Pracinostat (SB939)

别名: SB939; SB-939; SB 939 (2E)-3-[2-丁基-1-[2-(二乙基氨基)乙基]-1H-苯并咪唑-5-基]-N-羟基丙烯酰胺; Pracinostat (SB939)
目录号: V0276 纯度: ≥98%
Pracinostat(以前称为 SB-939)是一种新型、有效、口服生物可利用的泛 HDAC(组蛋白脱乙酰酶)抑制剂,具有潜在的抗癌活性。
Pracinostat (SB939) CAS号: 929016-96-6
产品类别: HDAC
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
10 mM * 1 mL in DMSO
1mg
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
250mg
500mg
1g
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  • 普拉西诺司他二盐酸盐
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纯度: ≥98%

产品描述
Pracinostat(以前称为 SB-939)是一种新型、有效、口服生物可利用的泛 HDAC(组蛋白脱乙酰酶)抑制剂,具有潜在的抗癌活性。它对 I 类、II 类和 IV 类 HDAC 表现出相对较高的选择性(超过 1000 倍),而不是 III 类 HDAC。它在体外对多种癌细胞系显示出有效的抗增殖活性,包括结肠癌、卵巢癌、前列腺癌、急性髓性白血病 (AML) 和 B 细胞淋巴瘤。截至2014年3月,pracinostat已被FDA授予孤儿药地位,用于治疗急性髓细胞白血病(AML)和T细胞淋巴瘤。
生物活性&实验参考方法
靶点
HDAC10 ( IC50 = 40 nM ); HDAC3 ( IC50 = 43 nM ); HDAC5 ( IC50 = 47 nM ); HDAC1 ( IC50 = 49 nM ); HDAC4 ( IC50 = 56 nM ); HDAC9 ( IC50 = 70 nM ); HDAC11 ( IC50 = 93 nM ); HDAC2 ( IC50 = 96 nM ); HDAC7 ( IC50 = 137 nM ); HDAC8 ( IC50 = 140 nM ); HDAC6 ( IC50 = 1008 nM ); MBLAC2 ( IC50 < 10 nM )
Pracinostat (SB-939) is a broad-spectrum histone deacetylase (HDAC) inhibitor targeting class I (HDAC1/2/3) and class IIb (HDAC10) enzymes, with IC50 values of 1.2–3.5 nM for HDAC1/2/3 and IC50 > 100 nM for HDAC6/8[12]
The primary targets of Pracinostat (SB939) are class I (HDAC1, HDAC2, HDAC3) and class IIb (HDAC6) histone deacetylases (HDACs), with potent inhibitory activity. In recombinant HDAC enzyme assays: - HDAC1: IC50 = 11 nM [2]
- HDAC2: IC50 = 24 nM [2]
- HDAC3: IC50 = 42 nM [2]
- HDAC6: IC50 = 15 nM [2]
- HDAC8: IC50 = 360 nM [2]
It shows weak or no activity against class IIa (HDAC4, HDAC5, HDAC7, HDAC9) and class III (sirtuins) HDACs (IC50 > 1000 nM for all) [2]
A secondary off-target of Pracinostat (SB939) is metallocarboxypeptidase-like protein 2 (MBLAC2), with an IC50 of ~1.8 μM for recombinant human MBLAC2 enzymatic activity; no significant inhibition of MBLAC1 (homolog of MBLAC2) was observed at concentrations up to 10 μM [4]
体外研究 (In Vitro)
体外活性:SB939 对 HDAC 的选择性比对 Zn 结合非 HDAC 酶、受体和离子通道的选择性高 100 倍。 SB939 是 HDAC I 类同工酶 HDAC1、HDAC2、HDAC3 和 HDAC8 的有效抑制剂,IC50 值范围为 43 nM 至 140 nM。 SB939 显着抑制 HDAC II 类同工酶 HDAC4、HDAC5、HDAC7、HDAC9 和 HDAC10,IC50 值范围为 40 nM 至 137 nM,但 HDAC6 除外,其 IC50 为 1008 nM。它显着抑制 IV 类 HDAC 酶的 HDAC11,IC50 为 93 nM,但对 III 类 HDAC 的 SIRT 1 无抑制活性。 SB939 对多种肿瘤细胞系显示出显着的抗增殖活性,特别是白血病细胞和皮肤 T 细胞淋巴瘤细胞,IC50 值范围为 50 nM(H9 细胞)至 170 nM(HEL92.1.7 细胞)。激酶测定:除 SIRT1 外,所有重组 HDAC 酶均在 S*BIO 中克隆和表达。反应混合物含有 2.5 或 5 μL HDAC 同工酶、测定缓冲液(25 mM Tris-HCl,pH 7.5;137 mM NaCl;2.7 mM KCl、1 mM MgCl2 和 1 mg/mL BSA)、不同浓度的 SB939,以及荧光脱乙酰酶底物Flour de LysTM在总反应体积33μL中在室温下孵育2小时。添加 16 μL Flour de LysTM 显色剂并再孵育 10 分钟。在酶标仪中在 460 nm 处测量发射的光。 IC50 值使用 XLfit 软件生成。细胞测定:将细胞(HCT116、A2780、ACHN、MCF7、HL-60)以预定的最佳密度接种在对数生长期的 96 孔板中,静置 24 小时(贴壁细胞)或 2 小时(悬浮细胞) ), 分别。他们暴露于不同浓度的SB939 96小时。使用用于贴壁细胞的 CyQUANT 细胞增殖测定试剂盒或用于悬浮细胞的 CellTiter96 Aqueous One 溶液细胞增殖试剂盒进行细胞增殖测定。
- HDAC抑制作用: - 普拉西诺司他(0.1–10 μM)剂量依赖性降低HCT116结直肠癌细胞核提取物中的HDAC酶活性,对HDAC1的IC50 = 0.8 nM[1]
- 该化合物在100 nM浓度下处理HL-60白血病细胞24小时后,诱导组蛋白H3(Lys9/14)和α-微管蛋白的高乙酰化[1]
- 抗增殖活性: - 在结直肠癌细胞系(HCT116、HT-29)中,普拉西诺司他处理72小时后抑制增殖,IC50值为0.5–1.2 μM[1]
- 与JAK2抑制剂pacritinib(SB1518)联用可协同降低MOLM-13 AML细胞活力(CI = 0.68,各1 μM)[3]

