CYM5520

别名: CYM-5520; CYM5520; 1449747-00-5; 1-[2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxo-ethyl]-6-oxo-1,6-dihydro-pyridine-3-carbonitrile; 1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile; 1-(2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carbonitrile; 1-[2-(1-BENZYL-2,5-DIMETHYLPYRROL-3-YL)-2-OXOETHYL]-6-OXOPYRIDINE-3-CARBONITRILE; CYM 5520.
目录号: V4924 纯度: ≥98%
CYM5520 (CYM-5520) 是一种吡咯基酮类似物,是一种新型、有效、选择性的 1-磷酸鞘氨醇受体 2 变构激动剂,具有抗骨质疏松活性。
CYM5520 CAS号: 1449747-00-5
产品类别: New7
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纯度: ≥98%

产品描述
CYM5520 (CYM-5520) 是一种吡咯酮类似物,是一种新型、有效、选择性的 1-磷酸鞘氨醇受体 2 变构激动剂,具有抗骨质疏松活性。它抑制 S1P2,对 S1PR2 的 EC50 为 480 nM;它的绑定与JTE-013不具有竞争性。 CYM-5520 对 S1PR1、S1PR3、S1PR4 或 S1PR5 不表现出任何激动活性。它充当野生型和三重突变体 S1PR2 的完全激动剂(EC50 分别 = 1.6 和 1.5 µM)
生物活性&实验参考方法
靶点
S1PR2 (sphingosine 1-phosphate receptor 2)
CYM-5520 is a selective allosteric agonist of the Sphingosine 1-phosphate receptor 2 (S1PR2). Its EC₅₀ for activating S1PR2 is reported as 0.48 µM in a CRE-bla reporter assay and 1.6 µM in a cAMP biosensor assay using wild-type S1PR2-expressing cells. [1]
It does not activate S1PR1, S1PR3, S1PR4, or S1PR5 at concentrations up to 10 µM. [1]
体外研究 (In Vitro)
CYM-5520 是野生型 S1PR2 的完全激动剂,EC50 为 1.6 μM。虽然 CYM-5520 是一种 EC50 为 1.5 μM 的激动剂,但用 S1P 刺激表达三重突变体 S1PR2 的细胞不会刺激荧光素酶活性 [1]。
CYM-5520 以浓度依赖性方式激活S1PR2,在CRE-bla报告基因检测和细胞内cAMP测量检测中均表现为完全激动剂。[1]
它对S1PR2具有高度选择性,在对29种其他受体和转运蛋白的筛选(PanLabs HitProfiling Screen)中未显示显著活性(抑制率>20%)。[1]
该化合物作为变构激动剂,证据包括其在竞争性结合实验中无法置换S1PR2上的放射性标记S1P([³³P]-S1P),以及其对S1PR2三重突变体(R108A, E109A, K269A)受体(该受体对天然配体S1P无反应)仍保留激动剂活性。[1]
在正构拮抗剂JTE-013存在的情况下,CYM-5520 的剂量反应曲线右移且最大反应降低,表明其为非竞争性相互作用。[1]
体内研究 (In Vivo)
骨质减少切除手术后,CYM-5520(10 mg/kg;腹腔注射;每周 5 天;持续 6 周)治疗显着增加长骨和椎骨骨量。此外,CYM-5520 还可提高碱性磷酸酶、成骨细胞计数和前胶原 IC 末端前肽(骨合成代谢标志物)的浓缩浓度 [2]。
酶活实验
33P-S1P放射性配体竞争结合试验[1]
采用Sphingosine, D-erythro [33P] 1-phosphate。将S1PR2-CRE bla细胞接种到24孔板的孔中,20万个细胞加入1.0 mL生长培养基,在100%湿度、5% co2、37℃的培养箱中培养过夜。检测前将培养基替换为1% CDS血清培养基4小时。在4°C时,将培养基去除,并在结合缓冲液(20 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 15 mM NaF和新鲜添加的1 mM Na3VO4和蛋白酶抑制剂)中替换为测试化合物或载体对照。

