Thalidomide-5-NH2-CH2-COOH

目录号: V82252 纯度: ≥98%
Thalidomide-5-NH2-CH2-COOH (compound 114) 是一种有效且特异性的原肌球蛋白受体激酶 (trk) 抑制剂。
Thalidomide-5-NH2-CH2-COOH CAS号: 2412056-27-8
产品类别: Keap1-Nrf2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(化合物114)是一种强效且特异性的原肌球蛋白受体激酶(trk)抑制剂。沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH是E3连接酶的配体。沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH可用于研究一种或多种疾病(详见专利WO2021170109A1)。
沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(CAS#: 2412056-27-8),又称化合物114,是一种功能化的沙利度胺衍生物,其邻苯二甲酰亚胺环的5位通过氨基连接着一个氨基乙酸(甘氨酸样)部分。它是一种强效且选择性的原肌球蛋白受体激酶(Trk)抑制剂,同时也是一种E3连接酶配体(cereblon结合部分)。
生物活性&实验参考方法
靶点
trk[1]
TRK (tropomyosin receptor kinase, including TrkA, TrkB, TrkC). Thalidomide-5-NH2-CH2-COOH is a potent and selective inhibitor of Trk kinases, critical signaling pathways involved in various cellular processes. It also functions as an E3 ligase ligand binding to cereblon (CRBN), the substrate receptor of the CUL4-RBX1-DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase complex, enabling its use as a cereblon-targeting ligand in PROTAC design.
体外研究 (In Vitro)
沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(化合物114)是一种强效且选择性的原肌球蛋白受体激酶(Trk)抑制剂,在酶活性测定中表现出良好的抑制作用(IC50值在低纳摩尔范围内,TrkA、TrkB、TrkC的IC50值通常为1-20 nM,详见专利WO2021170109A1)。作为Trk抑制剂,它能阻断Trk依赖性癌细胞中Trk的磷酸化及其下游信号通路(PI3K/AKT、MAPK/ERK)。此外,作为沙利度胺衍生物,它仍能以中等亲和力与cereblon(CRBN)结合(Kd值可能约为1-10 uM,与沙利度胺和泊马度胺相似),并作为E3泛素连接酶配体发挥作用。这种双重功能(Trk抑制剂+E3连接酶配体)使其成为靶向Trk或其他蛋白质的PROTAC或分子胶的潜在构建模块。它是一种浅黄色至黄绿色固体粉末(分子量331.28,分子式C15H13N3O6)。氨基乙酸部分提供一个羧基,可进一步与其他分子(例如连接子和E3连接酶配体)偶联,从而能够合成异双功能PROTAC分子。
体内研究 (In Vivo)
目前尚无沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH单独使用的直接体内数据;预计其作为Trk抑制剂具有体内活性:在Trk依赖性肿瘤(例如神经母细胞瘤、NTRK基因融合的肺腺癌)的小鼠异种移植模型中,口服Trk抑制剂(5-50 mg/kg,PO或IP)通常可显著抑制肿瘤生长(TGI 50-80%)。作为沙利度胺类似物,它也可能通过与cereblon结合发挥免疫调节作用,包括调节细胞因子(例如TNF-α、IL-6)的产生和T细胞共刺激,尽管这种活性可能弱于泊马度胺。为了评估其体内疗效,需要对Trk依赖性肿瘤模型进行进一步研究。
酶活实验
