BAY-299

别名: BAY299; BAY 299; BAY-299.
目录号: V4187 纯度: ≥98%
BAY-299(BAY299)是一种新型、高效、选择性的 BRD1 和 TAF1 双重抑制剂,具有重要的生物活性。
BAY-299 CAS号: 2080306-23-4
产品类别: Epigenetic Reader Domain
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纯度: ≥98%

产品描述
BAY-299 (BAY299) 是一种新型、高效、选择性的 BRD1 和 TAF1 双重抑制剂,具有重要的生物活性。它抑制 BRPF2 溴结构域 (BD)、TAF1 BD2 和 TAF1L BD2,IC50 分别为 67 nM、8 nM 和 106 nM。溴结构域 (BD) 是存在于许多与染色质相关的蛋白质中的赖氨酸乙酰化标记的读取器。通过高通量筛选鉴定出取代的苯并异喹啉二酮系列,随后的构效关系优化可生成对 BRPF1 和 BRPF3 BD 具有强选择性的低纳摩尔 BRPF2 BD 抑制剂。此外,大多数衍生物对 TAF1/TAF1L BD2 都有强烈的抑制作用。该系列中最好的化合物是 BAY-299,它是一种非常有效的双重抑制剂,对 BRPF2 BD 的 IC50 为 67 nM,对 TAF1 BD2 的 IC50 为 8 nM,对 TAF1L BD2 的 IC50 为 106 nM。重要的是,没有测量 BRD4 BD 的活性。此外,使用 BRPF2-或 TAF1-组蛋白 H3.3 或 H4 相互作用测定来证明细胞活性。
生物活性&实验参考方法
靶点
BAY-299 functions as a dual inhibitor, targeting both the TATA box-binding protein-associated factors TAF1 and TAF1L as well as the bromodomain and PHD finger (BRPF) family member BRPF2. With an IC50 of 67 nM and a selectivity that is 47 and 83 times greater than that of BRPF1 and BRPF3 BD, respectively, the TR-FRET test demonstrated that BAY-299 is a strong inhibitor of BRPF2 BD. The AlphaScreen test provided additional confirmation of BAY-299's properties. An IC50 of 97 nM was found, suggesting 23- and 25-fold selectivity over BRPF1 and BRPF3 BD, respectively. With IC50 values of 575 and 825 nM, respectively, BAY-299 inhibits the interaction of BRPF2 BD with histones H4 and H3.3, according to NanoBRET studies. The IC50 values for TAF1 BD2 were 970 and 1400 nM, in that order. At doses up to 10 μM, BAY-299 showed no inhibitory effect on the interaction between BRPF1 or BRD4 and histone H4. The MOLM-13, MV4-11, 769-P, Jurkat, NCI-H526, CHL-1, and 5637 cell growth is inhibited by BAY-299, with corresponding GI50 values of 1060, 2630, 3210, 3900, 6860, 7400, and 7980 nM [1].
体外研究 (In Vitro)
BAY-299 作为一种双重抑制剂,针对 TATA 盒结合蛋白相关因子 TAF1 和 TAF1L 以及溴结构域和 PHD 指 (BRPF) 家族成员 BRPF2。 TR-FRET 测试表明 BAY-299 的 IC50 为 67 nM,选择性分别比 BRPF1 和 BRPF3 BD 高 47 倍和 83 倍,是 BRPF2 BD 的强抑制剂。 AlphaScreen 测试进一步证实了 BAY-299 的特性。发现 IC50 为 97 nM,表明选择性分别是 BRPF1 和 BRPF3 BD 的 23 倍和 25 倍。根据 NanoBRET 研究,BAY-299 抑制 BRPF2 BD 与组蛋白 H4 和 H3.3 的相互作用,IC50 值分别为 575 和 825 nM。 TAF1 BD2 的 IC50 值依次为 970 和 1400 nM。在剂量高达 10 μM 时,BAY-299 对 BRPF1 或 BRD4 与组蛋白 H4 之间的相互作用没有显示抑制作用。 BAY-299 抑制 MOLM-13、MV4-11、769-P、Jurkat、NCI-H526、CHL-1 和 5637 细胞生长,相应的 GI50 值为 1060、2630、3210、3900、6860、7400和 7980 nM [1]。
BAY-299 在细胞水平上表现出强效和选择性的靶点结合。
- 在 NanoBRET 实验中,它能破坏 BRPF2 BD 与组蛋白 H4 的相互作用,IC₅₀ 为 575 nM;与组蛋白 H3.3 相互作用的 IC₅₀ 为 825 nM。
- 它也能破坏 TAF1 BD2 与组蛋白 H4 (IC₅₀ = 970 nM) 和组蛋白 H3.3 (IC₅₀ = 1400 nM) 的相互作用。
- 在浓度高达 10 µM 时,未观察到对 BRPF1 BD 或 BRD4 BD 与组蛋白 H4 相互作用的抑制。
- 在一系列细胞系中,抗增殖活性普遍较低。在一些白血病细胞系中观察到微弱的抑制。[1]
体内研究 (In Vivo)
BAY-299在大鼠体内的药代动力学特征研究表明,该药物具有较大的稳态分布容积、较长至极长的终末半衰期(t1/2=10小时)、较低的血液清除率(约肝血流量的 17%),生物利用度高(F=73%)。尽管体内血液清除率低于基于肝细胞数据的预期,但与基于大鼠肝微粒体值的估计值一致[1]。
酶活实验
采用时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 结合竞争实验。
化合物在 DMSO 中连续稀释并分配到检测板中。加入在检测缓冲液中的 His 标签或 GST 标签溴结构域蛋白(例如 BRPF2、TAF1 BD2)并孵育。随后,加入生物素化的乙酰化组蛋白 H4 肽段和检测试剂(例如 anti-His-XL665 和链霉亲和素-Eu,或 anti-GST-Tb 穴状化合物和链霉亲和素-XL665)。孵育后,使用微孔板读数仪测量 TR-FRET 信号。根据剂量反应曲线计算 IC₅₀ 值。[1]
使用等温滴定量热法 (ITC) 测定结合亲和力 (KD)。在缓冲液中制备蛋白质和化合物溶液。用注射器中的蛋白质滴定样品池中的化合物(或反之)。测量结合时的热量变化,并将数据拟合到单一位点结合模型以获得热力学参数。[1]
进行热位移实验 (TSA)。将蛋白质与化合物和荧光染料 (SYPRO Orange) 在缓冲液中混合。混合物在实时 PCR 仪中进行温度梯度变化。化合物存在下蛋白质熔解温度 (ΔTm) 的变化表明结合。[1]
细胞实验
使用 NanoBRET 实验评估细胞靶点结合。
将编码与目标溴结构域(如 BRPF2 BD,TAF1 BD2)融合的 Nanoluc 荧光素酶的表达载体,以及与全长组蛋白 H4 或 H3.3 融合的 HaloTag 的表达载体共转染到 HCT116 细胞中。用 HaloTag 配体处理细胞,然后用连续稀释的化合物孵育 4 或 24 小时。测量 BRET 信号,并计算抑制蛋白质-组蛋白相互作用的 IC₅₀ 值。[1]
进行细胞增殖实验。各种细胞系在对数生长期用化合物处理。在规定时间后使用代谢染料 (AlamarBlue) 测定细胞活力。[1]
使用 Caco-2 细胞单层评估渗透性。细胞在 Transwell 小室上培养 15 天。将测试化合物加入顶端或基底外侧室。在 2 小时孵育前后从两个室取样。通过 LC-MS/MS 分析化合物浓度,并计算表观渗透率 (Papp)。[1]
动物实验
本研究在雄性Wistar大鼠中评估了BAY-299的体内药代动力学特性。
对于静脉(iv)给药,将化合物配制成溶液,并以推注方式给药。在给药后多个时间点(例如,2分钟至24小时)采集血样。
对于灌胃(po)给药,将化合物给予禁食大鼠,并以类似方式采集血样。
血液经离心分离获得血浆。血浆样品经处理(乙腈沉淀蛋白)后,采用经验证的LC-MS/MS方法进行分析。药代动力学参数采用非房室模型分析计算。[1]
药代性质 (ADME/PK)
BAY-299在小鼠、大鼠、犬和人肝微粒体中表现出较高的代谢稳定性(Clint < 0.19 L/h/kg)。
然而,在大鼠和犬肝细胞中的稳定性较低(Clint分别为3.8和1.5 L/h/kg),提示可能存在II相代谢。
它在Caco-2细胞单层中显示出较高的渗透性(Papp(AB) = 106 nm/s),且无明显的外排(BA/AB比值为1.9)。
在小鼠中血浆蛋白结合率较低(游离分数= 0.58%),在人中血浆蛋白结合率中等(游离分数= 4.3%)。
在大鼠中,静脉给药后,血药清除率较低(0.73 L/h/kg),稳态分布容积较高(1.5 L/kg),且终末分布容积较大。半衰期长(10 小时)。口服生物利用度高(73%)。[1]
参考文献

