Thalidomide-5-OH

别名: 5-hydroxythalidomide; 64567-60-8; 2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-hydroxyisoindoline-1,3-dione; Thalidomide-5-OH; 2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-hydroxyisoindole-1,3-dione; (+/-)-Hydroxythalidomide; CHEMBL182442; 29V976C3CJ; 4-羟基沙利度胺
目录号: V83050 纯度: =99.93%
Thalidomide-5-OH 是一种基于 Thalidomide 的 cereblon(E3 连接酶)配体,可招募 CRBN 蛋白。
Thalidomide-5-OH CAS号: 64567-60-8
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
100mg
250mg
500mg
1g
5g
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  • 2-(2,6-二氧代 - 哌啶-3-基)-4-羟基 - 异吲哚-1,3-二酮
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纯度: =99.93%

产品描述
沙利度胺-5-OH 是一种基于沙利度胺的 cereblon(E3 连接酶)配体,可募集 CRBN 蛋白。沙利度胺-5-OH 可通过连接子与靶蛋白配体偶联,形成 PROTAC 分子。
沙利度胺-5-OH(CAS 64567-60-8)是沙利度胺的衍生物,可用作 cereblon(CRBN)配体。它也被称为 5-羟基沙利度胺或 2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-5-羟基异吲哚啉-1,3-二酮,用于 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)的设计和合成,PROTAC 是一类用于靶向蛋白降解的分子。该化合物在异吲哚啉环的5位上具有一个羟基,可作为进一步功能化和与连接子偶联的位点。沙利度胺-5-OH可通过连接子与靶蛋白配体连接形成PROTACs。它被归类为E3连接酶配体构建单元。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
The primary molecular target of Thalidomide-5-OH is cereblon (CRBN), an E3 ubiquitin ligase substrate receptor. As a ligand for the E3 ubiquitin ligase complex, this compound binds to CRBN and recruits the ubiquitin-proteasome system. In the context of PROTAC technology, the thalidomide moiety serves as the E3 ligase recognition element, while the hydroxyl group provides a handle for conjugation to a linker and subsequently to a target protein ligand. This design enables the targeted degradation of specific proteins by bringing the target protein into proximity with the E3 ligase.
体外研究 (In Vitro)
血管生成,尤其是抗血管生成,是癌症治疗中一个备受关注的治疗领域。目前,多种抗血管生成药物正处于临床试验的最后阶段。其中一种药物沙利度胺,因其致畸性而闻名,但对多种肿瘤类型显示出一定的疗效。此前的研究表明,沙利度胺需要生物活化才能在离体血管和内皮细胞中发挥其抗血管生成作用。本研究利用鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)系统证实了这些发现。具体而言,人肝微粒体而非大鼠肝微粒体的活化显著增强了沙利度胺的抗血管生成作用。此外,我们在CAM实验中发现,沙利度胺在1'位或5位羟基化后仍保留抗血管生成活性,而4位羟基化则导致化合物失去活性。我们进一步证实,沙利度胺在体外培养中对MDA-MB-231人乳腺癌细胞的抗增殖活性较弱。然而,沙利度胺对SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞和人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的抗增殖活性略高。