| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| 500mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
K-Ras
K-Ras-IN-1 (referred to as SRJ09, SRJ10, SRJ23, Andrographolide in the context of K-Ras binding) targets allosteric sites (p1, p3a, p3b, p2) on K-Ras ensembles; [1] |
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| 体外研究 (In Vitro) |
体外活性：K-Ras-IN-1 是一种新型小分子 K-Ras 抑制剂，在 apo-Ras 晶体结构中被 Tyr-71 占据的疏水口袋中与 K-Ras 结合，换句话说，K -Ras-IN-1 直接与开关 I 和开关 II 之间的 K-Ras 结合，并抑制 Sos 催化的 K-Ras 激活。通过与 K-Ras 结合并阻断与 Sos 的结合，它会抑制 Sos 介导的核苷酸交换。 K-Ras-IN-1 代表了获得探针分子的起点，这些探针分子可用于阐明 Ras 信号传导的新见解和发现用于治疗癌症的 K-Ras 抑制剂。激酶测定：为了检查与 K-Ras 结合的功能后果，测试了化合物抑制 Sos 介导的核苷酸交换的能力。在此测定中，未标记的 GDP 被 Sos 催化的 BODIPY-GTP 交换，导致荧光增加。
1. 基于片段的筛选发现多种可结合GDP-K-Ras的化学类型（吲哚类(1)、酚类(2)、磺酰胺类(3)）；合成类似物4、5、6以提高水溶性和与K-Ras的结合亲和力，X射线共晶结构证实这些化合物与GDP-K-Ras结合（PDB编号：4EPV对应4，4EPW对应5，4EPT对应2，4EPX对应6） [2] 2. 小分子13可结合GDP-K-Ras（PDB编号4EPY）并抑制Sos介导的K-Ras激活；将K-Ras/13的X射线结构与Ras-Sos复合物结构（PDB编号1BKD）叠加，证实13占据K-Ras与Sos的结合界面，阻断二者相互作用 [2] 3. 采用LIBSA（配体结合特异性分析）方法分析穿心莲内酯、SRJ09、SRJ10、SRJ23与K-Ras构象集合（148个Ras构象聚类为5组）的结合偏好性：SRJ类配体（SRJ09、SRJ10、SRJ23）对K-Ras的p1口袋结合偏好性约70–80%（SNR>1.0），穿心莲内酯对p3a口袋的结合偏好性为58%（SNR>1.0） [1] 4. 以SRJ23为探针的K-Ras聚类集合接触光谱显示：聚类2和4在p1口袋出现优势峰（高通滤波去噪后SNR>1.0），聚类1在p3a口袋出现优势峰（高通滤波去噪后SNR>1.0），聚类3和5的光谱杂乱无章，去噪后SNR无统计学意义（非特异性结合） [1] |
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| 酶活实验 |
测试了阻断 Sos 介导的核苷酸交换的化合物的能力，以研究与 K-Ras 结合的功能效应。在这个实验中，BODIPY-GTP 被替换为未标记的 GDP，它被 Sos 催化并导致荧光增强。
1. K-Ras-配体结合的X射线晶体学实验：将GDP-K-Ras与小分子（2、4、5、6、13）共结晶；解析X射线共晶结构，确定配体与K-Ras的结合模式、口袋位置及相互作用（静电表面分析证实K-Ras从“闭合”构象转变为“开放”构象，形成主要疏水结合口袋及相邻的负电性裂隙） [2] 2. 基于LIBSA的K-Ras构象集合结合实验：将148个K-Ras构象基于主成分（PC）投影聚类为5组；将穿心莲内酯、SRJ09、SRJ10、SRJ23与K-Ras构象集合进行全局对接；生成接触光谱（红色峰=噪音，绿色峰=信号），通过高通滤波去除噪音，计算信噪比（SNR）以量化配体在K-Ras不同口袋（p1、p2、p3a、p3b）的结合频率 [1] 3. K-Ras配体结合的SNR收敛性实验：将配体（雌二醇、茚地那韦、BZI、0QV、0QW）与K-Ras进行5–256个对接构象的全局对接（无过滤）；计算SNR值评估收敛性（雌二醇和茚地那韦因靶向单一位点显示恒定SNR，其他配体的SNR随对接构象数增加趋于收敛）；SNR的累积方差随构象数增加而降低 [1] |
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| 动物实验 |
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| 参考文献 | |||
| 其他信息 |
1. K-Ras-IN-1 (K-Ras-targeting small molecules) bind to allosteric sites on K-Ras ensembles; LIBSA is a novel protocol to analyze ligand-binding preference to specific allosteric sites on receptor ensembles, using filtering algorithms and SNR to quantify relative binding frequency at different pockets [1]
2. LIBSA facilitates screening of ligand libraries against large receptor conformation libraries without prior knowledge of specific pockets, enabling triage of ligands by binding site preference instead of affinity alone [1] 3. K-Ras is a key oncoprotein, and Sos-mediated activation of K-Ras is critical for tumorigenesis; small molecules (e.g., 13) that bind to GDP-K-Ras and block K-Ras-Sos interaction represent a novel strategy for targeting K-Ras [2] 4. GDP-K-Ras exists in "closed" and "open" conformations; small molecules (2, 4, 5, 6, 13) bind to the "open" form of GDP-K-Ras at a hydrophobic pocket adjacent to an electronegative cleft, inhibiting Sos-mediated activation [2] |
| 分子式 |
C11H13NOS
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|---|---|---|
| 分子量 |
207.29
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| 精确质量 |
207.071
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| 元素分析 |