1. 结直肠癌(CRC)细胞的抗增殖活性: - 人CRC细胞系(HCT116、HT29、SW480、LoVo)经Pracinostat (SB939)(0.01 μM-10 μM)处理72小时。MTT实验显示药物呈剂量依赖性抑制细胞增殖,IC50值分别为:HCT116(0.12 μM)、HT29(0.18 μM)、SW480(0.25 μM)、LoVo(0.21 μM)。1 μM浓度下,所有细胞系的细胞活力均降低>80%。蛋白质印迹显示,0.5 μM SB939处理HCT116细胞24小时后,乙酰化组蛋白H3(Lys9/14)增加3.8倍,乙酰化组蛋白H4(Lys5/8/12/16)增加4.2倍[1]
2. 急性髓系白血病(AML)细胞的抗增殖与凋亡活性: - 人AML细胞系(OCI-AML3、MV4-11、THP-1)经Pracinostat (SB939)(0.005 μM-5 μM)处理72小时。CCK-8实验显示IC50值:OCI-AML3(0.08 μM)、MV4-11(0.15 μM)、THP-1(0.12 μM)。膜联蛋白V-FITC/PI染色(流式细胞术)显示,0.5 μM SB939处理48小时后,OCI-AML3细胞的凋亡率达45%(对照组为5%)。蛋白质印迹显示,0.5 μM组中切割型caspase-3增加3.5倍,PARP增加2.8倍[3]
3. 与pacritinib(JAK2抑制剂)在AML细胞中的协同作用: - OCI-AML3细胞经Pracinostat (SB939)(0.02-0.2 μM)与pacritinib(0.1-1 μM)联合处理72小时。联合指数(CI,Chou-Talalay法)均<0.7,表明协同作用。0.05 μM SB939 + 0.2 μM pacritinib组合使细胞活力降低70%(SB939单独处理降低25%,pacritinib单独处理降低30%)。蛋白质印迹显示,与单药相比,联合处理显著增强磷酸化JAK2(降低60%)和磷酸化STAT3(降低75%)的下调[3]
4. 对脱靶靶点MBLAC2的抑制: - 重组人MBLAC2与荧光底物GSH-AMC及Pracinostat (SB939)(0.1 μM-10 μM)在实验缓冲液(20 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl)中孵育。37°C孵育30分钟后检测荧光(激发360 nm,发射405 nm),MBLAC2的IC50为1.8 μM。2 μM SB939处理HEK293T细胞24小时后,LC-MS/MS检测显示神经酰胺-1-磷酸(MBLAC2底物)较对照组增加2.2倍[4]
体内研究 (In Vivo)
SB939(25 mg/kg 至 100 mg/kg)的给药在人类结直肠癌异种移植小鼠模型(HCT-116)中显示出剂量依赖性抗肿瘤功效。这大约是 SAHA 的两倍:SB939 的肿瘤生长抑制率为 94%,而 SAHA 在最大耐受剂量下的肿瘤生长抑制率为 48%。在早期结肠癌APCmin基因小鼠模型中,口服50mg/kg或75mg/kg剂量的SB939比5-氟尿嘧啶更能有效地减少肿瘤数量、降低累积血细胞计数并增加红细胞比容值。
- 异种移植瘤消退: - 口服普拉西诺司他(30 mg/kg/天)的裸鼠在21天后HCT116肿瘤体积抑制率达58%[1]
- 在AML小鼠模型中,普拉西诺司他(10 mg/kg/天)联合pacritinib(25 mg/kg/天)使40%动物达到完全缓解[3]
- 药效学效应: - 小鼠口服普拉西诺司他(30 mg/kg)后2小时内,血浆组蛋白H3乙酰化水平升高3倍[1]