[1]. Benzoisoquinolinediones as Potent and Selective Inhibitors of BRPF2 and TAF1/TAF1L Bromodomains. J Med Chem. 2017 May 11;60(9):4002-4022.

其他信息
BAY-299是通过高通量筛选和后续的苯并异喹啉二酮系列化合物优化而发现的。它是首个报道的对BRPF2 BD具有选择性的抑制剂,其抑制活性优于BRPF1和BRPF3等旁系同源物。
与BRPF2 BD结构域的近缘类似物共晶结构揭示了关键的相互作用,包括与Ser592的氢键,这对于其对BRPF1(在相应位置为Pro)的选择性至关重要。
由于旋转受限,该化合物表现出阻转异构现象;外消旋体被用作化学探针。
合成了一种活性极低的阴性对照化合物(BAY-364),用于对比研究。
BAY-299被认为是一种高质量的化学探针,可用于研究BRPF2和TAF1/TAF1L的生理和病理作用。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
精确质量
429.168
CAS号
2080306-23-4
PubChem CID
122705990
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.4±0.1 g/cm3
沸点
688.7±55.0 °C at 760 mmHg
闪点
370.3±31.5 °C
蒸汽压
0.0±2.3 mmHg at 25°C
折射率
1.697
LogP
2.3
tPSA
81.2
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
787
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
OFWWWKWUCDUISA-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C25H23N3O4/c1-14-12-20-21(27(3)25(32)26(20)2)13-19(14)28-23(30)17-8-4-7-16-15(6-5-11-29)9-10-18(22(16)17)24(28)31/h4,7-10,12-13,29H,5-6,11H2,1-3H3
化学名
6-(3-Hydroxypropyl)-2-(1,3,6-trimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione
别名
BAY299; BAY 299; BAY-299.
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~25 mg/mL (~58.21 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (5.82 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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