VH-298

别名: VH-298; VH 298; VH298
目录号: V4064 纯度: ≥98%
VH-298 是一种新型高效 VHL:HIF-α 蛋白-蛋白相互作用抑制剂,Kd 值为 80 至 90 nM,已用于 PROTAC 技术。
VH-298 CAS号: 2097381-85-4
产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
VH-298 是一种新型、高效的 VHL:HIF-α 蛋白-蛋白相互作用抑制剂,Kd 值为 80 至 90 nM,已用于 PROTAC 技术。使用小分子刺激缺氧诱导因子 (HIF) 活性并在常氧条件下引发缺氧反应的化学策略,例如铁螯合剂和脯氨酰羟化酶结构域 (PHD) 酶抑制剂,具有广谱活性和脱靶效应。 VH298 是一种有效的 VHL 抑制剂,可稳定 HIF-α 并通过不同的机制引发缺氧反应,即通过 PHD 酶阻断 HIF-α 羟基化下游的 VHL:HIF-α 蛋白质-蛋白质相互作用。 VH298 以高亲和力和特异性与 VHL 作为其唯一的主要细胞靶点,导致羟基化 HIF-α 在不同细胞系中以浓度和时间依赖性方式选择性地在靶点积累,随后上调 HIF 靶基因在 mRNA 和蛋白质水平上。 VH298 代表了 HIF 信号级联的高质量化学探针,也是开发针对缺氧信号的潜在新疗法的有吸引力的起点。
生物活性&实验参考方法
靶点
By obstructing the VHL, the powerful, non-toxic, and cell-permeable chemical probe VH-298 causes the hypoxic response. With Kd values of 90 and 80 nM in isothermal titration calorimetry and competitive fluorescence polarization assay, VH-298 is a highly powerful inhibitor of the VHL:HIF-α interaction. VH-298 quickly binds to the VHL complex and takes time to disassociate. When VH-298 is used at a 50 μM concentration, it barely affects more than 100 evaluated cellular kinases, GPCRs, and ion channels in vitro. Cells can pass through VH-298 and it is not hazardous to them. VH-298's permeability is determined to be 19.4 nm s -1 through measurement. VH-298 causes hydroxylated HIF-α to accumulate on-target in a concentration- and time-dependent manner in human cell lines, such as HeLa cancer cells and renal cell carcinoma 4 (RCC4) cells. VH-298 raises EPO mRNA levels by 2.5 times in RCC4-HA-VHL but not in VHL-null RCC4-HA, suggesting that endogenous EPO synthesis can be stimulated by pharmacological inhibition of VHL. While VH-298 and hypoxia both work well to raise PHD2 and HK2 protein levels, in HFF, VH-298 therapy causes a greater increase in BNIP3 protein levels than hypoxia treatment[1].
体外研究 (In Vitro)
通过阻碍 VHL,强大、无毒且可渗透细胞的化学探针 VH-298 会引起缺氧反应。 VH-298 在等温滴定量热法和竞争性荧光偏振测定中的 Kd 值为 90 和 80 nM,是 VHL:HIF-α 相互作用的高效抑制剂。 VH-298 快速与 VHL 复合物结合,并需要一段时间才能解离。当 VH-298 以 50 μM 浓度使用时,它几乎不会影响 100 多种体外评估的细胞激酶、GPCR 和离子通道。细胞可以通过VH-298,并且对它们没有危险。经测量确定VH-298的磁导率为19.4 nm s -1 。 VH-298 导致羟基化 HIF-α 在人类细胞系(例如 HeLa 癌细胞和肾细胞癌 4 (RCC4) 细胞)中以浓度和时间依赖性方式在靶点上积累。 VH-298 在 RCC4-HA-VHL 中使 EPO mRNA 水平提高 2.5 倍,但在 VHL 缺失的 RCC4-HA 中则不然,这表明 VHL 的药理抑制可以刺激内源性 EPO 合成。虽然 VH-298 和缺氧都能很好地提高 PHD2 和 HK2 蛋白水平,但在 HFF 中,VH-298 治疗比缺氧治疗更能导致 BNIP3 蛋白水平增加[1]。
