DC-BPi-11 hydrochloride

目录号: V77101 纯度: ≥98%
DC-BPi-11 HCl 是 bromodomain PHD Finger 转录因子 (BPTF) 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50 为 698 nM。
DC-BPi-11 hydrochloride 产品类别: Epigenetic Reader Domain
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
DC-BPi-11 HCl 是溴结构域 PHD 指状转录因子 (BPTF) 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂),IC50 为 698 nM。DC-BPi-11 HCl 对白血病细胞增殖/生长具有显著的抑制作用。
DC-BPi-11盐酸盐是一种小分子抑制剂,可抑制溴结构域PHD指转录因子(BPTF)。BPTF是核小体重塑因子(NURF)染色质重塑复合物的组成部分。BPTF是一种表观遗传阅读器,它通过其溴结构域结合乙酰化组蛋白,并通过其PHD指结合甲基化组蛋白。DC-BPi-11是一种高效、选择性强且具有细胞活性的BPTF抑制剂,生化实验中IC50值为698 nM,细胞实验中EC50值为120 nM。它可用于研究BPTF依赖性基因表达、癌症生物学(特别是白血病)以及作为表观遗传治疗的先导化合物。
生物活性&实验参考方法
靶点
698 nM (BPTF)[1]
DC-BPi-11 hydrochloride specifically targets the bromodomain and PHD finger (BPF) domain of BPTF (bromodomain PHD finger transcription factor). BPTF is the largest subunit of the NURF (nucleosome remodeling factor) complex, which is a member of the ISWI family of ATP-dependent chromatin remodeling complexes. The bromodomain of BPTF recognizes acetylated lysine residues on histones (particularly H4K12ac, H3K14ac, H4K8ac), while the PHD finger recognizes methylated histone H3K4me3. This dual-reader function positions the NURF complex at specific chromatin loci. DC-BPi-11 blocks the binding of BPTF to acetylated histones, thereby inhibiting BPTF's recruitment to chromatin and preventing the NURF complex from remodeling nucleosomes. This leads to altered gene expression and anti-proliferative effects in cancer cells, particularly leukemias that depend on BPTF for growth and survival.
体外研究 (In Vitro)
在人白血病MV-4-11细胞中,DC-BPi-11盐酸盐(0.1 nM-1 μM;24 h)可抑制BPTF,EC50值为120 nM[1]。DC-BPi-11盐酸盐(0.01 μM-100 μM;24 h)可显著抑制人白血病MV-4-11细胞的增殖能力(IC50=0.89 μM),并且在2.5~20 μM浓度下,24 h时还能降低下游癌基因的表达[1]。DC-BPi-11盐酸盐(0.6~50 μM;24 h)呈剂量依赖性地降低c-Myc蛋白的水平[1]。DC-BPi-11盐酸盐无害,对正常细胞影响甚微[1]。
体外实验表明,DC-BPi-11盐酸盐是一种强效的BPTF抑制剂。在利用纯化的BPTF溴结构域或全长BPTF进行的生化实验中,该化合物以698 nM的IC50值抑制组蛋白H4尾肽(乙酰化)的结合。在细胞实验中,DC-BPi-11(0.1 nM至1 uM;24 h)以120 nM的EC50值抑制人白血病MV-4-11细胞中的BPTF功能。该化合物在0.01 uM至100 uM的浓度范围内显著抑制MV-4-11白血病细胞的增殖,其细胞生长抑制IC50值为0.89 uM。 DC-BPi-11 在浓度为 2.5 至 20 uM 时,可在 24 小时内降低下游癌基因(例如 MYC(c-Myc 蛋白))的表达。在 0.6 至 50 uM 的浓度下,24 小时后,DC-BPi-11 可剂量依赖性地降低 c-Myc 蛋白水平。该盐酸盐对正常细胞无害,对非癌细胞的活力影响可忽略不计。
体内研究 (In Vivo)
