(R)-BAY1238097

别名: R-isomer of BAY-1238097; BAY1238097; BAY-1238097; BAY 1238097; BAY 12-38097; BAY 123; BAY-123; BAY12-38097; BAY-12-38097
目录号: V4201 纯度: ≥98%
R)-BAY1238097 是 BAY-1238097 的 R 异构体,活性低于 BAY1238097。
(R)-BAY1238097 CAS号: 1564269-85-7
产品类别: Epigenetic Reader Domain
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
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  • (rac)-BAY1238097
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纯度: ≥98%

产品描述
(R)-BAY1238097 是 BAY-1238097 的 R 异构体,活性低于 BAY1238097。 BAY1238097 是一种新型、有效、选择性的 BET(溴结构域和末端外)抑制剂,可与组蛋白结合,靶向 NFKB/TLR/JAK/STAT 信号通路、MYC 和 E2F1 调节基因、细胞周期调节和染色质结构。它通过下调 c-Myc 水平及其下游转录组(TR-FRET 测定中的 IC50 <100 nM),在不同的 AML(急性髓性白血病)和 MM(多发性骨髓瘤)模型中具有强大的抗增殖活性。在体外,BAY 1238097 在使用 BET BRD4 溴结构域 1 和源自组蛋白 H4 的乙酰化肽的 TR-FRET 测定中显示出很强的抑制活性 (IC50 < 100 nM)。在 NanoBRET 测定中,BRD4、BRD3 或 BRD2 与 H4 之间的相互作用受到抑制,IC50 值为 63 nM、609 nM 和 2430 nM,显示该化合物对 BRD4 的选择性。在处理的 MOLM-13 (AML) 和 MOLP-8 (MM) 细胞系中观察到 c-Myc 转录物和蛋白质水平大幅降低。在这些模型中进行的 ChIP 实验还表明,BAY 1238097 阻止 BRD4 与 c-Myc 调控区的结合。在体内,BAY 1238097 在 AML 模型 THP-1、MOLM-13 和 KG-1 中显示出强大的功效,T/C 在 13% 至 20% 之间。总体而言,该化合物在 MTD 下具有良好的耐受性,在最低点时体重减轻了 5-9%。 BAY 1238097 也活跃在 MM 型号中。在人 IGH-细胞周期蛋白 D1 易位 MOLP-8 模型中观察到疗效,T/C 为 3%,而标准治疗药物硼替佐米和来那度胺无活性或活性较差。在此模型中,BAY 1238097 在 14 天内以 10 mg/kg 的剂量施用时具有良好的耐受性,未测量到体重减轻。 BAY 1238097 对 FGFR/MMSET 易位模型 NCIH929 也具有活性,其 T/C 为 19%,而标准护理来那度胺的 T/C 为 49%。该化合物以 12 mg/kg 的剂量施用 9 天,耐受性良好(最大体重减轻 6%)。
生物活性&实验参考方法
靶点
In vitro, BAY 1238097 showed strong inhibitory activity (IC50 < 100 nM) in a TR-FRET assay using BET BRD4 bromodomain 1 and an acetylated peptide derived from histone H4. In the NanoBRET assay, the interaction between BRD4, BRD3 or BRD2 and H4 was inhibited with IC50 values of 63 nM, 609 nM and 2430 nM, showing selectivity of the compound for BRD4. A strong reduction of c-Myc transcript and protein levels was observed in treated MOLM-13 (AML) and MOLP-8 (MM) cell lines. ChIP experiments performed in these models additionally revealed that BAY 1238097 prevented binding of BRD4 to c-Myc regulatory regions.
