ML349

别名: ML-349; ML349; ML 349.

目录号: V4495 纯度: ≥98%

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ML349 (ML-349) 是一种新型、有效、可逆、高选择性和特异性的酰基蛋白硫酯酶 2 (APT-2) 抑制剂，Kiof 120 nM。

ML349 CAS号: 890819-86-0
产品类别: Phospholipase

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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纯度: ≥98%

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产品描述
生物活性&实验参考方法
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产品描述

ML349 (ML-349) 是一种新型、有效、可逆、高选择性和特异性酰基蛋白硫酯酶 2 (APT-2) 抑制剂，Ki 为 120 nM。 ML349 也是 LYPLA2 的抑制剂，IC50 为 144 nM。尽管 ML349 在丝氨酸水解酶家族中具有高度选择性，但它仍然可以与其他细胞靶标相互作用。在人类细胞裂解物中，生物素化的 ML349 富集了一组重复出现的蛋白质，包括代谢激酶和黄素依赖性氧化还原酶，这些酶可能通过亲和力驱动的多聚体相互作用而增强。 ML349 在活体小鼠中实现了靶点接合和水解酶选择性。

生物活性&实验参考方法

靶点	Ki: 120 nM (APT-2)[1] IC50: 144 nM (LYPLA2)[2] ML349 inhibits acyl protein thioesterase 1 and 2 (APT-1 and APT-2) with a Kis of >10000 and 120±20 nM, in that order[1]. Additionally, ML349 inhibits LYPLA1 and LYPLA2, with IC50 values of > 3000 and 144 nM, respectively[2]. ML348 and ML349 cause a slight activation of AKT in NRAS mutant cells, but they do not reduce cell viability[3].
体外研究 (In Vitro)	ML349 抑制酰基蛋白硫酯酶 1 和 2（APT-1 和 APT-2），Kis 依次为 >10000 和 120±20 nM[1]。此外，ML349 抑制 LYPLA1 和 LYPLA2，IC50 值分别 > 3000 和 144 nM[2]。 ML348 和 ML349 会导致 NRAS 突变细胞中 AKT 轻微激活，但不会降低细胞活力[3]。在利用荧光底物乙酸试卤灵 (ResOAc) 进行的稳态动力学分析中，ML349 对重组人 APT2 酶活性表现出强效和选择性抑制，Ki 值约为 200-300 nM [1]。合成了荧光素偶联的衍生物 ML349-FL，并通过荧光偏振分析用于确认其与 APT2 活性位点的直接结合，该结合不依赖于催化活性 [1]。 ML349 的结合能稳定 APT2 蛋白，通过差示扫描荧光法和热位移实验显示，其热熔解温度 (Tm) 提高了约 5.2 °C [1]。 ML349 的砜基对其抑制活性至关重要；外消旋的亚砜衍生物显示出残余抑制活性，而硫醚衍生物则完全丧失了结合能力 [1]。分子动力学模拟表明，ML349 的砜基氧原子通过水分子介导的氢键与催化三联体和氧阴离子空穴相互作用，从而最小化活性位点的无序性，有助于形成稳定的复合物 [1]。使用环境敏感的荧光脂质 BODIPY-FL-C16 进行的竞争实验证实，ML349 占据了 APT2 中的一个疏水酰基结合通道，测得 BODIPY-FL-C16 与 APT2 结合的 Kd 为 2.8 ± 0.5 μM [1]。产物竞争实验表明，水解产物油酸可以与 ML349-FL 竞争结合 APT2，但观察到的 IC50 值高于该脂质的临界胶束浓度 [1] 。
酶活实验	进行稳态动力学分析以确定抑制常数 (Ki)。使用荧光底物乙酸试卤灵 (ResOAc)。反应在测定缓冲液中进行，通过监测荧光强度（激发/发射）随时间增加来跟踪水解过程。测定初始反应速率，并将数据拟合到适当的抑制模型，以计算 ML349 及其类似物对野生型和突变型 APT2 酶的 Ki 值 [1]。进行荧光偏振分析以测量 ML349-FL 偶联物与 APT2 的直接结合。将浓度递增的 APT2 与固定浓度的 ML349-FL 孵育。测量偏振值，并将数据拟合到结合等温线以确定解离常数 (Kd)。进行竞争实验时，先将 APT2 与未标记的抑制剂（如 ML349、HDFP 或类似物）预孵育，然后加入 ML349-FL 以评估置换情况 [1]。酰基结合实验利用了环境敏感的荧光团 BODIPY-FL-C16。将亚胶束浓度的 BODIPY-FL-C16 与浓度递增的 APT1 或 APT2 孵育。监测其结合疏水口袋后荧光强度的增加。生成饱和曲线以确定脂质结合的 Kd。进行竞争实验时，先将酶与 ML349 等抑制剂预孵育，然后再加入 BODIPY-FL-C16 [1] 。
