| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
CDK7 53.5 nM (IC50) CDK7/Mat1/CycH 9.7 nM (IC50) CDK2 1300 nM (IC50) CDK9 3020 nM (IC50)
YKL-5-124 TFA specifically targets Cyclin-Dependent Kinase 7 (CDK7). It is a covalent inhibitor that binds irreversibly to a cysteine residue in the active site of CDK7. It inhibits CDK7 alone with an IC50 of 53.5 nM and the CDK7/Mat1/CycH complex with an IC50 of 9.7 nM. The compound is >100-fold more selective for CDK7 over CDK9 and CDK2, and it is inactive against CDK12 and CDK13, demonstrating exceptional selectivity. |
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| 体外研究 (In Vitro) |
在YKL-5-124（0-2000 nM；72小时；HAP1细胞）处理下，G1期和G2/M期细胞数量增加，而S期细胞数量减少，呈剂量依赖性[1]。YKL-5-124（0-2000 nM；24小时；HAP1野生型细胞）处理以浓度依赖性方式抑制CDK1 T环的磷酸化，对CDK2 T环的磷酸化抑制作用较弱[1]。当用浓度约为30 nM的YKL-5-124作为竞争剂处理细胞时，CDK7-cyclin H的下拉作用被阻断，但对HAP1细胞中cyclin K-CDK12/13的下拉作用没有影响。用 100 nM YKL-5 -124 处理 30 分钟后，CDK7-cyclin H 与 bioTHZ1 的结合减少了 50% 以上[1]。
体外实验表明，YKL-5-124 TFA 能有效抑制其靶点。它通过抑制 CDK7，诱导强烈的细胞周期阻滞并抑制 E2F 驱动的基因表达，从而揭示了其在细胞周期调控中的作用。重要的是，它对 RNA 聚合酶 II 的磷酸化状态几乎没有影响，而 RNA 聚合酶 II 的磷酸化是 CDK9 的主要功能之一。这凸显了其独特的细胞机制，并使其区别于 CDK9 抑制剂。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
现有文献中关于YKL-5-124 TFA的体内数据并不详尽。作为一种研究工具，它主要用于体外机制研究，以了解CDK7的作用。然而，作为一种具有高靶向选择性的不可逆共价抑制剂，它也适用于异种移植小鼠模型中的体内药代动力学(PK)和疗效研究，以评估其治疗依赖CDK7增殖和存活的癌症的潜力。
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| 酶活实验 |
使用纯化的 CDK7、Mat1 和 CycH 蛋白（CDK7 复合物）进行无细胞测定。向反应体系中加入肽底物（例如 CDK9 或 RNA 聚合酶 II 的片段）和 ATP（使用 γ-33P-ATP 进行检测）。化合物与酶预孵育以形成共价键。加入底物和 ATP 启动反应。通过测量放射性磷酸盐的掺入量来确定 IC50 值。
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| 细胞实验 |
细胞周期分析[1]
细胞类型： HAP1 细胞 测试浓度： 0 nM、0.2 nM、0.7 nM、2 nM、6.3 nM、20 nM、60 nM、200 nM、633.3 nM、2000 nM 孵育时间： 72 小时 实验结果： 导致 G1 期和 G2/M 期细胞数量呈剂量依赖性增加，同时 S 期细胞数量相应减少。 蛋白质印迹分析[1] 细胞类型： HAP1 WT 细胞 测试浓度： 0 nM、125 nM、250 nM、500 nM、1000 nM、2000 nM 孵育时间： 24 小时 实验结果： 以浓度依赖的方式抑制 CDK1 T-loop 磷酸化，并在较小程度上抑制 CDK2 T-loop 磷酸化。 在细胞学研究中，将癌细胞系（例如 HeLa 或 HCC1806）接种于 96 孔板中，并用 YKL-5-124 TFA 进行系列稀释处理。72-96 小时后，使用 CellTiter-Glo 发光法检测细胞活力。在机制研究中，裂解细胞并通过蛋白质印迹法进行分析。可以使用检测共价结合的“激酶失活”抗体来评估靶点结合情况，或者通过测量下游效应（例如细胞周期标志物（例如细胞周期蛋白）和 E2F 靶基因表达）来评估靶点结合情况。 |
| 动物实验 |
CDK7抑制剂的标准实验方案包括使用异种移植小鼠模型。将人类癌细胞（例如三阴性乳腺癌细胞）皮下植入免疫缺陷小鼠体内。待肿瘤达到目标体积（例如150 mm³）后，将小鼠随机分组，并用YKL-5-124 TFA进行治疗。该化合物可配制成溶剂（例如10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45%生理盐水），并通过腹腔注射给药。使用游标卡尺测量肿瘤体积以评估抗肿瘤活性。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
摘要中未提供YKL-5-124 TFA的具体ADME（吸收、分布、代谢和排泄）数据。该化合物在DMSO（≥100 mg/mL）和水（50 mg/mL）中溶解度很高。已开发出一种标准配方（10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45%生理盐水），用于体内给药，可得到澄清溶液。该配方适用于腹腔注射，这是该化合物临床前体内研究的常用给药途径。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
目前尚无YKL-5-124 TFA的具体毒理学数据。作为一种研究工具，其毒理学特性可能正在研究中。该化合物对CDK7相对于其他CDK的高选择性表明，与其他CDK抑制剂相比，其脱靶毒性风险可能较低。然而，已知靶向CDK7抑制具有抗增殖作用，这可能是其发挥疗效和潜在剂量限制性毒性的主要机制。该化合物仅为研究级。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
