| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
Spinach2 RNA aptamer, Broccoli RNA aptamer [1][2]
The target of DFHBI-1T is not a protein or enzyme, but specific RNA aptamers. Its fluorescence is "turned on" by binding to specific RNA sequences. The primary RNA targets it recognizes include the series of fluorescent RNA aptamers such as Spinach, Spinach2, iSpinach, and Broccoli. Upon binding to these aptamers, the intramolecular rotation of DFHBI-1T is restricted, leading to a highly fluorescent state. Specifically, the Broccoli-DFHBI-1T complex exhibits an excitation/emission wavelength of 472 nm/507 nm, while the Spinach2-DFHBI-1T complex shows 482 nm/505 nm. DFHBI-1T targets specific RNA aptamers, such as Spinach2, Broccoli, or iSpinach. The compound itself is non-fluorescent, but upon binding to these aptamers, it is activated and emits bright green fluorescence. Upon binding to these aptamers, the intramolecular rotation of DFHBI-1T is restricted, leading to a highly fluorescent state. |
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| 体外研究 (In Vitro) |
实验指南（以下方案仅供参考，请根据您的具体实验需求进行修改。）
1.1 储备液的制备[1] 用无水DMSO配制50 mM的DFHBI-1T储备液。 注意：建议将储备液分装后避光保存于-20°C或-80°C。 1.2 工作液的制备用无血清培养基稀释储备液，得到20 μM的DFHBI-1T工作液。 注意：工作液的浓度应根据具体的实验条件进行调整，并在使用前新鲜配制。 2. 染色步骤 1) 将表达Spinach2标记RNA的细胞接种到合适的培养皿或培养板中，并在标准细胞培养条件下进行培养。 2) 移除旧培养基，用预热的PBS轻轻洗涤细胞两次，以去除残留血清和细胞碎片。 3) 向细胞中加入20 μM的DFHBI-1T工作液，确保完全覆盖细胞单层。 4) 将细胞与染料在37°C、5% CO₂的加湿培养箱中孵育10分钟。 5) 孵育后，移除含染料的培养基，用预热的PBS洗涤细胞三次，以去除未结合的DFHBI-1T。 6) 用新鲜的细胞培养基或成像缓冲液替换PBS。 7) 立即使用配备GFP滤光片组的荧光显微镜对细胞进行成像，以检测Spinach2-DFHBI-1T复合物的荧光。 与Spinach2结合后，DFHBI-1T的激发峰发生35 nm的红移，发射峰也略微红移，与DFHBI相比。Spinach2-DFHBI-1T复合物的整体亮度也显著增加，这反映出消光系数和量子产率的略微提高。[1] Spinach2-DFHBI-1T复合物的光物理性质如下：最大吸收波长426 nm，最大激发波长472 nm，最大发射波长507 nm，消光系数29,600 M⁻¹ cm⁻¹，量子产率0.94，亮度28（相对于Spinach2-DFHBI），Kd为560 nM，熔解温度(Tm)为37°C。 [1] 西兰花-DFHBI-1T复合物的光物理性质为：最大吸收波长469 nm，最大激发波长472 nm，最大发射波长507 nm，消光系数29,600 M⁻¹ cm⁻¹，量子产率0.94，亮度28（相对于菠菜2-DFHBI），解离常数Kd为480 nM，熔解温度(Tm)为48°C。[2] 体外折叠分析表明，在低镁浓度下，西兰花复合物的折叠性能优于菠菜2复合物。[2] DFHBI-1T与细胞孵育时，其背景荧光低于DFHBI。与DFHBI相比，DFHBI-1T在细胞和培养基中的非特异性荧光激活作用均有所降低。 [1] 在表达(CGG)60-Spinach2的COS7细胞中，DFHBI-1T（20 μM；10分钟）与DFHBI（20 μM）相比，能增加荧光素的表达[1]。西兰花-DFHBI-1T的激发/发射波长为472 nm/507 nm，菠菜-2-DFHBI-1T的激发/发射波长为482 nm/505 nm[2]。 