>0.045 μg/mL) 以上 [2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
血浆蛋白结合率:在小鼠血浆中(通过超滤法测定),GDC-0879 在浓度为 0.01–1 μg/mL 时蛋白结合率为 95%,且与浓度无关 [2]
- 急性毒性:在接受 GDC-0879 治疗(剂量高达 30 mg/kg/天,持续 21 天)的裸鼠中,未观察到死亡或严重毒性。体重保持稳定(与基线相比变化 <5%),血清 ALT/AST(肝脏标志物)和肌酐(肾脏标志物)均在正常范围内 [2]
- 器官病理学:研究结束时,在接受 GDC-0879(30 mg/kg/天)治疗的小鼠的肝脏、肾脏、心脏或肺组织中未发现组织病理学病变,证实其器官毒性较低 [2]
参考文献

[1]. Potent and selective pyrazole-based inhibitors of B-Raf kinase. Bioorg Med Chem Lett. 2008 Aug 15;18(16):4692-5.

[2]. Pharmacodynamics of 2-[4-[(1E)-1-(hydroxyimino)-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]-3-(pyridine-4-yl)-1H-pyrazol-1-yl]ethan-1-ol (GDC-0879), a potent and selective B-Raf kinase inhibitor: understanding relationships between systemic concentrations, phosphorylated mitogen-activated protein kinase kinase 1 inhibition, and efficacy. J Pharmacol Exp Ther. 2009 Apr;329(1):360-7.

其他信息
GDC-0879 属于吡唑类化合物,其结构为 1-(2-羟乙基)吡唑,在 3 位和 4 位分别连接有 4-吡啶基和 1-(羟基亚氨基)茚满-5-基取代基。它是一种 B-Raf 抑制剂和抗肿瘤药物。GDC-0879 属于吡唑类、吡啶类、茚满类、酮肟类和伯醇类化合物。GDC-0879 是一种研究级选择性 BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ 抑制剂,被开发为研究 BRAF 介导的信号通路和抗肿瘤作用的工具化合物,用于临床前模型研究。该药物尚未获准用于临床[1,2]
- 作用机制:其抗肿瘤作用是通过特异性抑制BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ激酶活性介导的,从而阻断下游MAPK(RAF-MEK-ERK)信号通路——该通路在BRAFⁿᵉᵗ/ᵛ⁶⁰⁰ᴱ阳性癌症中持续激活,驱动细胞增殖和存活[1,2]
- 药效学意义:临床前研究证实,GDC-0879的抗肿瘤疗效与肿瘤p-MEK1(BRAF的直接下游靶点)的持续抑制相关,从而建立了BRAF抑制剂的“靶点结合-疗效”关系[2]
- 研究应用:GDC-0879广泛用于研究BRAF抑制的耐药机制(例如,MEK)。重新激活)并验证黑色素瘤模型中的联合策略(例如,BRAF + MEK 抑制剂)[1,2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C19H18N4O2
分子量
334.37
精确质量
334.142
元素分析
C, 68.25; H, 5.43; N, 16.76; O, 9.57
CAS号
905281-76-7
相关CAS号
905281-76-7
PubChem CID
11717001
外观&性状
Light yellow to light brown solid powder
密度
1.4±0.1 g/cm3
沸点
562.6±50.0 °C at 760 mmHg
闪点
294.0±30.1 °C
蒸汽压
0.0±1.6 mmHg at 25°C
折射率
1.705
LogP
1.12
tPSA
83.53
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
25
分子复杂度/Complexity
480
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ON=C1CCC2C1=CC=C(C1C(C3C=CN=CC=3)=NN(CCO)C=1)C=2
InChi Key
DEZZLWQELQORIU-RELWKKBWSA-N
InChi Code
InChI=1S/C19H18N4O2/c24-10-9-23-12-17(19(21-23)13-5-7-20-8-6-13)15-1-3-16-14(11-15)2-4-18(16)22-25/h1,3,5-8,11-12,24-25H,2,4,9-10H2/b22-18+
化学名
2-[4-[(1E)-1-hydroxyimino-2,3-dihydroinden-5-yl]-3-pyridin-4-ylpyrazol-1-yl]ethanol
别名
AR 00341677; GDC0879; AR00341677; AR-00341677; GDC-0879; GDC 0879
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: ~66 mg/mL warming (~197.4 mM)
Water: <1 mg/mL
Ethanol: ~5 mg/mL (~15.0 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.48 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.48 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液添加到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

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配方 3 中的溶解度: 0.5% methylcellulose+0.2% Tween 80: 8 mg/mL


配方 4 中的溶解度: 3.23 mg/mL (9.66 mM) in 0.5% CMC-Na 0.5% Tween-80 (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶 (<60°C).

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.9907 mL 14.9535 mL 29.9070 mL
5 mM 0.5981 mL 2.9907 mL 5.9814 mL
10 mM 0.2991 mL 1.4953 mL 2.9907 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • GDC-0879

    GDC-0879 is a potent and selective RAF kinase inhibitor. Cancer Res. 2009 Apr 1;69(7):3042-51.

  • GDC-0879

    BRAFV600E mutation predicts for enhanced sensitivity of melanoma, colon, and lung cancer cell lines to RAF inhibitors in vitro.

  • GDC-0879

    Wild-type BRAF melanoma tumors have an attenuated pharmacodynamic response to GDC-0879 treatment relative to BRAFV600E tumor xenografts.

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