体外研究 (In Vitro)
体外实验中,BAY 1238097 在使用 BET BRD4 溴结构域 1 和源自组蛋白 H4 的乙酰化肽的 TR-FRET 测定中表现出强抑制活性 (IC50 < 100 nM)。在 NanoBRET 测定中,BRD4、BRD3 或 BRD2 与 H4 之间的相互作用受到抑制,IC50 值分别为 63 nM、609 nM 和 2430 nM,表明该化合物对 BRD4 具有选择性。在经处理的 MOLM-13 (AML) 和 MOLP-8 (MM) 细胞系中观察到 c-Myc 转录本和蛋白质水平的显著降低。在这些模型中进行的 ChIP 实验还表明,BAY 1238097 可阻止 BRD4 与 c-Myc 调节区结合。
(R)-BAY1238097 在包含51个淋巴瘤来源的细胞系组中显示出抗增殖活性,其中位半数抑制浓度(IC50)为231 nmol/L(95%置信区间:161–280 nmol/L)。其在B细胞淋巴瘤模型中的活性高于T细胞淋巴瘤模型。[2]
(R)-BAY1238097 的抗肿瘤活性主要是细胞抑制性的。处理(500 nmol/L,72小时)可在数个弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)细胞系中诱导细胞周期停滞在G1期,并减少G2/M期细胞。[2]
在用500 nmol/L (R)-BAY1238097 处理72或96小时的八个细胞系中观察到时间依赖性的细胞凋亡。[2]
对生发中心B细胞(GCB)DLBCL细胞系(DOHH-2)暴露于500 nmol/L (R)-BAY1238097 8、12或24小时的基因表达谱(GEP)分析显示,MYC、NOTCH、E2F的靶基因以及NF-κB/MYD88和mTOR/AKT信号通路成员被下调。上调的转录本主要代表组蛋白。[2]
(R)-BAY1238097 在体外与EZH2抑制剂DZNep和GSK126具有协同作用,尤其是在EZH2突变的GCB-DLBCL细胞系中。[2]
(R)-BAY1238097 在体外与mTOR抑制剂依维莫司在测试的8个DLBCL细胞系中的7个具有协同作用。[2]
(R)-BAY1238097 在体外与BTK抑制剂伊布替尼在2个携带MYD88 L265P突变的ABC-DLBCL细胞系中具有协同作用,但在MYD88野生型的ABC-DLBCL细胞中未观察到益处。[2]
(R)-BAY1238097 处理下调了GCB-DLBCL细胞系中的EZH2蛋白水平和组蛋白修饰H3K27me3(EZH2活性的标志物)。与GSK126联用导致H3K27me3更显著的下调。[2]
(R)-BAY1238097(500 nmol/L)处理下调了两个GCB-DLBCL细胞系中的磷酸化AKT(pAKT)水平。[2]
在DLBCL细胞系中进行的染色质免疫沉淀(ChIP)实验显示,用500 nmol/L (R)-BAY1238097 处理3小时减少了BRD4与EZH2基因上游调控区域的结合。[2]
EZH2基因体细胞突变的存在与GCB-DLBCL细胞系对(R)-BAY1238097的更高敏感性相关。MYD88 L265P突变与ABC-DLBCL细胞系的更高敏感性相关。[2]
体内研究 (In Vivo)
在体内实验中,BAY 1238097 在 AML 模型 THP-1、MOLM-13 和 KG-1 中表现出很强的疗效,T/C 介于 13% 和 20% 之间。总体而言,该化合物在 MTD 时耐受性良好,体重在最低点时减轻 5-9%。BAY 1238097 在 MM 模型中也具有活性。在 T/C 为 3% 的人类 IGH-cyclin D1 易位 MOLP-8 模型中观察到疗效,而标准治疗药物硼替佐米和来那度胺无效或活性较差。在该模型中,BAY 1238097 在 14 天内以 10 mg/kg 的剂量应用时耐受性良好,未测量到体重减轻。 BAY 1238097 还对 FGFR/MMSET 易位模型 NCIH929 有活性,T/C 为 19%,而标准治疗药物来那度胺的 T/C 为 49%。该化合物以 12 mg/kg 剂量连续使用 9 天(最大体重减轻 6%),耐受性良好。
