TP-472

别名: TP472 TP 472 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methyl-benzamide
目录号: V40712 纯度: ≥98%
TP-472 是一种选择性 BRD9/7 抑制剂(拮抗剂),对于 BRD9 和 BRD7 的 Kd 分别为 33 nM 和 340 nM。
TP-472 CAS号: 2079895-62-6
产品类别: Epigenetic Reader Domain
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
TP-472 是一种选择性 BRD9/7 抑制剂(拮抗剂),对 BRD9 和 BRD7 的 Kd 值分别为 33 nM 和 340 nM。TP-472 对 BRD9 的选择性比除 BRD7 以外的其他溴结构域家族成员高 30 倍以上。TP-472 可诱导黑色素瘤细胞凋亡。
TP-472 是一种高选择性、高效且细胞渗透性良好的小分子化学探针,能够抑制含溴结构域的蛋白 BRD9,并对 BRD7 有较弱的抑制作用。这些蛋白是表观遗传阅读器,能够识别组蛋白上的乙酰化赖氨酸残基,从而调控基因转录。TP-472 是一种极具价值的研究工具,可用于研究 BRD9 在染色质重塑和基因表达中的生物学功能,尤其是在癌症生物学领域。在黑色素瘤模型中,TP-472 已展现出强大的抗肿瘤活性。
生物活性&实验参考方法
靶点
Bromodomain-containing protein 9 (BRD9) and Bromodomain-containing protein 7 (BRD7). TP-472 is a potent and selective inhibitor of the bromodomains of BRD9 and BRD7. It has a Kd (binding affinity) of 33 nM for BRD9 and a Kd of 340 nM for BRD7, exhibiting >30-fold selectivity for BRD9 over all other bromodomain family members except the highly homologous BRD7. This selectivity allows it to specifically disrupt the interaction between BRD9/7 and acetylated histones, thereby modulating transcription of downstream target genes.
体外研究 (In Vitro)
TP-472(1 µM、3 µM;24-216 小时)可引起胚胎干细胞(ESCs)浓度依赖性生长异常[2]。TP-472(0.1-10 μM;24 小时)在 5 和 10 μM 的剂量下可有效抑制 BRAF 突变型黑色素瘤细胞系的生长[3]。TP-472 在 5 和 10 µM 的剂量下还能显著降低多种黑色素瘤细胞系(M14、SKMEL-28、A375 和 A2058)的长期存活率(该作用持续两周)[3]。当 A375 细胞用 TP-472(5-10 μM)处理 24 小时后,编码多种细胞外基质(ECM)蛋白(如整合素、胶原蛋白和纤连蛋白)的基因表达下调[3]。在 A375 细胞中,TP-472(0.1-10 μM;24 小时)诱导促凋亡基因(BAX、MDM2、CDKN1A)上调[3]。
在无细胞实验中,TP-472 与 BRD9 的结合亲和力(Kd)为 33 nM,该值通过等温滴定量热法 (ITC) 测定。在细胞 NanoBRET 实验中,其 EC₅0 值为 320 nM。在细胞培养模型中,TP-472 通过诱导细胞凋亡和破坏细胞外基质 (ECM) 介导的致癌信号通路,抑制黑色素瘤细胞和其他 BRD9 依赖性癌细胞的增殖。它以剂量依赖的方式上调多个促凋亡基因并降低细胞活力。
体内研究 (In Vivo)
TP-472(20 mg/kg;腹腔注射;每周 3 次;持续 5 周)有效抑制了黑色素瘤异种移植小鼠模型中的皮下肿瘤生长[3]。
在体内实验中,TP-472 在黑色素瘤临床前小鼠模型中展现出显著的抗肿瘤疗效。以 20 mg/kg 的剂量,每周三次腹腔注射,持续长达 5 周,TP-472 可有效抑制异种移植小鼠模型中黑色素瘤的生长。该疗法可抑制肿瘤生长,增加肿瘤内细胞凋亡,并提高受试小鼠的长期生存率。这表明 TP-472 具有作为黑色素瘤治疗药物的潜在应用价值。
酶活实验
采用时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 检测方法。将重组 BRD9 溴结构域蛋白与生物素标记的乙酰化组蛋白肽段以及浓度递增的 TP-472 (0.001-10 uM) 孵育。加入链霉亲和素-别藻蓝蛋白 (APC) 和抗 GST-铕抗体。在 340 nm 激发下,如果肽段与 BRD9 结合,则会发生从铕到 APC 的能量转移。TP-472 竞争性地破坏这种相互作用,导致 665/620 nm 发射比值下降。计算 IC₅0 值。
细胞实验
细胞活力测定[2]
细胞类型: 胚胎干细胞
测试浓度: 1 µM、3 µM
孵育时间: 24 小时、72 小时、120 小时、168 小时、216 小时
实验结果: 胚胎干细胞的生长缺陷与浓度相关。
细胞增殖试验[3]
细胞类型: M14 和 SKMEL-28 细胞[3]
测试浓度: 0.1 μM、0.5 μM、1 μM、2 μM、5 μM、10 μM
孵育时间: 24 小时
实验结果: 有效抑制了两种 BRAF 突变型黑色素瘤细胞系的生长。
蛋白质印迹分析[3]
细胞类型: A375 细胞
测试浓度: 10 μM
孵育时间: 24 小时
实验结果: 导致促凋亡基因上调。
将A375黑色素瘤细胞或其他悬浮细胞接种于96孔板中,并用不同剂量的TP-472(例如0.1-10 uM)处理48-72小时。使用CellTiter-Glo 2.0试剂盒检测细胞活力,该试剂盒可定量ATP水平。为检测细胞凋亡,用Annexin V-FITC和碘化丙啶(PI)对经化合物处理的细胞进行染色,并通过流式细胞术进行分析。为评估蛋白质变化,裂解细胞并进行免疫印迹分析,检测裂解的PARP和促凋亡标志物。
动物实验
动物/疾病模型:注射A375-MA2细胞的NSG小鼠(雄性,5至6周龄)[3]
剂量:20 mg/kg
给药途径:腹腔注射(ip);每周三次;连续5周
实验结果:显著抑制异种移植小鼠模型中黑色素瘤皮下肿瘤的生长。
将 5 × 10⁶ 个 A375 黑色素瘤细胞悬浮于 50% Matrigel 中,皮下注射至雌性 NOD-scid IL2Rγ-/- (NSG) 小鼠体内。当肿瘤平均体积达到约 150 mm³ 时,将小鼠随机分组(每组 n=6-10)。TP-472 以 20 mg/kg 的剂量溶于溶剂(例如,10% DMSO/90% 玉米油)中,每周三次腹腔注射,持续 5 周。每周两次使用游标卡尺测量肿瘤体积。当肿瘤体积达到 2000 mm³ 或实验结束时,处死小鼠。切除肿瘤,称重,并进行组织学(H&E 染色、TUNEL 染色)和蛋白质分析。
药代性质 (ADME/PK)
检索结果中未发表TP-472的详细药代动力学数据。作为一种具有显著体内疗效的溴结构域抑制剂,TP-472可能适合通过腹腔注射进行全身给药。该化合物的分子量为333.38,预计具有较高的渗透性。它可溶于DMSO,这支持了其体内制剂的开发。其比半衰期(t1/2)、清除率(CL)和口服生物利用度(F%)仍需进一步研究确定。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无TP-472的具体毒理学数据。在临床前动物模型中,已报道的有效剂量(20 mg/kg,腹腔注射,每周三次)耐受性良好,治疗期间小鼠未出现明显的体重减轻或死亡。然而,与任何选择性表观遗传探针一样,不能排除靶向毒性。应遵循处理研究用化学品的标准安全预防措施,包括使用个人防护装备并在通风橱内操作。
参考文献