此外,与单独使用沙利度胺相比,沙利度胺与人肝微粒体共同孵育并未增强这些细胞的抗增殖作用。最后,我们发现,所测试的沙利度胺代谢物均未对乳腺癌细胞或神经母细胞瘤细胞产生抗增殖作用,但对内皮细胞具有显著的抗增殖活性。总之,这项工作表明,基于沙利度胺假定代谢物的羟基化沙利度胺类似物具有显著的抗血管生成活性,进一步探索这些类似物的衍生物作为潜在的抗血管生成药物具有重要意义[1]。体外研究表明,沙利度胺-5-OH 在 PROTAC 分子中作为 cereblon 配体发挥作用。该化合物通过 CRBN 蛋白与 E3 泛素连接酶结合。5 位上的羟基可以与各种连接子偶联,这些连接子随后可以连接到靶蛋白配体。该化合物旨在通过泛素-蛋白酶体途径促进细胞系统中靶向蛋白的降解。它通常用作合成中间体或构建单元,用于制备完整的 PROTAC 分子。
体内研究 (In Vivo)
化疗药物沙利度胺的致畸性具有物种特异性,可影响人类、非人灵长类动物和家兔。先前研究发现,沙利度胺在啮齿类动物体内的初级氧化主要生成失活的5'-羟基沙利度胺。本研究通过分析沙利度胺敏感动物——雄性家兔口服沙利度胺(2.0 mg/kg)后的血浆,证实了体内沙利度胺在体内会转化为5-羟基沙利度胺和5'-羟基沙利度胺。采用液相色谱-串联质谱法检测雄性家兔口服沙利度胺4小时和7小时后精浆和血浆中的沙利度胺浓度,结果相似。在雄性兔中,口服沙利度胺(2.0 mg/kg)后,精浆中5-羟基沙利度胺和5'-羟基沙利度胺的浓度也呈现出与血浆中大致相似的时间依赖性变化。此外,在沙利度胺肝脏固有清除率(包括游离的5-羟基沙利度胺和5'-羟基沙利度胺)为0.01的代谢比率下,基于简化生理药代动力学兔模型生成的数值与体内血浆测得的数据相符。这些结果表明,沙利度胺的代谢活化可能依赖于兔肝酶,正如人源化肝小鼠中细胞色素P450酶的作用一样;相比之下,啮齿动物肝脏主要介导沙利度胺向5'-羟基沙利度胺的生物转化。未来应考虑建立一种涉及通过精液经阴道途径暴露于化疗药物沙利度胺的动物发育毒性试验系统[2]。
由于沙利度胺-5-OH在PROTAC设计中被用作合成中间体或配体构建单元,而非治疗药物本身,因此尚未报道其作为独立化合物的体内活性数据。包含这种沙利度胺基配体的PROTAC分子的体内疗效取决于特定的靶蛋白配体以及完整PROTAC构建体的整体药代动力学特性。作为配体构建单元,其主要作用是通过募集E3连接酶来促进靶蛋白降解。
酶活实验
沙利度胺通过诱导含有cereblon (CRBN) 的泛素连接酶降解蛋白质并改变其底物特异性而产生致畸作用。人P450细胞色素将沙利度胺转化为两种单羟基代谢物,这两种代谢物被认为参与了沙利度胺的致畸作用,但其机制尚不明确。本文报道,早幼粒细胞白血病锌指蛋白 (PLZF)/ZBTB16 是CRBN的靶蛋白,其降解与沙利度胺和5-羟基沙利度胺诱导的致畸作用有关。利用在小麦无细胞蛋白合成系统中构建的人类转录因子蛋白芯片,我们鉴定出PLZF是沙利度胺依赖性的CRBN底物。 PLZF蛋白在与沙利度胺、其衍生物或5-羟基沙利度胺形成的复合物中,通过泛素连接酶CRL4CRBN降解,这一过程依赖于PLZF蛋白保守的第一和第三个锌指结构域。令人惊讶的是,沙利度胺和5-羟基沙利度胺赋予小鼠和鸡CRBN蛋白截然不同的底物特异性,并且这两种化合物均会导致鸡胚胎出现致畸表型。与此一致的是,敲低Plzf基因会导致鸡四肢形成短骨。更重要的是,在鸡胚胎中,沙利度胺或5-羟基沙利度胺处理会诱导PLZF蛋白降解,但不会诱导已知的沙利度胺依赖性CRBN底物SALL4的降解。此外,PLZF蛋白的过表达可以部分挽救沙利度胺诱导的表型。我们的研究结果表明,PLZF是沙利度胺诱导的CRBN新底物,参与沙利度胺的致畸作用[3]。
体外评估沙利度胺-5-OH的实验通常包括结合实验,以评估其与E3泛素连接酶底物受体cereblon (CRBN)的相互作用。表面等离子共振(SPR)或荧光偏振技术可用于测量沙利度胺配体与CRBN之间的结合亲和力(Kd)。使用荧光标记探针的竞争性结合实验也常用于测定配体与CRBN结合的抑制浓度(IC50)。羟基可用于偶联实验,以评估连接子的连接效率。
细胞实验
为了研究过表达的PLZF、SALL4或IKZF1的5-羟基沙利度胺依赖性降解,将HEK293T‐CRBN−/−细胞培养于48孔板中,并转染200 ng pcDNA3.1(+)‐FLAG‐CRBN‐WT和20 ng pcDNA3.1(+)‐AGIA‐SALL4、pcDNA3.1(+)‐AGIA‐PLZF或pcDNA3.1(+)‐AGIA‐IKZF1。细胞转染8小时后,在指定的时间和浓度下,用培养基中的沙利度胺、5-羟基沙利度胺或DMSO(0.1%)处理细胞(图4C)。对于内源性 SALL4、PLZF、IKZF1、HuH7 或 THP-1 细胞,在 48 孔板中培养,并在指定的时间和浓度下用沙利度胺、5-羟基沙利度胺或 DMSO (0.1%) 处理培养基(图 4D 和 E)。[3]

