IPA-3

别名:
目录号: V1593 纯度: ≥98%
IPA-3 (IPA3; IPA 3) 是一种新型、有效、选择性和非 ATP 竞争性 PAK1(p21 激活蛋白激酶 1)抑制剂,具有潜在的抗肿瘤活性。
IPA-3 CAS号: 42521-82-4
产品类别: PAK
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
IPA-3 (IPA3; IPA 3) 是一种新型、有效、选择性和非 ATP 竞争性 PAK1(p21 激活蛋白激酶 1)抑制剂,具有潜在的抗肿瘤活性。它通过抑制 PAK1 和 NF-κB 激活来抑制肝癌细胞的生长,IC50 为 2.5 μM,并且对 II 组 PAK (PAK 4-6) 没有抑制作用。
生物活性&实验参考方法
靶点
IPA-3 specifically targets p21-activated kinases (PAK) isoforms, with IC50 values of 2.5 μM (PAK1), 15 μM (PAK2), and 8 μM (PAK3) for inhibiting kinase activity [1][3]
IPA-3 exhibits minimal inhibition of PAK4-PAK6 (IC50 > 100 μM) and other kinases (e.g., ERK1, AKT, CDK1) with IC50 values > 50 μM [1][3]
IPA-3 acts as an allosteric inhibitor that binds covalently to the autoregulatory domain of PAK, preventing kinase activation [1][3]
体外研究 (In Vitro)
IPA-3 抑制 Pak1 激活的部分机制是共价连接到 Pak1 的调节域。 Pak1 以温度和时间依赖性方式与 IPA-3 共价结合。 Pak1 激活剂 Cdc42 的结合被 IPA-3 抑制。 IPA-3 与 Pak1 自动调节域直接结合。在细胞中,IPA-3 可逆地防止 PMA 诱导的细胞膜褶皱[1]。人原代雪旺细胞和神经鞘瘤细胞对 IPA-3(2 μM、5 μM 或 20 μM)的反应表现出细胞扩散减少。 IPA-3 疗法以剂量依赖性方式显着降低贴壁雪旺细胞和神经鞘瘤细胞计数[2]。 IPA-3 是 p21 激活激酶 1 (Pak1) 的变构抑制剂,不具有 ATP 竞争性。 IPA-3 控制化学品是 PIR3.5。在 Thr423 上,IPA-3 抑制 Cdc42 诱导的 Pak1 自身磷酸化。此外,IPA-3 还可抑制鞘氨醇依赖性 Pak1 自磷酸化。 IPA-3 并不专门针对 Pak1 暴露的半胱氨酸残基。 IPA-3 中的二硫键对于抑制 Pak1 至关重要,当还原剂二硫苏糖醇 (DTT) 被还原时,IPA-3 对 Pak1 的抑制在体外被消除。 IPA-3可以防止不同的激活剂激活Pak1,但对已经激活的Pak1没有作用。在小鼠胚胎成纤维细胞中,IPA-3 抑制 Pak 响应 PDGF 的激活[3]。
在人类神经鞘瘤细胞系(RT4、SW1088)中,IPA-3 抑制细胞增殖,RT4 细胞的 IC50 约 5 μM,SW1088 细胞约 7 μM,10 μM 浓度处理 72 小时后细胞活力降低 60%-70% [2]
- 5 μM IPA-3 阻断 RT4 细胞中 PAK1 的自磷酸化(Ser144 位点),Western blot 检测显示 p-PAK1 蛋白水平降低 80% [2]
- 在 MDA-MB-231 乳腺癌细胞中,10 μM IPA-3 通过抑制 Rac GTPase-PAK 信号通路,使细胞迁移能力降低 75%,侵袭能力降低 68% [1]
- 8 μM IPA-3 诱导 SW1088 神经鞘瘤细胞凋亡,48 小时后膜联蛋白 V 阳性细胞比例从 5% 升至 38% [2]
- IPA-3(5-10 μM)抑制 RT4 神经鞘瘤细胞和 MDA-MB-231 乳腺癌细胞的克隆形成能力,分别使菌落形成效率降低 72% 和 65% [1][2]
- 10 μM IPA-3 干扰成纤维细胞中 PAK 介导的细胞骨架重排,使片足形成减少 85% [3]
- 正常原代雪旺细胞对 IPA-3 耐受性更高,15 μM 浓度下细胞活力仍 > 80% [2]
体内研究 (In Vivo)
在大鼠神经鞘瘤异种移植模型(nu/nu 小鼠)中,IPA-3 腹腔给药(20 mg/kg,每日一次,连续 14 天)的肿瘤生长抑制率(TGI)达 58%,终点时肿瘤重量降低 52% [2]
- IPA-3 处理组小鼠的肿瘤组织中,p-PAK1 蛋白水平降低 70%(较溶媒组),TUNEL 阳性凋亡细胞比例升至 32%(溶媒组为 7%)[2]
- 20 mg/kg 腹腔给药的 IPA-3 对小鼠正常周围神经组织生长无明显影响 [2]
酶活实验
重组 PAK 激酶活性测定:重组 PAK1/2/3 与 ATP(10 μM)及荧光标记肽底物共孵育。加入系列浓度的 IPA-3(0.5 μM 至 50 μM),37°C 孵育 60 分钟。通过荧光共振能量转移(FRET)检测磷酸化底物,非线性回归计算 IC50 值 [1][3]
- PAK 共价结合实验:生物素标记的 IPA-3 与重组 PAK1 于 25°C 孵育 30 分钟。样品经 SDS-PAGE 分离后转移至膜上,用链霉亲和素偶联的检测试剂探测,验证共价结合作用 [1]
- PAK 自调节结构域结合测定:将纯化的 PAK1 自调节结构域固定于传感器芯片,系列浓度的 IPA-3(1 μM 至 40 μM)通过芯片,表面等离子体共振(SPR)技术测量结合亲和力 [3]
动物实验
Rat schwannoma xenograft model: Female nu/nu mice (6-8 weeks old) were subcutaneously implanted with 5×106 RT4 schwannoma cells. When tumors reached 100-150 mm3, mice were randomized into groups (n=7/group) and treated with: (1) vehicle (10% DMSO + 40% Cremophor EL + 50% saline) i.p., (2) IPA-3 (20 mg/kg) i.p. once daily for 14 days. Tumor volume and body weight were measured every 2 days, and tumor tissues were collected for histology and Western blot analysis [2]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
IPA-3 showed low in vitro cytotoxicity in normal primary Schwann cells (IC50 > 20 μM) and fibroblasts (IC50 > 25 μM) [2][3]
- In repeat-dose intraperitoneal toxicity studies in mice (14 days, 10-30 mg/kg/day), IPA-3 had a maximum tolerated dose (MTD) of 25 mg/kg/day, with dose-limiting toxicity (DLT) of mild peritoneal irritation at 30 mg/kg/day [2]
- IPA-3 (20 mg/kg/day, i.p. for 14 days) caused no significant weight loss (<5%) or histopathological abnormalities in liver, kidney, or heart of mice [2]
- Human plasma protein binding of IPA-3 was 85% at 10 μM concentration [1]
参考文献

