THAL-SNS-032

别名: THAL-SNS 032; THAL SNS-032; THAL-SNS032; THAL-SNS-032; THALSNS032; THAL SNS 032; THALSNS-032 N-(5-(((5-(tert-Butyl)oxazol-2-yl)methyl)thio)thiazol-2-yl)-1-(14-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)-2-oxo-6,9,12-trioxa-3-azatetradecyl)piperidine-4-carboxamide
目录号: V3487 纯度: ≥98%
THAL-SNS-032 是一种新型、有效、选择性的 CDK9 降解剂,基于 PROTAC 技术降解 CDK9。
THAL-SNS-032 CAS号: 2139287-33-3
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
THAL-SNS-032 是一种新型、有效、选择性的 CDK9 降解剂,基于 PROTAC 技术降解 CDK9。 THAL-SNS-032 由与沙利度胺连接的 CDK 结合 SNS-032 配体组成,沙利度胺是结合 E3 泛素连接酶 Cereblon (CRBN) 的 E3 连接酶配体。细胞周期蛋白依赖性激酶 9 (CDK9) 是转录延伸的重要调节因子,是癌症治疗的一个有前景的靶点,特别是对于由转录失调驱动的癌症。 THAL-SNS-032 诱导 CDK9 快速降解,而不影响其他 SNS-032 靶标的水平。此外,THAL-SNS-032 引起的转录变化比 SNS-032 诱导的转录变化更像 NVP-2 引起的转录变化。值得注意的是,化合物冲洗并没有显着降低 THAL-SNS-032 诱导的细胞凋亡水平,这表明与 CDK9 抑制相比,CDK9 降解具有延长的细胞毒性作用。因此,研究结果表明,沙利度胺缀合代表了一种将多靶点抑制剂转化为选择性降解剂的有前途的策略,并揭示了与抑制相比,激酶降解可以诱导不同的药理作用。
生物活性&实验参考方法
靶点
THAL-SNS-032 is a proteolysis-targeting chimera (PROTAC) that selectively degrades cyclin-dependent kinase 9 (CDK9) by bridging CDK9 and cereblon (CRBN, the substrate receptor of the CRL4CRBN E3 ubiquitin ligase) (human CDK9/CycT1 complex: IC50 = 12 nM for kinase activity inhibition [1]
; DC50 (half-maximal degradation concentration) of CDK9 in MOLT-4 cells = 3 nM [1]
; CRBN binding: Ki = 0.8 μM for thalidomide moiety interaction [1]
; >50-fold selectivity for CDK9 over other CDKs (CDK2: DC50 = 180 nM, CDK7: DC50 = 220 nM, CDK1: DC50 > 500 nM) [1]
; no significant binding to non-CDK kinases (e.g., MAPK, AKT) with IC50 > 10 μM [1]
)
体外研究 (In Vitro)
THAL-SNS-032 可双向诱导 CDK9 降解 [1]。 THAL-SNS-032 会降低聚合酶 II 的伸长率[1]。 THAL-SNS-032 的 IC50 为 50 nM,可抑制 MOLT4 细胞的生长[1]。
1. THAL-SNS-032(0.1-100 nM)在人T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)细胞系(MOLT-4、CCRF-CEM)和多发性骨髓瘤细胞系(MM.1S、RPMI-8226)中剂量依赖性诱导CDK9的泛素化和蛋白酶体降解,在MOLT-4细胞中的DC50为3 nM;20 nM浓度下4小时内即可实现CDK9的最大降解(>90%),且降解状态可持续24小时(蛋白质免疫印迹分析)[1]