为了检验 IMiD 依赖性蛋白质降解的物种特异性,将 HEK293T-CRBN-/- 细胞培养在 48 孔板中,并转染 200 ng pcDNA3.1(+)‐FLAG‐(小鼠或鸡) CRBN‐WT 或 CRBN‐IV 和 20 ng pcDNA3.1(+)‐AGIA‐(小鼠或鸡) PLZF 或 pcDNA3.1(+)‐AGIA‐(小鼠或鸡) SALL4。细胞转染 8 小时后,在培养基中加入沙利度胺或 DMSO (0.1%),处理时间和浓度如图 5A–D 所示。[3]

为了检验 5-羟基沙利度胺是否诱导小鼠或鸡 SALL4 或 PLZF 的降解,将 HEK293T‐CRBN−/− 细胞培养于 48 孔板中,并转染 200 ng pcDNA3.1(+)‐FLAG‐(小鼠或鸡) CRBN‐WT 和 20 ng pcDNA3.1(+)‐AGIA‐(小鼠或鸡) SALL4 或 pcDNA3.1(+)‐AGIA‐(小鼠或鸡) PLZF。细胞转染 8 小时后,在培养基中加入沙利度胺、5-羟基沙利度胺或 DMSO (0.1%),处理时间和浓度如图 5E–H 所示。[3]

在所有实验中,细胞均用含 5% 2-巯基乙醇的 1× 样品缓冲液煮沸裂解,裂解液通过免疫印迹法进行分析。
定量实时 PCR (qRT-PCR)[3]
为了证明 PLZF 蛋白翻译后水平降低,我们通过 qRT-PCR 检测了用 DMSO 或来那度胺处理 24 小时的 HEK293T、HuH7 或 THP-1 细胞中 PLZF mRNA 的表达。为了分析SALL4或PLZF mRNA的表达,我们采用qRT-PCR方法检测了经DMSO、沙利度胺或5-羟基沙利度胺处理24小时的HuH7细胞。使用SuperPrep细胞裂解试剂盒从经DMSO或来那度胺处理24小时的HEK293T、HuH7或THP-1细胞中分离总RNA。根据制造商的说明,使用SuperPrep RT试剂盒合成cDNA。使用KOD SYBR qPCR Mix进行RT-PCR,并将数据以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)mRNA水平进行标准化。 PCR引物如下:PLZF FW 5′‐GCACAGTTTTCGAAGGAGGA‐3′,PLZF RV 5′‐GGCCATGTCAGTGCCAGT‐3′,SALL4 FW 5′‐GGTCCTCGAGCAGATCTTGT‐3′,SALL4 RV 5′‐GGCATCCAGAGACAGACCTT‐3′,GAPDH FW 5′‐AGCAACAGGGTGGTGGAC‐3′,GAPDH RV 5′‐GTGTGGTGGGGGACTGAG‐3′。
体外细胞沙利度胺-5-OH检测通常包括将其掺入PROTAC分子中,然后评估培养细胞中靶蛋白的降解情况。用含有该沙利度胺配体的PROTAC处理细胞,并通过Western印迹或免疫荧光法检测靶蛋白水平以评估降解效率。通过剂量反应实验确定PROTAC构建体的DC50(半数最大降解浓度)。此外,还可以进行细胞活力和增殖实验,以评估靶蛋白降解的功能后果。
动物实验
沙利度胺处理鸡胚[3]
将沙利度胺固体晶体溶于45% 2-羟丙基-β-环糊精溶液中,于60℃下溶解1-2小时,制备沙利度胺(2 μg/μl,7.8 mM)或5-羟基沙利度胺(2 μg/μl,7.3 mM)储备液。将该储备液与等体积的2×Hanks缓冲液混合,制成工作液(1 μg/μl,沙利度胺浓度为3.9 mM,5-羟基沙利度胺浓度为3.6 mM)。在胚胎发育第18阶段(E3),于右前肢芽上方的羊膜上开一个小孔,将工作液注入羊膜与右前肢芽之间的空隙中,以进行沙利度胺处理。对于原位杂交样本,为了在短时间内诱导沙利度胺或5-羟基沙利度胺对靶蛋白产生强烈的作用,用于免疫荧光和免疫印迹分析,胚胎用30 μl工作液处理,并孵育至HH 22/23期(E4)。对于骨骼模式分析样本,为了降低致死率并提高在HH 36期(E10)肢芽中表现出致畸表型的鸡胚的收集率,胚胎每12小时用10 μl工作液处理一次,共处理三次,并孵育至HH 36期(E10)。
使用沙利度胺-5-OH进行的体内动物研究是评估包含该沙利度胺配体的完整PROTAC分子的一部分。典型的实验方案包括将PROTAC构建体应用于小鼠异种移植模型或疾病相关动物模型,随后通过Western blot或免疫组织化学方法评估采集组织中靶蛋白的降解情况。药效学终点包括靶蛋白水平的测定、下游信号通路调控以及疗效研究中的肿瘤生长抑制情况。给药方案根据特定PROTAC构建体的药代动力学特性进行优化。
药代性质 (ADME/PK)
沙利度胺-5-OH 作为一种配体构建单元而非治疗药物,其整体药代动力学数据有限。该化合物的分子式为 C13H10N2O5,分子量为 274.23。当将其引入 PROTAC 分子中时,沙利度胺基配体会影响整个构建体的理化性质。羟基可作为连接基团的接合位点,进而影响 PROTAC 分子的溶解度和药代动力学性质。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于沙利度胺-5-OH主要用作研究试剂和合成砌块,因此其作为单一化合物的毒性特征尚未得到充分表征。该化合物仅供研究使用,未获准用于人类治疗。已知沙利度胺核心结构具有致畸作用,因此在处理该化合物时应采取适当的安全预防措施。建议遵循标准的实验室安全操作规程,包括使用个人防护装备和在通风橱内操作。
参考文献

