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PK11000

别名: PK 11007-analog; PK-11007-analog; PK11007-analog; PK11000; PK-11000; PK 11000
目录号: V4118 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
PK11000 是一种新型有效的 p53 靶向化合物和烷化剂，通过激活不稳定的 p53（肿瘤抑制因子 p53）而具有抗肿瘤活性。
PK11000 CAS号: 38275-34-2
产品类别: p53
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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纯度: ≥98%

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产品说明书
产品描述
PK11000 是一种新型、有效的 p53 靶向化学品，具有烷基化特性，通过激活不稳定的 p53（肿瘤抑制因子 p53）而具有抗肿瘤作用。 PK11000 有两种运作方式：p53 依赖型和 p53 独立型。通过选择性烷基化两个表面暴露的半胱氨酸，PK11000 保留了 p53 的 DNA 结合活性，同时在体外稳定了它。在一些癌细胞系中，PK11000 重新激活不稳定的 p53，从而增加 p53 靶基因（如 p21 和 PUMA）的表达。更一般地说，正如在抗癌药物 PRIMA-1(MET)(APR-246) 中观察到的那样，细胞死亡与 p53 无关，但依赖于谷胱甘肽的消耗，并与活性氧水平的高度升高和诱导内质网（ER）应激。 PK11000 可作为抗癌药物的先导药物，针对多种突变 p53 细胞中 p53 功能失调或活性氧 (ROS) 解毒功能受损的细胞。
生物活性&实验参考方法
靶点
p53
PK11000 (0-120 μM, 24 h) only slightly inhibits cancer cells with mutant p53[1].
PK11000 (0-50 μM, 5 d) shows anti-proliferation effects of breast cell lines[2].
体外研究 (In Vitro)
PK11000（0-120 μM，24 小时）仅轻微抑制 p53 突变的癌细胞[1]。 PK11000（0-50 μM，5 d）显示出乳腺细胞系的抗增殖作用[2]。
通过差示扫描荧光法（DSF）测定，1 mM的PK11000可使稳定的p53-Y220C DBD（T-p53C-Y220C）的熔解温度（Tm）升高ΔTm > 1.2 K。
ESI质谱分析证实，将T-p53C-Y220C与PK11000孵育会导致蛋白质质量特异性增加157 Da或314 Da，对应于半胱氨酸的单烷基化和双烷基化。即使在5 mM的化合物浓度下，最多也只有两个半胱氨酸（Cys182和Cys277）被烷基化。
通过500 nm光散射监测，PK11000抑制了T-p53C-Y220C的聚集，散射振幅的降低提示了共价加合物的形成。
HSQC NMR谱图显示，PK11000引起靠近Cys124、Cys182和Cys277残基的峰位移，表明在这些区域发生了结合/修饰。
PK11000不能烷基化细菌的N-乙酰神经氨酸裂解酶，表明其具有较低的普遍硫醇反应性，且对高亲核性、溶剂可及的半胱氨酸具有选择性。
通过¹H-NMR动力学测定，PK11000与谷胱甘肽反应的二级速率常数为1.37 L·mol⁻¹·s⁻¹，低于许多迈克尔受体，但处于治疗性硫醇反应剂的范围内。
结构类似物如PK11007和PK11010显示出更快的反应动力学和更强的p53稳定作用（ΔTm > 3 K），而其他取代基则会降低或消除活性。
PK11007（一种衍生物）在p53突变细胞系（如HUH-7、NUGC-3、MKN1）中比在p53野生型细胞系中更有效地降低细胞活力，在24小时处理后，有效浓度范围为15至30 μM。
PK11007在p53突变细胞系中上调了p53靶基因（p21、PUMA、MDM2）的蛋白和mRNA水平，提示部分恢复了其转录活性。
PK11007诱导细胞内ROS水平显著升高，尤其是在p53突变细胞中，并激活未折叠蛋白反应（UPR），表现为剪接型XBP-1和CHOP蛋白水平的增加。
PK11007介导的细胞死亡在很大程度上不依赖于caspase，并在某些细胞系（如HUH-7）中与膜完整性丧失相关。
与谷胱甘肽合成抑制剂丁硫氨酸 亚砜亚胺（BSO）联合处理，能协同增强PK11007在p53突变细胞中诱导的细胞死亡。
N-乙酰半胱氨酸（NAC）预处理可阻止PK11007介导的ROS升高，这可能是由于其抗氧化作用和与化合物直接形成加合物的共同结果。[1]
酶活实验
使用差示扫描荧光法（DSF）测定p53蛋白变体的熔解温度（Tm）。将蛋白质（8 μM）置于磷酸盐缓冲液（25 mM 磷酸钾，pH 7.2，150 mM NaCl，1 mM TCEP，5% DMSO）中，与SYPRO Orange染料混合。记录熔解曲线，通过比较化合物处理样品与DMSO对照的Tm来计算ΔTm值。实验重复三次。
对均匀¹⁵N标记的T-p53C-Y220C（75 μM）进行¹H-¹⁵N HSQC NMR光谱分析，化合物在测量前立即加入。光谱在293 K下采集，通过分析峰位移来定位化合物在蛋白质上的结合/修饰位点。
通过500 nm光散射监测蛋白质聚集动力学。在37°C磷酸盐缓冲液中，使用3 μM蛋白质。加入化合物后散射振幅的降低表明聚集被抑制，这与共价修饰一致。
使用X射线晶体学确定p53 Y220C DBD与PK11000复合物的结构。晶体用30 mM化合物浸泡4小时，快速冷冻，并在100 K下收集数据。通过分子置换法解析结构并进行精修，揭示了与Cys182共价修饰一致的电子密度。
使用电喷雾电离质谱（ESI-MS）检测共价修饰。将蛋白质（50 μM）与化合物在20°C孵育4小时，脱盐后，在ESI正离子模式下分析以测量对应于烷基化的质量位移。
使用¹H-NMR动力学测量PK11000与谷胱甘肽的反应速率。在含有DMSO-d6的磷酸盐缓冲液中，监测含有1 mM化合物和1 mM GSH的样品随时间的变化。通过对芳香质子峰积分计算加合物形成量，并将数据拟合到二级动力学方程。[1]
细胞实验
使用荧光细胞活力测定法评估细胞活力。将细胞（每孔7,500–15,000个）接种于96孔板中，过夜孵育，然后用PK11007或DMSO处理23-24小时。加入活力试剂，孵育45分钟后测量荧光。部分实验使用发光法活力检测。实验重复四次。
对于p53敲低，使用转染试剂将人源特异性p53 siRNA转染入细胞。对照组细胞接受非靶向siRNA。通过Western blot确认敲低效率。
进行Western blot分析以评估蛋白水平。细胞用PK11007处理3-6小时，裂解后测定蛋白浓度。样品（每泳道20 μg）通过SDS-PAGE分离，转印至PVDF膜，封闭后与一抗（如抗p53、p21、PUMA、MDM2、GSTP1、CHOP、XBP-1、β-肌动蛋白抗体）孵育，再用HRP偶联的二抗孵育。使用化学发光底物和X光胶片进行检测。
使用实时定量PCR量化mRNA水平。细胞用PK11007或DMSO处理4.5-6小时。提取总RNA，逆转录为cDNA，使用SYBR Green通过实时定量PCR进行定量。使用标准曲线法确定相对mRNA水平，样品重复三次。
使用多重检测法测量Caspase-3/7活性和细胞毒性。细胞用化合物处理6小时，然后加入Caspase-Glo 3/7试剂。记录发光（caspase活性）和荧光（细胞毒性）信号。
使用细胞渗透性荧光探针检测细胞内活性氧物种（ROS）水平。细胞用PK11007处理1.5小时，用探针染色30分钟，然后通过流式细胞术测量活细胞的中值荧光，重复三次。[1]
参考文献

