PFI-4

别名: PFI 4; PFI4; PFI-4.

目录号: V0416 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

PFI-4 是一种新型、有效、细胞渗透性和选择性的溴结构域和 PHD 含指蛋白 1 (BRPF1) 抑制剂，具有抗肿瘤活性。

PFI-4 CAS号: 900305-37-5
产品类别: Epigenetic Reader Domain

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

规格	价格	库存	数量
10 mM * 1 mL in DMSO
2mg
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
250mg
500mg
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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

纯度/质量控制文件

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纯度: ≥98%

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产品描述
生物活性&实验参考方法
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产品描述

PFI-4 是一种新型、有效、细胞渗透性、选择性的溴结构域和 PHD 含指蛋白 1 (BRPF1) 抑制剂，具有抗肿瘤活性。它抑制 BRPF1，IC50 为 80 nM。 PFI-4 通过特异性结合 BRPF1B 发挥作用，经 ITC 测定，Kd = 13 nM。它缩短了 FRAP 中三重 BRD 细胞构建体的恢复时间，并且在细胞中有效，IC50 为 250nM，同时对 BRPF1A 没有影响。 BRPF1A 可能充当由选择性剪接产生的 BRPF1 的显性负亚型。 BRPF1 存在 2 种不同的亚型：BRPF1A 和 BRPF1B。 BRPF1A ZA 环中的残基插入可防止与乙酰化组蛋白肽的结合。 BRPF1A 可能充当由选择性剪接产生的 BRPF1 的显性负亚型。

