WDR5-0103

别名: WDR5-0103; WDR 5-0103; WDR-5-0103; 890190-22-4; WDR5-01,03; Methyl 3-(3-methoxybenzamido)-4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoate; WDR5 0103; 3-[(3-Methoxybenzoyl)amino]-4-(4-methyl-1-piperazinyl)benzoic acid methyl ester; WDR50103; WDR-50103; WDR 50103; WD-Repeat Protein 5-0103. 3-[(3-甲氧基苯甲酰基)氨基]-4-(4-甲基-1-哌嗪)苯甲酸甲酯;3-[(3-甲氧基苯甲酰基)氨基]-4-(4-甲基-1-哌嗪基)苯甲酸甲酯
目录号: V28182 纯度: ≥98%
WDR5-0103 是一种小分子,可结合 WDR5 上的肽结合袋 (Kd = 450 nM),在体外抑制 MLL 核心复合物的催化活性 (IC50 = 39 µM)。
WDR5-0103 CAS号: 890190-22-4
产品类别: Histone Methyltransferase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
WDR5-0103 是一种小分子,可结合 WDR5 上的肽结合袋 (Kd = 450 nM),在体外抑制 MLL 核心复合物的催化活性 (IC50 = 39 µM)。 WD重复结构域5 (WDR5)通过基因转录的表观遗传调控在多种生物学功能中发挥重要作用。 WDR5 可能具有致癌作用,WDR5 介导的 H3K4 甲基化在白血病发生中起重要作用。
WDR5-0103 是一种靶向WD重复结构域蛋白5的小分子拮抗剂。它是通过对初始先导化合物WDR5-0101进行结构优化而发现的。WDR5-0103能高亲和力地结合到WDR5的WIN位点,破坏WDR5与混合谱系白血病蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用,从而抑制MLL核心复合物的组蛋白H3赖氨酸4甲基转移酶活性。该化合物具有细胞膜通透性,已被用于研究H3K4me3在阿尔茨海默病模型中的作用,以及逆转由ABCB1或ABCG2过表达引起的多药耐药性。[1][2][3]
生物活性&实验参考方法
靶点
- WDR5 (WD repeat-containing protein 5) – MLL (Mixed Lineage Leukemia) protein-protein interaction (WIN site). [3]
Binding affinity: Kd = 0.45 ± 0.02 μM (determined by Isothermal Titration Calorimetry, ITC). [3]
Binding affinity (Kdisplacement): 3.0 ± 0.1 μM (determined by fluorescence polarization-based peptide displacement assay). [3]
ΔTm (thermal shift): 8.4 ± 0.1 °C (determined by Differential Scanning Fluorimetry, DSF). [3] - Selectivity: Shows no inhibitory effect on other histone methyltransferases including SETD7, G9a, EHMT1, SUV39H2, SETD8, PRMT3, and PRMT5 at concentrations up to 100 μM. [3]
体外研究 (In Vitro)
- 抑制MLL HMT活性: WDR5-0103以浓度依赖性方式抑制预组装的MLL-WDR5-RbBP5三聚体复合物的甲基转移酶活性。在MLL复合物浓度为125 nM、500 nM和1000 nM时,IC50值分别为39 ± 10 μM、83 ± 10 μM和280 ± 12 μM。抑制作用随蛋白浓度升高而减弱,符合竞争性作用机制。 [3]
- 抑制四聚体MLL复合物活性: 对于活性更高的MLL-WDR5-RbBP5-ASH2L四聚体复合物,WDR5-0103的抑制作用较弱但仍呈浓度依赖性,在较低酶浓度(如10 nM)下观察到更有效的抑制。 [3]
- 逆转ABCB1介导的多药耐药性: 在ABCB1过表达的多药耐药癌细胞(KB-V1, NCI-ADR-RES, MDR19-HEK293)中,WDR5-0103(在1-10 μM的非毒性浓度下)以浓度依赖性方式使细胞对ABCB1底物药物(紫杉醇、长春新碱、秋水仙碱)增敏。例如,在KB-V1细胞中,10 μM WDR5-0103使秋水仙碱的IC50从1467.80 nM降至350.91 nM(4.2倍逆转)。 [2]
- 逆转ABCG2介导的多药耐药性: 在ABCG2过表达的多药耐药癌细胞(S1-MI-80, NCI-H460/MX20, R482-HEK293)中,WDR5-0103(1-10 μM)以浓度依赖性方式使细胞对ABCG2底物药物(米托蒽醌、SN-38、托泊替康)增敏。例如,在S1-MI-80细胞中,10 μM WDR5-0103使米托蒽醌的IC50从27.23 μM降至1.08 μM(25.2倍逆转)。 [2]
- 抑制药物外排功能: WDR5-0103 (20 μM) 能显著增加ABCB1过表达细胞(KB-V1, NCI-ADR-RES, MDR19-HEK293)中荧光ABCB1底物钙黄绿素的细胞内积累,以及ABCG2过表达细胞(S1-MI-80, NCI-H460/MX20, R482-HEK293)中荧光ABCG2底物脱镁叶绿酸A的细胞内积累,但不影响亲本敏感细胞中的积累。 [2]