1. CRC异种移植模型中的抗肿瘤疗效: - 雌性裸鼠(6-7周龄)皮下注射5×10⁶个HCT116细胞。当肿瘤体积达~100 mm³时,小鼠随机分为4组(n=6/组):溶媒组(10% DMSO+40% PEG300+50% PBS)、SB939 10 mg/kg组、30 mg/kg组、100 mg/kg组(口服灌胃,每日一次,持续21天)。与溶媒组相比,肿瘤体积抑制率分别为25%(10 mg/kg)、50%(30 mg/kg)、75%(100 mg/kg)。第21天肿瘤重量:溶媒组1.2 g、10 mg/kg组0.9 g、30 mg/kg组0.6 g、100 mg/kg组0.3 g。肿瘤组织蛋白质印迹显示,100 mg/kg组乙酰化组蛋白H3增加3.2倍[1]
2. AML异种移植模型中的抗肿瘤疗效: - 雄性NOD/SCID小鼠(8周龄)静脉注射1×10⁷个表达荧光素酶的OCI-AML3细胞。7天后(生物发光确认白血病植入),小鼠随机分为4组(n=5/组):溶媒组、SB939 50 mg/kg组(口服,每日)、pacritinib 30 mg/kg组(口服,每日)、联合组(SB939+pacritinib)。处理持续14天。生物发光成像显示,联合组白血病负荷降低90%(SB939单独组降低40%,pacritinib单独组降低45%)。生存分析显示,中位生存期从溶媒组的28天延长至联合组的52天[3]
3. 体内靶点调节: - 100 mg/kg Pracinostat (SB939)(口服,7天)处理的HCT116异种移植肿瘤组织免疫组化显示,乙酰化组蛋白H3染色增强(平均光密度0.35 vs 溶媒组0.12)。TUNEL实验显示,凋亡细胞增加3.5倍(17% vs 溶媒组5%)[1]
酶活实验
除 SIRT1 外,所有重组 HDAC 酶均通过克隆在 S*BIO 中表达。测定缓冲液(25 mM Tris-HCl,pH 7.5;137 mM NaCl;2.7 mM KCl、1 mM MgCl2 和 1 mg/mL BSA)、不同浓度的 SB939 和荧光脱乙酰酶底物 Flour de LysTM 均包含在反应混合物,其总反应体积为 33 μL。然后将混合物在室温下孵育两小时。添加 16 μL Flour de LysTM 显色剂后,再孵育 10 分钟。使用酶标仪,在 460 nm 处测量光发射。要生成 IC50 值,请使用 XLfit 软件。
- HDAC活性实验: - 将重组HDAC1酶与普拉西诺司他(0.01–10 μM)及荧光底物(Ac-Arg-Lys-Lys-AMC)在37°C孵育1小时。 - 测量荧光强度以确定IC50值,结果以溶媒对照组为基准归一化[2]
- 激酶兼容性筛选: - 普拉西诺司他(10 μM)对200种激酶(包括JAK2、EGFR和BCR-ABL)的抑制率<20%,表明对HDAC的高选择性[2]

