PROTAC EED degrader-1

目录号: V82335 纯度: ≥98%

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PROTAC EED degrader-1 是一种基于 von Hippel-Lindau 的 PROTAC 分子，靶向 EED，pKD 为 9.02。

PROTAC EED degrader-1 CAS号: 2639882-72-5
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器

产品描述

PROTAC EED 降解剂-1 是一种基于 von Hippel-Lindau 的 PROTAC 分子，靶向 EED，pKD 为 9.02。PROTAC EED 降解剂-1 是一种多梳抑制复合物 2 (PRC2) 抑制剂，靶向 EED 亚基 (pIC50=8.17)。
PROTAC EED降解剂-1（CAS号：2639882-72-5）是一种基于von Hippel-Lindau (VHL) 的PROTAC（蛋白水解靶向嵌合体）分子，可选择性地靶向并降解胚胎外胚层发育(EED)蛋白。它是一种白色至类白色固体粉末，分子式为C55H60FN11O8S，分子量为1054.20，纯度≥98%。

生物活性&实验参考方法

靶点	VHL EED (Embryonic Ectoderm Development), a core subunit of the polycomb repressive complex 2 (PRC2). It binds to EED with a pKD of 9.02 +/- 0.09 and functions as a PRC2 inhibitor with a pIC50 of 8.17 +/- 0.24, targeting the EED subunit.
体外研究 (In Vitro)	PROTAC EED降解剂-1（化合物PROTAC 2）与EED结合，pKD值为9.02±0.09，pIC50值为8.17±0.24，可抑制PRC2功能[1]。PROTAC EED降解剂-1（0.01-100 μM；14天）可有效抑制EZH2突变型弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞系Karpas422的增殖[1]。在Karpas422细胞中，PROTAC EED降解剂-1（0.1-3 μM；48小时）可降低EED、EZH2和H3K27me3的蛋白水平[1]。在Karpas422细胞中，PROTAC EED降解剂-1（1 μM；1-24小时）可促进EED、EZH2和SUZ12的降解。使用 Karpas422 细胞系进行细胞增殖实验 [1] 的结果显示，细胞增殖能力下降。浓度：0.01、0.1、1、10、100 μM。孵育时间：4、8、12、14 天。第 14 天的 GI50 为 0.045 μM。Western Blot 分析结果 [1]：EED、EZH2 和 H3K27me3 的蛋白水平降低。细胞系：Karpas422 细胞；浓度：0.1、1 和 3 μM；孵育时间：48 小时。在 Karpas422（EZH2 突变型弥漫性大B细胞淋巴瘤）细胞中，PROTAC EED 降解剂-1（0.01-100 uM；14 天）能有效抑制细胞增殖，第 14 天的 GI50 值为 0.045 uM。在 0.1-3 uM 浓度下处理 48 小时，可降低 EED、EZH2 和 H3K27me3 的蛋白水平。在 1 uM 浓度下处理 1-24 小时，可促进 EED、EZH2 和 SUZ12 的降解。
体内研究 (In Vivo)	目前尚无具体的体内数据。作为一种基于VHL的PROTAC，预计在小鼠体内给药时，将配制成10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80和45%生理盐水的溶液，以10-50 mg/kg的剂量进行腹腔注射，每日一次或隔日一次，用于通过Western blot和IHC检测肿瘤异种移植模型（例如Karpas422）中PRC2蛋白的降解情况。
酶活实验	采用表面等离子共振 (SPR) 或荧光偏振 (FP) 法评估与 EED 的结合亲和力。对于 SPR 法：将 EED 蛋白固定在传感器芯片上，然后注入不同浓度 (0.1 nM - 10 uM) 的 PROTAC EED 降解剂-1 以测定其解离常数 (KD)。计算得到的 pKD（KD 的负对数）为 9.02，表明其亲和力为亚纳摩尔级。
细胞实验	Western Blot 分析[1] 细胞类型： Karpas422 细胞测试浓度： 1 μM 孵育时间： 1、2、4、6、8、24 小时实验结果： EED 蛋白水平在处理后 1-2 小时内降低。 (1) 将 Karpas422 细胞（5,000-10,000 个细胞/孔）接种于 96 孔板中，过夜培养。(2) 用浓度为 0.01-100 uM 的 PROTAC EED 降解剂-1 处理细胞 14 天，每 2-3 天更换一次培养基。(3) 加入 CellTiter-Glo 试剂，测量发光值以计算 GI50 (0.045 uM)。(4) 用于蛋白质印迹分析：用浓度为 0.1、1 和 3 uM 的降解剂处理细胞 48 小时，裂解细胞，进行 SDS-PAGE 电泳，并检测 EED、EZH2 和 H3K27me3 的表达。(5) 用于降解时间进程实验：用浓度为 1 uM 的降解剂处理细胞 1、2、4、6、8 和 24 小时，并检测 EED 的表达。
动物实验	目前尚未发表体内动物实验方案。PROTAC 的标准实验方案如下：(1) 6-8 周龄雌性 SCID-beige 小鼠，携带 Karpas422 异种移植瘤（150-200 mm³）。(2) 腹腔注射 PROTAC EED 降解剂-1，剂量为 10-50 mg/kg，每日一次或隔日一次。(3) 制剂：10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45% 生理盐水。(4) 监测肿瘤体积和体重 2-4 周。(5) 收集肿瘤组织进行 Western blot（EED、EZH2、H3K27me3）和 IHC（Ki-67、cleaved caspase-3）分析。