在体外实验中，DFHBI-1T的荧光性能显著优于第一代DFHBI。当与Spinach2适体结合时，DFHBI-1T表现出更高的摩尔消光系数和量子产率，其激发峰值波长为482 nm，发射峰值波长为505 nm，使其光谱特性与标准GFP滤光片组兼容。重要的是，与Spinach2结合的DFHBI相比，DFHBI-1T表现出更强的特异性荧光和更低的背景荧光，从而显著提高了信噪比。 体外实验表明，DFHBI-1T与Spinach2结合时，其激发波长峰值为482 nm，发射波长峰值为505 nm。Broccoli-DFHBI-1T复合物的激发/发射波长分别为472 nm和507 nm。与Spinach2-DFHBI相比，Broccoli-DFHBI-1T复合物与Spinach2结合时，表现出更高的特异性荧光和更低的背景荧光。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
在表达 (CGG)₆₀-Spinach2 的 COS7 细胞中，用 DFHBI-1T (20 μM) 替代 DFHBI (20 μM) 后，使用 GFP 滤光片组成像时，细胞核内的荧光强度提高了约 60%。与相同浓度的 DFHBI 处理组相比，DFHBI-1T 处理组的背景荧光更低。[1]
在表达 (CGG)₆₀-Spinach2 的 COS7 细胞中，使用 GFP 滤光片组成像时，DFHBI-1T 处理组的细胞核内荧光强度明显高于 DFHBI 处理组，且特异性荧光信号增强，背景荧光显著降低。使用 DFHBI-1T 处理时，无需背景扣除即可轻松检测到 S5-Spinach2 信号。 [1] 在表达tBroccoli或tSpinach2的大肠杆菌中，使用DFHBI-1T（40 μM）进行荧光成像。表达tBroccoli的细胞的荧光强度约为表达tSpinach2细胞的两倍。[2] 在表达5S-tBroccoli或5S-tdBroccoli的HEK293T细胞中，使用DFHBI-1T（20 μM）处理后，无需添加镁离子即可观察到清晰可见的细胞质RNA聚集体。流式细胞术测量结果显示，tdBroccoli的荧光强度比tBroccoli高70%。 [2] 在表达5S-Broccoli或5S-dBroccoli（不含tRNA支架）的HEK293T细胞中，DFHBI-1T（20 μM）处理后，可通过流式细胞术和荧光显微镜轻松检测到荧光信号。[2] 在活细胞水平上，DFHBI-1T展现出优异的RNA成像能力。研究表明，在表达(CGG)₆₀-Spinach2的COS7细胞中，用20 μM DFHBI-1T处理10分钟可显著增强荧光信号，在相同条件下，其性能优于DFHBI。该探针具有细胞渗透性，能够对活细胞中的RNA进行实时动态成像，包括检测由tRNA内含子产生的环状RNA（tricRNA）及其亚细胞定位。流式细胞术分析表明，DFHBI-1T染色结合荧光激活细胞分选（FACS）技术，能够有效区分表达靶RNA的细胞和对照组细胞。 在体内，DFHBI-1T可用于活细胞内RNA的成像。其良好的膜渗透性使其适用于活细胞成像应用。它被广泛用于实时动态成像、活细胞内特定RNA分子的定位追踪以及RNA代谢研究。 |
| 酶活实验 |
DFHBI-1T 是一种 RNA 适体激活的荧光探针，需要与 RNA 结合才能表现出荧光特性。无细胞结合检测的核心方案如下：在无细胞体系中，将纯化的 RNA 适体（例如 Broccoli 或 Spinach2）与 DFHBI-1T 在结合缓冲液（通常包含 40 mM HEPES pH 7.4、100 mM KCl 和 1 mM MgCl₂）中混合，并在室温或 37°C 下孵育 5-30 分钟。使用荧光分光光度计在特定波长下测量荧光强度（Broccoli-DFHBI-1T 的激发/发射波长为 472/507 nm；Spinach2-DFHBI-1T 的激发/发射波长为 482/505 nm）。可通过改变 DFHBI-1T 的浓度来测定其结合亲和力，Kd 值通常在纳摩尔到低微摩尔范围内。
DFHBI-1T 的体外检测通常包括测量其与 RNA 适配体结合后的荧光强度。将 DFHBI-1T 配制成 50 mM 的无水 DMSO 储备液，并避光保存于 -20°C 或 -80°C。使用时，用无血清培养基稀释储备液，得到 20 μM 的工作液。 |
| 细胞实验 |
Spinach2融合RNA的活细胞成像：将表达(CGG)₆₀-Spinach2的COS7细胞在含有20 μM DFHBI-1T的培养基中培养10分钟。使用GFP滤光片组，曝光时间为100毫秒采集图像。对10个焦点的荧光强度进行定量，并以DFHBI亮度进行标准化。 [1]