- 不影响转运蛋白表达: 用WDR5-0103(1-10 μM处理72小时)处理不会显著改变KB-V1和NCI-ADR-RES细胞中ABCB1的蛋白表达水平,也不会改变S1-MI-80和NCI-H460/MX20细胞中ABCG2的蛋白表达水平。 [2]
- 恢复药物诱导的凋亡: WDR5-0103 (10 μM) 能显著恢复秋水仙碱在KB-V1细胞中诱导的凋亡(从约20%总凋亡增至约54%),以及托泊替康在S1-MI-80细胞中诱导的凋亡(从约8%总凋亡增至约17%),且其本身不诱导显著凋亡。 [2]
体内研究 (In Vivo)
- 阿尔茨海默病小鼠模型(P301S Tau小鼠和5xFAD小鼠): 全身性给予WDR5-0103(2.5 mg/kg,腹腔注射,每日一次,持续3天)能显著降低P301S Tau小鼠和5xFAD小鼠(5-6月龄)前额叶皮质中升高的H3K4me3水平至对照水平,且不影响H3K27me3水平。[1]
- 改善P301S Tau小鼠认知功能: 在新物体识别测试中,WDR5-0103处理的P301S Tau小鼠对新物体的辨别率显著提高。在巴恩斯迷宫测试中,WDR5-0103处理的P301S Tau小鼠探索正确洞口的时间显著增加,空间记忆指数显著改善。1、2.5和5 mg/kg剂量均有效,2.5 mg/kg效果稍好。在运动能力、旷场和转棒测试中未见显著变化。[1]
- 改善5xFAD小鼠认知功能: WDR5-0103处理(2.5 mg/kg,腹腔注射,三次)能显著改善5xFAD小鼠(5-6月龄)在新物体识别测试中的辨别率和巴恩斯迷宫测试中的空间记忆指数。[1]
- 恢复P301S Tau小鼠突触功能: 对P301S Tau小鼠前额叶皮质脑片进行的全细胞膜片钳记录显示,WDR5-0103处理显著恢复了减少的AMPAR-EPSC和NMDAR-EPSC输入/输出曲线,以及自发性EPSC的幅度和频率。生化分析证实,WDR5-0103处理恢复了P301S Tau小鼠前额叶皮质中GluR1、NR1和NR2A的突触水平。[1]
酶活实验
- 基于荧光偏振的肽段置换测定: 为测定化合物与WDR5的结合亲和力,使用荧光偏振法。将终浓度40 nM的荧光标记MLL WIN肽段和5 μM WDR5蛋白溶于测定缓冲液(100 mM磷酸钾 pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.01% Triton X-100)中。加入不同浓度的待测化合物。使用酶标仪在激发波长485 nm和发射波长528 nm处测量荧光偏振信号的下降。测得WDR5-0103的Kdisplacement值为3.0 ± 0.1 μM。[3]
- 等温滴定量热法: 为确认直接结合并测定解离常数,进行ITC实验。将纯化的WDR5蛋白(25 μM)溶于ITC缓冲液(100 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl)并置于样品池中。在25°C下,将0.2 mM的WDR5-0103分25次(每次10 μL)注入。数据采用单位点结合模型拟合。测得WDR5-0103的Kd值为0.45 ± 0.02 μM。[3]
- 差示扫描荧光法: 为评估结合诱导的蛋白稳定性变化,进行DSF测量。将0.1 mg/mL的WDR5蛋白溶于缓冲液(0.1 M Hepes pH 7.5, 0.15 M NaCl),加入SYPRO Orange染料。加入不同浓度的化合物。以1°C/分钟的速率从20°C升温至95°C,监测荧光变化。从转变中点计算热熔解温度Tm。WDR5-0103诱导的ΔTm为8.4 ± 0.1 °C。[3]
- 体外MLL组蛋白甲基转移酶活性测定: 使用放射性方法测试WDR5-0103对MLL复合物活性的影响。反应体系(20 μL)包含20 mM Tris/HCl (pH 8.0), 5 mM DTT, 0.01% Triton X-100, 2 μM ³H-SAM, 5 μM生物素化的H3(1-25)肽段,以及不同浓度的WDR5-0103(1 μM至1 mM)。加入指定浓度的MLL复合物启动反应。室温孵育1小时后,用7.5 M盐酸胍终止反应。将混合物转移至链霉亲和素包被的FlashPlate中,孵育≥1小时,用Topcount读数仪计数。使用SigmaPlot软件计算IC50值。[3]
细胞实验
- 细胞毒性测定: 将细胞(如KB-3-1, KB-V1, S1, S1-MI-80, NCI-H460, NCI-H460/MX20, HEK293转染细胞)接种于96孔板,用不同浓度的WDR5-0103处理72小时。使用MTT或CCK-8试剂测定细胞活力。确定WDR5-0103的最高非毒性浓度为10 μM,用于后续实验。[2]
- 药物积累测定: 为测量ABCB1和ABCG2的药物外排功能,将细胞与荧光底物钙黄绿素-AM或脱镁叶绿酸A在存在或不存在WDR5-0103 (20 μM)、阳性对照抑制剂或DMSO对照的情况下共孵育。孵育后,洗涤细胞并通过流式细胞术分析细胞内荧光强度。[2]
- 凋亡测定: 将细胞用DMSO(对照)、WDR5-0103 (10 μM)、细胞毒性药物或两者联合处理48小时。然后用Annexin V-FITC和碘化丙啶对细胞进行染色,并通过流式细胞术分析凋亡细胞的百分比。[2]
动物实验
- 阿尔茨海默病小鼠模型研究: 使用雄性和雌性P301S Tau转基因小鼠(PS19系,5-6月龄)和5xFAD小鼠(5-6月龄)。将WDR5-0103溶于DMSO配制成储备液,然后用生理盐水稀释至工作浓度。工作溶液中DMSO浓度<0.2%。小鼠每日一次腹腔注射WDR5-0103(1, 2.5, 或 5 mg/kg)或生理盐水对照,持续3天。注射体积为10 mL/kg体重。行为测试、组织收集和电生理记录均在最后一次给药后24小时进行。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
在动物研究中,未观察到WDR5-0103处理的小鼠在运动能力、旷场或转棒测试中出现显著变化,表明其运动活性和运动协调性正常。[1]
参考文献