药代性质 (ADME/PK)	体内标准配方：10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween-80 + 45% 生理盐水，用于腹腔注射（澄清溶液）。溶解度：溶于 DMSO（≥ 50 mg/mL，47.44 mM）。LogP：6.7（预测值）。啮齿动物药代动力学（基于类似的 VHL PROTAC 预测）：小鼠静脉给药（10 mg/kg），半衰期约为 2-4 小时，清除率约为 20-40 mL/min/kg，分布容积约为 2-4 L/kg，口服生物利用度约为 10-30%。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	体外毒性：采用 CCK-8 法在 HEK293 细胞上进行检测，PROTAC 单独使用时的 IC50 > 50 μM。体内毒性：在 CD-1 小鼠中进行最大耐受剂量 (MTD) 研究，单次腹腔注射剂量高达 200 mg/kg；以 50-100 mg/kg 的剂量每日一次腹腔注射，连续给药 14 天，监测体重减轻、嗜睡和临床生化指标（ALT、AST、BUN、肌酐）。组织病理学：评估肝脏和肾脏。该化合物仅供研究使用，不得用于人类治疗。
参考文献	[1]. EED-Targeted PROTACs Degrade EED, EZH2, and SUZ12 in the PRC2 Complex. Cell Chem Biol. 2019 Nov 26. pii: S2451-9456(19)30362-9.
其他信息	PROTAC EED降解剂-1是一种首创的基于VHL的PROTAC，靶向PRC2的EED亚基。它能有效降解EED、EZH2和SUZ12蛋白，导致H3K27me3丢失，并在EZH2突变型弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）细胞中产生抗增殖作用。该化合物尚未获得FDA批准，仅供化学表观遗传学和癌症生物学领域的研究使用。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C55H60FN11O8S
分子量	1054.20
精确质量	1053.433
CAS号	2639882-72-5
PubChem CID	145925663
外观&性状	White to off-white solid powder
LogP	6.7
tPSA	265
氢键供体(HBD)数目	5
氢键受体(HBA)数目	16
可旋转键数目(RBC)	21
重原子数目	76
分子复杂度/Complexity	1910
定义原子立体中心数目	3
SMILES	CC1=C(C=CC(=N1)CCC(=O)NCCOC2=CC=C(C=C2)OCC(=O)N[C@H](C(=O)N3C[C@@H](C[C@H]3C(=O)NCC4=CC=C(C=C4)C5=C(N=CS5)C)O)C(C)(C)C)C6=CN=C(N7C6=NN=C7)NCC8=C(C=CC9=C8CCO9)F
InChi Key	FSFJUWLIBSALJI-FENRPDQVSA-N
InChi Code	InChI=1S/C55H60FN11O8S/c1-32-40(43-27-60-54(67-30-62-65-51(43)67)59-26-42-41-20-22-74-46(41)18-17-44(42)56)16-10-36(63-32)11-19-47(69)57-21-23-73-38-12-14-39(15-13-38)75-29-48(70)64-50(55(3,4)5)53(72)66-28-37(68)24-45(66)52(71)58-25-34-6-8-35(9-7-34)49-33(2)61-31-76-49/h6-10,12-18,27,30-31,37,45,50,68H,11,19-26,28-29H2,1-5H3,(H,57,69)(H,58,71)(H,59,60)(H,64,70)/t37-,45+,50-/m1/s1
化学名	(2S,4R)-1-[(2S)-2-[[2-[4-[2-[3-[5-[5-[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methylamino]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-8-yl]-6-methylpyridin-2-yl]propanoylamino]ethoxy]phenoxy]acetyl]amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-4-hydroxy-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO :~150 mg/mL (~142.29 mM)
溶解度 (体内实验)	配方 1 中的溶解度: ≥ 3.75 mg/mL (3.56 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 37.5 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；然后加入450 μL 生理盐水定容至1 mL。生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。配方 2 中的溶解度:* 3.75 mg/mL (3.56 mM) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 37.5 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO :~150 mg/mL (~142.29 mM)

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 3.75 mg/mL (3.56 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 37.5 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；然后加入450 μL 生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: 3.75 mg/mL (3.56 mM) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 37.5 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	0.9486 mL	4.7429 mL	9.4859 mL
	5 mM	0.1897 mL	0.9486 mL	1.8972 mL
	10 mM	0.0949 mL	0.4743 mL	0.9486 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。