| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 250mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
Bacterial FMN riboswitch (a non-coding RNA structural element that regulates riboflavin biosynthesis). Specifically, ribocil competes with the natural ligand flavin mononucleotide (FMN) for binding to the FMN riboswitch aptamer domain (Kd = 16 nM for E. coli FMN aptamer). ribocil does not inhibit human flavoproteins or other essential proteins. [1]
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| 体外研究 (In Vitro) |
Ribocil 是一种高度选择性的细菌核黄素核糖开关化学调节剂，它是在表型筛选中发现的，可作为天然配体黄素单核苷酸的结构独特的合成模拟物，抑制核糖开关介导的 ribB 基因表达并抑制细菌细胞生长。我们的研究结果表明，合成小分子可能比之前预期的更广泛地靶向非编码 RNA 结构元素。
ribocil 在缺陷外排和外膜通透性的大肠杆菌菌株MB5746中抑制细菌生长，最低抑菌浓度（MIC）为2 µg/mL。其生长抑制活性可被补充20 µM外源性核黄素完全逆转。[1] 用 ribocil 处理大肠杆菌MB5746会导致细胞内核黄素、FMN和FAD水平的剂量依赖性耗竭，这与核黄素生物合成基因（ribA、ribB）缺失突变体的表型一致。核黄素耗竭的半抑制浓度（IC50）为0.3 µM。[1] 使用受大肠杆菌ribB启动子和FMN核糖开关序列控制的GFP报告基因系统，ribocil 抑制GFP表达，EC50为0.3 µM。这种抑制与其对核黄素合成的影响相符。[1] ribocil 也能抑制由铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌的同源FMN核糖开关调控的GFP报告基因表达，尽管其EC50值比针对大肠杆菌核糖开关时高出约5倍。[1] ribocil 的(S)-对映异构体（命名为ribocil-B）是具有生物活性的异构体，与(R)-对映异构体（ribocil-A；MIC ≥ 64 µg/mL，IC50 > 26 µM，Kd ≈ 10000 nM）相比，显示出更优的活性（对大肠杆菌MB5746的MIC = 1 µg/mL，核黄素合成IC50 = 0.13 µM，对大肠杆菌FMN适体的Kd = 6.6 nM）。[1] ribocil 对哺乳动物HeLa细胞无细胞毒性活性（基于细胞计数和EdU掺入实验的EC50 ≈ 100 µM）。对酿酒酵母和白色念珠菌也无抗真菌活性。[1] |
| 体内研究 (In Vivo) |
在大肠杆菌MB5746引起的小鼠系统性感染（败血症）模型中，使用ribocil的一种(S)-对映异构体类似物（ribocil-C，作用机制相同）进行治疗，显示出剂量依赖性疗效。皮下注射ribocil-C，剂量为60和120 mg/kg（24小时内给药三次），与载体对照组相比，脾脏中的细菌负荷分别降低了1.87 log10 CFU/g和3.29 log10 CFU/g。在这些剂量下未观察到死亡或明显毒性。在十倍更高的感染接种量下也观察到类似的疗效。[1]
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| 酶活实验 |
使用荧光淬灭实验评估ribocil与FMN核糖开关的结合亲和力。首先表征纯化的大肠杆菌FMN核糖开关适体RNA与FMN的结合（Kd = 1.2 nM）。对于竞争结合实验，在测定缓冲液中制备ribocil的滴定系列。测定混合物含有固定浓度的FMN配体（60 nM）和大肠杆菌FMN适体（对于一般化合物为48 nM，针对ribocil的滴定则用150 nM）。随时间监测荧光信号（激发光455 nm，发射光525 nm）。加入ribocil以剂量依赖性的方式恢复FMN荧光，表明存在直接竞争。120分钟时的稳态结合数据通过拟合竞争结合模型来推导抑制常数（Ki）。通过数值积分拟合动力学数据推导出解离速率常数（koff），并根据Ki和koff计算结合速率常数（kon）。[1]
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| 细胞实验 |
使用表型全细胞筛选法鉴定ribocil。大肠杆菌菌株MB5746在补充或不补充10 µM核黄素的肉汤或琼脂平板中生长。将化合物库转移至孔中或点样在琼脂上。选择那些生长抑制活性在存在核黄素时被逆转的化合物进行进一步研究。该实验重现了核黄素生物合成途径的条件必需性。[1]
为了定量黄素耗竭，用ribocil的稀释系列或DMSO对照处理大肠杆菌MB5746培养物。孵育后，收集细胞，制备裂解液，并使用HPLC分析定量核黄素、FMN和FAD的水平。[1] 对于GFP报告基因实验，将报告菌株（携带受不同FMN核糖开关控制的GFP质粒）在补充抗生素的培养肉汤中稀释。将化合物连续稀释并加入到测定板的培养物中。过夜生长后，测量荧光和光密度。生成剂量反应曲线以确定引起特定荧光信号降低50%的浓度（GFP EC50）。[1] 使用细胞增殖实验评估哺乳动物细胞毒性。将HeLa细胞接种于包被的板中，用ribocil的稀释系列处理，并与EdU孵育24小时。使用激光扫描细胞仪测量总细胞数和EdU掺入，以确定任何细胞毒性或抗增殖作用。[1] |
| 动物实验 |
在小鼠全身感染模型中，DBA/2J小鼠在感染前4天和1天用环磷酰胺进行免疫抑制。感染当天（第0天），小鼠经腹腔注射悬浮于粘蛋白中的大肠杆菌MB5746进行感染。感染后30分钟开始治疗。分别以特定剂量（利博西林-C 30、60或120 mg/kg；环丙沙星 0.5 mg/kg）皮下注射利博西林-C或对照抗生素环丙沙星，24小时内注射三次。溶剂对照组注射DMSO。感染当天（第1天），处死小鼠，无菌取出脾脏，匀浆，进行系列稀释，并接种于琼脂平板上，以测定每克脾脏组织中的细菌菌落形成单位（CFU）。进行统计分析，比较各治疗组之间的细菌载量减少情况。 [1]
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
在小鼠全身感染模型中，皮下注射剂量高达 120 mg/kg 的 ribocil-C（24 小时内三次）治疗未导致死亡或明显的毒性症状。[1]
浓度高达 100 µM 的 ribocil 对人 HeLa 细胞无细胞毒性。[1] 所提供的文献中没有关于 ribocil 的血浆蛋白结合率、药物相互作用或特定器官毒性研究的数据。[1] |
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
ribocil是一种高选择性的合成小分子，是天然配体FMN的类似物。它是通过表型筛选发现的，该筛选旨在寻找活性可被外源性核黄素抑制的抑制剂。[1]
其主要作用机制是与FMN核糖开关适体结合，与FMN竞争，从而将核糖开关锁定在“OFF”构象。这导致下游ribB基因的转录和翻译下调，抑制从头合成核黄素，而核黄素的从头合成对于细菌在感染环境下的生长至关重要。[1] 与天然产物抗生素玫瑰黄素（一种核黄素类似物）不同，后者可抑制包括FMN核糖开关、FAD合成酶和人黄素酶在内的多个靶点，ribocil具有更优异的靶点选择性，特异性地作用于细菌FMN核糖开关。 [1] 对核糖嘧啶（ribocil）的耐药性源于FMN核糖开关的突变，这是通过对耐药大肠杆菌突变体的全基因组测序鉴定的。所有耐药突变体都存在定位于核糖开关的碱基对改变，证实了核糖开关是耐药靶点。这些突变体对玫瑰黄素也具有交叉耐药性。[1] 这项工作表明，像核糖开关这样的非编码RNA结构元件是合成小分子药物的有效靶点。[1] |
