| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
DNMT1/DNA methyltransferase
DNA methyltransferase 1 (DNMT1) - non-covalent, selective inhibitor (IC50 = 0.23 μM). |
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| 体外研究 (In Vitro) |
GSK-3484862（0-10 μM，6 或 14 天）可显著降低 DNA 甲基化水平 [2]。GSK-3484862（0-10 μM，4 天）可使 DNMT1 蛋白水平略有降低 [2]。本研究通过用不同浓度的 GSK-3484862（购自两个商业渠道）处理野生型 (WT) 或 Dnmt1/3a/3b 三重敲除 (TKO) 小鼠胚胎干细胞 (mESC)，确定了 GSK-3484862 的细胞毒性和最佳浓度。浓度为 10 µM 或更低的 GSK-3484862 可耐受 14 天的培养。已知 DNA 甲基化靶点，例如种系基因和 GLN 家族转座子，在 GSK-3484862 处理开始后的 2 天内即上调。相比之下，5-氮杂胞苷和地西他滨诱导的甲基化基因上调较弱，且导致广泛的细胞死亡。全基因组亚硫酸氢盐测序显示，GSK-3484862 处理可显著降低 DNA 甲基化水平，野生型小鼠胚胎干细胞 (WT mESC) 的整体 CpG 甲基化水平接近 70%，经 GSK-3484862 处理 6 天后降至不足 18%。处理后的细胞表现出与 Dnmt1 缺陷型 mESC 相似的甲基化水平和模式。结论：GSK-3484862 可显著降低 mESC 的甲基化水平，且非特异性毒性极低。[2]
体外酶活性测定表明，GSK-3484862 是一种非共价、高效且选择性的 DNMT1 抑制剂，IC50 值为 0.23 μM。该化合物对DNMT1的选择性高于DNMT3A/3L和DNMT3B/3L（二者的IC50值均>50 μM）。DNMT1是细胞分裂过程中维持DNA甲基化模式的主要酶，其功能失调与癌症和其他疾病密切相关。GSK-3484862通过抑制DNMT1诱导DNA低甲基化，从而重新激活沉默的抑癌基因，并诱导癌细胞分化或凋亡。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
体内研究表明，GSK-3484862 可介导小鼠胚胎干细胞的整体去甲基化，并对急性髓系白血病有效。该化合物诱导 DNA 低甲基化的能力使其成为一种有前景的癌症治疗药物，因为表观遗传失调在癌症治疗中起着关键作用。GSK-3484862 通过抑制 DNMT1 并逆转异常的 DNA 甲基化模式，可能恢复正常的基因表达，并诱导癌细胞分化或凋亡。需要进一步研究以全面表征该化合物的药代动力学特性及其在各种癌症模型中的疗效。
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| 酶活实验 |
确定 GSK-3484862 的毒性[1]
使用 J1 WT 和 DNMT TKO 小鼠胚胎干细胞 (mESC) 进行 GSK-3484862 最佳浓度和毒性测定。将 30,000 个细胞接种于预先包被 0.1% 明胶的 24 孔板中。第二天，将培养基更换为新鲜的 mESC 培养基或含有 DMSO（0.1% 或 1%）的培养基，GSK-3484862 的浓度分别为：2 pM、20 pM、200 pM、2 nM、20 nM、200 nM、2 µM、20 µM（溶于 0.1% DMSO）和 200 µM（溶于 1% DMSO）。接下来的六天里，每天更换培养基，之后评估细胞形态，然后用0.05%胰蛋白酶-EDTA消化细胞进行计数。[1] 接下来，在重复实验中评估了GSK-3484862的去甲基化效率和长期细胞毒性。为了提高溶解度，将GSK-3484862重悬于DMSO后进行超声处理。两家公司的GSK-3484862均在超声水浴（Sper Scientific）中以42 kHz的频率超声处理6分钟。然而，在培养基中浓度达到或超过20 µM时仍观察到药物沉淀，因此选择10 µM作为上限浓度。将野生型 (WT) 和 DNMT TKO 细胞接种于预先包被 0.1% 明胶的 12 孔板中，并从第 0 天起在培养基中添加 0.1% DMSO、2 µM 或 10 µM GSK3484862。每天更换培养基，使用 Countess II FL 仪器计数细胞，并在接下来的 14 天内每 2-3 天传代一次。 DNMT1 酶活性测定使用纯化的重组 DNMT1 酶和含有 CpG 二核苷酸的 DNA 底物，以及甲基供体 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM)。将酶与底物和不同浓度的 GSK-3484862 孵育，并使用放射性 SAM 掺入法、荧光法或质谱法测量 DNA 甲基化。IC50 值由剂量反应曲线计算得出。使用类似的检测方法评估对 DNMT3A 和 DNMT3B 的选择性。 |
| 细胞实验 |
细胞活力检测[2]
细胞类型： 小鼠胚胎干细胞 (mESC，野生型 (WT) 或 Dnmt1/3a/3b 三重敲除 (TKO)) 测试浓度： 2 µM 和 10 µM 孵育时间： 6 天或 14 天 实验结果： 结果显示 DNA 甲基化水平显著下降，WT mESC 中 CpG 甲基化水平在 6 天后从近 70% 下降到不足 18%。 蛋白质印迹分析[2] 细胞类型：小鼠胚胎干细胞（mESC，野生型 (WT) 或 Dnmt1/3a/3b 三重敲除 (TKO)） 测试浓度：2 µM 和 10 µM 孵育时间：4 天 实验结果：DNMT1 蛋白水平略有降低。 GSK-3484862 的细胞分析通常包括培养癌细胞系或胚胎干细胞，并用不同浓度的化合物处理。通过 ELISA、斑点印迹或 LC-MS/MS 检测 5-甲基胞嘧啶水平来评估整体 DNA 甲基化。通过甲基化特异性 PCR 或亚硫酸氢盐测序来评估基因特异性 DNA 甲基化。细胞活力采用 MTT 或 CellTiter-Glo 法进行评估。细胞分化通过检测细胞表面标志物或形态学观察进行评估。细胞凋亡采用 Annexin V/PI 染色、caspase-3/7 活性检测或凋亡标志物 Western blotting 进行评估。同时评估对正常细胞的细胞毒性，以评价选择性。 |