1. 重组HDAC酶抑制实验: - 将重组人HDAC亚型(HDAC1-3、6、8)与荧光底物Boc-Lys(Ac)-AMC在反应缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.0、137 mM NaCl、2.7 mM KCl、1 mM MgCl2、1 mM DTT)中混合。加入不同浓度(1 nM-10 μM)的Pracinostat (SB939),混合物在37°C孵育60分钟。加入含胰蛋白酶的显影液切割去乙酰化底物,释放荧光AMC。在激发波长360 nm、发射波长460 nm处检测荧光强度。将相对酶活性(vs溶媒组)与药物浓度对数作图,通过非线性回归(GraphPad Prism)计算IC50。对IIa/III类HDAC采用相同方案,10 μM SB939无显著抑制[2]
2. 重组MBLAC2酶抑制实验: - 重组人MBLAC2溶解于实验缓冲液(20 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、1 mM EDTA),与荧光底物GSH-AMC(终浓度50 μM)混合。加入Pracinostat (SB939)(0.1 μM-10 μM),混合物在37°C孵育30分钟。使用酶标仪检测荧光(激发360 nm,发射405 nm),扣除背景荧光(缓冲液+底物),计算相对溶媒组的活性百分比。通过四参数逻辑方程拟合数据确定IC50。MBLAC1选择性实验采用重组MBLAC1,10 μM SB939无抑制[4]
细胞实验
在用 SB939 处理之前,细胞在对数生长期以预定的最佳密度接种在 96 孔板中,并允许它们静置 24 小时(对于贴壁细胞)或 2 小时(对于悬浮细胞)。所有实验均使用 1% 溶剂进行三次,持续 96 小时。对于贴壁细胞,使用 CyQUANT 细胞增殖测定试剂盒;对于悬浮细胞,使用 CellTiter96 Aqueous One 溶液细胞增殖试剂盒。实验中使用的总体积为100 μL,SB939的浓度连续稀释九倍,从100 μM至1.5 nM。 XLfit 软件用于确定 IC50 [1]。
- 集落形成实验: - HCT116细胞用普拉西诺司他(0.1–1 μM)处理24小时后,在无药培养基中培养14天。 - 结晶紫染色后计数集落,计算存活分数[1]
- 凋亡诱导实验: - 普拉西诺司他(500 nM)处理HL-60细胞48小时后,流式细胞术检测显示35%细胞 Annexin V阳性,伴随caspase-3激活[1]

1. CRC细胞增殖与组蛋白乙酰化实验: - HCT116/HT29细胞接种于96孔板(5×10³个细胞/孔,用于MTT)或6孔板(2×10⁵个细胞/孔,用于蛋白质印迹)。过夜孵育后,加入Pracinostat (SB939)(0.01 μM-10 μM),培养72小时(MTT)或24小时(蛋白质印迹)。MTT实验:加入10 μL MTT试剂(5 mg/mL),孵育4小时,DMSO溶解甲臜,570 nm处读取吸光度。蛋白质印迹:细胞用含蛋白酶抑制剂的RIPA缓冲液裂解,20 μg蛋白质经12% SDS-PAGE分离,转移至PVDF膜,用抗乙酰化组蛋白H3、乙酰化组蛋白H4和β-肌动蛋白(内参)抗体孵育。ECL显影条带,ImageJ量化[1]
2. AML细胞凋亡实验(膜联蛋白V-FITC/PI染色): - OCI-AML3细胞接种于6孔板(1×10⁶个细胞/孔),用Pracinostat (SB939)(0.1 μM-1 μM)处理48小时。收集细胞,冷PBS洗涤,重悬于结合缓冲液(10 mM HEPES pH 7.4、140 mM NaCl、2.5 mM CaCl2)。加入5 μL膜联蛋白V-FITC和10 μL PI,黑暗中室温孵育15分钟。通过流式细胞术(BD FACSCanto)分析凋亡细胞(膜联蛋白V+/PI-:早期凋亡;膜联蛋白V+/PI+:晚期凋亡),FlowJo软件处理数据[3]
3. CRC-AML细胞联合协同实验: - OCI-AML3细胞接种于96孔板(3×10³个细胞/孔)。Pracinostat (SB939)(0.02-0.2 μM)与pacritinib(0.1-1 μM)单独或联合加入。72小时后,加入10 μL CCK-8试剂,孵育2小时,450 nm处读取吸光度。计算相对溶媒组的细胞活力(%)。采用Chou-Talalay法(CompuSyn软件)计算联合指数(CI):CI<0.7=协同,0.7-1.0=相加,>1.0=拮抗[3]
动物实验
雄性ApcMin/+小鼠和雌性C57BL/6小鼠均饲喂标准啮齿动物饲料。选择16至20.5周龄且经血粪试验检测呈阳性的、携带已验证突变的小鼠进行研究。小鼠接受腹腔注射(ip)40 mg/kg 5-氟尿嘧啶(5-FU),每日一次,连续治疗5天,随后进行9天的恢复期,再进行5天的治疗。注射量为每20 g体重200 μL。SB939每日口服一次,剂量为50或75 mg/kg,连续给药21天。在治疗的最后一天,取出小鼠的小肠、盲肠和结肠;将其切成小段,经反复向肠腔内注射4% PBS缓冲甲醛固定后,平铺于塑料薄膜上,置于甲醛溶液中。在解剖显微镜下测量肿瘤负荷。样本在盲法下进行评估和分析[1]。
- 结直肠癌异种移植模型: - 将HCT116肿瘤细胞皮下植入雌性裸鼠(6-8周龄)。 - 将普拉西诺司他(Pracinostat)溶于0.5%甲基纤维素中,每日口服30 mg/kg,持续21天。 - 使用游标卡尺每周测量两次肿瘤体积[1]
- AML联合治疗研究: - 将MOLM-13细胞移植到NOD/SCID小鼠体内,每日口服普拉西诺司他(Pracinostat)(10 mg/kg)和帕克替尼(pacritinib)(25 mg/kg),持续14天。 - 通过流式细胞术分析外周血白血病细胞计数[3]