HEK293T细胞的流式细胞术分析：将表达与适配体融合的5S rRNA的质粒（tBroccoli、tdBroccoli或tSpinach2）转染至HEK293T细胞，并用20 μM DFHBI-1T处理，然后在两个通道中进行分析：绿色通道（激发波长 = 488 nm，发射波长 = 525 ± 50 nm）和红色通道（激发波长 = 561 nm，发射波长 = 610 ± 20 nm）。mCherry用作转染对照。在指定情况下，细胞预先用5 mM MgSO₄处理。 [2] HEK293T细胞荧光显微镜观察：细胞预先用20 μM DFHBI-1T、5 μg/mL Hoechst 33258和0.3 M蔗糖处理，并在指定情况下用5 mM MgSO₄处理。绿色荧光曝光时间为0.5 s，mCherry和Hoechst荧光曝光时间为200 ms。比例尺，10 μm。[2] 大肠杆菌荧光显微镜观察：表达tSpinach2、tBroccoli或tdBroccoli的细菌被固定在聚赖氨酸包被的玻璃底培养皿上，预先用200 μM DFHBI-1T孵育，并在荧光显微镜下成像100 ms。细胞在PBS缓冲液（不含镁）中进行成像。比例尺，2 μm。[2] 细菌荧光定量：在酶标仪上测量悬浮细菌细胞的荧光信号。误差线表示标准偏差（n = 3）。[2] 活细胞RNA成像的典型实验方案如下：将表达靶RNA适体（例如Broccoli或Spinach2）的细胞培养至合适的密度，并置于共聚焦培养皿中。成像前30分钟，将培养基更换为含有20 μM DFHBI-1T的成像培养基（例如，不含酚红的Fluorobrite），并补充25 mM HEPES和1% FBS以维持细胞条件。成像前，将细胞在37°C、5% CO₂条件下孵育30分钟。使用配备488 nm激光器的共聚焦显微镜采集图像； Broccoli-DFHBI-1T复合物在507 nm处有发射峰（绿色通道）。设置不表达适配体的细胞作为阴性对照，以扣除背景自发荧光。 基于细胞的DFHBI-1T检测方法是将探针添加到表达Spinach2标记RNA的活细胞中。使用荧光显微镜观察荧光。其膜渗透性使其能够被细胞高效摄取并进行RNA成像。 |
| 动物实验 |
公开文献中关于DFHBI-1T体内动物实验的信息相对有限。由于该探针主要用于基础细胞生物学研究，体内动物实验方案通常包括通过病毒载体（例如AAV）或质粒（例如局部注射）将携带靶RNA适体序列的基因导入动物体内。确认靶基因表达后，将DFHBI-1T注射到动物体内（给药途径包括局部注射、腹腔注射或静脉注射，剂量需要优化）。随后，在麻醉状态下，使用活体成像系统或配备荧光成像功能的内窥镜检测靶组织中的荧光信号。
由于DFHBI-1T主要用于细胞培养系统，因此其在活体动物中用于RNA成像的研究尚不充分。 |
| 药代性质 (ADME/PK) |
已知该探针具有良好的细胞膜渗透性，能够快速进入活细胞并与细胞内RNA适体结合。该化合物分子量相对较小（320.21），并具有一定的亲脂性。在溶解度方面，DFHBI-1T在DMSO中的溶解度为100 mg/mL（312.30 mM），便于配制储备液。动物实验的制剂方案已有报道：将储备液依次用10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80和45%生理盐水稀释，可得到浓度为5.5 mg/mL的均质悬浮液，适用于口服或腹腔注射。
DFHBI-1T的药代动力学性质与治疗应用无关。该化合物的分子量为320.21，是一种可透过细胞膜的小分子。 |
| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
现有研究表明，DFHBI-1T 在活细胞中几乎没有细胞毒性，使其成为长期活细胞 RNA 成像的理想探针。供应商数据显示，DFHBI-1T 的纯度超过 98%。与许多荧光染料不同，DFHBI-1T 本身不发荧光，其荧光激活仅在与靶 RNA 特异性结合时发生。这种机制可防止非特异性背景荧光和对正常细胞代谢的干扰。然而，目前尚未系统地报告其详细的安全性和毒理学数据以及长期暴露风险，因此该化合物仅供研究使用。DFHBI-1T 的毒理学特征尚未得到充分表征。作为一种研究化合物，应采取适当的安全预防措施进行操作。其用途仅限于研究应用。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
DFHBI-1T ((Z)-4-(3,5-二氟-4-羟基亚苄基)-2-甲基-1-(2,2,2-三氟乙基)-1H-咪唑-5(4H)-酮) 是一种荧光团，可与 Spinach2 和 Broccoli RNA 适体结合并被其激活。它是 GFP 荧光团（4-羟基亚苄基-咪唑啉酮，HBI）的结构模拟物。[1][2]
该化合物的合成方法是将 DFHBI 中咪唑啉酮环 N-1 位的甲基取代基替换为 1,1,1-三氟乙基取代基。这种修饰导致其与 Spinach2 结合时激发峰发生 35 nm 的红移，发射峰也略微红移，同时整体亮度也得到提升。 [1] DFHBI-1T 与细胞孵育时，其背景荧光强度低于 DFHBI，这可能是由于细胞成分和培养基中非特异性荧光激活减少所致。这使得无需扣除背景即可检测到 Spinach2 标记的 RNA 的特异性信号。[1] DFHBI-1T 可用作“即插即用”的荧光染料，可根据特定的实验需求改变 Spinach2 的光谱特性。它与荧光显微镜中常用的 GFP 滤光片组兼容。[1] Broccoli-DFHBI-1T 复合物的熔解温度 (Tm) 为 48°C，高于 Spinach2-DFHBI-1T (37°C)，表明其热稳定性更佳。 [2] DFHBI-1T用于对细菌和哺乳动物细胞中带有Broccoli标签的RNA进行成像。Broccoli无需tRNA支架即可折叠或成像，并且与Spinach2相比，其荧光对镁离子的依赖性更低。[2] DFHBI-1T是绿色荧光蛋白（GFP）荧光团的模拟物，用于对活细胞中的RNA进行成像。它是一种膜渗透性RNA适体激活的荧光探针。它是研究活细胞中RNA动力学和定位的宝贵工具。目前尚未获准用于治疗用途。 |
