PLpro inhibitor

别名: PLpro inhibitor, KOM70144; KOM-70144; KOM 70144; 5-乙酰基氨基-2-甲基-n-(1r-萘-1-基-乙基)苯甲酰胺;5-(乙酰氨基)-2-甲基-N-[(1R)-1-(1-萘基)乙基]苯甲酰胺;5-乙酰-2-甲基-N-(1R-萘-1-基乙基)-苯甲酰胺
目录号: V33931 纯度: ≥98%
PLpro抑制剂是一种木瓜蛋白酶(PLpro)抑制剂(拮抗剂),IC50为2.6 µM。
PLpro inhibitor CAS号: 1093070-14-4
产品类别: DUB
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
PLpro抑制剂是一种木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)抑制剂(拮抗剂),IC50为2.6 µM。PLpro抑制剂也能抑制SARS-CoV-2 PLpro,IC50为5.0 µM,EC50为21.0 µM。
(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺(化合物6)是一种萘基非共价抑制剂,可抑制SARS-CoV的木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro),它是先导化合物合成优化的产物。它对SARS-CoV PLpro的抑制IC50为2.6 ± 0.1 μM。 [1] 后续研究表明,(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺也能抑制SARS-CoV-2 PLpro,IC50为5.0 μM,并且对SARS-CoV-2具有抗病毒活性,EC50为21.0 μM,未观察到细胞毒性。[2]
生物活性&实验参考方法
靶点
(Papain-like protease (PLpro)(IC50 = 2.6 µM);SARS-CoV-2 PLpro(IC50 = 5.0 µM);SARS-CoV-2 PLpro(EC50= 21.0 µM)
SARS-CoV papain-like protease (PLpro) – IC50 = 2.6 ± 0.1 μM for (R)-5-acetamido-2-methyl-N-(1-(naphthalen-1-yl)ethyl)benzamide. [1]
SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) – IC50 = 5.0 μM for (R)-5-acetamido-2-methyl-N-(1-(naphthalen-1-yl)ethyl)benzamide. [2]
体外研究 (In Vitro)
PLpro抑制剂能强效抑制冠状病毒(SARS-CoV)产生的木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)。PLpro抑制剂的IC50值为2.6 μM。其EC50值为13.1 μM,表明该PLpro抑制剂具有强效抗病毒活性,且在最高测试浓度下安全性良好。值得注意的是,PLpro的体外抑制作用与抗病毒效力呈正相关,表明该化合物直接作用于细胞内的酶[1][2]。化合物6(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺对SARS-CoV PLpro的抑制IC50值为2.6 ± 0.1 μM。与相应的氨基化合物相比,在邻甲基苯环的R3位引入NHAc基团对IC50值的影响很小。 [1] (R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺在肽-AMC底物(50 μM)存在下,对SARS-CoV-2 PLpro活性具有抑制作用,IC50值为5.0 μM。此外,该化合物在Vero E6细胞中对SARS-CoV-2(USA-WA1/2020分离株)也表现出抗病毒活性,EC50值为21.0 μM。在所测试的浓度范围内未观察到细胞毒性。[2]
体内研究 (In Vivo)
(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺在 Vero E6 细胞中对 SARS-CoV-2(USA-WA1/2020 分离株)表现出抗病毒活性,EC50 为 21.0 μM。在所测试的浓度下未观察到细胞毒性。[2]
酶活实验
对于 SARS-CoV-2 PLpro,IC50 测定采用 100 nM 酶、50 μM 肽-AMC,溶于 98% 测定缓冲液(100 mM NaCl、50 mM Hepes pH 7.5、0.01 mg/ml BSA、5 mM DTT)中,并添加 2% DMSO,抑制剂浓度范围为 1.25 μM 至 20 μM 或高达 100 μM,具体取决于化合物。测量 AMC 裂解的荧光强度。IC50 计算使用 Prism8 软件进行。[2]
在之前的研究中,SARS-CoV PLpro 的 IC50 测定是在 96 孔板中手动进行的,每个样品重复两次,使用 50 μM RLRGG-AMC 底物、2% DMSO 和不同浓度的抑制剂(0–200 μM)。反应进程被持续监测(激发波长 360 nm,发射波长 460 nm)。数据拟合为 νi = ν0/(1+[I]/IC50)。[1]
细胞实验
对于 SARS-CoV-2,将 Vero E6 细胞以 3 × 10⁵ 个细胞/孔的密度接种于 12 孔板中,用 8,000 PFU/孔的 SARS-CoV-2(USA-WA1/2020 分离株)感染,同时加入浓度分别为 15、30、45、65 和 80 μM 的 (R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺,并在 37 °C、5% CO₂ 条件下孵育 66 小时。固定细胞并用结晶紫染色以确定噬斑数。使用 Prism8 计算 EC50 值。使用生物测定法(Lonza Toxilight)评估化合物处理 Vero E6 细胞 72 小时后的细胞毒性。[2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
通过细胞毒性生物测定评估,(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺在浓度高达 80 μM(最高测试浓度)时,对 Vero E6 细胞未显示出细胞毒性。[2]
参考文献

