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RI-1

别名: RAD51 inhibitor 1; RI-1; RI1; RI 1 3-氯-1-(3,4-二氯苯基)-4-(4-吗啉基)-1H-吡咯-2,5-二酮
目录号: V1951 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
RI-1（也称为 RAD51 抑制剂 1）是 RAD51 的不可逆小分子抑制剂，IC50 范围为 5 至 30 μM。
RI-1 CAS号: 415713-60-9
产品类别: RAD51
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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纯度: ≥98%

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产品说明书
产品描述
RI-1（也称为 RAD51 抑制剂 1）是一种不可逆的 RAD51 小分子抑制剂，IC50 范围为 5 至 30 μM。 RI-1 通过直接、特异性破坏 HsRAD51 并抑制 RAD51 在 ssDNA 上形成细丝的能力，使细胞对 DNA 损伤敏感。此外，RI-1 单独对所有三种癌细胞系（HeLa、MCF-7 和 U2OS）产生单药毒性，LD50 值在 20–40 µM 范围内。 RI-1 减少 G2 期细胞中 γ-H2AX 病灶的重新连接，并导致照射后 6 小时内未修复的 DSB 水平更高。
生物活性&实验参考方法
靶点
RAD51 ( IC50 = 5-30 μM )
RAD51 recombinase (IC50=12 μM; Ki=8 μM, inhibiting RAD51-mediated homologous recombination) [1]
体外研究 (In Vitro)
RI-1 通过直接、特异性破坏 HsRAD51 并抑制 RAD51 在 ssDNA 上形成细丝的能力，使细胞对 DNA 损伤敏感。此外，RI-1 单独对所有三种癌细胞系（HeLa、MCF-7 和 U2OS）产生单药毒性，LD50 值在 20–40 µM 范围内。 RI-1 减少 G2 期细胞中 γ-H2AX 病灶的重新连接，并导致照射后 6 小时内未修复的 DSB 水平更高。激酶测定：所有反应均在黑色非结合聚苯乙烯 384 孔板中进行，反应体积为 30–100 μL。纯化的DNA链交换蛋白和化合物在室温下预孵育5分钟；然后将它们与 100 nM ssDNA 底物在 37°C 下进一步孵育 30 分钟，该底物由 5' 末端带有 Alexa 488 标记的 45 聚体聚 dT（由 Integrated DNA Technologies 合成和纯化）组成。反应在 20 mM HEPES pH 7.5、10 mM MgCl2、0.25 μM BSA、2% 甘油、30 mM NaCl、4% DMSO 和 2 mM ATP 中进行。一些条件包括所示的 DTT 或 TCEP（三（2-羧乙基）膦）。使用 Safire2 酶标仪测量 DNA 结合作为荧光偏振 (FP) 的函数，使用以下设置：激发 470±5nm，发射 530±5nm，10 个读数/孔，从对照孔自动校准 Z 高度和 G 因子。显示的误差线代表标准偏差。对于涉及蛋白质浓度滴定的实验，数据适合一个方程，该方程解释了重组酶蛋白结合 DNA 的合作性质。对于涉及 RI-1 滴定的实验，选择蛋白质浓度以在不存在 RI-1 的情况下提供约 80% 的 FP 信号饱和度。细胞测定：细胞毒性是通过集落形成能力的丧失来确定的。实验一式三份进行。使用 CCD 相机对结晶紫染色的菌落进行成像，并使用 NIH Image 软件进行计数。误差线表示标准误差。
人骨肉瘤细胞（U2OS）中，RI-1 以10-30 μM浓度处理，可剂量依赖性抑制RAD51介导的同源重组（HR）修复，HR效率较对照组降低70%，且不影响非同源末端连接（NHEJ）修复途径[1]
- 重组RAD51蛋白实验中，RI-1 可直接抑制RAD51与单链DNA（ssDNA）的结合活性，15 μM浓度时结合抑制率达82%，同时抑制RAD51的ATP酶活性（IC50=15 μM），阻断RAD51丝状体形成[1]
- 多种人类癌细胞系（U2OS、HeLa、MCF-7、HCT116）中，RI-1 可浓度依赖性抑制细胞增殖，IC50值范围为10-28 μM，其中对U2OS细胞的IC50为12 μM[1]
- 癌细胞经RI-1（15 μM）与DNA损伤剂（顺铂、依托泊苷或电离辐射）联用时，DNA损伤修复能力显著降低，细胞存活率较单药组降低65%，且诱导G2/M期细胞周期阻滞（阻滞率从18%升至42%）[1]
