Tubastatin A (TubA, AG-CR1-3900)

别名: Tubastatin A hydrochloride; Tubastatin A HCl; TSA HCl; Tubastatin A; 1252003-15-8; Tubastatin-A; Tubastatin A (free base); Tubastatin A BASE; 2XTSOX1NF8; N-hydroxy-4-((2-methyl-3,4-dihydro-1H-pyrido[4,3-b]indol-5(2H)-yl)methyl)benzamide; Tubastatin A(free base); Tubastatin A; TubA, AG-CR1-3900 N-羟基-4-[(1,2,3,4-四氢-2-甲基-5H-吡啶并[4,3-B]吲哚-5-基)甲基]苯甲酰胺

目录号: V0275 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

Tubastatin A(TubA, AG-CR13900) 是一种 tubacin 衍生物，是一种有效的选择性 HDAC6（组蛋白脱乙酰酶 6）抑制剂（无细胞测定中 IC50 = 15 nM），具有潜在的抗癌和抗炎活性。

Tubastatin A (TubA, AG-CR1-3900) CAS号: 1252003-15-8
产品类别: HDAC

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

规格	价格	库存	数量
10 mM * 1 mL in DMSO
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
250mg
500mg
1g
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TUBASTATIN A 三氟乙酸盐

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Nature 2024 Dec 18.

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Cell 2020,183:1202-1218.e25.

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顾客使用InvivoChem 产品Tubastatin A (TubA, AG-CR1-3900)发表1篇科研文献

[1] J Enzyme Inhib Med Chem. 2023 Dec;38(1):2201408.

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产品说明书

产品描述
生物活性&实验参考方法
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产品描述

Tubastatin A (TubA, AG-CR13900) 是一种 tubacin 衍生物，是一种有效的选择性 HDAC6（组蛋白脱乙酰酶 6）抑制剂（无细胞测定中 IC50 = 15 nM），具有潜在的抗癌和抗炎活性。与其他 HDAC 同工型（不包括 IC50 为 0.9 μM 的 HDAC8）相比，它对 HDAC6 的最高选择性超过 1,000 倍。

生物活性&实验参考方法

靶点

HDAC6 ( IC50 = 15 nM ); HDAC8 ( IC50 = 854 nM ); HDAC1 ( IC50 = 16400 nM )

体外研究 (In Vitro)

体外活性：图巴他汀 A 对除 HDAC8 之外的所有同工酶均具有选择性，并且对除 HDAC8 之外的所有同工酶保持超过 1000 倍的选择性，其中 HDAC8 的选择性约为 57 倍。 Tubasatin A 在 2.5 μM 时优先诱导 α-微管蛋白过度乙酰化。 10 μM 的图巴他汀 A 会轻微诱导组蛋白过度乙酰化。图巴他汀 A 从 5 μM 开始，对同型半胱氨酸诱导的神经元细胞死亡表现出剂量依赖性保护作用，在 10 μM 时几乎完全保护。 Tubasatin A (10 μM) 可诱导胆管癌细胞系中乙酰化 α 微管蛋白水平的增加和初级纤毛表达的恢复（18 倍）；初级纤毛的恢复与 Hedgehog (Hh) 和 MAPK 信号通路的下调以及细胞增殖率（平均降低 50%）和侵袭（降低 40%）相关。 Tubasatin A 在 LPS 刺激的人 THP-1 巨噬细胞中显示出对 TNF-α 和 IL-6 的显着抑制作用，IC50 分别为 272 nM 和 712 nM。 Tubastatin A 抑制小鼠 Raw 264.7 巨噬细胞中一氧化氮 (NO) 的分泌，且与剂量呈依赖性，IC50 为 4.2 μM。激酶测定：将图巴他汀 A 溶解并稀释在测定缓冲液（50 mM HEPES、pH 7.4、100 mM KCl、0.001% Tween-20、0.05% BSA 和 20 μM 三（2-羧乙基）膦）中，稀释至 6 倍最终浓度。 HDAC 酶在测定缓冲液中稀释至最终浓度的 1.5 倍，并在添加底物之前与图巴他汀 A 预孵育 10 分钟。用于每种酶的 FTS（HDAC1、HDAC2、HDAC3 和 HDAC6）或 MAZ-1675（HDAC4、HDAC5、HDAC7、HDAC8 和 HDAC9）的量等于通过滴定曲线确定的米氏常数 (Km) 。使用 0.3 μM 测序级胰蛋白酶将 FTS 或 MAZ-1675 在测定缓冲液中稀释至最终浓度的 6 倍。将底物/胰蛋白酶混合物添加到酶/化合物混合物中，并将板摇动 60 秒，然后放入 SpectraMax M5 微量滴定板读数器中。在肽底物中的赖氨酸侧链脱乙酰化后，监测酶促反应在 30 分钟内释放 7-氨基-4-甲氧基-香豆素，并计算反应的线性速率。细胞测定：通过在软琼脂中生长细胞来评估不依赖锚定的生长。将大约 25,000 个悬浮在培养基中 0.4% 琼脂中的细胞分层在 6 孔板中的 1% 琼脂层上。每周添加两次培养基，并在孵育 21 天后拍照。使用 Gel-Pro 软件分析菌落的数量和大小。

