DFHBI-2T

别名: DFHBI-2T; DFHBI 2T; 1539318-40-5; (5Z)-5-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)methylidene]-3-methyl-2-(trifluoromethyl)imidazol-4-one; SCHEMBL18797644; CGFZNPPTJGGWPN-YWEYNIOJSA-N; DFHBI 2T
目录号: V35261 纯度: ≥98%
DFHBI-2T 是一种 ex/em=500 nm/523 nm 的荧光探针,具有膜渗透性并由 RNA 适体激活。
DFHBI-2T CAS号: 1539318-40-5
产品类别: DNA Stain
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
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InvivoChem产品被CNS等顶刊论文引用
产品描述
DFHBI-2T 是一种膜渗透性 RNA 适体激活荧光探针 (ex/em=500 nm/523 nm)。 DFHBI-2T 可用于活细胞中的 RNA 成像。DFHBI-2T((Z)-4-(3,5-二氟-4-羟基亚苄基)-2-甲基-1-(2,2,2-三氟乙基)-1H-咪唑-5(4H)-酮)是一种可被Spinach2 RNA适配体结合并激活其荧光的荧光小分子。它通过将DFHBI咪唑啉酮环C-2位的甲基替换为三氟甲基而合成。与Spinach2结合后,与DFHBI相比,DFHBI-2T的激发峰红移53 nm(从447 nm至500 nm),发射峰红移22 nm(从501 nm至523 nm),但由于量子产率降低(0.12),整体亮度有所下降。Spinach2-DFHBI-2T复合物的解离常数(Kd)约为1.2 μM,表明体积较大的三氟甲基可能产生空间位阻。在活细胞中,DFHBI-2T使得Spinach2标记的RNA可以使用YFP滤光片组(而非标准GFP滤光片组)进行成像,为多色成像实验(如同时检测Spinach2标记的RNA和CFP标记的蛋白质)提供了灵活性。
DFHBI-2T 是一种细胞膜通透性的、由RNA适配体激活的荧光探针,其激发波长(Ex)为500 nm,发射波长(Em)为523 nm。该化合物是经典的DFHBI(GFP样发色团类似物)的衍生物,专门设计用于在活细胞中标记和成像RNA,通常与“Spinach”家族等特定RNA适配体配合使用。
生物活性&实验参考方法
靶点
Spinach2 RNA aptamer [1][2]
DFHBI-2T does not target specific proteins or enzymes. Instead, its target is specific RNA aptamer sequences (e.g., Spinach2). The probe remains non-fluorescent until it binds to these RNA stem-loop structures, whereupon the restriction of molecular rotation and exclusion of solvent activate its fluorescence.
体外研究 (In Vitro)
当与Spinach2结合时,与DFHBI相比,DFHBI-2T 的激发峰显著红移了53 nm(从447 nm至500 nm),发射峰红移了22 nm(从501 nm至523 nm)。由于量子产率的降低,整体亮度有所下降。 [1]
Spinach2-DFHBI-2T 复合物的光物理性质为:最大吸收波长为460 nm,最大激发波长为500 nm,最大发射波长为523 nm,消光系数为29,000 M⁻¹ cm⁻¹,量子产率为0.12,亮度为22(相对于Spinach2-DFHBI),解离常数(Kd)约为1,300 nM(1.2 μM)。 [1]
游离的DFHBI-2T荧光染料(未与Spinach2结合)的光物理性质为:最大吸收波长为460 nm,最大发射波长为515 nm,消光系数为34,800 M⁻¹ cm⁻¹,荧光量子产率为0.0012。 [1]
在体外,将基于Spinach2的S-腺苷甲硫氨酸(SAM)传感器(由Spinach2和SAM适配体组成)与DFHBI-2T一起孵育,产生了SAM依赖性的、发射波长为523 nm的荧光。 [1]
通过黄色发射通道可观察到的荧光是由 spinach2 成像 DFHBI-2T[2] 产生的。
在无细胞体系或细胞裂解液中,DFHBI-2T 本身背景荧光极低。当与 Spinach2 RNA 适配体结合时,DFHBI-2T 发出明亮的绿色荧光。利用 Spinach2 成像 DFHBI-2T 产生的荧光可通过黄色发射通道检测,其荧光强度足以在体外模拟系统中进行实时RNA定量分析。
体内研究 (In Vivo)
在表达(CGG)₆₀-Spinach2的COS7细胞中,当培养基更换为含有20 μM DFHBI-2T的培养基时,使用GFP滤光片组成像时荧光显著减弱,但使用YFP滤光片组时可轻易检测到荧光。这表明使用DFHBI-2T对Spinach2成像可产生在黄色发射通道中可检测到的荧光。 [1]
DFHBI-2T 具有良好的膜通透性,能够穿过活细胞膜进入细胞质。在表达特定RNA适配体(如 Spinach2)的活细胞中,DFHBI-2T 能够进入细胞并与目标RNA结合,从而实现对RNA的实时动态成像,可用于追踪RNA在细胞内的定位和转运。
酶活实验
Spinach2-DFHBI-2T复合物的光谱采集:在过量Spinach2(5 μM)存在下,将1 μM DFHBI-2T置于结合缓冲液(40 mM HEPES,pH 7.4,125 mM KCl,10 mM MgCl₂)中,收集激发和发射光谱。激发光谱在发射最大波长处收集,发射光谱在激发最大波长处收集。 [1]
通常将纯化的 Spinach2 RNA(通过体外转录获得)与 DFHBI-2T 在缓冲液中混合孵育。
RNA 折叠:将 RNA 在折叠缓冲液(含 K+ 和 Mg2+)中加热后缓慢冷却,使其形成正确的适配体结构。
染色:加入 DFHBI-2T 工作液(通常使用 DMSO 配制,终浓度通常为 1-10 µM)。
检测:在室温下避光孵育 5-30 分钟后,使用荧光酶标仪或荧光分光光度计在 500 nm 激发/523 nm 发射处读取荧光值。若无特定实验记录,通常设含 RNA 组和不含 RNA 的空白对照组。
细胞实验
使用DFHBI-2T对Spinach2融合RNA进行活细胞成像:将表达(CGG)₆₀-Spinach2的COS7细胞在含有DFHBI或DFHBI-2T的培养基中培养。使用GFP和YFP两种滤光片组对细胞进行成像。比例尺为10 μm。 [1]
细胞培养:将表达目标 RNA 适配体(如 Spinach2)的细胞系接种于共聚焦培养皿或 96 孔板中。
染色:去除细胞培养基,加入含有 DFHBI-2T 的新鲜培养基(建议浓度 1-5 µM,具体需预实验滴定),通常在 37°C 孵育 15-30 分钟。
洗涤与成像:用预温的 PBS 洗涤细胞 2-3 次以去除多余的探针,随后在共聚焦显微镜下使用 FITC 通道(对应 500/523 nm)进行活细胞成像。实验中需设置未转染适配体的阴性对照组。
动物实验
基于其作用机制,一般实验流程如下:
模型准备:使用移植了表达 RNA 适配体(如 Spinach2)的肿瘤细胞的小鼠模型,或通过尾静脉注射编码适配体的病毒载体。
给药:通常在肿瘤局部注射或通过尾静脉 systemic 给药。DFHBI-2T 通常溶于 DMSO 后用生理盐水稀释,或使用包含表面活性剂的配伍溶剂(如 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween 80 + 45% Saline)。
成像:给药后,在活体成像系统中使用适合 GFP 的滤光片进行荧光成像。
参考文献