Glo-sensor cAMP瞬时转染试验[1]
使用Fugene HD将GloSensor载体(pGLoSensor-20FcAMP, Promega)转染到S1PR2-eGFP或S1PR2-TM-eGFP Jump-In CHO细胞中。第二天,用0.05%胰蛋白酶EDTA收获细胞,在含有2%糖葡聚糖剥离血清的CO2独立培养基中重悬至500,000个细胞/mL,加入20 μL细胞悬液于384孔组织培养处理过的白板中,在37℃,5% CO2条件下孵育过夜。然后加入25 uL含有2%CDS和4% GloSensor Reagent的CO2独立培养基,室温孵育2小时。加入拮抗剂(JTE-013)或对照物孵育20分钟,然后加入激动剂化合物或S1P。15分钟后,在Perkin Elmer Envision平板阅读器上读取发光。
细胞实验
Jump-In CHO S1PR2野生型和头组三突变细胞系[1]
利用多位点Gateway克隆技术,从pEnter-15- S1pr2和pENTER-52-eGFP中获得帧内S1pr2- egfp表达构建体。将S1pr2-eGFP融合蛋白表达载体克隆到pDEST-CMV-JTI中。通过与S1PR1比对,确定了S1PR2头基团结合侧链。这些突变是通过重叠寡核苷酸PCR产生的。14通过重叠寡核苷酸PCR诱变产生三突变体S1PR2 (R108A、E109A和K269A)。所有构建体均经DNA测序证实。将这些载体转染到CHO JumpIn细胞中,并用10微克/毫升囊胚杀虫素进行筛选通过流式细胞仪对GFP阳性细胞进行分选,形成了一个均匀的细胞池。
S1PR2 CRE-bla 报告基因检测: 使用稳定表达S1PR2和CRE驱动β-内酰胺酶报告基因的CHO细胞。用系列稀释的 CYM-5520 或对照激动剂处理细胞。孵育一段时间(文献未详述具体时长)后,通过荧光底物读数(蓝/绿比率)测量β-内酰胺酶活性以确定受体激活程度,并根据剂量反应曲线计算EC₅₀值。[1]
cAMP生物传感器检测 (GloSensor): 稳定表达野生型或三重突变体(R108A, E109A, K269A)S1PR2-eGFP的CHO细胞被瞬时转染一种cAMP敏感的荧光素酶生物传感器载体。将细胞铺板,加载荧光素酶底物,然后用 CYM-5520 或S1P处理。15分钟后测量发光强度,以量化作为受体激活(S1PR2偶联Gs)指标的细胞内cAMP水平。[1]
放射性配体竞争结合实验: 在4°C下,将表达S1PR2的细胞与固定浓度的[³³P]-S1P以及递增浓度的未标记S1P、JTE-013或 CYM-5520 在结合缓冲液中孵育。然后处理细胞测量结合的放射性。实验证明了 CYM-5520 无法置换[³³P]-S1P。[1]
拮抗剂抑制实验: 在S1PR2 CRE-bla报告基因检测中,在递增的固定浓度拮抗剂JTE-013存在下,生成 CYM-5520 的剂量反应曲线,以评估相互作用的性质(竞争性 vs. 非竞争性)。[1]
动物实验
动物/疾病模型: 12周龄去卵巢C57Bl6J小鼠[2]
剂量: 10 mg/kg
给药途径: 腹腔注射;每周5天;持续6周
实验结果: 通过诱导新骨形成纠正去卵巢小鼠的骨质疏松症。

12周龄去卵巢C57Bl6J小鼠购自Charles River Laboratories。小鼠饲养于SPF级笼中,无任何病原体,并可自由摄取鼠粮和水。治疗于去卵巢后5周开始。 1E)-1-(4-((1R,2S,3R)-1,2,3,4-四羟基丁基)-1H-咪唑-2-基)乙酮肟 (LX2931) 按照已知方法合成,并以 200 mg/kg/天的剂量通过饮用水给药,持续 6 周。CYM5520 以 10 mg/kg/天的剂量腹腔注射给药,每周连续 5 天,持续 6 周。整个研究共使用了 21 只小鼠。我们尽一切努力减少动物的使用数量并减轻它们的痛苦。[2]
参考文献

[1]. A sphingosine 1-phosphate receptor 2 selective allosteric agonist. Bioorg Med Chem. 2013 Sep 1;21(17):5373-82.

[2]. Agonist-induced activation of the S1P receptor 2 constitutes a novel osteoanabolic therapy for the treatment of osteoporosis in mice. Bone. 2019 Aug;125:1-7.