VH298 在多种细胞系(如HeLa、HFF、U2OS、RCC4)中以浓度和时间依赖性的方式稳定羟基化的HIF-α亚基(HIF-1α和HIF-2α),从而导致HIF靶基因(如CA9、GLUT1、PHD2、PHD3、BNIP3、HK2、EPO)在mRNA和蛋白水平上的上调。[1]
细胞热位移实验(CETSA)证明了其直接的靶点结合,显示用VH298处理的HeLa细胞裂解液中VHL(而非PHD2)发生了显著的热稳定化。[1]
化学蛋白质组学质谱分析证实,可连接的VH298类似物能够选择性捕获并置换CRL2VHL复合物,支持其靶向特异性。[1]
VH298 可诱导HIF依赖性转录活性,表现为HRE-荧光素酶报告基因活性的剂量依赖性增加以及HIF靶基因的qRT-PCR分析结果。其细胞活性和透膜性均优于前代化合物VH032。[1]
VH298(浓度高达150-500 µM)在一系列成纤维细胞、肿瘤和非肿瘤细胞系中,通过CellTiter-Glo活力检测,显示出可忽略的细胞毒性。其无活性的顺式差向异构体(cisVH298)也无毒性,表明潜在毒性并非由VHL抑制引起。[1]
酶活实验
等温滴定量热法 (ITC): 实验使用ITC200微量量热仪进行。将VH298溶液(300 µM)滴定到含有VHL-ElonginB:ElonginC (VBC) 复合物(30 µM)的溶液中。解离常数 (Kd) 从结合等温线计算得出。[1]
竞争性荧光偏振 (FP) 实验: 实验在384孔板中进行。每个孔含有VBC蛋白(15 nM)、FAM标记的HIF-1α肽段(10 nM,Kd = 3 nM)以及递减浓度的VH298(从50 µM开始进行两倍稀释)。测量荧光偏振(激发光485 nm,发射光520 nm)。确定IC50值,并使用置换结合模型反推计算出Kd值。[1]
表面等离子体共振 (SPR): VH298 溶于DMSO,并在SPR缓冲液(20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.005% Tween 20, pH 7.0)中稀释,以创建浓度梯度(31.25 nM 至 1 µM,最终DMSO浓度2%)。溶液在10°C下流经固定有VBC蛋白的传感芯片。通过将传感图拟合到1:1结合模型来确定结合速率常数 (kon) 和解离速率常数 (koff)。[1]
细胞实验
细胞培养与处理: 人源细胞系(HFF、HeLa、U2OS、RCC4)在补充了胎牛血清、L-谷氨酰胺和抗生素的DMEM中培养。为诱导缺氧,细胞在1% O2条件下孵育。细胞用VH298或对照化合物(如DMSO、PHD抑制剂IOX2/FG-4592)处理指定的时间。[1]
免疫印迹 (Western Blot): 细胞在含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂的RIPA或Tris裂解液中裂解。蛋白质通过SDS-PAGE分离,转印至膜上,并用针对HIF-1α、HIF-1α-OH (Pro564)、HIF-2α、CA9、GLUT1、PHD2、PHD3、BNIP3、HK2、VHL和β-肌动蛋白(CTL细胞用SMC1)的一抗进行探测。使用HRP标记的二抗和化学发光法进行检测。[1]
定量实时聚合酶链式反应 (qRT-PCR): 从处理后的细胞中提取RNA,进行逆转录,并使用SYBR Green进行qRT-PCR分析。HIF靶基因(CA9、GLUT1、PHD2、EPO)的mRNA水平通过β-肌动蛋白或TATA结合蛋白 (TBP) mRNA进行标准化。[1]
细胞热位移实验 (CETSA): HeLa细胞裂解液用VH298(100 µM)或载体在室温下处理10-30分钟。等分样品在不同温度(40.4-55.4°C)下加热3分钟,冷却后离心。通过免疫印迹分析上清液中的VHL和PHD2含量。条带强度相对于最低温度对照进行量化。[1]
免疫共沉淀 (Co-IP): HeLa细胞裂解液(在1% Triton X-100缓冲液中)与羟基化HIF-1α (Pro564) 特异性抗体或对照IgG孵育过夜。加入Protein-G-琼脂糖珠以捕获免疫复合物。洗涤后,洗脱结合蛋白并通过免疫印迹检测总HIF-1α。[1]
平行人工膜渗透性实验 (PAMPA): 使用预涂覆的PAMPA板测量VH298的渗透性。将化合物溶液(10 µM,溶于PBS,pH 7.4)加入供体室,将PBS加入受体室。在室温下孵育5小时后,通过UPLC-MS/MS定量两个室中的化合物浓度。根据化合物的分布计算有效渗透率 (Pe)。[1]
细胞毒性实验: 将细胞接种于384孔板中,并用VH298或其无活性的顺式差向异构体处理24小时。使用CellTiter-Glo发光细胞活力检测法(通过测量ATP含量)评估细胞活力。用酶标仪测量发光值。对于细胞毒性T淋巴细胞(CTL),在处理24小时后,通过DAPI染色和流式细胞术评估细胞死亡。[1]
参考文献