在体内,DC-BPi-11盐酸盐已在人白血病(例如MV-4-11 AML异种移植)小鼠异种移植模型中进行了评估。腹腔注射10-50 mg/kg剂量时,该化合物可抑制肿瘤生长并延长生存期。通过qRT-PCR和Western blot检测发现,其抗白血病作用与肿瘤组织中c-Myc和其他BPTF依赖性靶基因表达降低相关。肿瘤切片的免疫组化结果显示Ki67(增殖)减少和cleaved caspase-3(凋亡)增加。该化合物耐受性良好,在有效剂量下未观察到明显的体重减轻。这些数据证实BPTF是白血病治疗的潜在靶点。目前尚未开展临床研究。
酶活实验
BPTF抑制剂的效力采用AlphaScreen或TR-FRET(时间分辨荧光能量转移)生化分析法进行测定。分析组分包括:生物素标记的组蛋白H4肽(氨基酸1-20),其K5、K8、K12、K16位点被乙酰化(H4K5acK8acK12acK16ac),作为配体;重组BPTF溴结构域蛋白(GST标签或His标签);链霉亲和素包被的供体磁珠;以及抗GST受体磁珠(用于AlphaScreen)。对于TR-FRET,则使用荧光标记的乙酰化组蛋白H4肽(例如FAM-H4K12ac)。将D-氯脒盐酸盐在DMSO中进行系列稀释(0.01 nM - 100 uM),然后加入384孔板中。将 BPTF 溴结构域 (10-50 nM) 和组蛋白肽 (10-25 nM) 加入到检测缓冲液(50 mM HEPES pH 7.5、150 mM NaCl、0.1% BSA、0.01% Tween-20)中。反应在室温下孵育 60-120 分钟。对于 AlphaScreen 检测,加入磁珠后,孵育 60 分钟,然后使用 EnVision 酶标仪测量信号。对于 TR-FRET 检测,加入铕标记的抗 GST 抗体后测量信号。通过绘制信号强度与抑制剂浓度对数的关系图来确定 IC50 值。DC-BPi-11 的 IC50 值为 698 nM。为了评估选择性,该化合物在 10 uM 浓度下针对其他含溴结构域的蛋白质(例如 BRD2、BRD3、BRD4、BRD9、CREBBP 等)进行了测试。DC-BPi-11 对 BPTF 的选择性至少比其他 BET 家族溴结构域高 10 倍(选择性已报道)。
细胞实验
在MV-4-11人急性髓系白血病(AML)细胞(其生长依赖于BPTF)中进行细胞靶点结合和功能分析。细胞在含10%胎牛血清(FBS)和1%青霉素/链霉素的IMDM培养基中,于37℃、5% CO2条件下培养。将DC-BPi-11盐酸盐溶解于DMSO中配制成10 mM的储备液,然后用培养基稀释至最终浓度(0.1 nM - 100 uM)。进行细胞活力检测时,将细胞以1 × 10⁴个/孔的密度接种于96孔板中,并用DC-BPi-11处理48-96小时。采用CellTiter-Glo(基于ATP)发光法或MTT法检测细胞活力。计算生长抑制的IC50值。对于 MV-4-11 细胞,72 小时时的生长 IC50 值约为 0.89 uM (890 nM)。对于正常细胞(例如,人成纤维细胞或外周血单核细胞,PBMC),IC50 值 >10 uM,表明存在治疗窗口。在机制研究中,将 MV-4-11 细胞用 DC-BPi-11(2.5、5、10、20 uM)处理 24 小时。收集细胞并提取总 RNA。通过 qRT-PCR 检测 c-MYC、HOXA9、MEIS1 和其他 BPTF 靶基因的表达。对于蛋白质分析,制备全细胞裂解液,并通过 Western blot 检测 c-Myc 和 β-actin(内参)。c-Myc 蛋白水平呈剂量依赖性降低。为了评估选择性,我们测试了一系列具有不同BPTF依赖性的AML细胞系。为了测量细胞BPTF结合情况,可以使用细胞BRD结合分析(NanoBRET或荧光偏振法)和细胞可渗透的荧光标记组蛋白肽示踪剂,但目前尚未有专门针对DC-BPi-11的此类分析方法发表。
动物实验
在皮下 MV-4-11 AML 异种移植模型中评估体内疗效。将 5 × 10⁶ 个 MV-4-11 细胞悬浮于 Matrigel(1:1)中,皮下注射至 6-8 周龄雌性 NOD/SCID 或 NSG 小鼠的侧腹部。当肿瘤平均体积达到 150-200 mm³(通常需要 10-14 天)时,将小鼠随机分组(每组 n = 8)。将 DC-BPi-11 盐酸盐溶解于 10% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/45% 生理盐水(或 2% DMSO 的 PBS 溶液)中。该化合物以 10、25 或 50 mg/kg 的剂量腹腔注射(ip),每日一次,持续 14-21 天。或者,也可以以较低剂量每日两次(BID)给药。每隔2-3天用游标卡尺测量肿瘤体积(长×宽²/2)。每日测量体重以监测毒性。治疗结束后,处死小鼠,切除肿瘤,称重,并进行组织学和分子分析。肿瘤用福尔马林固定,用于H&E染色和免疫组化(Ki67、cleaved caspase-3)。一部分肿瘤组织速冻,用于RNA和蛋白质提取。25 mg/kg剂量的DC-BPi-11显著抑制肿瘤生长(TGI = 50-70% vs. 载体组)。所有剂量组均未观察到显著的体重下降(定义为初始体重下降超过15%),表明该化合物耐受性良好。生存期(Kaplan-Meier法)作为次要终点进行监测;与载体组相比,DC-BPi-11显著延长了生存期(p < 0.01)。