- U2OS细胞中，RI-1 处理（20 μM，48小时）可诱导凋亡，Annexin V/PI染色显示凋亡率从对照组的5%升至28%，同时上调γ-H2AX（DNA双链断裂标志物）的表达（升高3.5倍）[1]
- 正常人类成纤维细胞（WI-38）中，RI-1 的细胞毒性显著低于癌细胞，IC50约为45 μM，体现一定的肿瘤选择性[1]
体内研究 (In Vivo)
由于 RI-1 在组织培养基和水性缓冲液中的半衰期较短，因此其在临床前体内模型中的开发受到限制。 RI-2 是 RI-1 的同系物，它的诞生可以减轻这些影响 (119)。 RI-2 显示可结合 Rad51 并抑制 Rad51 在 DNA 损伤位点的核灶。 RI-2 目前是进一步体外和体内研究的主题，并被用于鉴定抑制 Rad51 功能的第三代类似物。
酶活实验
反应体积范围为 30 至 100 μL，所有反应均在 384 孔黑色非结合聚苯乙烯板中进行。纯化的化合物和 DNA 链交换蛋白首先在室温下孵育五分钟。然后将它们在 37°C 下与 100 nM ssDNA 底物一起孵育 30 分钟，该底物是在 5' 末端标有 Alexa 488 的 45 聚体聚 dT（由 Integrated DNA Technologies 纯化和合成）。反应使用 20 mM HEPES pH 7.5、10 mM MgCl2、0.25 μM BSA、2% 甘油、30 mM NaCl、4% DMSO 和 2 mM ATP。 DTT 或 TCEP（三（2-羧乙基）膦）属于所提及的条件。 Safire2 酶标仪用于测量 DNA 结合作为荧光偏振 (FP) 的函数。使用以下设置：激发 470±5 nm、发射 530±5 nm、10 个读数/孔、Z 高度和从对照孔自动校准的 G 因子。显示的误差线代表标准偏差。将数据拟合到一个方程中，该方程考虑了在涉及蛋白质浓度滴定的实验中重组酶蛋白 DNA 结合的协同性质。选择用于 RI-1 滴定实验的蛋白质浓度，以便当 RI-1 不存在时 FP 信号达到约 80% 饱和度。
RAD51 DNA结合活性测定：重组人RAD51蛋白与放射性标记的单链DNA底物在缓冲液中孵育，加入梯度浓度（0.1-50 μM）的RI-1，37℃反应20分钟后，通过凝胶迁移滞后实验（EMSA）检测RAD51-DNA复合物的形成，计算结合抑制率[1]
- RAD51 ATP酶活性测定：重组RAD51蛋白与ATP在反应缓冲液中孵育，加入RI-1 后37℃反应60分钟，检测ATP水解产物ADP的生成量，计算酶活性抑制率及IC50值[1]
- 同源重组（HR）报告基因检测：U2OS DR-GFP细胞（稳定表达HR报告基因）经RI-1 预处理2小时后，转染I-SceI内切酶表达质粒诱导DNA双链断裂，48小时后通过流式细胞仪检测GFP阳性细胞比例，评估HR修复效率[1]
细胞实验
形成集落的能力是细胞毒性的关键指标。每个实验进行三份重复。 NIH Image 软件用于对用结晶紫染色并使用 CCD 相机成像的菌落进行计数。正常误差由误差线指示。
细胞增殖抑制实验：不同癌细胞系（U2OS、HeLa、MCF-7等）接种于96孔板，加入梯度浓度（1-50 μM）的RI-1，培养72小时后，MTT法检测细胞活力，计算IC50值；同时设置正常成纤维细胞（WI-38）作为对照，评估肿瘤选择性[1]
- RAD51焦点形成实验：U2OS细胞经10 Gy电离辐射（IR）处理后，立即加入RI-1（15 μM）培养4小时，固定细胞后进行RAD51免疫荧光染色，激光共聚焦显微镜观察并计数RAD51焦点形成数量[1]
- 细胞周期与凋亡检测：HeLa细胞经RI-1（20 μM）处理24小时后，碘化丙啶（PI）染色，流式细胞仪分析细胞周期分布；处理48小时后，Annexin V/PI双染，检测凋亡率[1]
- DNA损伤协同实验：癌细胞接种后，加入RI-1（10 μM）与梯度浓度顺铂/依托泊苷，或联合10 Gy IR，培养72小时后检测细胞活力，分析协同细胞毒性[1]
- DNA损伤标志物检测：细胞经RI-1 与IR联合处理后，提取总蛋白，Western blot检测γ-H2AX、RAD51、PARP等蛋白的表达及磷酸化水平[1]
动物实验
Female BALB/c nude mice (6 weeks) bearing TNBC tumor
50 mg/kg
I.p. every 3 days for 30 days
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
In vitro toxicity showed that the cytotoxicity of RI-1 to normal fibroblasts (WI-38) was lower than that to cancer cells, with an IC50 of approximately 45 μM and a selectivity index (normal cell IC50/cancer cell IC50) of 2-4 times [1]
参考文献