体内研究 (In Vivo)

Tubasatin A 可减少体内胆管癌的生长。 Tubasatin A (10 mg/kg) 在同基因大鼠胆管癌原位模型中诱导平均肿瘤重量降低 6 倍，并降低肿瘤重量与肝脏重量和体重的比率（分别为 5 倍和 5.6 倍），与对照组相比，纤毛胆管细胞的出现频率更高（29% vs 1.4%）。与载体对照相比，图巴他汀 A 显着减少了治疗肿瘤中 PCNA 阳性细胞的数量（34% vs 65%）。在弗氏完全佐剂（FCA）诱导的炎症动物模型中，腹膜内注射 30 mg/kg 的 Tubastat A 显示出对爪体积的显着抑制。 Tubastat A (30 mg/kg ip) 显着减弱胶原诱导关节炎 DBA1 小鼠的临床评分 (~ 70%) 和爪组织中的 IL-6 表达。

酶活实验

在测定缓冲液（50 mM HEPES、pH 7.4、100 mM KCl、0.001% Tween-20、0.05% BSA 和 20 μM 三（2-羧乙基）膦）中，溶解图巴他汀 A 并稀释至最终浓度的六倍水平。在添加底物之前，将 HDAC 酶在测定缓冲液中稀释至最终浓度的 1.5 倍，并与图巴他汀 A 预孵育 10 分钟。酶各自的 FTS（HDAC1、HDAC2、HDAC3 和 HDAC6）或 MAZ- 量使用滴定曲线计算 1675（HDAC4、HDAC5、HDAC7、HDAC8 和 HDAC9）以确定米氏常数 (K_m)。使用测序级 0.3 μM 的胰蛋白酶将测定缓冲液中的 FTS 或 MAZ-1675 稀释六倍至终浓度。将底物/胰蛋白酶混合物添加到酶/化合物混合物中并摇动 60 秒后，将板放入 SpectraMax M5 微量滴定板读数器中。肽底物的赖氨酸侧链脱乙酰化后，在 30 分钟内观察酶促反应是否释放 7-氨基-4-甲氧基-香豆素。然后计算反应的线性速率。

细胞实验

如前所述，从胎儿 Sprague-Dawley 大鼠（胚胎第 17 天）的大脑皮层制备原代皮质神经元培养物。电镀后二十四小时，开始所有实验。在这些情况下，谷氨酸介导的兴奋性毒性不会损害细胞。将细胞用温 PBS 洗涤，然后放入含有 5.5 g/L 葡萄糖、10% 胎牛血清、2 mM L-谷氨酰胺和 100 μM 胱氨酸的基本必需培养基中进行细胞毒性研究。将谷氨酸类似物同型半胱氨酸 (HCA；5 mM) 添加到培养基中以引起氧化应激。使用浓缩 100 倍的 pH 7.5 溶液来稀释 HCA。除了 HCA 之外，还以指定浓度对神经元施用 Tubasatin A。一天后，使用 MTT 测定来确定活力。

动物实验

In adoptive transfer and dextran sodium sulfate (DSS) models of colitis, the effects of HDAC6 targeting are assessed in groups of ten mice each. For five days, WT B6 mice's pH-balanced tap water is supplemented with freshly made 4% (wt/vol) DSS (MP Biomedicals). Colitis is evaluated by daily monitoring of body weight, stool consistency, and fecal blood. Mice are treated daily for 7 days with either tubacin or niltubacin (0.5 mg/kg of body weight/day, i.p.). Hemoloccult feces are graded as 0 (absent), 2 (occult), or 4 (gross). Stool consistency is graded as 0 (hard), 2 (soft), or 4 (diarrhea). In order to evaluate the prevention of colitis in a T cell-dependent model, B6/Rag1−/− mice receive an intraperitoneal injection of CD⁴⁺ CD45RBhi T cells (1×10⁶) isolated from WT mice using magnetic beads (>95% cell purity, flow cytometry) along with CD⁴⁺ CD²⁵⁺ Tregs (1.25×10⁵) isolated from HDAC6^−/− or WT mice using magnetic beads (>90% Treg purity, flow cytometry). The mice are then observed every two weeks for signs of colitis. In order to evaluate treatment for established T cell-dependent colitis, CD⁴⁺ CD45RBhi cells (1×10⁶) are intraperitoneally injected into B6/Rag1^−/− mice. After colitis manifests, mice are also given treatment with HDAC6i (tubastatin A) or HSP90i (17-AAG) or CD⁴⁺ CD²⁵⁺ Tregs (5×10⁵ cells), which were isolated from HDAC6^−/− or WT mice as previously described. Weight loss and stool consistency in the mice are continuously observed. Colon paraffin sections stained with hematoxylin and eosin or Alcian Blue are either immunoperoxidase stained for Foxp³⁺ Treg infiltration or graded histologically at the end of the study.