[1]. Targeting histone K4 trimethylation for treatment of cognitive and synaptic deficits in mouse models of Alzheimer's disease. Sci Adv. 2020 Dec 9;6(50):eabc8096.
[2]. The WD repeat-containing protein 5 (WDR5) antagonist WDR5-0103 restores the efficacy of cytotoxic drugs in multidrug-resistant cancer cells overexpressing ABCB1 or ABCG2. Biomed Pharmacother. 2022 Oct;154:113663.
[3]. Small-molecule inhibition of MLL activity by disruption of its interaction with WDR5. Biochem J. 2013 Jan 1;449(1):151-159.
其他信息
- WDR5-0103与WDR5复合物的共晶结构(PDB代码3UR4)已被解析。与WDR5-0102相比,甲氧基取代基导致口袋上部浅层区域的苯甲酰胺环发生了2.5 Å的位移。WDR5-0103效力增强的原因在于甲氧基更好地占据了浅层口袋,而酯基部分更好地占据了Tyr和Phe之间的疏水沟槽。[3]
- 在阿尔茨海默病研究中,WDR5-0103被用于抑制H3K4me3催化酶(SET1/MLL家族HMT)。这种处理逆转了P301S Tau小鼠前额叶皮质中与神经退行性病变相关的有害基因(如凋亡、氧化应激)的上调表达,并挽救了与细胞通讯相关的神经保护基因的下调表达。鉴定出的最显著靶基因之一是Sgk1(血清和糖皮质激素调节激酶1)。[1]
- 在多药耐药性研究中,分子对接分析预测WDR5-0103与ABCB1(如Met68, Met69, Phe72, Phe336, Tyr953, Met986)和ABCG2(如Phe439, Val442, Val546)底物结合口袋内的疏水残基相互作用,从而竞争性地抑制底物药物的结合,削弱其外排功能。[2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C21H25N3O4
分子量
383.440905332565
精确质量
383.184
元素分析
C, 65.78; H, 6.57; N, 10.96; O, 16.69
CAS号
890190-22-4
相关CAS号
890190-22-4;
PubChem CID
6457069
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.2±0.1 g/cm3
沸点
495.2±45.0 °C at 760 mmHg
闪点
253.3±28.7 °C
蒸汽压
0.0±1.3 mmHg at 25°C
折射率
1.603
LogP
2.63
tPSA
74.6
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
6
重原子数目
28
分子复杂度/Complexity
536
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C(C1C=C(NC(C2C=C(OC)C=CC=2)=O)C(N2CCN(C)CC2)=CC=1)OC
InChi Key
ZPLBXOVTSNRBFB-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C21H25N3O4/c1-23-9-11-24(12-10-23)19-8-7-16(21(26)28-3)14-18(19)22-20(25)15-5-4-6-17(13-15)27-2/h4-8,13-14H,9-12H2,1-3H3,(H,22,25)
化学名
methyl 3-(3-methoxybenzamido)-4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoate
别名
WDR5-0103; WDR 5-0103; WDR-5-0103; 890190-22-4; WDR5-01,03; Methyl 3-(3-methoxybenzamido)-4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzoate; WDR5 0103; 3-[(3-Methoxybenzoyl)amino]-4-(4-methyl-1-piperazinyl)benzoic acid methyl ester; WDR50103; WDR-50103; WDR 50103; WD-Repeat Protein 5-0103.
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~130.40 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.52 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: 2.5 mg/mL (6.52 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (6.52 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.6080 mL 13.0398 mL 26.0797 mL
5 mM 0.5216 mL 2.6080 mL 5.2159 mL
10 mM 0.2608 mL 1.3040 mL 2.6080 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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