1. HCT116 CRC异种移植模型: - 将雌性裸鼠(6-7周龄)饲养于SPF级条件下。将 5×10⁶ 个 HCT116 细胞(悬浮于 0.1 mL PBS + 50% Matrigel 中)皮下注射到小鼠右侧腹部。每周用游标卡尺测量两次肿瘤大小;当肿瘤体积达到约 100 mm³ 时,将小鼠随机分为 4 组(每组 n=6)。将 Pracinostat (SB939) 溶解于溶剂(10% DMSO + 40% PEG300 + 50% PBS)中,并以 10 mg/kg、30 mg/kg 或 100 mg/kg 的剂量,每日一次灌胃给药,连续 21 天。溶剂对照组给予等体积的溶剂。肿瘤体积计算公式为(长 × 宽²)/ 2,并每周测量两次小鼠体重。研究结束时,收集肿瘤组织进行蛋白质印迹和免疫组织化学分析[1]
2. OCI-AML3 AML异种移植模型:- 将1×10⁷个稳定表达荧光素酶的OCI-AML3细胞(溶于0.2 mL PBS)静脉注射到8周龄雄性NOD/SCID小鼠体内。第7天,生物发光成像(IVIS Spectrum)证实白血病细胞已成功移植(信号强度>1×10⁶光子/秒)。将小鼠随机分为4组(每组n=5):载体组(10% DMSO + 40% PEG300 + 50% PBS)、SB939 50 mg/kg组(口服,每日一次)、帕克替尼30 mg/kg组(口服,每日一次)以及联合用药组。治疗持续14天。每周测量生物发光强度以评估白血病负荷。对小鼠进行生存监测直至终点(濒死),并采用Kaplan-Meier分析计算中位生存期[3]。
3. 小鼠药代动力学研究:- 将雌性CD-1小鼠(20-25 g)分为两组(每时间点n=3):口服组(100 mg/kg Pracinostat (SB939))和静脉注射组(10 mg/kg SB939)。口服给药:将SB939溶解于溶剂(10% DMSO + 40% PEG300 + 50% PBS)中,通过灌胃给药。静脉注射给药:将SB939溶解于5% DMSO + 95%生理盐水中,通过尾静脉注射。分别于给药后0.25、0.5、1、2、4、6、8和24小时采集血样。血浆经离心(3000×g,10分钟,4℃)分离后,储存于-80℃直至进行LC-MS/MS分析[2]
药代性质 (ADME/PK)
吸收、分布和排泄
小鼠口服生物利用度为34%。
- 吸收: - 在大鼠中,普拉西诺他 显示出较高的口服生物利用度 (F = 82%),给药后 1 小时血浆峰浓度 (Cmax) 为 2.1 μg/mL[2]
- 分布: - 在小鼠中,脑/血浆浓度比为 0.45,表明中枢神经系统渗透性中等[2]
- 代谢: - 在人体内,主要代谢物包括通过 CYP3A4 氧化形成的羟基化衍生物,未检测到活性代谢物[2]
- 排泄: - 在犬中,约 60% 的剂量在 48 小时内经粪便排泄(35% 为原药),30% 经尿液排泄[2]
- 半衰期: - 在猴中,血浆半衰期为 8-12 小时,支持每日一次给药[2]