(1)Trk激酶抑制试验(体外酶活性测定):将纯化的重组人TrkA、TrkB或TrkC激酶结构域(1-10 ng)与合适的底物(例如,生物素标记的polyGluTyr 4:1,1 uM)和ATP(10 uM)在含有5 mM MgCl2、1 mM MnCl2和2 mM DTT的50 mM HEPES缓冲液(pH 7.5)中孵育。(2)加入沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(0.01-10,000 nM),并在30℃下孵育30-60分钟。(3)用EDTA(终浓度25 mM)终止反应。 (4) 将底物转移至链霉亲和素包被的微孔板中,用与辣根过氧化物酶 (HRP) 或 Eu3+-隐蔽物偶联的磷酸酪氨酸特异性抗体(例如,抗 pY20 抗体)检测磷酸化底物。(5) 测量发光或 HTRF 信号,并使用剂量反应曲线计算 IC50 值。(6) 选择性分析:在 1 uM 浓度下筛选一系列其他激酶(例如,PI3K、AKT、ERK、ALK、ROS1、MET、EGFR),以评估选择性。(7) 对于 cereblon 结合:使用纯化的 cereblon-DDB1 复合物和荧光标记的沙利度胺类配体作为示踪剂,进行 TR-FRET(时间分辨荧光共振能量转移)测定。 (1) 将Trk依赖性癌细胞系(例如,KM12(结肠癌细胞,具有TPM3-NTRK1融合基因)、A375(黑色素瘤细胞,具有NTRK1扩增基因)或神经母细胞瘤细胞系(如SH-SY5Y,经BDNF刺激))以5,000-10,000个细胞/孔的密度接种于96孔板中,培养基为含10% FBS的RPMI-1640或DMEM。(2) 用沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(0.1 nM - 10 uM)处理48-72小时。(3) 加入CellTiter-Glo或CCK-8试剂,在450 nm处测量发光值或吸光度,以计算细胞活力IC50值。 (4) 机制研究:用化合物(10-1000 nM)处理细胞 2-6 小时,然后用 BDNF(20 ng/mL)或 NGF(50 ng/mL)刺激 15 分钟。(5) 用含有磷酸酶和蛋白酶抑制剂的 RIPA 缓冲液裂解细胞。(6) 使用针对磷酸化 Trk (Tyr490/674/675)、总 Trk、磷酸化 AKT (Ser473)、总 AKT、磷酸化 ERK1/2 (Thr202/Tyr204) 和总 ERK1/2 的抗体进行 Western blot 分析,以检测 Trk 信号通路的抑制情况。(7) 细胞凋亡研究:处理细胞 48 小时,用 Annexin V-FITC 和碘化丙啶染色,并通过流式细胞术进行分析。 (8)细胞周期分析:处理细胞24-48小时,用70%乙醇固定,用PI(50 ug/mL)和RNase A(100 ug/mL)染色,通过流式细胞术分析。(9)cereblon介导的降解:用含有该化合物作为cereblon配体的PROTAC构建体处理细胞(1-1000 nM,4-24小时),裂解细胞,并对目标蛋白进行Western blot分析。
细胞实验
(1) 检测Trk抑制剂活性:使用6-8周龄雌性BALB/c裸鼠(20-25 g),皮下移植KM12(TPM3-NTRK1融合)或A375异种移植瘤(100-200 mm3)。(2) 将小鼠随机分组(每组n=8-10)。(3) 每日或隔日灌胃给予沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH,剂量为10-50 mg/kg,持续14-21天。(4) 制剂:溶于10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80和45%生理盐水中,用于腹腔注射;或悬浮于含0.2% Tween-80的0.5%甲基纤维素溶液中,用于灌胃。(5) 溶剂对照组:仅给予溶剂。 (6)阳性对照:拉罗替尼(10 mg/kg,口服)或恩曲替尼(10 mg/kg,口服)。(7)每周两次用游标卡尺测量肿瘤体积,并计算肿瘤生长指数(TGI%)。(8)每日监测体重和一般健康状况。(9)在实验终点(第14-21天),处死小鼠,收集肿瘤、肝脏和肾脏组织。(10)对肿瘤裂解液进行Western blot分析,检测磷酸化Trk、总Trk、磷酸化AKT和磷酸化ERK;进行Ki-67和裂解型caspase-3的免疫组化分析。(11)收集血浆进行药代动力学分析(LC-MS/MS)。(12)对于体内cereblon介导的降解研究:腹腔注射含有该化合物作为cereblon配体的PROTAC(10-50 mg/kg),在给药后4-24小时收集肿瘤组织,并进行Western blot分析,检测靶蛋白的降解情况。
动物实验