[1]. Effects of Putative Hydroxylated Thalidomide Metabolites on Blood Vessel Density in the Chorioallantoic Membrane (CAM) Assay and on Tumor and Endothelial Cell Proliferation. Biol Pharm Bull. 2002 May;25(5):597-604.

其他信息
5-羟基沙利度胺是一种邻苯二甲酰亚胺化合物。
沙利度胺-5-OH (CAS 64567-60-8) 的分子式为 C13H10N2O5,分子量为 274.23。该化合物的纯度为 >95%。它是一种基于沙利度胺的 Cereblon 配体,用于招募 CRBN 蛋白,并可通过连接体与靶蛋白配体结合形成 PROTAC。该化合物属于 E3 连接酶配体构建块类别,应用于 PROTAC 合成的靶向蛋白降解研究。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C13H10N2O5
分子量
274.2289
精确质量
274.059
元素分析
C, 56.94; H, 3.68; N, 10.22; O, 29.17
CAS号
64567-60-8
相关CAS号
Thalidomide-4-OH;5054-59-1
PubChem CID
5743568
外观&性状
Gray to brown solid powder
密度
1.611g/cm3
沸点
600ºC at 760mmHg
闪点
316.7ºC
折射率
1.679
LogP
0.007
tPSA
107.27
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
1
重原子数目
20
分子复杂度/Complexity
503
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C1CCC(N2C(=O)C3C=CC(=CC=3C2=O)O)C(=O)N1
InChi Key
LJBQRRQTZUJWRC-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C13H10N2O5/c16-6-1-2-7-8(5-6)13(20)15(12(7)19)9-3-4-10(17)14-11(9)18/h1-2,5,9,16H,3-4H2,(H,14,17,18)
化学名
2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-hydroxyisoindole-1,3-dione
别名
5-hydroxythalidomide; 64567-60-8; 2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-hydroxyisoindoline-1,3-dione; Thalidomide-5-OH; 2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-hydroxyisoindole-1,3-dione; (+/-)-Hydroxythalidomide; CHEMBL182442; 29V976C3CJ;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~62.5 mg/mL (~227.91 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (7.58 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (7.58 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.6466 mL 18.2329 mL 36.4657 mL
5 mM 0.7293 mL 3.6466 mL 7.2931 mL
10 mM 0.3647 mL 1.8233 mL 3.6466 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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