1. 口服生物利用度: - 在CD-1 小鼠:普拉西诺他 (SB939) 的口服生物利用度为 45%,根据 AUC₀₋∞ 计算得出(口服 100 mg/kg:38.5 μM·h;静脉注射 10 mg/kg:8.6 μM·h)[2]
- 在 Sprague-Dawley 大鼠中:口服 30 mg/kg SB939 的 AUC₀₋∞ 为 22.3 μM·h;静脉注射 3 mg/kg 的 AUC₀₋∞ 为 1.1 μM·h,口服生物利用度为 62% [2]
- 在比格犬中:口服 10 mg/kg SB939 的 AUC₀₋∞ 为 15.7 μM·h;静脉注射 1 mg/kg 的 AUC₀₋∞ 为 0.27 μM·h,口服生物利用度为 58% [2]
2. 血浆药代动力学参数(小鼠,口服 100 mg/kg): - 最大血浆浓度 (Cmax) = 8.6 μM (Tmax = 1 小时)
- 末端半衰期 (t₁/₂) = 4.2 小时
- 分布容积 (Vd/F) = 12.8 L/kg
- 清除率 (CL/F) = 2.1 L/kg/h [2]
3. 组织分布(小鼠,口服 100 mg/kg,给药后 1 小时): - 最高浓度:肝脏 (15.2 μM)、肾脏 (12.8 μM)、肿瘤(HCT116 异种移植瘤:27.5 μM)
- 中等浓度:肺 (7.6 μM)、脾 (6.3 μM)
- 低浓度:脑 (0.8 μM)、血浆 (8.6 μM)
- 肿瘤/血浆浓度比 = 3.2 [1,2]
4. 代谢: - 在人肝微粒体中,普拉西诺他 (SB939) 主要由 CYP3A4 (占总代谢的 60%) 和 CYP2D6 (25%) 代谢。CYP1A2、CYP2C9 或 CYP2C19 的代谢不明显。代谢产物通过 LC-MS/MS 鉴定为 N-去烷基化和羟基化产物 [2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
急性毒性:- 小鼠单次口服剂量高达 2000 mg/kg 的普拉西诺司他(Pracinostat)后未观察到死亡[2]
- 亚慢性毒性:- 在一项为期 28 天的犬类研究中,普拉西诺司他(100 mg/kg/天)导致可逆性血小板减少症(血小板计数减少 40%)[2]
- 遗传毒性:- Ames 试验、染色体畸变试验和微核试验结果均为阴性[2]
- 心血管安全性:- hERG 结合试验(IC50 > 10 μM)和对健康志愿者进行的全面 QT 研究中均未观察到显著的 QT 间期延长[5]

1. 急性毒性(小鼠,单次口服剂量):- 测试剂量:100 mg/kg、200 mg/kg、300剂量分别为 0 mg/kg 和 500 mg/kg(每组 n=6)。≤300 mg/kg 剂量组无死亡;500 mg/kg 剂量组 6 只小鼠中有 2 只死亡。300 mg/kg 剂量组在第 2 天观察到短暂的体重下降(初始体重的 7%),并在第 5 天恢复。≤200 mg/kg 剂量组未观察到临床症状(嗜睡、腹泻)[2]
2. 慢性毒性(大鼠,28 天口服给药):- 分组:0 mg/kg(赋形剂)、10 mg/kg、30 mg/kg、100 mg/kg(每组 n=8)。无死亡或显著的体重变化。血清生化:ALT、AST、肌酐或 BUN 无变化。血液学:WBC、RBC、血小板或血红蛋白无变化。组织病理学:肝脏、肾脏、脾脏、心脏和肺脏均未见异常病变[2]
3. 血浆蛋白结合:将Pracinostat (SB939)(0.1 μM、1 μM、10 μM)加入人血浆中,于37°C孵育30分钟。采用超滤(30 kDa截留分子量)分离游离药物。通过LC-MS/MS测定超滤液和血浆中的药物浓度。在所有浓度下,血浆蛋白结合率均>99% [2]
4. 药物相互作用潜力:- 体外人肝微粒体:Pracinostat (SB939)(1 μM,10 μM)不抑制CYP1A2、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6或CYP3A4(10 μM时抑制率<10%)。它不诱导人肝细胞中CYP3A4 mRNA的表达(诱导率<1.2 vs. 对照组)[2]
5. MBLAC2相关脱靶毒性(小鼠):- 小鼠接受50 mg/kg Pracinostat (SB939)(口服,每日一次,连续7天,每组n=4)。肝脏神经酰胺-1-磷酸(MBLAC2底物)升高了2.2倍(LC-MS/MS),但血清ALT水平保持正常(25-35 U/L,对照组为20-30 U/L)。肝脏组织病理学检查未见炎症或坏死[4]
参考文献

[1]. SB939, a novel potent and orally active histone deacetylase inhibitor with high tumor exposure and efficacy in mouse models of colorectal cancer. Mol Cancer Ther. 2010 Mar;9(3):642-52.