YKL-5-124 TFA 是一种高选择性且不可逆的共价抑制剂。它是一种极具价值的化学探针，可用于解析 CDK7 在转录和细胞周期调控中的具体功能。与许多其他同时抑制 CDK9 的 CDK7 抑制剂不同，YKL-5-124 TFA 的选择性超过 100 倍，使研究人员能够区分 CDK7 和 CDK9。这使其成为理解 CDK7 驱动癌细胞增殖机制的关键工具。目前，该药物尚未获准用于任何临床用途，仍处于临床前研究阶段。
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| 分子式 |
C30H34F3N7O5
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|---|---|
| 分子量 |
629.630076885223
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| 精确质量 |
629.257
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| CAS号 |
2748220-93-9
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| 相关CAS号 |
YKL-5-124;1957203-01-8
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| PubChem CID |
146025947
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| tPSA |
160
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| 氢键供体(HBD)数目 |
5
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| 氢键受体(HBA)数目 |
10
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| 可旋转键数目(RBC) |
8
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| 重原子数目 |
45
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| 分子复杂度/Complexity |
948
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| 定义原子立体中心数目 |
1
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| SMILES |
C(F)(F)(F)C(=O)O.N(C1=NNC2C(C)(C)N(C(=O)N[C@@H](C3C=CC=CC=3)CN(C)C)CC1=2)C(C1C=CC(NC(=O)C=C)=CC=1)=O
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| InChi Key |
CPYGDECNKKKQGE-VZYDHVRKSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C28H33N7O3.C2HF3O2/c1-6-23(36)29-20-14-12-19(13-15-20)26(37)31-25-21-16-35(28(2,3)24(21)32-33-25)27(38)30-22(17-34(4)5)18-10-8-7-9-11-18;3-2(4,5)1(6)7/h6-15,22H,1,16-17H2,2-5H3,(H,29,36)(H,30,38)(H2,31,32,33,37);(H,6,7)/t22-;/m1./s1
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| 化学名 |
N-[(1S)-2-(dimethylamino)-1-phenylethyl]-6,6-dimethyl-3-[[4-(prop-2-enoylamino)benzoyl]amino]-1,4-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazole-5-carboxamide;2,2,2-trifluoroacetic acid
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO: ≥ 100 mg/mL (158.82 mM)
H2O: 50 mg/mL (79.41 mM) |
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (3.97 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (3.97 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (3.97 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 配方 4 中的溶解度: 50 mg/mL (79.41 mM) in PBS (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶. 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.5882 mL | 7.9412 mL | 15.8823 mL | |
| 5 mM | 0.3176 mL | 1.5882 mL | 3.1765 mL | |
| 10 mM | 0.1588 mL | 0.7941 mL | 1.5882 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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