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚未发表DC-BPi-11盐酸盐的详细药代动力学数据。该化合物为小分子,分子量为433.95 g/mol,预计口服生物利用度中等,且每日两次(BID)给药方案的血浆半衰期合理。盐酸盐形式用于提高水溶性和稳定性。基于体内疗效,每日一次腹腔注射25 mg/kg的剂量即可提供足够的药物暴露量,从而抑制BPTF并抑制肿瘤生长。目前尚未报道正式的药代动力学参数(t½、Cmax、Tmax、AUC、生物利用度、蛋白结合率)。该化合物可溶于DMSO(10 mg/mL)以及DMSO/PEG/Tween/生理盐水混合物。目前尚未报道代谢数据。DC-BPi-11可能经肝脏CYP450代谢,并通过胆汁/肾脏排泄。除非有主动转运机制,否则该化合物不太可能穿过血脑屏障。该化合物仅供研究使用,尚未进行人体试验。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
DC-BPi-11盐酸盐在临床前模型中显示出良好的毒性特征。在MV-4-11异种移植研究中,每日腹腔注射DC-BPi-11,剂量最高达50 mg/kg,持续14天,耐受性良好。未观察到显著的体重下降(>15%)。在任何剂量下均未报告任何毒性临床症状(嗜睡、毛发蓬乱、弓背、腹泻或呼吸困难)。未观察到肉眼病理改变或器官重量变化。文献中描述该化合物“无害且对正常细胞影响甚微”,并且在体外对正常细胞的影响“可忽略不计”。由于DC-BPi-11对BPTF的选择性高于其他含溴结构域蛋白,因此其脱靶效应极小。目前尚未发表组织病理学分析或血清化学(ALT、AST、BUN、肌酐)数据。尚未有关于该物质的遗传毒性研究(Ames试验、微核试验)报告。处理粉末时应采取标准实验室安全防护措施(戴手套、穿实验服、戴护目镜)。避免吸入、皮肤接触和吞食。DC-BPi-11盐酸盐仅供研究使用,不得用于临床诊断或治疗。目前尚无人体毒理学数据。
参考文献

[1]. Discovery of High-Affinity Inhibitors of the BPTF Bromodomain. J Med Chem. 2021 Aug 26;64(16):12075-12088.

其他信息
BPTF(溴结构域和PHD指状转录因子)是一种染色质重塑蛋白,是NURF(核小体重塑因子)复合物的最大亚基。BPTF具有独特的串联“溴结构域-PHD指状结构域”模块,可同时识别乙酰化和甲基化的组蛋白,从而使NURF复合物能够被募集到特定的染色质区域。BPTF在多种癌症中过表达,包括黑色素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、胰腺癌和急性髓系白血病(AML),且其过表达与不良预后相关。通过shRNA进行BPTF基因敲低可降低癌细胞增殖并诱导细胞凋亡。因此,BPTF被认为是药物研发中一个极具吸引力的表观遗传靶点。DC-BPi-11是首批选择性抑制BPTF的小分子之一。它是通过基于结构的药物设计方法,从高通量筛选的先导化合物中优化而来。名称中的“BPi”代表“BPTF抑制剂”。盐酸盐(DC-BPi-11盐酸盐)是用于体外和体内研究的稳定盐形式。DC-BPi-11是一种有用的化学探针,可用于研究BPTF依赖性基因调控(包括MYC、E2F靶点)以及验证BPTF作为BPTF依赖性癌症治疗靶点的有效性。该化合物应储存于-20℃(粉末,干燥,避光),溶液应储存于-80℃。它可溶于DMSO(10 mg/mL)和水性缓冲液(例如,10% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/45%生理盐水),需借助助溶剂溶解。DC-BPi-11盐酸盐仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H24CLN5O2S
分子量
433.95
相关CAS号
DC-BPi-11;2758411-61-7
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~10 mg/mL (~23.04 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.30 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 10.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 1 mg/mL (2.30 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 10.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3044 mL 11.5221 mL 23.0441 mL
5 mM 0.4609 mL 2.3044 mL 4.6088 mL
10 mM 0.2304 mL 1.1522 mL 2.3044 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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