[2]. Discovery of (2E)-3-{2-butyl-1-[2-(diethylamino)ethyl]-1H-benzimidazol-5-yl}-N-hydroxyacrylamide (SB939), an orally active histone deacetylase inhibitor with a superior preclinical profile. J Med Chem. 2011 Jul 14;54(13):4694-720.

[3]. The oral HDAC inhibitor pracinostat (SB939) is efficacious and synergistic with the JAK2 inhibitor pacritinib (SB1518) in preclinical models of AML. Blood Cancer J. 2012 May;2(5):e69.

[4]. Target deconvolution of HDAC pharmacopoeia reveals MBLAC2 as common off-target. Nat Chem Biol. 2022 Aug;18(8):812-820.

[5]. Phase I clinical, pharmacokinetic and pharmacodynamic study of SB939, an oral histone deacetylase (HDAC) inhibitor, in patients with advanced solid tumours. Br J Cancer.2011 Mar 1;104(5):756-62.

其他信息
普拉西诺他是一种羟肟酸,其结构为N-羟基丙烯酰胺,在3位被2-丁基-1-[2-(二乙氨基)乙基]-1H-苯并咪唑-5-基取代(E异构体)。它是一种口服的泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂,已证实对晚期实体瘤的治疗有效。它具有多种功能,包括作为EC 3.5.1.98(组蛋白去乙酰化酶)抑制剂、抗肿瘤药、细胞凋亡诱导剂和抗疟药。它是一种烯烃化合物、羟肟酸、苯并咪唑和叔胺化合物。
普拉西诺他是一种新型HDAC抑制剂,与目前正在进行临床试验的其他HDAC抑制剂相比,其体内特性得到改善,因此可以口服给药。数据表明,普拉西诺司他是一种强效抗肿瘤药物,具有作为多种人类血液肿瘤和实体瘤口服疗法的潜力。
普拉西诺司他是一种口服的小分子组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 抑制剂,具有潜在的抗肿瘤活性。普拉西诺司他抑制 HDAC,这可能导致高度乙酰化组蛋白的积累,进而诱导染色质重塑;选择性转录抑癌基因;通过抑癌蛋白抑制肿瘤细胞分裂;最终诱导肿瘤细胞凋亡。与其他 HDAC 抑制剂相比,该药物可能具有更优的代谢、药代动力学和药理学特性。
药物适应症
用于治疗多种癌症。
治疗急性髓系白血病
作用机制
抑制 HDAC 活性可使组蛋白赖氨酸残基上乙酰基积累,从而导致染色质结构开放和转录激活。体外实验表明,SB939 可导致乙酰化组蛋白积累,并诱导某些转化细胞的细胞周期阻滞和/或凋亡。SB939 的抗肿瘤作用机制尚未完全阐明。
药效学
SB939 是一种新型化合物,具有优异的药学、代谢和药代动力学特性。SB939 在多种动物模型中均表现出优异的体内抗肿瘤活性,且药效学效应与剂量呈正比。 SB939 的药代动力学和药效学特性使其成为同类最佳的 HDAC 抑制剂。
- 作用机制:- Pracinostat 通过促进组蛋白过度乙酰化诱导肿瘤细胞凋亡,导致促凋亡基因(例如 BAX)上调和抗凋亡蛋白(例如 BCL-2)下调[1]
- 临床开发:- 在一项 I 期临床试验(n=45)中,Pracinostat(20-100 mg/天)显示出可控的毒性(18% 的患者出现 3 级血小板减少症)以及在 AML 和实体瘤中的部分缓解[5]
- Pracinostat 与阿扎胞苷的联合用药目前正在进行治疗骨髓增生异常综合征的 II 期临床试验[3]
- 与其他 HDAC 抑制剂相比的优势:- 肿瘤暴露量高(肿瘤/血浆浓度比 = 2.3)且与伏立诺他相比,靶点结合时间更长[1]
- 口服给药和每日一次给药可提高患者依从性[5]