| 分子式 |
C13H9F5N2O2
|
|---|---|
| 分子量 |
320.214780569077
|
| 精确质量 |
320.058
|
| CAS号 |
1539318-36-9
|
| 相关CAS号 |
DFHBI-2T;1539318-40-5
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| PubChem CID |
101889712
|
| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
|
| 密度 |
1.49±0.1 g/cm3(Predicted)
|
| 沸点 |
327.9±52.0 °C(Predicted)
|
| 闪点 |
152.1±30.7 °C
|
| 蒸汽压 |
0.0±0.7 mmHg at 25°C
|
| 折射率 |
1.527
|
| LogP |
2.96
|
| tPSA |
52.9
|
| 氢键供体(HBD)数目 |
1
|
| 氢键受体(HBA)数目 |
8
|
| 可旋转键数目(RBC) |
2
|
| 重原子数目 |
22
|
| 分子复杂度/Complexity |
505
|
| 定义原子立体中心数目 |
0
|
| SMILES |
CC1=N/C(=C\C2=CC(=C(C(=C2)F)O)F)/C(=O)N1CC(F)(F)F
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| InChi Key |
AWYCLBWNRONMQC-WMZJFQQLSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C13H9F5N2O2/c1-6-19-10(12(22)20(6)5-13(16,17)18)4-7-2-8(14)11(21)9(15)3-7/h2-4,21H,5H2,1H3/b10-4-
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| 化学名 |
(5Z)-5-[(3,5-Difluoro-4-hydroxyphenyl)methylene]-3,5-dihydro-2-methyl-3-(2,2,2-trifluoroethyl)-4H-imidazol-4-one
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| 别名 |
DFHBI-1T; DFHBI1T; 1539318-36-9; (Z)-5-(3,5-Difluoro-4-hydroxybenzylidene)-2-methyl-3-(2,2,2-trifluoroethyl)-3,5-dihydro-4H-imidazol-4-one; (5Z)-5-[(3,5-Difluoro-4-hydroxyphenyl)methylene]-3,5-dihydro-2-methyl-3-(2,2,2-trifluoroethyl)-4H-imidazol-4-one; DFHBI 1T; DF-HBI-1T; DF HBI 1T
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 本产品在运输和储存过程中需避光。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~50 mg/mL (~156.15 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 5.5 mg/mL (17.18 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 +5% Tween-80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 悬浮液；超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 55.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80+，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 3.1230 mL | 15.6148 mL | 31.2295 mL | |
| 5 mM | 0.6246 mL | 3.1230 mL | 6.2459 mL | |
| 10 mM | 0.3123 mL | 1.5615 mL | 3.1230 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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