对每天使用 2 mg/kg BAY 1238097 治疗 14 天的大鼠的肝脏、血液和十二指肠进行基因表达分析,结果显示其对参与细胞增殖和体内免疫反应的基因有显著影响。
在SU-DHL-8(GCB-DLBCL)异种移植模型(建立于SCID小鼠中)中,口服给予(R)-BAY1238097,按其最大耐受剂量(MTD)15 mg/kg每日一次,连续12天,与载体对照组相比,显著抑制了肿瘤生长。在接种后第14天,治疗组/对照组(T/C)肿瘤体积比率为15%。[2]
在OCI-LY-3(ABC-DLBCL)异种移植模型(建立于SCID小鼠中)中,口服给予(R)-BAY1238097,按其MTD 45 mg/kg每周两次,连续4周,显著抑制了肿瘤生长。在接种后第48天,T/C比率为23%。[2]
细胞实验
使用标准MTT(3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-2,5-二苯基四氮唑溴盐)法评估(R)-BAY1238097的抗增殖活性。将淋巴瘤细胞系暴露于不同浓度的化合物中72小时。测量吸光度,并根据剂量反应曲线计算IC50和LC50值。[2]
通过用膜联蛋白V和7-氨基放线菌素D(7-AAD)对(R)-BAY1238097处理后的细胞进行染色来评估细胞凋亡。通过流式细胞术分析细胞以量化凋亡细胞百分比。[2]
通过流式细胞术分析(R)-BAY1238097处理后的细胞周期分布。固定细胞、透化,用DNA结合染料(如碘化丙啶)染色,测量DNA含量以确定处于细胞周期不同阶段(G1期、S期、G2/M期)的细胞百分比。[2]
对于蛋白质印迹(Western blotting),裂解细胞并提取蛋白质。通过SDS-PAGE分离蛋白质,转移至膜上,并用特异性一抗(如抗BRD4、MYC、EZH2、H3K27me3、组蛋白H3、磷酸化AKT、AKT、磷酸化mTOR、GAPDH的抗体)进行孵育。与偶联辣根过氧化物酶的适当二抗孵育后,使用化学发光法检测信号。[2]
进行染色质免疫沉淀(ChIP)以评估BRD4与EZH2启动子区域的结合。用(R)-BAY1238097或DMSO处理细胞,用甲醛交联并裂解。超声处理染色质以剪切DNA。使用特异性抗BRD4抗体免疫沉淀BRD4结合的DNA片段。逆转交联后,使用针对EZH2上游调控区域的特异性引物,通过定量实时PCR对纯化的DNA进行定量。[2]
使用微阵列技术(HumanHT-12 v4表达珠芯片)进行基因表达谱分析。从用(R)-BAY1238097或DMSO对照处理的细胞中提取总RNA,标记并杂交到微阵列芯片上。扫描荧光信号,并分析数据以识别差异表达基因。进行基因集富集分析(GSEA)以识别富集的生物学通路。[2]
通过将细胞暴露于(R)-BAY1238097和第二种药物(如GSK126、依维莫司、伊布替尼)的单独及联合系列稀释液中进行药物联合研究。72小时后测量细胞活力。使用Chou-Talalay方法计算联合指数(CI)来确定协同、相加或拮抗作用。CI < 0.9表示协同作用,CI在0.9至1.1之间表示相加作用,CI > 1.1表示无益/拮抗作用。[2]
动物实验
For in vivo efficacy studies, severe combined immunodeficiency (SCID) female mice (9–12 weeks old) were used.