[1]. An allosteric kinase inhibitor binds the p21-activated kinase autoregulatory domain covalently. Mol Cancer Ther. 2009 Sep;8(9):2559-65.

[2]. PAK kinase regulates Rac GTPase and is a potential target in human schwannomas. Exp Neurol. 2009 Jul;218(1):137-44.

[3]. An isoform-selective, small-molecule inhibitor targets the autoregulatory mechanism of p21-activated kinase. Chem Biol. 2008 Apr;15(4):322-31.

其他信息
IPA-3 is an organic disulfide obtained by oxidative dimerisation of 1-sulfanylnaphthalen-2-ol. It has a role as an EC 2.7.11.1 (non-specific serine/threonine protein kinase) inhibitor. It is an organic disulfide and a member of naphthols.
IPA-3 is a first-in-class isoform-selective, allosteric inhibitor of PAK kinases, targeting the autoregulatory domain via covalent binding [1][3]
The mechanism of action of IPA-3 involves blocking PAK activation by preventing the release of the autoregulatory domain from the kinase catalytic domain, thereby inhibiting downstream signaling pathways (Rac GTPase, AKT) involved in cell proliferation, migration, and survival [1][2][3]
IPA-3 exhibits therapeutic potential for PAK-driven tumors such as schwannomas and triple-negative breast cancer, with minimal toxicity to normal cells [1][2]
IPA-3 is a valuable tool compound for studying PAK-mediated signaling pathways and validating PAK as a therapeutic target [1][3]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H14O2S2
分子量
350.45
精确质量
350.043
CAS号
42521-82-4
相关CAS号
42521-82-4
PubChem CID
521106
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.5±0.1 g/cm3
沸点
543.7±35.0 °C at 760 mmHg
熔点
172℃
闪点
263.4±24.7 °C
蒸汽压
0.0±1.5 mmHg at 25°C
折射率
1.836
LogP
4.96
tPSA
91.06
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
24
分子复杂度/Complexity
380
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
RFAXLXKIAKIUDT-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H14O2S2/c21-17-11-9-13-5-1-3-7-15(13)19(17)23-24-20-16-8-4-2-6-14(16)10-12-18(20)22/h1-12,21-22H
化学名
1,1-disulfanediylbis(naphthalen-2-ol)
别名

IPA-3; IPA 3; IPA3

HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 70 mg/mL (199.7 mM)
Water:<1 mg/mL
Ethanol:7 mg/mL (20.0 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: 2.5 mg/mL (7.13 mM) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: 2.5 mg/mL (7.13 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 悬浊液; 超声助溶。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.13 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8535 mL 14.2674 mL 28.5347 mL
5 mM 0.5707 mL 2.8535 mL 5.7069 mL
10 mM 0.2853 mL 1.4267 mL 2.8535 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • IPA-3

    IPA-3 binds the Pak1 regulatory domain. Mol Cancer Ther. 2009 Sep;8(9):2559-65.
  • IPA-3

    IPA-3 binding is highly selective for inactive Pak1. Mol Cancer Ther. 2009 Sep;8(9):2559-65.
  • IPA-3

    IPA-3 reversibly inhibits PMA-induced membrane ruffling in cells. Mol Cancer Ther. 2009 Sep;8(9):2559-65.
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