2. 在MOLT-4细胞中,THAL-SNS-032(1-50 nM)处理72小时后抑制细胞增殖的IC50为5 nM(CCK-8实验),而对正常人外周血单个核细胞(PBMCs)的抑制活性低10倍,IC50为52 nM [1]
3. 对MOLT-4细胞的蛋白质免疫印迹分析显示,10 nM的THAL-SNS-032在2小时内完全消除RNA聚合酶II(RNAPII)C末端结构域(CTD)Ser2位点的磷酸化(CDK9的关键下游底物),并在6小时内使短寿命抗凋亡蛋白(MCL-1、BCL-2)的表达分别降低85%和70%[1]
4. 对MM.1S细胞的实时定量PCR(qPCR)检测发现,5 nM的THAL-SNS-032在8小时内使CDK9依赖性的致癌基因(MYC、IRF4)转录延伸的mRNA水平下调80-85%,而对管家基因(GAPDH、ACTB)的表达无显著影响[1]
5. THAL-SNS-032(20 nM)处理MOLT-4细胞24小时和48小时后,分别诱导60%和80%的凋亡细胞(流式细胞术Annexin V/PI染色),这一过程伴随凋亡标志物切割的caspase-3和PARP的表达分别上调90%和85%(蛋白质免疫印迹)[1]
6. 在MOLT-4细胞中,CRBN抑制剂来那度胺(10 μM)或蛋白酶体抑制剂硼替佐米(5 nM)可逆转THAL-SNS-032对CDK9的降解效应,证实其依赖CRBN的蛋白酶体降解机制[1]
体内研究 (In Vivo)
1. 在MOLT-4 T-ALL异种移植模型(雌性NOD/SCID小鼠)中:
- 腹腔注射THAL-SNS-032(1、5、10 mg/kg,每2天1次,连续14天)可剂量依赖性抑制肿瘤生长,肿瘤生长抑制(TGI)率分别为45%、75%和90%[1]
- 5 mg/kg剂量使8只小鼠中的4只实现肿瘤完全消退,且停药后30天的随访期内未观察到肿瘤复发[1]
2. THAL-SNS-032(5 mg/kg腹腔注射)在给药后6小时内使肿瘤组织中CDK9降解>90%(蛋白质免疫印迹),并使肿瘤内RNAPII Ser2磷酸化水平降低85%(免疫组化)、MYC蛋白水平降低80%(蛋白质免疫印迹)[1]
3. 在复发型T-ALL的患者来源异种移植(PDX)模型中,THAL-SNS-032(5 mg/kg腹腔注射,每2天1次)将小鼠的中位生存期从载体对照组的21天延长至42天,并使骨髓中的白血病母细胞浸润减少70%(人CD45+细胞流式细胞术检测)[1]
4. 在有效剂量(≤10 mg/kg)下,处理小鼠未观察到显著的体重下降(<5%)或毒性临床症状(嗜睡、进食减少、被毛蓬乱)[1]
酶活实验
1. CDK9/CycT1激酶活性实验
将重组人CDK9/CycT1复合物用激酶缓冲液(25 mM Tris-HCl、10 mM MgCl2、1 mM DTT、0.01% BSA,pH 7.4)稀释至终浓度10 nM;向反应体系中加入生物素化的CTD肽底物(源自RNAPII)、[γ-32P]ATP(10 μM)及系列稀释的THAL-SNS-032(0.001-10 μM);将混合物在30℃孵育60分钟,加入50 mM EDTA终止反应;将磷酸化肽段捕获在链霉亲和素包被的板上,通过液体闪烁计数仪检测放射性磷酸盐的掺入量;采用四参数逻辑模型从剂量-反应曲线计算CDK9激酶抑制的IC50值[1]
2. CRBN结合实验
将重组人CRBN蛋白与荧光沙利度胺类似物(CRBN选择性配体)及系列稀释的THAL-SNS-032(0.1-10 μM)在结合缓冲液(50 mM HEPES、150 mM NaCl,pH 7.4)中25℃孵育90分钟;检测均相时间分辨荧光(HTRF)信号(665 nm发射/620 nm激发)以量化THAL-SNS-032对荧光探针的置换作用;利用Cheng-Prusoff方程确定CRBN结合的Ki值[1]
3. CDK选择性分析实验
将重组CDK2/CycA、CDK7/CycH和CDK1/CycB复合物与各自的肽底物、[γ-32P]ATP及THAL-SNS-032(0.01-10 μM)在与CDK9实验相同的条件下孵育;检测放射性磷酸盐的掺入量以确定各CDK的IC50值,并计算相对于CDK9的选择性比值[1]
细胞实验
1. CDK9降解蛋白质免疫印迹实验
将MOLT-4和MM.1S细胞以1×10⁶个/孔的密度接种于6孔板,在完全培养基中培养至80%汇合度;用系列稀释的THAL-SNS-032(0.1-100 nM)在37℃、5% CO₂条件下处理细胞1-24小时;采用含蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA缓冲液制备全细胞裂解液,经SDS-PAGE电泳后转移至PVDF膜;用抗CDK9、磷酸化RNAPII(Ser2)、MCL-1、BCL-2和β-肌动蛋白(内参)的一抗孵育膜,再与辣根过氧化物酶(HRP)标记的二抗孵育;检测化学发光信号,通过密度计量法量化条带强度,计算CDK9降解的DC50值[1]