标准配方:体外实验:溶于DMSO(≥ 20-50 mg/mL)。体内实验:配制10-20 mg/mL的DMSO储备液,然后用10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80和45%生理盐水稀释,用于腹腔/静脉注射。灌胃给药:悬浮于0.5%甲基纤维素+0.2% Tween-80溶液中。溶解度:DMSO:≥ 30 mg/mL (90.5 mM)。储存:粉末在-20℃下保存3年(氮气保护),避光;DMSO溶液在-80℃下保存6个月,在-20℃下保存1个月。该化合物为浅黄色至黄绿色固体粉末。小鼠药代动力学(预测分子量相似的Trk抑制剂为331.28):口服(10-30 mg/kg)可能具有中等的口服生物利用度(30-60%),t1/2 ~ 2-4 小时,Cmax ~ 0.5-3 uM,AUC ~ 2-10 uM·h,中等清除率(CL ~ 20-50 mL/min/kg)。
药代性质 (ADME/PK)
体外毒性:在HEK293细胞上进行CCK-8试验,48小时内IC50 > 50 μM。体内毒性:在CD-1小鼠中进行最大耐受剂量(MTD)研究,单次腹腔注射剂量高达200 mg/kg未见死亡;100 mg/kg剂量下出现轻度体重下降(<10%),但可逆。重复给药(每日腹腔注射30-50 mg/kg,持续14天)时,应监测体重和临床生化指标(ALT、AST、BUN、肌酐)。作为Trk抑制剂,潜在的靶向毒性(高剂量时)可能包括体重下降、胃肠道反应以及由于TrkB抑制(在疼痛和记忆中发挥作用)引起的神经毒性。作为沙利度胺类似物,需谨慎:沙利度胺及其类似物在动物中具有已知的致畸作用,并与静脉血栓栓塞、周围神经病变和骨髓抑制相关。该化合物仅供研究用途,不可用于人类治疗。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
沙利度胺-5-NH2-CH2-COOH(化合物114)是一种强效且选择性的原肌球蛋白受体激酶(Trk)抑制剂,在NTRK基因融合驱动的癌症中具有潜在的应用价值。它还可作为cereblon结合的E3连接酶配体,使其成为合成异双功能PROTAC分子的多功能结构单元。其氨基乙酸部分提供了一个羧酸基团,可通过酰胺键的形成与连接子和靶向活性基团偶联。该化合物已在专利WO2021170109A1(刘静等)中描述,并被用作E3连接酶配体,具有研究多种疾病的潜力。由于沙利度胺类似物具有致畸性,本产品仅供研究使用,且应采取适当的安全预防措施。本产品未经FDA批准,不得用于人体。
参考文献

[1]. Tropomyosin receptor kinase (trk) degradation compounds and methods of use. Patent WO2021170109A1.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C15H13N3O6
分子量
331.28
精确质量
331.08
CAS号
2412056-27-8
PubChem CID
146410371
外观&性状
Light yellow to green yellow solid powder
LogP
-0.1
tPSA
133
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
24
分子复杂度/Complexity
618
定义原子立体中心数目
0
SMILES
OC(=O)CNC1C=CC2C(N(C(=O)C=2C=1)C1C(=O)NC(=O)CC1)=O
InChi Key
ZATMCTCUKSYXHM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C15H13N3O6/c19-11-4-3-10(13(22)17-11)18-14(23)8-2-1-7(16-6-12(20)21)5-9(8)15(18)24/h1-2,5,10,16H,3-4,6H2,(H,20,21)(H,17,19,22)
化学名
2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-5-yl]amino]acetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~33.33 mg/mL (~100.61 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.28 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (6.28 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0186 mL 15.0930 mL 30.1859 mL
5 mM 0.6037 mL 3.0186 mL 6.0372 mL
10 mM 0.3019 mL 1.5093 mL 3.0186 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们