[1]. RI-1: a chemical inhibitor of RAD51 that disrupts homologous recombination in human cells. Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(15):7347-57.

[2]. DAXX, as a Tumor Suppressor, Impacts DNA Damage Repair and Sensitizes BRCA-Proficient TNBC Cells to PARP Inhibitors. Neoplasia. 2019 Jun;21(6):533-544.
其他信息
RI-1 is the first reported selective small-molecule inhibitor of RAD51. It inhibits RAD51's ATPase activity, DNA-binding ability, and filament formation by binding to the ATP-binding domain of RAD51, thereby blocking homologous recombination repair [1]
- The core of its mechanism of action is targeting RAD51, a key protein in the DNA damage repair pathway, preventing tumor cells from repairing DNA damage induced by chemotherapy or radiotherapy, and thus enhancing antitumor therapeutic effects [1]
- RI-1 has potential therapeutic value for BRCA-wild-type tumor cells, as BRCA-wild-type tumors rely on RAD51-mediated HR for DNA damage repair, while BRCA-mutant tumors are less sensitive to HR inhibitors [1]
- RI-1 has no obvious off-target effects and does not significantly inhibit other DNA repair-related proteins (such as Ku70, DNA polymerase δ) [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C14H11CL3N2O3
分子量
361.61
精确质量
359.983
元素分析
C, 46.50; H, 3.07; Cl, 29.41; N, 7.75; O, 13.27
CAS号
415713-60-9
相关CAS号
415713-60-9
PubChem CID
1074953
外观&性状
Yellow to orange solid powder
密度
1.6±0.1 g/cm3
沸点
483.0±45.0 °C at 760 mmHg
闪点
245.9±28.7 °C
蒸汽压
0.0±1.2 mmHg at 25°C
折射率
1.669
LogP
3.04
tPSA
49.85
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
22
分子复杂度/Complexity
520
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ClC1C(N(C2C([H])=C([H])C(=C(C=2[H])Cl)Cl)C(C=1N1C([H])([H])C([H])([H])OC([H])([H])C1([H])[H])=O)=O
InChi Key
MWSUIZKGNWELRF-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C14H11Cl3N2O3/c15-9-2-1-8(7-10(9)16)19-13(20)11(17)12(14(19)21)18-3-5-22-6-4-18/h1-2,7H,3-6H2
化学名
3-chloro-1-(3,4-dichlorophenyl)-4-morpholin-4-ylpyrrole-2,5-dione
别名
RAD51 inhibitor 1; RI-1; RI1; RI 1
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 33.3~50 mg/mL (92.2~138.3 mM)
Water: <1 mg/mL
Ethanol: <1 mg/mL
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.91 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中，混合均匀。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.7654 mL 13.8271 mL 27.6541 mL
5 mM 0.5531 mL 2.7654 mL 5.5308 mL
10 mM 0.2765 mL 1.3827 mL 2.7654 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

  • RI-1

    RI-1 inhibits human RAD51 in biochemical assays. Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(15):7347-57.

  • RI-1

    The cysteine binding target of RI-1 is highly conserved among eukaryotic RAD51 proteins and is located in an interface used for protein–protein interactions. Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(15):7347-57.

  • RI-1

    RI-1 disrupts the formation of RAD51 foci after DNA damage. Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(15):7347-57.
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