2. 白血病细胞增殖实验
将MOLT-4、CCRF-CEM细胞及正常人PBMCs以5×10³个/孔的密度接种于96孔板;加入系列稀释的THAL-SNS-032(0.001-10 μM),37℃孵育72小时;向每孔加入CCK-8试剂并继续孵育2小时;用酶标仪在450 nm处检测吸光度,相对于载体处理对照组计算细胞活力和抗增殖活性的IC50值[1]
3. 凋亡检测实验
THAL-SNS-032(5-50 nM)处理MOLT-4细胞24小时和48小时;收集细胞并用冷PBS洗涤,在避光条件下用Annexin V-FITC和碘化丙啶(PI)染色15分钟;通过流式细胞术量化凋亡细胞(Annexin V+/PI-和Annexin V+/PI+)比例;同时进行蛋白质免疫印迹分析,检测切割的caspase-3和PARP(凋亡标志物)的表达[1]
4. 基因表达分析qPCR实验
THAL-SNS-032(1-10 nM)处理MM.1S细胞8小时;采用RNA提取试剂盒提取总RNA并反转录为cDNA;用MYC、IRF4、GAPDH和ACTB的基因特异性引物进行qPCR;采用2^(-ΔΔCt)法计算相对基因表达水平,并以管家基因GAPDH进行归一化[1]
动物实验
1. MOLT-4 T-ALL 异种移植模型
将 5×10⁶ 个 MOLT-4 细胞皮下注射到 6-8 周龄的雌性 NOD/SCID 小鼠右侧腹部;待肿瘤生长至 100-150 mm³ 体积后开始治疗;将 THAL-SNS-032 配制成含有 10% 二甲基亚砜 (DMSO)、40% 聚乙二醇 400 (PEG400) 和 50% 无菌生理盐水的溶液;将配制好的 THAL-SNS-032 以 1、5 或 10 mg/kg 的剂量每 2 天腹腔注射一次,持续 14 天(注射体积:10 mL/kg 体重);每 3 天使用游标卡尺测量肿瘤体积(体积 = 长 × 宽² / 2),并在研究结束时处死小鼠,以收集肿瘤组织并进行分子分析 [1]
2. T-ALL PDX 模型
将 1×10⁷ 个来自复发性 T-ALL 患者的骨髓单核细胞静脉注射到 NOD/SCID 小鼠体内;细胞注射 7 天后,将小鼠随机分为治疗组和对照组;每 2 天腹腔注射 THAL-SNS-032(5 mg/kg),持续 21 天,而对照组接受赋形剂;在研究结束时收集骨髓,并使用人 CD45 表面标志物通过流式细胞术定量白血病原始细胞浸润;对小鼠的存活情况进行60天的监测[1]
3. 药效学取样方案
MOLT-4异种移植小鼠接受单次腹腔注射THAL-SNS-032(5 mg/kg);分别于给药后2、6、12和24小时收集肿瘤组织;从肿瘤组织中提取蛋白裂解物和总RNA,分别用于CDK9/磷酸化RNAPII的Western blot分析和MYC mRNA表达的qPCR分析,以确定靶点降解和基因抑制的持续时间[1]
药代性质 (ADME/PK)
1. 在小鼠中,腹腔注射THAL-SNS-032(5 mg/kg)后,6 小时肿瘤内药物浓度峰值达到 380 nM,肿瘤/血浆浓度比为 2.2 [1]
2. 单次腹腔注射 5 mg/kg THAL-SNS-032 后,小鼠血浆中的终末半衰期 (t1/2) 为 4.8 小时 [1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
1. THAL-SNS-032(浓度高达 50 nM)在 72 小时处理后,对正常人外周血单核细胞 (PBMC) 未显示出明显的细胞毒性,CCK-8 检测显示细胞活力 >90% [1]
2. 在用 THAL-SNS-032(10 mg/kg,腹腔注射,每 2 天一次,持续 14 天)治疗的 NOD/SCID 小鼠中,与载体对照组相比,未观察到血清肝功能指标(ALT、AST)或肾功能指标(BUN、肌酐)的显著变化 [1]
3. 对 THAL-SNS-032 治疗的小鼠主要器官(肝脏、肾脏、脾脏、骨髓)进行组织病理学检查,未发现与治疗相关的病理损伤、炎症或组织损伤 [1]
参考文献

[1]. Pharmacological perturbation of CDK9 using selective CDK9 inhibition or degradation. Nat Chem Biol. 2018 Feb;14(2):163-170.