| 动物实验 |
在急性髓系白血病和其他癌症的小鼠模型中评估了GSK-3484862的体内疗效【35†7】。将白血病细胞移植到免疫缺陷小鼠体内，然后通过口服或腹腔注射的方式用GSK-3484862治疗荷瘤小鼠。通过流式细胞术检测血液、骨髓和脾脏中的人CD45+细胞来评估白血病负荷。通过检测5-甲基胞嘧啶水平来评估肿瘤组织中的DNA甲基化水平。监测生存情况。评估该化合物降低白血病负荷和提高生存率的能力。进行药代动力学研究以确定该化合物的生物利用度和组织分布。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
为了支持GSK-3484862作为研究工具的应用，对其药代动力学特性进行了表征。该化合物的分子量为365.45，分子式为C19H19N5OS。给药后，采用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析血浆和组织样本，测定了包括半衰期、清除率、分布容积和口服生物利用度在内的关键药代动力学参数。该化合物到达骨髓和其他靶组织的能力对其在癌症模型中的疗效至关重要。该化合物应以粉末形式储存于-20°C。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
GSK-3484862 的毒理学评价通常与动物模型中的疗效研究同步进行。标准毒理学评估包括针对一系列正常细胞系和癌细胞系的体外细胞毒性试验，以确定化合物的选择性指数。啮齿动物体内毒性研究包括急性毒性和重复给药毒性试验、临床症状和体重变化的观察以及主要器官的组织病理学检查。作为一种诱导 DNA 低甲基化的 DNMT1 抑制剂，其对正常基因表达、基因组稳定性和细胞分化的潜在影响受到密切监测。
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| 参考文献 |
[1]. Keystone Symposia 2019 - Epigenetics and Human Disease. [2]. The DNMT1 inhibitor GSK-3484862 mediates global demethylation in murine embryonic stem cells. [Epigenetics Chromatin. 2021 Dec 15;14(1):56. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34906184/ ] |
| 其他信息 |
从研究角度来看，GSK-3484862展现出巨大的潜力。5-氮杂核苷酸具有显著的非特异性毒性和较窄的浓度范围。我们观察到，0.3 µM 的5-氮杂胞苷处理可以重新激活一些甲基化基因，但在此浓度下存活的细胞极少；而0.1 µM的5-氮杂胞苷不足以重新激活甲基化基因。此外，我们需要培养两天才能观察到克隆细胞的形成。相比之下，2 µM或10 µM的GSK-3484862可以重新激活甲基化基因的表达，并且仅引起轻微的细胞生长抑制，这种抑制作用在处理的第6天至第10天最为明显。这种生长抑制可能反映了该化合物的特异性活性。当小鼠胚胎干细胞 (mESCs) 经 MEK 抑制剂、糖原合成酶激酶 3 抑制剂和高浓度抗坏血酸处理后发生去甲基化时，转座子表达会爆发式增加，并且在此期间异染色质状态会发生重塑 [2]。无论剂量或处理时间如何，经 GSK-3484862 处理的 mESCs 的 DNA 甲基化水平从未低于 16%，并且甲基化基因的重新激活水平也未达到 TKO 细胞中观察到的水平。这可能反映了 mESCs 中 DNMT3A 和 DNMT3B 的高活性，正如已发表的 Dnmt1 KO mESCs 中类似的 DNA 甲基化水平所证实的那样。Dnmt1 缺陷或抑制的细胞可能达到一种平衡状态，其中甲基化由 DNMT3A 和 DNMT3B 持续添加，并通过复制和 Tet 蛋白活性丢失。其他细胞类型对 Dnmt1 抑制的反应可能不同。大多数体细胞和癌细胞并不表达如此高水平的从头DNA甲基转移酶，因此在缺乏Dnmt1活性的情况下可能无法维持如此高的DNA甲基化水平。同时，体细胞或癌细胞在DNA甲基化水平显著降低的情况下可能无法存活。Dnmt1缺陷型和Dnmt1/3a/3b三重敲除的小鼠胚胎干细胞（mESCs）在分化后无法存活，而DNMT1在子宫着床后变得至关重要。这种转变可能反映了mESCs对TRIM28沉默转座子的高度依赖性，以及DNA甲基化在mESC分化或胚胎着床后抑制转座子的关键作用。因此，研究其他细胞类型的研究人员可能会在较低剂量下观察到特定的毒性；事实上，GSK-3484862及其相关化合物已显示出对白血病的显著疗效。我们也不能排除某些细胞类型中存在非特异性毒性的可能性，因为GSK-3484862在相对较低的浓度下即可抑制小鼠发育，这提示了这种可能性。尽管如此，这种新型DNA甲基转移酶抑制剂似乎比5-氮杂核苷类似物有显著改进，是一种很有前景的研究工具。结论：GSK-3484862可显著降低小鼠胚胎干细胞的甲基化水平。在甲基化基因激活和非特异性毒性方面，GSK-3484862优于5-氮杂核苷类似物。GSK-3484862是一种研究工具化合物，也是一种潜在的治疗药物，用于研究DNA甲基化在癌症和其他疾病中的作用。该化合物尚未获准用于临床，仅供实验室研究之用。其作用机制涉及对DNMT1的非共价、高效且选择性抑制，从而诱导DNA低甲基化并重新激活沉默的抑癌基因。 GSK-3484862 在急性髓系白血病中显示出疗效，并能介导小鼠胚胎干细胞的整体去甲基化。该化合物对于验证 DNMT1 作为癌症治疗靶点以及研究 DNA 甲基化在基因调控和疾病中的作用具有重要价值。