参考文献

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[7]. Target deconvolution of HDAC pharmacopoeia reveals MBLAC2 as common off-target [published online ahead of print, 2022 Apr 28]. Nat Chem Biol. 2022;10.1038/s41589-022-01015-5.

[8]. Selective Inhibition of Histone Deacetylase 10: Hydrogen Bonding to the Gatekeeper Residue is Implicated. J Med Chem. 2019;62(9):4426-4443.

[9]. Target deconvolution of HDAC pharmacopoeia reveals MBLAC2 as common off-target. Nat Chem Biol. 2022 Apr 28.

其他信息

Tubastatin A is a pyridoindole that is 1,2,3,4-tetrahydro-5H-pyrido[4,3-b]indole which is substituted on the tetrahydropyridine nitrogen by a methyl group and on the indole nitrogen by a p-[N-(hydroxy)aminocarbonyl]benzyl group. It is a histone deacetylase 6 (HDAC6) inhibitor that is selective against all the other isozymes (1000-fold) except HDAC8 (57-fold). It has a role as an EC 3.5.1.98 (histone deacetylase) inhibitor. It is a pyridoindole, a hydroxamic acid and a tertiary amino compound.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C20H21N3O2
分子量	335.4
精确质量	371.14
元素分析	C, 71.62; H, 6.31; N, 12.53; O, 9.54
CAS号	1252003-15-8
相关CAS号	1252003-15-8; 1239034-70-8 (TFA) ; 1252003-15-8 1310693-92-5 (HCl);
PubChem CID	49850262
外观&性状	White solid powder
LogP	3.125
tPSA	57.5
氢键供体(HBD)数目	2
氢键受体(HBA)数目	3
可旋转键数目(RBC)	3
重原子数目	25
分子复杂度/Complexity	478
定义原子立体中心数目	0
SMILES	O=C(NO)C1=CC=C(CN2C3=C(CN(C)CC3)C4=C2C=CC=C4)C=C1
InChi Key	GOVYBPLHWIEHEJ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C20H21N3O2/c1-22-11-10-19-17(13-22)16-4-2-3-5-18(16)23(19)12-14-6-8-15(9-7-14)20(24)21-25/h2-9,25H,10-13H2,1H3,(H,21,24)
化学名	N-hydroxy-4-[(2-methyl-3,4-dihydro-1H-pyrido[4,3-b]indol-5-yl)methyl]benzamide
别名	Tubastatin A hydrochloride; Tubastatin A HCl; TSA HCl; Tubastatin A; 1252003-15-8; Tubastatin-A; Tubastatin A (free base); Tubastatin A BASE; 2XTSOX1NF8; N-hydroxy-4-((2-methyl-3,4-dihydro-1H-pyrido[4,3-b]indol-5(2H)-yl)methyl)benzamide; Tubastatin A(free base); Tubastatin A; TubA, AG-CR1-3900
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)

DMSO: 12.5~67 mg/mL (37.3~199.8 mM)

Water: <1 mg/mL

Ethanol: <1 mg/mL

溶解度 (体内实验)

配方 1 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.73 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 12.5 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.73 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 12.5 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.73 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 12.5 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中，混合均匀。

配方 4 中的溶解度: 4% DMSO+30% PEG 300: 5mg/mL

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	2.9815 mL	14.9076 mL	29.8151 mL
	5 mM	0.5963 mL	2.9815 mL	5.9630 mL
	10 mM	0.2982 mL	1.4908 mL	2.9815 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

Comparison of histone and α-tubulin hyperacetylation for TSA, Tubastatin A, and Tubacin. J Am Chem Soc . 2010 Aug 11;132(31):10842-6.

C2C12 or 134/04 myoblasts were seeded in growth media on Day -1, then switched to differentiation media on Day 0. Cells were mock-treated (Mock) or treated with 7.5 µM Tubastatin A beginning on different days post-induction of myogenic differentiation (Day 0, Day 2, Day 4). On Day 5, cells were fixed and stained with an anti-desmin antibody and DAPI. PLoS One . 2011;6(12):e28563.