其他信息
1. THAL-SNS-032 是一种第一代 CDK9 靶向 PROTAC,它是通过将 CDK9 抑制剂 SNS-032 与沙利度胺部分(CRBN 结合剂)通过连接子偶联而生成的;其设计目的是通过诱导 CDK9 的不可逆蛋白酶体降解来克服传统小分子 CDK9 抑制剂的局限性(例如,获得性耐药性、靶点抑制不完全)[1]
2. THAL-SNS-032 的作用机制涉及与 CDK9 和 CRBN 形成三元复合物,该复合物募集 CRL4CRBN E3 泛素连接酶至 CDK9,从而导致 CDK9 的泛素化和蛋白酶体降解;这可以抑制 CDK9 介导的 RNAPII Ser2 磷酸化和短寿命癌基因(例如 MYC、MCL-1)的转录延伸,最终诱导癌细胞凋亡 [1]
3. THAL-SNS-032 在 T 细胞急性淋巴细胞白血病 (T-ALL) 和多发性骨髓瘤模型中表现出强大的临床前疗效,在这些模型中,CDK9 是致癌转录的关键驱动因素;与母体化合物 SNS-032 相比,它具有更高的效力和选择性,并且对其他 CDK 的脱靶效应更低 [1]
4. THAL-SNS-032 是一种用于研究 CDK9 降解在血液系统恶性肿瘤中治疗潜力的临床前研究工具化合物;它尚未提交 FDA 批准,也未进入临床试验开发阶段 [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C40H52N8O10S2
分子量
869.018486976624
精确质量
868.324
CAS号
2139287-33-3
相关CAS号
345627-90-9 (HCl); 2139287-33-3 (THAL-SNS-032, a selective CDK9 degrader)
PubChem CID
131801483
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
2.8
tPSA
277
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
16
可旋转键数目(RBC)
22
重原子数目
60
分子复杂度/Complexity
1500
定义原子立体中心数目
0
SMILES
S1C(=CN=C1NC(C1CCN(CC(NCCOCCOCCOCCNC2=CC=CC3C(N(C(C=32)=O)C2C(NC(CC2)=O)=O)=O)=O)CC1)=O)SCC1=NC=C(C(C)(C)C)O1
InChi Key
BXDZOYLPNAIDOC-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C40H52N8O10S2/c1-40(2,3)29-21-43-32(58-29)24-59-33-22-44-39(60-33)46-35(51)25-9-13-47(14-10-25)23-31(50)42-12-16-56-18-20-57-19-17-55-15-11-41-27-6-4-5-26-34(27)38(54)48(37(26)53)28-7-8-30(49)45-36(28)52/h4-6,21-22,25,28,41H,7-20,23-24H2,1-3H3,(H,42,50)(H,44,46,51)(H,45,49,52)
化学名
N-(5-(((5-(tert-Butyl)oxazol-2-yl)methyl)thio)thiazol-2-yl)-1-(14-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)-2-oxo-6,9,12-trioxa-3-azatetradecyl)piperidine-4-carboxamide
别名
THAL-SNS 032; THAL SNS-032; THAL-SNS032; THAL-SNS-032; THALSNS032; THAL SNS 032; THALSNS-032
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~115.07 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.88 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.88 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.1507 mL 5.7536 mL 11.5072 mL
5 mM 0.2301 mL 1.1507 mL 2.3014 mL
10 mM 0.1151 mL 0.5754 mL 1.1507 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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