In the SU-DHL-8 (GCB-DLBCL) model, mice were inoculated subcutaneously with 5 × 10^6 SU-DHL-8 cells suspended in Matrigel. Treatment began on day 4 post-inoculation. (R)-BAY1238097 was formulated as a solution in 0.9% NaCl in water, adjusted to pH 4. It was administered orally (p.o.) at a dose volume of 10 ml/kg. The treatment group received (R)-BAY1238097 at its maximum tolerated dose (MTD) of 15 mg/kg once daily for 12 consecutive days. The control group received the vehicle solution. Tumor volumes were measured twice a week. [2]
In the OCI-LY-3 (ABC-DLBCL) model, mice were inoculated subcutaneously with OCI-LY-3 tumor fragments. Treatment started on day 21 post-inoculation when tumors reached a median size. (R)-BAY1238097 was formulated as above and administered orally (p.o.) at its MTD of 45 mg/kg using an intermittent schedule (twice a week) for 4 weeks. The control group received the vehicle solution. Tumor volumes were measured twice a week. [2]
Body weight was monitored daily as an indicator of toxicity. [2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
The maximum tolerated dose (MTD) of (R)-BAY1238097 was determined to be 15 mg/kg for daily administration and 45 mg/kg for twice-weekly administration in SCID mice bearing lymphoma xenografts. [2]
In the SU-DHL-8 model, treatment with 15 mg/kg daily resulted in a maximal mean body weight loss of 6%. In the OCI-LY-3 model, treatment with 45 mg/kg twice weekly resulted in a maximal mean body weight loss of 9%. Body weight loss ≥20% was predefined as excessive toxicity, which was not observed at the MTDs used. [2]
参考文献

[1]. (2015) Abstract 3524: BAY 1238097, a novel BET inhibitor with strong efficacy in hematological tumor models. Cancer Research, 75(15 Suppl), 884.

[2]. Preclinical evaluation of the BET bromodomain inhibitor BAY 1238097 for the treatment of lymphoma. Br J Haematol. 2017 Sep;178(6):936-948.

其他信息
(R)-BAY1238097 is a novel BET bromodomain inhibitor with promising preclinical anti-lymphoma activity. [2]
Its mechanism of action involves interference with the transcription of key oncogenes and signaling pathways (e.g., MYC, NF-κB, mTOR) by inhibiting the binding of BET proteins (like BRD4) to acetylated histones. [2]
Sensitivity to (R)-BAY1238097 was associated with specific genetic features, such as EZH2 mutations in GCB-DLBCL and MYD88 L265P mutations in ABC-DLBCL, suggesting potential predictive biomarkers. [2]
The study proposes rational combination strategies for (R)-BAY1238097 with inhibitors of EZH2, mTOR, and BTK based on observed in vitro synergism and shared pathway disruptions. [2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H33N5O3
分子量
451.56
精确质量
451.258
CAS号
1564269-85-7
相关CAS号
BAY1238097;1564268-08-1
PubChem CID
90041345
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
2.4
tPSA
69.6
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
688
定义原子立体中心数目
1
SMILES
C1CN(C)CCN1C1=CC=C(C=C1)C1=NN(C(=O)NC)[C@@H](CC2C1=CC(=C(C=2)OC)OC)C
InChi Key
CJIPEACKIJJYED-KRWDZBQOSA-N
InChi Code
InChI=1R/C25H33N5O3/c1-17-14-19-15-22(32-4)23(33-5)16-21(19)24(27-30(17)25(31)26-2)18-6-8-20(9-7-18)29-12-10-28(3)11-13-29/h6-9,15-17H,10-14H2,1-5H3,(H,26,31)/t17-/m0/s1
化学名
(R)-7,8-dimethoxy-N,4-dimethyl-1-(4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl)-4,5-dihydro-3H-benzo[d][1,2]diazepine-3-carboxamide
别名
R-isomer of BAY-1238097; BAY1238097; BAY-1238097; BAY 1238097; BAY 12-38097; BAY 123; BAY-123; BAY12-38097; BAY-12-38097
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~150 mg/mL (~332.18 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.54 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.54 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.2145 mL 11.0727 mL 22.1455 mL
5 mM 0.4429 mL 2.2145 mL 4.4291 mL
10 mM 0.2215 mL 1.1073 mL 2.2145 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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