| 分子式 |
C19H22N6OS
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|---|---|
| 分子量 |
382.482581615448
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| 精确质量 |
382.157
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| 元素分析 |
C, 59.66; H, 5.80; N, 21.97; O, 4.18; S, 8.38
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| CAS号 |
1381289-58-2
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| 相关CAS号 |
Ribocil-C;1825355-56-3;Ribocil B;1825355-55-2;Ribocil-C Racemate;2309762-18-1
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| PubChem CID |
136881500
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| 外观&性状 |
Solid powder
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| 密度 |
1.3±0.1 g/cm3
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| 沸点 |
610.4±65.0 °C at 760 mmHg
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| 闪点 |
323.0±34.3 °C
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| 蒸汽压 |
0.0±1.8 mmHg at 25°C
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| 折射率 |
1.673
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| LogP |
0.99
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| tPSA |
111
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
7
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| 可旋转键数目(RBC) |
5
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| 重原子数目 |
27
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| 分子复杂度/Complexity |
601
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
S1C=CC=C1C1=CC(NC(C2CN(CC3=CN=C(NC)N=C3)CCC2)=N1)=O
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| InChi Key |
ZSXCVAIJFUEGJR-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C19H22N6OS/c1-20-19-21-9-13(10-22-19)11-25-6-2-4-14(12-25)18-23-15(8-17(26)24-18)16-5-3-7-27-16/h3,5,7-10,14H,2,4,6,11-12H2,1H3,(H,20,21,22)(H,23,24,26)
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| 化学名 |
2-(1-((2-(methylamino)pyrimidin-5-yl)methyl)piperidin-3-yl)-6-(thiophen-2-yl)pyrimidin-4(3H)-one
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| 别名 |
Ribocil;
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| HS Tariff Code |
2934.99.03.00
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~12.5 mg/mL (~32.68 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.27 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 12.5 mg/mL澄清的DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；再向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；然后加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.27 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 12.5 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 View More
配方 3 中的溶解度: ≥ 1.25 mg/mL (3.27 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 配方 4 中的溶解度: 10% DMSO+40% PEG300+5% Tween-80+45% Saline: ≥ 1.25 mg/mL (3.27 mM) 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.6145 mL | 13.0726 mL | 26.1452 mL | |
| 5 mM | 0.5229 mL | 2.6145 mL | 5.2290 mL | |
| 10 mM | 0.2615 mL | 1.3073 mL | 2.6145 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
Antibacterial agent 166
LasB-IN-1
Ticarcillin monosodium
G0775
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COA
粤公网安备 44011102003439号
463611831
