RB-3

别名: 3-(5-氯-1H-吲哚-4-基)-5-(1H-吲哚-4-基)-4-(1-甲基乙基)-1H-吡咯-2-羧酸
目录号: V73085 纯度: ≥98%
RB-3 是 PRC1 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),与 RING1B-BMI1f 结合,Kd 为 2.8 μM。
RB-3 CAS号: 2396639-11-3
产品类别: E1 E2 E3 Enzyme
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
RB-3 是 PRC1 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),与 RING1B-BMI1f 结合的 Kd 为 2.8 μM。
RB-3(CAS:2396639-11-3)是一种小分子多梳抑制复合物1(PRC1)抑制剂。它直接与构成PRC1 E3泛素连接酶活性的RING1B-BMI1异二聚体复合物结合。这种相互作用会破坏组蛋白H2A第119位赖氨酸的单泛素化(H2AK119ub),而H2AK119ub是一种关键的抑制性组蛋白修饰。RB-3是研究PRC1生物学和表观遗传调控的重要工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
Kd: 2.8 μM (RING1B-BMI1f)[1].
PRC1 (Polycomb Repressive Complex 1). RB-3 directly binds to the RING1B-BMI1 complex with a Kd of 2.8 uM. It targets the E3 ligase activity of PRC1, which catalyzes the monoubiquitination of histone H2A at lysine 119 (H2AK119ub).
体外研究 (In Vitro)
白血病细胞系和原发性急性髓系白血病 (AML) 样本在 RB-3 的作用下发生分化,RB-3 还会降低 H2A 泛素化的整体水平[1]。RB-3 可抑制 H2A 泛素化,其 IC50 值为 1.6 μM[1]。RB-3 还干扰 PRC1 并干扰核小体相互作用[1]。在混合谱系白血病 (MLL)-11-19 白血病 (ENL) 模型中,RB-3 可抑制集落形成[1]。
RB-3 可直接与 RING1B-BMI1 复合物结合,其解离常数 (Kd) 为 2.8 uM。它能降低 H2A 泛素化的整体水平,IC50 为 1.6 uM。RB-3 可诱导白血病细胞系和原发性急性髓系白血病 (AML) 样本的分化。在混合谱系白血病 (MLL)-ENL 模型中,RB-3 以剂量依赖的方式抑制集落形成并增加 C/EBPα-p42 蛋白水平(测试浓度为 6、12 和 25 uM)。
体内研究 (In Vivo)
在混合谱系白血病 (MLL)-ENL 小鼠模型中,RB-3 可抑制集落形成,表明其在体内具有抑制白血病细胞生长的功效。RB-3 通过降低 H2A 泛素化水平并促进细胞分化,成为研究癌症(尤其是造血系统恶性肿瘤,因为在这些肿瘤中 PRC1 的表达常出现异常)中 PRC1 生物学的宝贵化学工具。详细的体内实验方案可在相关文献中找到。
酶活实验
利用表面等离子共振 (SPR) 技术测定 RB-3 与 RING1B-BMI1 的结合亲和力。将重组 RING1B-BMI1 复合物固定在传感器芯片上,并通入浓度递增(0.1-100 uM)的 RB-3。通过测量结合和解离速率计算 Kd 值(2.8 uM)。在功能分析中,将纯化的核小体与 PRC1 和泛素化的 E2 酶孵育,并通过蛋白质印迹法检测 H2A 的泛素化水平。
细胞实验
Western Blot 分析[1]
细胞类型: TEX 细胞。
测试浓度: 6、12、25 μM。
孵育时间: 8 天。
实验结果: C/EBPα-p42 蛋白水平呈剂量依赖性增加。
在细胞实验中,将白血病细胞系(例如 K562 或 MLL 重排细胞系)或原发性 AML 样本用 RB-3(1-50 uM)处理 24-96 小时。使用针对 H2AK119ub 的特异性抗体,通过蛋白质印迹法分析整体 H2A 泛素化水平。使用 CD11b 和 CD14 标记物,通过流式细胞术评估细胞分化。在基于甲基纤维素的克隆形成实验中评估克隆形成能力。
动物实验
在MLL重排白血病的异种移植小鼠模型中,RB-3可采用腹腔注射或口服给药。剂量通常根据药代动力学/药效学(PK/PD)研究进行优化。肿瘤负荷可通过生物发光成像(如果使用荧光素酶标记细胞)或评估脾脏重量和白细胞计数来测量。研究结束时,收集骨髓和脾脏细胞,通过流式细胞术和蛋白质印迹法分析H2A泛素化和分化标志物。
药代性质 (ADME/PK)
RB-3 的分子量为 417.89 g/mol。它在 DMSO 中的溶解度为 100 mg/mL (239 mM)。用于体内给药时,可配制成 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% 生理盐水溶液。该化合物具有中等亲脂性 (LogP 5.9)。粉末应储存于 -20℃,并避光防潮。详细的药代动力学参数尚未见广泛报道。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
供应商提供的资料中并未详尽报告RB-3的毒理学数据。在原发性急性髓系白血病(AML)样本中,RB-3在浓度高达25 μM时可诱导细胞分化,且未见明显的细胞毒性。作为一种研究用化合物,RB-3不可用于人体。操作研究用化学品时应遵循标准安全预防措施,包括佩戴手套和护目镜。
参考文献

[1]. Small-molecule inhibitors targeting Polycomb repressive complex 1 RING domain. Nat Chem Biol. 2021 Jul;17(7):784-793.

其他信息
RB-3 是一种用于研究 PRC1 功能的首创化学探针。它是通过高通量筛选能够诱导 MLL 重排白血病细胞分化的化合物而发现的,并于 2021 年发表在《自然化学生物学》杂志上。RB-3 尚未获得 FDA 批准,仅供研究使用。它对于验证 PRC1 作为癌症治疗靶点的价值尤为重要。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C24H20CLN3O2
分子量
417.89
精确质量
417.124
CAS号
2396639-11-3
PubChem CID
146315785
外观&性状
White to light yellow solid powder
LogP
5.9
tPSA
84.7
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
2
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
30
分子复杂度/Complexity
646
定义原子立体中心数目
0
SMILES
N1C(C2=CC=CC3=C2C=CN3)=C(C(C)C)C(C2=C(Cl)C=CC3=C2C=CN3)=C1C(O)=O
InChi Key
IUEFQUANJWCUNT-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C24H20ClN3O2/c1-12(2)19-21(20-15-9-11-27-18(15)7-6-16(20)25)23(24(29)30)28-22(19)14-4-3-5-17-13(14)8-10-26-17/h3-12,26-28H,1-2H3,(H,29,30)
化学名
3-(5-chloro-1H-indol-4-yl)-5-(1H-indol-4-yl)-4-propan-2-yl-1H-pyrrole-2-carboxylic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 100 mg/mL (239.30 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 3.25 mg/mL (7.78 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 32.5 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 3.25 mg/mL (7.78 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 32.5 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3930 mL 11.9649 mL 23.9297 mL
5 mM 0.4786 mL 2.3930 mL 4.7859 mL
10 mM 0.2393 mL 1.1965 mL 2.3930 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们