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| 分子式 |
C19H19N5OS
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|---|---|
| 分子量 |
365.452061891556
|
| 精确质量 |
365.131
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| 元素分析 |
C, 62.45; H, 5.24; N, 19.16; O, 4.38; S, 8.77
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| CAS号 |
2170136-65-7
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| 相关CAS号 |
(Rac)-GSK-3484862;2170136-02-2
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| PubChem CID |
132233666
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
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| LogP |
3
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| tPSA |
132
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| 氢键供体(HBD)数目 |
1
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| 氢键受体(HBA)数目 |
6
|
| 可旋转键数目(RBC) |
6
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| 重原子数目 |
26
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| 分子复杂度/Complexity |
585
|
| 定义原子立体中心数目 |
1
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| SMILES |
S(C1=C(C#N)C(=C(C#N)C(=N1)N(C)C)CC)[C@@H](C(N)=O)C1C=CC=CC=1
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| InChi Key |
KIEQQZZDWUNUQK-MRXNPFEDSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C19H19N5OS/c1-4-13-14(10-20)18(24(2)3)23-19(15(13)11-21)26-16(17(22)25)12-8-6-5-7-9-12/h5-9,16H,4H2,1-3H3,(H2,22,25)/t16-/m1/s1
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| 化学名 |
(R)-2-((3,5-dicyano-6-(dimethylamino)-4-ethylpyridin-2-yl)thio)-2-phenylacetamide
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| 别名 |
GSK3484862; GSK-3484862; 2170136-65-7; GSKMI-714; (2R)-2-[3,5-dicyano-6-(dimethylamino)-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl-2-phenylacetamide; SCHEMBL19717424; BDBM491120; US10975056, Example 64; NSC825088; GSK 3484862
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~20.83 mg/mL (~57.00 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 2.08 mg/mL (5.69 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: 2.08 mg/mL (5.69 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.7364 mL | 13.6818 mL | 27.3635 mL | |
| 5 mM | 0.5473 mL | 2.7364 mL | 5.4727 mL | |
| 10 mM | 0.2736 mL | 1.3682 mL | 2.7364 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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