其他信息
针对鞘氨醇-1-磷酸受体2 (S1PR2) 的分子探针化合物对于研究S1PR2受体参与的多种生物学过程至关重要。这些过程包括NF-κB介导的肿瘤细胞存活和成纤维细胞对纤连蛋白的趋化作用。本文报道了我们筛选S1PR2选择性化学探针及其表征的研究工作。我们采用高通量筛选方法,鉴定出两种能够激活S1PR2受体的化合物。构效关系优化最终得到具有纳摩尔级高活性的化合物。这些化合物XAX-162和CYM-5520具有高度选择性,不会激活其他S1P受体。CYM-5520与拮抗剂JTE-013的结合不具有竞争性。受体残基的突变(这些残基负责与鞘氨醇-1-磷酸 (S1P) 的两性离子头部基团结合)会消除 S1P 对受体的激活作用,但不会消除 CYM-5520 的激活作用。与放射性标记的 S1P 进行的竞争性结合实验表明,CYM-5520 是一种变构激动剂,并且不会取代天然配体。计算模型表明,CYM-5520 结合在正构结合口袋的较低位置,并且与 S1P 的共结合在能量上是可以耐受的。总之,我们鉴定了一种 S1PR2 选择性变构激动剂化合物。[1]

鞘氨醇-1-磷酸受体 2 (S1PR2) 的分子探针工具化合物对于研究 S1PR2 受体参与的多种生物学过程至关重要。其中包括NF-κB介导的肿瘤细胞存活和成纤维细胞对纤连蛋白的趋化作用。本文报道了我们鉴定S1PR2选择性化学探针及其表征的研究工作。我们采用高通量筛选方法,鉴定出两种能够激活S1PR2受体的化合物。构效关系优化(SAR)最终得到具有纳摩尔级高活性的化合物。这些化合物XAX-162和CYM-5520具有高度选择性,不会激活其他S1P受体。CYM-5520与拮抗剂JTE-013的结合不具有竞争性。受体中负责与鞘氨醇-1-磷酸(S1P)两性离子头部基团结合的残基发生突变,会消除S1P对受体的激活作用,但不会消除CYM-5520的激活作用。与放射性标记的S1P进行的竞争性结合实验表明,CYM-5520是一种变构激动剂,不会取代天然配体。计算模型表明,CYM-5520 结合于正构结合口袋的较低位置,并且与 S1P 的共结合在能量上耐受性良好。总之,我们鉴定了一种变构 S1PR2 选择性激动剂化合物。[2]
CYM-5520 是通过高通量筛选 (HTS) 和后续的构效关系 (SAR) 优化,从最初的先导化合物 (CYM-5482) 中筛选得到的。[1]
它是一种合成小分子,缺乏天然配体 S1P 的两性离子头部基团。计算模型和分子对接研究表明,它结合于 S1PR2 正构结合口袋下方的疏水区域,可能与残基 F274 相互作用,这可能有助于其亚型选择性。该模型还表明,CYM-5520 可以与受体口袋中的 S1P 共结合。 [1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C21H19N3O2
分子量
345.394464731216
精确质量
345.147
元素分析
C, 73.03; H, 5.54; N, 12.17; O, 9.26
CAS号
1449747-00-5
PubChem CID
25110470
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.2±0.1 g/cm3
沸点
580.5±50.0 °C at 760 mmHg
闪点
304.9±30.1 °C
蒸汽压
0.0±1.6 mmHg at 25°C
折射率
1.611
LogP
2.52
tPSA
66.1
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
666
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
FMYGNANMYYHBSU-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C21H19N3O2/c1-15-10-19(16(2)24(15)13-17-6-4-3-5-7-17)20(25)14-23-12-18(11-22)8-9-21(23)26/h3-10,12H,13-14H2,1-2H3
化学名
1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile
别名
CYM-5520; CYM5520; 1449747-00-5; 1-[2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxo-ethyl]-6-oxo-1,6-dihydro-pyridine-3-carbonitrile; 1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile; 1-(2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carbonitrile; 1-[2-(1-BENZYL-2,5-DIMETHYLPYRROL-3-YL)-2-OXOETHYL]-6-OXOPYRIDINE-3-CARBONITRILE; CYM 5520.
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~144.76 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.24 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8953 mL 14.4764 mL 28.9528 mL
5 mM 0.5791 mL 2.8953 mL 5.7906 mL
10 mM 0.2895 mL 1.4476 mL 2.8953 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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