| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| 靶点 |
SRA domain of UHRF1 (Ubiquitin-like with PHD and RING finger domains 1). NSC232003 is proposed to bind to the 5-methylcytosine (5mC) binding cavity of this domain, potentially inhibiting its interaction with hemi-methylated DNA and disrupting the UHRF1-DNMT1 functional complex. [1]
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| 体外研究 (In Vitro) |
UHRF1 基因 NSC232003 可从 NCI/DTP 存储库免费下载，为创建细胞可渗透的 UHRF1 提供了灵活的起点，有利于 DNA 甲基化遗传的分析。事实上，NSC232003 是 DNA 甲基化的有效支架，这表明专门的支架可以为有效 UHRF1 的开发提供灵活的基础。鉴于 NSC232003 的支架双环含有更多酸性亚胺氮，pKa 值为 7.6，预计 NSC232003 将在 pH 7 时部分去质子化。最有效的化学物质 NSC232003 通过 U251 神经星细胞发出信号，4 小时后显着减少 DNMT1 /UHRF1 反应，显示 15 μM 时反应抑制为 50%，并且通过 ELISA 诱导评估总 DNA 酪氨酸去甲基化 [1]。
使用15 µM NSC232003处理U251胶质瘤细胞4小时，通过原位邻近连接实验（P-LISA）检测，显著降低了DNMT1和UHRF1蛋白之间的原位相互作用。在该浓度下，化合物实现了约50%的DNMT1/UHRF1相互作用抑制。[1] 使用15 µM NSC232003处理U251胶质瘤细胞72小时，观察到了全局DNA胞嘧啶去甲基化效应。ELISA测量显示，与对照组相比，基因组5mC含量显著降低了50%。[1] 在MCF7乳腺癌细胞中，使用15 µM NSC232003处理72小时，通过HPLC-MS/MS分析定量，导致全基因组5-甲基胞嘧啶（5mC）水平降低。在发现其先导化合物的初筛阶段，这种去甲基化活性与阳性对照5-氮杂胞苷相当或更优。[1] 通过虚拟筛选（基于结构的对接和基于配体的3D相似性）及随后的实验验证流程，NSC232003被鉴定为能够在细胞中调节DNA甲基化的苗头化合物。[1] |
| 酶活实验 |
本研究尝试使用荧光热位移实验（FTSA/差示扫描荧光法）来评估化合物与纯化的UHRF1 SRA结构域的直接结合。SRA结构域蛋白在细菌细胞中过表达，使用镍亲和层析纯化，随后切除组氨酸标签并进行尺寸排阻色谱纯化。使用荧光染料和甲基化寡核苷酸作为配体来评估结合。然而，由于蛋白质对甲基化寡核苷酸的亲和力中等（Kd ~19 µM）以及缺乏合适的阳性对照抑制剂等挑战，该实验未能成功验证用于高通量筛选。[1]
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| 细胞实验 |
DNA去甲基化筛选（PCR-MS & HPLC-MS/MS）: 用测试化合物（溶于DMSO，终浓度15 µM）处理MCF7细胞72小时，每隔一天更换新鲜培养基。然后提取基因组DNA。对于基因座特异性分析，DNA经过亚硫酸氢盐转化，并对RARβ基因外显子2进行甲基化特异性PCR（MS-PCR）。对于全局分析，另一部分DNA使用核酸酶P1和碱性磷酸酶消化成单个核苷。所得核苷混合物通过HPLC-MS/MS进行分析，以量化5-甲基-2'-脱氧胞苷（5mdCyd）与总脱氧胞苷（dCyd）的比率，从而提供全局DNA甲基化水平的测量。[1]
原位邻近连接实验（P-LISA）: 将U251胶质瘤细胞固定在玻片上并透化。加入针对DNMT1和UHRF1的一抗，然后加入偶联了独特DNA寡核苷酸的物种特异性二抗。如果两个靶蛋白距离足够近（<40 nm），附着的DNA链可以与一个连接寡核苷酸杂交，形成环状DNA模板。然后通过滚环扩增该环，并用荧光标记的探针检测，在蛋白质-蛋白质相互作用位点产生离散的荧光信号（点）。通过量化每个细胞的荧光点数量来评估化合物处理（例如15 µM，4小时）后DNMT1/UHRF1相互作用的水平。[1] 全局DNA甲基化ELISA: 用化合物（例如15 µM，72小时）处理U251细胞。然后提取基因组DNA，并使用商业化的全局DNA甲基化定量ELISA试剂盒进行分析。该方法量化总基因组DNA中5-甲基胞嘧啶的相对含量。[1] |
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
NSC232003 是一种尿嘧啶衍生物（肟取代），通过美国国家癌症研究所/药物靶向治疗计划 (NCI/DTP) 化合物库的串联虚拟筛选方法（结合基于结构的分子对接和基于配体的三维相似性）筛选得到。[1] 它被认为是首个报道的靶向 UHRF1 的 SRA 结构域并在细胞环境中调节 DNA 甲基化的化学工具化合物。[1] 其作用机制可能涉及与 UHRF1 SRA 结构域的 5mC 口袋结合，从而竞争性抑制该结构域对半甲基化 DNA 的识别。这种抑制作用被认为会干扰 DNMT1 的募集，进而损害细胞分裂过程中 DNA 甲基化模式的维持，最终导致被动 DNA 去甲基化。 [1] 分子建模（QM极化对接）表明，去质子化的NSC232003（预测pKa约为7.6）可能通过氢键网络和π-π堆积相互作用与Y466和Y478等残基结合于5mC腔内，其肟基部分可能与腔内由R433、R484和K540等残基构成的带正电荷的入口相互作用。[1] 该化合物可从NCI/DTP化合物库免费获取，并被认为是一种用途广泛的先导化合物，可用于开发更有效、细胞渗透性更强的UHRF1抑制剂。[1]
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| 分子式 |
C6H7N3O3
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|---|---|
| 分子量 |
169.138080835342
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| 精确质量 |
169.048
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| CAS号 |
1905453-18-0
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| PubChem CID |
135468142
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| LogP |
-0.8
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| tPSA |
90.8
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| 氢键供体(HBD)数目 |
3
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| 氢键受体(HBA)数目 |
4
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| 可旋转键数目(RBC) |
1
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| 重原子数目 |
12
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| 分子复杂度/Complexity |
292
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
O=C1C(C(C)=NO)=CNC(N1)=O
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| InChi Key |
UDHCVAJUUVCYHW-YCRREMRBSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C6H7N3O3/c1-3(9-12)4-2-7-6(11)8-5(4)10/h2,12H,1H3,(H2,7,8,10,11)/b9-3+
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| 化学名 |
5-[(E)-N-hydroxy-C-methylcarbonimidoyl]-1H-pyrimidine-2,4-dione
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| 别名 |
NSC232003; NSC-232003; NSC 232003
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
H2O : ~2 mg/mL (~11.82 mM)
DMSO :< 1 mg/mL |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 4.76 mg/mL (28.14 mM) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。 (<60°C).
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 5.9123 mL | 29.5613 mL | 59.1226 mL | |
| 5 mM | 1.1825 mL | 5.9123 mL | 11.8245 mL | |
| 10 mM | 0.5912 mL | 2.9561 mL | 5.9123 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
Bamirastine
戊双氟酚
PROTAC-PEG3-Amino
MT-3014
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