[1]. A noncovalent class of papain-like protease/deubiquitinase inhibitors blocks SARS virus replication. Proc Natl Acad Sci U S A, 2008. 105(42): p. 16119-24.

[2]. Characterization and Noncovalent Inhibition of the Deubiquitinase and deISGylase Activity of SARS-CoV-2 Papain-Like Protease. ACS Infect Dis. 2020 May 19.

其他信息
KOM70144 是一种苯甲酰胺类化合物,是 GRL-0617 的衍生物,其伯氨基上的氢原子被乙酰基取代。它能抑制 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro),IC50 值分别为 2.6 μM 和 5.0 μM。此外,它还能在体外抑制 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 对 Vero E6 细胞的感染(EC50 值分别为 13.1 μM 和 21 μM)。它具有蛋白酶抑制剂和抗冠状病毒药物的双重活性。KOM70144 属于萘、苯甲酰胺、仲羧酰胺和乙酰胺类化合物。其功能与 GRL-0617 相关。
(R)-5-乙酰氨基-2-甲基-N-(1-(萘-1-基)乙基)苯甲酰胺(化合物 6)是一种萘基非共价 PLpro 抑制剂。在合成优化系列中,与氨基类似物 GRL0617 相比,在邻甲基苯环的 R3 位引入 NHAc 基团后,对 SARS-CoV PLpro 的 IC50 值几乎没有变化(2.6 μM 对比 GRL0617 的 0.6 μM)。[1] 对于 SARS-CoV-2,它是与 GRL0617 一起测试的化合物之一,显示出对 PLpro 的中等抑制作用和抗病毒活性。[2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H22N2O2
分子量
346.42228
精确质量
346.168
元素分析
C, 76.28; H, 6.40; N, 8.09; O, 9.24
CAS号
1093070-14-4
PubChem CID
44235889
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
5.303
tPSA
65.18
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
2
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
506
定义原子立体中心数目
1
SMILES
O=C(C1=CC(NC(C)=O)=CC=C1C)N[C@H](C)C2=C(C=CC=C3)C3=CC=C2
InChi Key
KGPYBLOBHQLIET-OAHLLOKOSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H22N2O2/c1-14-11-12-18(24-16(3)25)13-21(14)22(26)23-15(2)19-10-6-8-17-7-4-5-9-20(17)19/h4-13,15H,1-3H3,(H,23,26)(H,24,25)/t15-/m1/s1
化学名
(R)-5-acetamido-2-methyl-N-(1-(naphthalen-1-yl)ethyl)benzamide
别名
PLpro inhibitor, KOM70144; KOM-70144; KOM 70144;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : 69~100 mg/mL ( 199.18~288.67 mM )
Ethanol : ~35 mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.22 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.22 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8867 mL 14.4333 mL 28.8667 mL
5 mM 0.5773 mL 2.8867 mL 5.7733 mL
10 mM 0.2887 mL 1.4433 mL 2.8867 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • High-throughput screening using a ubiquitin-like peptide substrate identifies a PLpro inhibitor. [1].Proc Natl Acad Sci U S A, 2008. 105(42): p. 16119-24.
  • PLpro inhibitors follow a structure–activity relationship and have antiviral activity against SARS coronavirus. [1].Proc Natl Acad Sci U S A, 2008. 105(42): p. 16119-24.
  • Inhibitor GRL0617 binds within the S3 and S4 subsites of PLpro and induces loop closure over the inhibitor. [1].Proc Natl Acad Sci U S A, 2008. 105(42): p. 16119-24.
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