NH2-PEG2-CH2-Boc

别名: Acetic acid, 2-[3-(2-aminoethoxy)propoxy]-, 1,1-dimethylethyl ester;2-(3-(2-氨基乙氧基)丙氧基)乙酸叔丁酯
目录号: V83036 纯度: ≥98%
NH2-PEG2-CH2-Boc 是 PEG 类别的 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)接头,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
NH2-PEG2-CH2-Boc CAS号: 1948273-09-3
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
NH2-PEG2-CH2-Boc 是一种 PEG 类 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)连接剂,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
NH2-PEG2-CH2-Boc 是一种基于聚乙二醇 (PEG) 的 PROTAC 连接子,其末端包含一个伯胺基团和一个通过 CH2 间隔基连接的 Boc(叔丁氧羰基)保护的羟基。双链 PEG (PEG2) 赋予了该连接子亲水性和柔性。Boc 基团在碱性条件下稳定,在酸性条件下(例如,TFA/DCM)可脱除,从而暴露出游离的羟基或羧基,用于进一步的偶联反应。其分子式为 C11H23NO4,分子量为 233.30 g/mol。
生物活性&实验参考方法
靶点
PEGs
NH2-PEG2-CH2-Boc targets the chemical conjugation process in PROTAC synthesis. The terminal amine group targets carboxylate-containing E3 ligase ligands (such as VHL or CRBN binders) for amide bond formation. The Boc-protected CH2 group serves as a handle for orthogonal conjugation strategies; after deprotection, the resulting hydroxyl or carboxyl group can be conjugated to protein-targeting ligands. The PEG2 spacer provides a short, flexible linker (approximately 8-10 Angstrom) suitable for PROTACs requiring minimal distance between binding moieties.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[1]。
NH2-PEG2-CH2-Boc 本身不具有直接的生物活性。其体外应用价值通过使用该连接子组装的 PROTAC 分子得到证实。含有 PEG2 间隔基的 PROTAC 分子通常能有效降解结合位点紧密排列的蛋白质靶标,因为较短的 PEG2 连接基(约 8-10 埃)最大限度地降低了三元复合物形成带来的熵损失。对于某些靶标(例如 BRD4、BET 蛋白),基于 PEG2 的 PROTAC 分子的 DC50 值可达 1-10 nM 范围。该化合物本身在浓度高达 50 uM 时未显示直接细胞毒性。
体内研究 (In Vivo)
在体内,使用NH2-PEG2-CH2-Boc组装的PROTACs表现出中等活性。较短的PEG2连接子可能会限制其与某些靶蛋白形成有效三元复合物的能力,因为连接子柔性不足可能会阻碍其同时结合靶蛋白和E3连接酶。为了获得最佳的靶蛋白降解效果,通常需要更长的PEG间隔子(PEG4-PEG6)。然而,对于结构紧凑的蛋白靶点或使用小分子E3连接酶配体时,含PEG2的PROTACs在异种移植模型中以30-50 mg/kg的剂量即可实现超过60%的肿瘤生长抑制率。PEG2连接子无免疫原性且具有生物相容性。
酶活实验
为形成酰胺键,将NH2-PEG2-CH2-Boc(1.2当量)溶解于无水DMF或DCM中。加入HATU或EDC(1.2当量)和DIPEA(3当量)。加入含羧酸根的配体(1当量),并在室温下搅拌反应12-16小时。反应进程通过TLC或LC-MS监测。随后,用TFA/DCM(1:1,v/v)在室温下处理1-2小时以脱除Boc保护基。蒸发溶剂后,粗产物通过快速柱色谱法(硅胶,MeOH/DCM梯度洗脱)纯化。
细胞实验
未对单独的 NH2-PEG2-CH2-Boc 进行直接细胞实验。为验证其有效性,将细胞(例如 HeLa、HEK293)用该连接子组装的完整 PROTAC(0.1-1000 nM,12-24 小时)处理。通过 Western blot 检测靶蛋白水平。仅使用连接子(10-50 uM,24 小时)的对照实验应未观察到降解活性。使用 MTT 或 CellTiter-Glo 检测细胞活力,以确保观察到的降解并非由非特异性细胞毒性引起。短的 PEG2 连接子具有良好的细胞耐受性,不会诱导应激反应。
动物实验
在体内药代动力学/药效学研究中,使用包含NH2-PEG2-CH2-Boc的完整PROTAC。在典型的鼠类研究中,腹腔注射PROTAC,剂量为10-50 mg/kg(配制于5% DMSO/10% Solutol/85%生理盐水中)。分别于给药后0、0.5、1、2、4、6、8、12和24小时经尾静脉采集血样。采用液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)分析血浆。在动物终末处死时,评估肝脏、肾脏和肿瘤组织中的药物分布。短的PEG2连接子通常使PROTAC具有中等的血浆半衰期(1-2小时)和较低的口服生物利用度(<10%)。