C, 63.74; H, 6.32; N, 6.76; O, 7.72; S, 15.47
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| CAS号 |
84783-01-7
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| 相关CAS号 |
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| PubChem CID |
551134
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| 密度 |
1.3±0.1 g/cm3
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| 沸点 |
332.1±44.0 °C at 760 mmHg
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| 闪点 |
154.7±28.4 °C
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| 蒸汽压 |
0.0±0.7 mmHg at 25°C
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| 折射率 |
1.668
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| LogP |
2.06
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| tPSA |
55.6
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| 氢键供体(HBD)数目 |
1
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| 氢键受体(HBA)数目 |
2
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| 可旋转键数目(RBC) |
1
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| 重原子数目 |
14
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| 分子复杂度/Complexity |
213
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
S=C(N1CCCC1)C1C(O)=CC=CC=1
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| InChi Key |
QIKLOVZAPGSYNO-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C11H13NOS/c13-10-6-2-1-5-9(10)11(14)12-7-3-4-8-12/h1-2,5-6,13H,3-4,7-8H2
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| 化学名 |
(2-hydroxyphenyl)-pyrrolidin-1-ylmethanethione
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| 别名 |
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
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| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
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| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (12.06 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (12.06 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (12.06 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 4.8242 mL | 24.1208 mL | 48.2416 mL | |
| 5 mM | 0.9648 mL | 4.8242 mL | 9.6483 mL | |
| 10 mM | 0.4824 mL | 2.4121 mL | 4.8242 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
Ribbon and molecular surface representations of the X-ray co-crystal structures of GDP-K-Ras complexed to: a)4(PDB code 4EPV), b)5(PDB code 4EPW), c)2(PDB code 4EPT) and d)6(PDB code 4EPX).Angew Chem Int Ed Engl.2012 Jun 18;51(25):6140-3. |
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Electrostatic surface representations of GDP-K-Ras a) in the absence of a ligand (PDB code 4EPR) and b) in the “open” form showing the primary hydrophobic binding pocket and the adjacent electronegative cleft. c) Schematic representation of the transition of GDP-K-Ras from the “closed” form (green) to the “open” form (cyan).Angew Chem Int Ed Engl.2012 Jun 18;51(25):6140-3. |
a) Ribbon and molecular surface representations of GDP-bound K-Ras complexed to13(PDB code 4EPY). b) K-Ras/13X-ray structure overlaid with a previously reportedRas-Sos complex crystal structure (PDB code 1BKD). Angew Chem Int Ed Engl.2012 Jun 18;51(25):6140-3. |
GGTI-286
SOS1-IN-3
KRAS G12C inhibitor 44
Rac1 Inhibitor W56
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COA
粤公网安备 44011102003439号
463611831