生物活性&实验参考方法

靶点	PFI-4 selectively targets the bromodomain (BD) of Bromodomain-PHD Fingers 1 (BRPF1), with an IC50 value of approximately 19 nM in homogeneous time-resolved fluorescence (HTRF) binding assays. It exhibits low affinity for other bromodomains in the BRPF family, including BRPF2 BD (IC50 > 1000 nM) and BRPF3 BD (IC50 > 1000 nM), and no significant binding to bromodomains from other families (e.g., BET family BRD4 BD1/BD2, CECR2 BD, BRD7 BD) with IC50 values all exceeding 1000 nM [2] - PFI-4 inhibits the BRPF1 bromodomain to disrupt its interaction with acetylated histones, thereby suppressing BRPF1-mediated transcriptional regulation. In osteoclast precursor cells, this targeting leads to reduced expression of osteoclast differentiation-related genes, with no detected activity against non-BRPF bromodomains [1]
体外研究 (In Vitro)	PFI-4（1.25 µM；7 或 11 天）抑制人破骨细胞的发育[1]。 PFI-4 以剂量依赖性方式抑制BRPF1 BD与组蛋白的结合。在HTRF实验中，浓度为100 nM时，可阻断90%以上的重组BRPF1 BD与荧光标记乙酰化组蛋白H4肽（H4K5ac/K8ac/K12ac/K16ac）的结合。此外，表面等离子体共振（SPR）分析证实PFI-4与BRPF1 BD直接结合，KD值约为25 nM [2] - PFI-4 抑制小鼠骨髓来源单核细胞（BMMs）向破骨细胞分化。在巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF）和核因子κB受体活化因子配体（RANKL）存在的条件下，用PFI-4（0.1、0.5、1 μM）处理BMMs 5天，与溶媒对照组相比，酒石酸抗性酸性磷酸酶（TRAP）阳性的多核破骨细胞（≥3个核）数量分别减少35%、58%和70%。实时定量PCR（qPCR）显示，1 μM PFI-4 可下调破骨细胞标志物基因的mRNA水平：TRAP（Acp5）降低65%、组织蛋白酶K（Ctsk）降低72%、活化T细胞核因子1（Nfatc1）降低68% [1] - PFI-4 对BMMs无显著细胞毒性。细胞活力实验（CCK-8）显示，用浓度高达5 μM的PFI-4处理72小时后，细胞活力仍保持在溶媒对照组的90%以上，表明其对破骨细胞分化的抑制作用并非由细胞毒性引起 [1]
酶活实验	基于HTRF的BRPF1 BD结合实验：在大肠杆菌中表达人源重组BRPF1 BD（1–110位氨基酸），并通过亲和层析纯化。实验在384孔板中进行，每孔总体系为20 μL，包含50 nM BRPF1 BD、20 nM荧光标记乙酰化组蛋白H4肽（FAM-H4K5ac/K8ac/K12ac/K16ac）及系列浓度的PFI-4（0.001–1000 nM）。混合物在室温孵育1小时后，加入10 μL抗GST-Tb穴状化合物抗体（用于检测GST标签标记的BRPF1 BD）。使用酶标仪检测HTRF信号（FAM与Tb穴状化合物之间的荧光共振能量转移），通过四参数逻辑回归模型拟合量效曲线计算IC50值 [2] - BRPF1 BD的SPR结合实验：通过胺偶联法将重组BRPF1 BD固定在CM5传感芯片上，表面密度约为200响应单位（RU）。将PFI-4用运行缓冲液（10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、0.05% Tween-20）配制为0.01、0.03、0.1、0.3、1、3、10 μM的浓度，以30 μL/min的流速注入芯片表面。监测120秒的结合相和300秒的解离相，每次注射后用10 mM甘氨酸-HCl（pH 2.5）再生芯片表面。使用SPR数据分析软件，通过1:1朗缪尔结合模型拟合传感图，计算KD值 [2] - TRAP酶活实验：将小鼠BMMs接种于96孔板，用M-CSF（30 ng/mL）和RANKL（50 ng/mL）诱导分化为破骨细胞4天，第0天加入PFI-4（0–1 μM）。第4天，用4%多聚甲醛固定细胞10分钟，0.1% Triton X-100透化5分钟，然后在37°C下用TRAP染色液（含萘酚AS-MX磷酸酯和固红紫）孵育1小时，在光学显微镜下计数TRAP阳性细胞。定量TRAP活性时，制备细胞裂解液，将反应混合物（裂解液+柠檬酸缓冲液pH 5.0中的对硝基苯磷酸底物）在37°C孵育30分钟，检测405 nm处吸光度，并将TRAP活性归一化至总蛋白浓度 [1]
细胞实验	细胞活力测定[1] 细胞类型：破骨细胞测试浓度： 1.25 µM 孵育时间： 7 或11天实验结果：显着减少破骨细胞中MMP9的分泌。小鼠BMM破骨细胞分化实验：从6–8周龄C57BL/6小鼠的股骨和胫骨中分离骨髓细胞，通过密度梯度离心富集单核细胞，以5×104个细胞/孔接种于24孔板。用含10%胎牛血清和M-CSF（30 ng/mL）的α-MEM培养基培养24小时，获得贴壁的BMMs。随后更换为含M-CSF（30 ng/mL）、RANKL（50 ng/mL）及系列浓度PFI-4（0.1、0.5、1 μM）或溶媒（0.1% DMSO）的新鲜培养基，每2天更换一次培养基。培养5天后，固定细胞并进行TRAP染色，计数TRAP阳性的多核破骨细胞（≥3个核） [1] - 破骨细胞标志物基因的qPCR分析：BMMs按上述破骨细胞分化实验方法处理，培养第4天用RNA提取试剂盒提取总RNA，通过逆转录合成cDNA。使用Acp5（TRAP）、Ctsk（组织蛋白酶K）、Nfatc1及内参基因Gapdh（甘油醛-3-磷酸脱氢酶）的特异性引物进行qPCR，采用2-ΔΔCt法计算相对mRNA表达水平 [1] - HEK293T细胞BRPF1依赖性转录实验：将HEK293T细胞以2×105个细胞/孔接种于12孔板，转染含BRPF1响应启动子的荧光素酶报告质粒、BRPF1表达质粒及海肾荧光素酶质粒（内参对照）。转染24小时后，用PFI-4（0.01、0.1、1、10 μM）或溶媒处理细胞16小时。使用双荧光素酶报告基因检测系统测定荧光素酶活性，将萤火虫荧光素酶活性归一化至海肾荧光素酶活性。结果显示，PFI-4 抑制BRPF1依赖性荧光素酶活性的IC50约为35 nM [2]
动物实验
参考文献	[1]. Selective Targeting of Bromodomains of the Bromodomain-PHD Fingers Family Impairs Osteoclast Differentiation. ACS Chem Biol. 2017 Oct 20;12(10):2619-2630. [2]. 1,3-Dimethyl Benzimidazolones Are Potent, Selective Inhibitors of the BRPF1 Bromodomain. (2014) ACS Med Chem Lett. 5(11):1190-1195.
其他信息	PFI-4是首个被报道的强效且选择性的BRPF1溴结构域抑制剂，属于1,3-二甲基苯并咪唑酮类化合物。它的研发满足了研究BRPF1生物学功能的工具化合物的需求，BRPF1参与染色质重塑以及与发育和代谢相关的基因的转录调控[2]。PFI-4抑制破骨细胞分化的能力表明其在骨吸收性疾病（如骨质疏松症和类风湿性关节炎）的治疗中具有潜在的应用价值。 PFI-4 通过靶向 BRPF1，干扰破骨细胞成熟所需的转录程序，且在治疗浓度下不影响破骨细胞前体的活力 [1]。 - BRPF1 与组蛋白乙酰转移酶 (HAT)（如 MOZ 和 MORF）形成复合物，PFI-4 阻断 BRPF1 与乙酰化组蛋白的相互作用，从而抑制 HAT 复合物乙酰化组蛋白和激活基因转录的能力。这种机制解释了其对 BRPF1 依赖性基因表达和破骨细胞分化的抑制作用 [1, 2]。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式