[1]. Chemical probes and inhibitors of bromodomains outside the BET family. Medchemcomm. 2016 Dec 7;7(12):2246-2264.

[2]. A non-canonical BRD9-containing BAF chromatin remodeling complex regulates naive pluripotency in mouse embryonic stem cells. Nat Commun. 2018 Dec 3;9(1):5139.

[3]. The BRD9/7 Inhibitor TP-472 Blocks Melanoma Tumor Growth by Suppressing ECM-Mediated Oncogenic Signaling and Inducing Apoptosis. Cancers (Basel). 2021 Nov 3;13(21):5516.

其他信息
TP-472 是一种高质量的研究用化学探针,广泛用于靶点验证。它并非临床批准的药物,也未进入人体临床试验阶段。TP-472 被认为是首个 BRD9 靶点探针,尤其适用于滑膜肉瘤和黑色素瘤的研究。其非活性对照类似物 (TP-472N) 可用于靶点解卷积。TP-472 纯度高 (≥98%),适用于生物学和药理学研究。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C₂₀H₁₉N₃O₂
分子量
333.38
精确质量
333.147
CAS号
2079895-62-6
PubChem CID
123773279
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.3±0.1 g/cm3
折射率
1.681
LogP
1.25
tPSA
63.5
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
25
分子复杂度/Complexity
533
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CC1=C(C=C(C=C1)C(=O)NC2CC2)C3=C4N=CC=CN4C(=C3)C(=O)C
InChi Key
RPBMXJHQYJLPDN-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H19N3O2/c1-12-4-5-14(20(25)22-15-6-7-15)10-16(12)17-11-18(13(2)24)23-9-3-8-21-19(17)23/h3-5,8-11,15H,6-7H2,1-2H3,(H,22,25)
化学名
3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide
别名
TP472 TP 472
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~299.96 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.50 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.50 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.9996 mL 14.9979 mL 29.9958 mL
5 mM 0.5999 mL 2.9996 mL 5.9992 mL
10 mM 0.3000 mL 1.4998 mL 2.9996 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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