细胞实验	将细胞以每孔 4000 至 8000 个细胞的密度接种在 96 孔板中，并在 37°C、5% CO2 下孵育 24 小时。然后用增加的药物（包括 ML349）浓度及其组合处理细胞。根据制造商的方案通过细胞活力测定来测量细胞活力。
参考文献	[1]. Molecular Mechanism for Isoform-Selective Inhibition of Acyl Protein Thioesterases 1 and 2 (APT1 and APT2). ACS Chem Biol. 2016 Dec 16;11(12):3374-3382. [2]. Characterization of a Selective, Reversible Inhibitor of Lysophospholipase 2 (LYPLA2). [3]. Acyl protein thioesterase 1 and 2 (APT-1, APT-2) inhibitors palmostatin B, ML348 and ML349 have different effects on NRAS mutant melanoma cells. Oncotarget. 2016 Feb 9;7(6):7297-306.
其他信息	ML349 是一种哌嗪酰胺类抑制剂，其结构中包含一个硫色烯砜杂环[1]。其分子机制涉及占据 APT2 中催化三联体（Ser122、His210、Asp176）附近的疏水性酰基结合通道，从而阻断底物进入[1]。与经典的过渡态类似物不同，ML349 的磺酰基并不直接与催化残基配位，而是与氧阴离子孔（Gln123 和 Leu33 的主链酰胺）以及催化组氨酸（His210）形成间接的、水介导的氢键网络[1]。抑制剂的选择性受 β5-α2 环（例如 APT2 中的 Leu78、Ala85、Pro86）和 G3 螺旋（例如 His152、 APT2 的 Arg153) 残基与 APT1 相比，形成了一种不同的结合环境。这些残基的相互突变可以改变两种亚型之间的抑制剂选择性 [1]。 APT2-ML349 复合物的结构已通过 X 射线晶体衍射法解析，分辨率为 1.64 Å（PDB 代码：5SYN）[1]。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C23H22N2O4S2
分子量	454.561783313751
精确质量	454.102
CAS号	890819-86-0
PubChem CID	16193817
外观&性状	White to yellow solid powder
LogP	3.4
tPSA	104
氢键供体(HBD)数目	0
氢键受体(HBA)数目	6
可旋转键数目(RBC)	3
重原子数目	31
分子复杂度/Complexity	754
定义原子立体中心数目	0
SMILES	C1(=CC2=C(C3=CC=CC=C3S(=O)(C2)=O)S1)C(N1CCN(C2C=CC(=CC=2)OC)CC1)=O
InChi Key	JIFSCAIWCCQTRF-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C23H24N2O4S2/c1-29-18-8-6-17(7-9-18)24-10-12-25(13-11-24)23(26)20-14-16-15-31(27,28)21-5-3-2-4-19(21)22(16)30-20/h2-9,14,16,22H,10-13,15H2,1H3
化学名	(5,5-dioxido-3a,9b-dihydro-4H-thieno[3,2-c]thiochromen-2-yl)(4-(4-methoxyphenyl)piperazin-1-yl)methanone
别名	ML-349; ML349; ML 349.
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~20 mg/mL (~44.00 mM) H2O : < 0.1 mg/mL
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: 2 mg/mL (4.40 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.0 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80 +，混匀；然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~20 mg/mL (~44.00 mM)
H2O : < 0.1 mg/mL

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: 2 mg/mL (4.40 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 20.0 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80 +，混匀；然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.1999 mL	10.9996 mL	21.9993 mL
	5 mM	0.4400 mL	2.1999 mL	4.3999 mL
	10 mM	0.2200 mL	1.1000 mL	2.1999 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。