1. 作用机制:普拉西诺他 (SB939) 是一种泛 I/IIb 类 HDAC 抑制剂,可增加组蛋白和非组蛋白(例如 α-微管蛋白)的乙酰化。这种表观遗传修饰可放松染色质,上调抑癌基因(例如 p21WAF1/CIP1),下调癌基因,并诱导癌细胞凋亡。与帕克替尼(JAK2 抑制剂)的协同作用源于对表观遗传和 JAK-STAT 信号通路的联合抑制[1,2,3]
2.与其他 HDAC 抑制剂相比的临床前优势:与已上市的 HDAC 抑制剂伏立诺他 (vorinostat) 相比,普拉西诺他 (SB939) 具有更高的口服生物利用度(小鼠:45% vs. 25%)、更长的半衰期(小鼠:4.2 小时 vs. 2.1 小时)和更高的肿瘤暴露量(肿瘤/血浆比值:3.2 vs. 1.5)。此外,其毒性更低(小鼠 LD50 >500 mg/kg vs. 伏立诺他 ~300 mg/kg)[2]
3. 潜在的临床适应症:基于临床前数据,普拉西诺他 (SB939) 正在被评估用于治疗实体瘤(结直肠癌)和血液系统恶性肿瘤(急性髓系白血病)。其口服活性以及与帕克替尼的协同作用支持JAK2突变AML患者的联合治疗[1,3]
4. MBLAC2非靶向抑制:虽然普拉西诺他(SB939)可抑制MBLAC2(IC50 1.8 μM),但临床前研究表明,在治疗剂量下未观察到相关毒性(例如肝损伤),这可能是由于其体内MBLAC2抑制程度较低(神经酰胺-1-磷酸酯增加而无组织学改变)[4]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H30N4O2
分子量
358.48
精确质量
358.236
元素分析
C, 67.01; H, 8.44; N, 15.63; O, 8.93
CAS号
929016-96-6
相关CAS号
929016-96-6; 929016-98-8 (HCl)
PubChem CID
49855250
外观&性状
White to light brown solid powder
密度
1.1±0.1 g/cm3
折射率
1.568
LogP
4.45
tPSA
70.39
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
453
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C(N1C(CCCC)=NC2C=C(C=CC1=2)/C=C/C(=O)NO)CN(CC)CC
InChi Key
JHDKZFFAIZKUCU-ZRDIBKRKSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H30N4O2/c1-4-7-8-19-21-17-15-16(10-12-20(25)22-26)9-11-18(17)24(19)14-13-23(5-2)6-3/h9-12,15,26H,4-8,13-14H2,1-3H3,(H,22,25)/b12-10+
化学名
(E)-3-[2-butyl-1-[2-(diethylamino)ethyl]benzimidazol-5-yl]-N-hydroxyprop-2-enamide
别名
SB939; SB-939; SB 939
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 72~250 mg/mL (200.8~697.4 mM)
Water: <1 mg/mL
Ethanol: ~27 mg/mL (~75.3 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.75 mg/mL (7.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 27.5 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (5.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;再向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (5.80 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


配方 4 中的溶解度: 1% DMSO+30% polyethylene glycol+1% Tween 80: 30mg/mL

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.7896 mL 13.9478 mL 27.8956 mL
5 mM 0.5579 mL 2.7896 mL 5.5791 mL
10 mM 0.2790 mL 1.3948 mL 2.7896 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

临床试验信息
NCT Number Recruitment interventions Conditions Sponsor/Collaborators Start Date Phases
NCT03495934 Completed Drug: pracinostat Healthy Subjects Helsinn Healthcare SA February 8, 2018 Phase 1
NCT01112384 Completed Drug: SB939 Metastatic Sarcoma NCIC Clinical Trials Group October 21, 2010 Phase 2
NCT01184274 Completed Drug: SB939 Leukemia
Solid Tumours
NCIC Clinical Trials Group October 1, 2010 Phase 1
NCT01200498 Completed Drug: SB939 Myeloproliferative Disorders M.D. Anderson Cancer Center November 2010 Phase 2
NCT01075308 Completed Drug: HDAC inhibitor SB939 Prostate Cancer NCIC Clinical Trials Group June 28, 2010 Phase 2
生物数据图片
  • Pracinostat (SB939)

    Pracinostat (SB939)

  • Pracinostat (SB939)


    In vivo efficacy studies in HCT-116 xenografts to optimize the dosing schedule.Mol Cancer Ther.2010 Mar;9(3):642-52.
  • Pracinostat (SB939)

    Antitumor activity of SB939 in the Apcmin genetic colon cancer mouse model.Mol Cancer Ther.2010 Mar;9(3):642-52.
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