C21H24N4O3

分子量

380.44

精确质量

380.184

CAS号

900305-37-5

相关CAS号

900305-37-5

PubChem CID

40642506

外观&性状

Light green to green solid powder

密度

1.3±0.1 g/cm3

沸点

512.1±50.0 °C at 760 mmHg

闪点

263.5±30.1 °C

蒸汽压

0.0±1.3 mmHg at 25°C

折射率

1.649

LogP

1.79

tPSA

65.1

氢键供体(HBD)数目

氢键受体(HBA)数目

可旋转键数目(RBC)

重原子数目

分子复杂度/Complexity

594

定义原子立体中心数目

SMILES

CN1C2=C(C=C(C(=C2)NC(=O)C3=CC=CC=C3OC)N4CCCC4)N(C1=O)C

InChi Key

QCIJLRJBZDBVDB-UHFFFAOYSA-N

InChi Code

InChI=1S/C21H24N4O3/c1-23-17-12-15(22-20(26)14-8-4-5-9-19(14)28-3)16(25-10-6-7-11-25)13-18(17)24(2)21(23)27/h4-5,8-9,12-13H,6-7,10-11H2,1-3H3,(H,22,26)

化学名

N-[2,3-Dihydro-1,3-dimethyl-2-oxo-6-(1-pyrrolidinyl)-1H-benzimidazol-5-yl]-2-methoxybenzamide

别名

PFI 4; PFI4; PFI-4.

HS Tariff Code

2934.99.9001

存储方式

Powder -20°C 3 years

4°C 2 years

In solvent -80°C 6 months

-20°C 1 month

运输条件

Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)

DMSO: 17 mg/mL (44.7 mM)

Water:<1 mg/mL

Ethanol:5 mg/mL (13.1 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.63 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 10.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.63 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 10.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.63 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 10.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中，混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.6285 mL	13.1427 mL	26.2854 mL
	5 mM	0.5257 mL	2.6285 mL	5.2571 mL
	10 mM	0.2629 mL	1.3143 mL	2.6285 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片