[1]. 2-Sulfonylpyrimidines: Mild alkylating agents with anticancer activity toward p53-compromised cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Sep 6;113(36):E5271-80.

[2]. Mutant p53 as a therapeutic target for the treatment of triple-negative breast cancer: Preclinical investigation with the anti-p53 drug, PK11007. Cancer Lett. 2018 Feb 1;414:99-106.
其他信息
PK11000 and its analogs belong to a novel class of thiol-reactive anticancer agents, 2-sulfonylpyrimidines. They function as mild electrophiles that selectively alkylate solvent-exposed, highly nucleophilic cysteine residues under physiological conditions.
The primary anticancer mechanism involves two potential routes: 1) p53-dependent, via stabilization and partial reactivation of mutant p53, leading to upregulation of pro-apoptotic target genes; and 2) p53-independent, involving depletion of cellular glutathione, elevation of reactive oxygen species (ROS), and induction of endoplasmic reticulum (ER) stress, ultimately leading to cell death.
These compounds show preferential cytotoxicity towards cancer cells with mutant or non-functional p53, or those with impaired ROS detoxification pathways, while exhibiting relatively low cytotoxicity towards normal cells.
The reactivity and biological activity of the 2-sulfonylpyrimidine core can be modulated by introducing different substituents, allowing for fine-tuning of selectivity and potency. [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C6H5CLN2O4S
分子量
236.63
精确质量
235.966
元素分析
C, 30.46; H, 2.13; Cl, 14.98; N, 11.84; O, 27.05; S, 13.55
CAS号
38275-34-2
相关CAS号
38275-34-2
PubChem CID
1241459
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
1.312
tPSA
105.6
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
14
分子复杂度/Complexity
325
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ClC1=C([H])N=C(N=C1C(=O)O[H])S(C([H])([H])[H])(=O)=O
InChi Key
WZUPWJVRWIVWEF-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C6H5ClN2O4S/c1-14(12,13)6-8-2-3(7)4(9-6)5(10)11/h2H,1H3,(H,10,11)
化学名
5-chloro-2-methylsulfonylpyrimidine-4-carboxylic acid
别名
PK 11007-analog; PK-11007-analog; PK11007-analog; PK11000; PK-11000; PK 11000
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: ≥ 40mg/mL
Water: ≥ 40mg/mL
Ethanol: ≥ 20mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (10.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。
配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (10.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。
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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (10.57 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

配方 4 中的溶解度: 20 mg/mL (84.52 mM) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶.

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.2260 mL 21.1300 mL 42.2601 mL
5 mM 0.8452 mL 4.2260 mL 8.4520 mL
10 mM 0.4226 mL 2.1130 mL 4.2260 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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