[1]. Plug-and-play fluorophores extend the spectral properties of Spinach. J Am Chem Soc. 2014 Jan 29;136(4):1198-201.

[2]. Structural Principles of Fluorescent RNA Aptamers. Trends Pharmacol Sci. 2017 Oct;38(10):928-939.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C12H7F5N2O2
分子量
306.188200235367
精确质量
306.04
CAS号
1539318-40-5
相关CAS号
DFHBI-1T;1539318-36-9
PubChem CID
129080921
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
2.5
tPSA
52.9
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
1
重原子数目
21
分子复杂度/Complexity
490
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1(C(F)(F)F)=N/C(=C\C2=CC(F)=C(O)C(F)=C2)/C(=O)N1C
InChi Key
CGFZNPPTJGGWPN-YWEYNIOJSA-N
InChi Code
InChI=1S/C12H7F5N2O2/c1-19-10(21)8(18-11(19)12(15,16)17)4-5-2-6(13)9(20)7(14)3-5/h2-4,20H,1H3/b8-4-
化学名
(5Z)-5-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)methylidene]-3-methyl-2-(trifluoromethyl)imidazol-4-one
别名
DFHBI-2T; DFHBI 2T; 1539318-40-5; (5Z)-5-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)methylidene]-3-methyl-2-(trifluoromethyl)imidazol-4-one; SCHEMBL18797644; CGFZNPPTJGGWPN-YWEYNIOJSA-N;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: ~100 mg/mL (326.6 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.2659 mL 16.3297 mL 32.6595 mL
5 mM 0.6532 mL 3.2659 mL 6.5319 mL
10 mM 0.3266 mL 1.6330 mL 3.2659 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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