[1]. Potent and selective chemical probe of hypoxic signalling downstream of HIF-α hydroxylation via VHL inhibition. Nat Commun. 2016 Nov 4;7:13312.

其他信息
VH298 是一种高质量的化学探针,可通过选择性抑制 HIF-α 羟基化下游的 VHL:HIF-α 相互作用来研究缺氧信号通路,其机制不同于 PHD 酶抑制剂。它为开发靶向缺氧信号通路的疗法(例如用于治疗贫血或缺血性疾病)提供了一个起点。[1]
该化合物还具有作为 VHL 配体用于 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)设计的潜在用途,在较低浓度下,其 HIF 稳定活性与其 E3 连接酶募集功能可以分离。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C27H33N5O4S
分子量
523.6470
精确质量
523.225
CAS号
2097381-85-4
相关CAS号
2097381-85-4
PubChem CID
122199236
外观&性状
Off-white to pink solid powder
LogP
2.5
tPSA
164
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
37
分子复杂度/Complexity
931
定义原子立体中心数目
3
SMILES
S1C([H])=NC(C([H])([H])[H])=C1C1C([H])=C([H])C(=C([H])C=1[H])C([H])([H])N([H])C([C@]1([H])C([H])([H])[C@]([H])(C([H])([H])N1C([C@]([H])(C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])N([H])C(C1(C#N)C([H])([H])C1([H])[H])=O)=O)O[H])=O
InChi Key
NDVQUNZCNAMROD-RZUBCFFCSA-N
InChi Code
InChI=1S/C27H33N5O4S/c1-16-21(37-15-30-16)18-7-5-17(6-8-18)12-29-23(34)20-11-19(33)13-32(20)24(35)22(26(2,3)4)31-25(36)27(14-28)9-10-27/h5-8,15,19-20,22,33H,9-13H2,1-4H3,(H,29,34)(H,31,36)/t19-,20+,22-/m1/s1
化学名
(2S,4R)-1-((S)-2-(1-cyanocyclopropane-1-carboxamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide
别名
VH-298; VH 298; VH298
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO:≥ 80mg/mL
Water:N/A
Ethanol:N/A
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.77 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.77 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (4.77 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.9097 mL 9.5484 mL 19.0967 mL
5 mM 0.3819 mL 1.9097 mL 3.8193 mL
10 mM 0.1910 mL 0.9548 mL 1.9097 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • VH-298

    Biophysical and structural characterization of VH298, a new potent VHL inhibitor.. From: Potent and selective chemical probe of hypoxic signalling downstream of HIF-α hydroxylation via VHL inhibition.2016 Nov 4;7:13312.

  • VH-298

    VH298 induces concentration- and time-dependent on-target specific accumulation of hydroxylated HIF-α in human cell lines.. From: Potent and selective chemical probe of hypoxic signalling downstream of HIF-α hydroxylation via VHL inhibition.2016 Nov 4;7:13312.

  • VH-298

    VHL inhibitors induce HIF-α transcriptional activity in various cell lines.. From: Potent and selective chemical probe of hypoxic signalling downstream of HIF-α hydroxylation via VHL inhibition.2016 Nov 4;7:13312.

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