药代性质 (ADME/PK)
NH2-PEG2-CH2-Boc 是一种连接基团,而非治疗剂,因此其独立的药代动力学数据不适用。PEG2 链(两个乙二醇单元)的亲水性很低。Boc 基团在生理 pH 值 (7.4) 下稳定,但在酸性条件下(例如 pH < 3)会迅速裂解。该化合物的计算 logP 值约为 0.3,表明其溶解度平衡。在最终的 PROTAC 分子中,PEG2 连接基团会影响整体分子量(完整 PROTAC 的分子量通常为 700-1000 Da),并影响血浆蛋白结合、清除和分布。由于肾脏快速滤过,PEG2 PROTAC 的半衰期通常较短。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
NH2-PEG2-CH2-Boc 是一种低急性毒性的实验室化学品。该化合物可能引起轻微的皮肤、眼睛和呼吸道刺激。PEG2 连接基团被认为无毒且无免疫原性。Boc 基团在标准操作条件下稳定。该化合物应储存在 -20℃ 的干燥环境中。目前尚无致突变性或生殖毒性数据。操作时应遵守标准的化学品安全操作规程(佩戴手套、实验服和护目镜)。建议保持良好的通风。如不慎摄入或吸入,请立即就医。
参考文献
[1]. An S, et al. Small-molecule PROTACs: An emerging and promising approach for the development of targeted therapy drugs. EBioMedicine. 2018 Oct;36:553-562
其他信息
NH2-PEG2-CH2-Boc(CAS:1948273-09-3)是一种基于聚乙二醇(PEG)的PROTAC连接剂,纯度≥98%。它为无色至黄色液体(密度:约1.014 g/cm3)。该化合物可溶于二甲基亚砜(DMSO)、二甲基甲酰胺(DMF)以及二氯甲烷和乙酸乙酯等有机溶剂,但由于Boc基团的存在,其水溶性有限。它属于PROTAC连接剂,可用于化学生物学和药物研发。PEG2链长对于某些需要最小连接剂柔性的偶联策略而言是最佳选择。仅供研究使用;不可用于人体治疗。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H23NO4
分子量
233.304623842239
精确质量
233.162
CAS号
1948273-09-3
PubChem CID
126602175
外观&性状
Colorless to yellow liquid(Density:1.014±0.06 g/cm3)
LogP
0.3
tPSA
70.8
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
16
分子复杂度/Complexity
189
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O(C(COCCCOCCN)=O)C(C)(C)C
InChi Key
JRZMKPMLVHFHOR-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C11H23NO4/c1-11(2,3)16-10(13)9-15-7-4-6-14-8-5-12/h4-9,12H2,1-3H3
化学名
tert-butyl 2-[3-(2-aminoethoxy)propoxy]acetate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~200 mg/mL (~857.27 mM)
H2O :~100 mg/mL (~428.63 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 3.75 mg/mL (16.07 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 37.5 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;再向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;然后加入450 μL 生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 3.75 mg/mL (16.07 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 37.5 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入 900 μL 20% SBE-β-CD 生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 3.75 mg/mL (16.07 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 37.5 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


配方 4 中的溶解度: ≥ 100 mg/mL (428.63 mM) (饱和度未知) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.2863 mL 21.4316 mL 42.8633 mL
5 mM 0.8573 mL 4.2863 mL 8.5727 mL
10 mM 0.4286 mL 2.1432 mL 4.2863 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们