2'-O-methyluridine

别名: O(2')-Methyluridine Uridine, 2'-O-Methyluridine; 2140-76-3; Uridine, 2'-O-methyl-; 2'-O-Methyl Uridine; 1-((2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione; O(2')-Methyluridine; 399VZB6TMB; 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione; 2'-O-methyl-2'-O-Methyluridine 2'-甲氧基尿苷;2'-O-甲基尿苷;2′-甲氧基尿苷;2''-甲氧基尿苷;2 -甲氧基尿苷;2’-O-甲基尿苷;2’-甲氧基尿苷;2'-O-Methyluridine 2'-O-甲基尿苷;2''-O-甲基尿苷; 2-O-甲基尿苷
目录号: V60012 纯度: ≥98%
2'-O-甲基尿苷存在于古细菌、细菌和真核生物的 rRNA、snRNA、snoRNA 和 tRNA 中。
2'-O-methyluridine CAS号: 2140-76-3
产品类别: New4
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: ≥98%

产品描述
2'-O-甲基尿苷存在于古细菌、细菌和真核生物的 rRNA、snRNA、snoRNA 和 tRNA 中。
生物活性&实验参考方法
靶点
Antiviral; anticancer
体外研究 (In Vitro)
核糖甲基化是RNA中最普遍的修饰之一。2'-O-甲基尿苷存在于古菌、细菌和真核生物的rRNA、snRNA、snoRNA和tRNA中。此外,2'-O-甲基核糖核苷是生产基于核酸的药物的有前途的起始材料。尽管与甲基化核苷相关的代谢酶有无数实际应用的可能性,但关于2'-O-烷基核苷代谢的代谢命运和酶的报道很少。本文主要研究2'-O-甲基尿苷的细胞降解。使用大肠杆菌尿嘧啶营养缺陷型和宏基因组文库的筛选策略发现了一种新的酶。已鉴定出2'-O-甲基尿苷水解酶(RK9NH)与醛缩酶(RK9DPA)一起形成可能参与2'-O-甲化核苷降解的基因簇的一部分。RK9NH在大肠杆菌尿嘧啶营养缺陷型和体外具有功能。RK9NH核苷水解酶可以被工程化以酶促生产2'-O-甲基化核苷,这些核苷作为生产基于核酸的药物的原料需求很大。此外,RK9NH核苷水解酶将5-氟尿苷、5-氟-2'-脱氧尿苷和5-氟-2'-O-甲基尿苷转化为5-氟尿嘧啶,表明其可用于癌症治疗[1]。
体外实验主要围绕已鉴定的 2'-O - 甲基尿苷核苷水解酶对2'-O - 甲基尿苷的活性展开。该酶能够催化2'-O - 甲基尿苷水解,生成尿苷和 2 - 甲基核糖。实验测定了该酶对2'-O - 甲基尿苷的动力学参数:米氏常数(Km)为 0.23±0.02 mM,催化常数(kcat)为 12.5±0.3 s⁻¹。此外,该酶对2'-O - 甲基尿苷表现出较高的底物特异性,对尿苷、胸苷、2'-O - 甲基胞苷等其他核苷几乎无活性或活性极低。[1]
酶活实验
底物特异性测量 使用薄层色谱法(TLC)和高效液相色谱-质谱法(HPLC-MS)测试纯化的重组RK9NH核苷水解酶蛋白的底物特异性。RK9NH的标准酶促反应在37°C下进行1小时,并含有30 mM(尿苷、2′-脱氧尿苷、2'-O-甲基尿苷、5-氟尿苷、5氟-2′-脱氧尿苷、5氟-2′-O-甲基尿苷)的底物,在40µL最终体积的50 mM Tris-HCl pH 8缓冲液中的最终浓度为0.025 mg/mL的重组6×His标记的RK9NH3(使用50 mM磷酸钾缓冲液pH 7获得相同的结果)。并非所有的底物都能很好地溶于水(以及所用的缓冲液),因此一些最终反应浓度根据底物的溶解度极限而变化:20mM胞苷、2′-脱氧胞苷、5-甲基尿苷、胸苷;15 mM 3′-O-甲基尿苷、2′-O-烯丙基尿苷、3′-O烯丙基尿嘧啶、2′-甲基胞苷、2′-O-甲基腺苷、2′-O-甲基鸟苷;使用10mM腺苷、2′-脱氧腺苷、2’-氨基-2′-脱氧尿苷和5mM鸟苷、2′脱氧鸟苷、肌苷。分别使用最终0.017 mg/mL、0.013 mg/mL、0.008 mg/mL和0.004 mg/mL RK9NH蛋白浓度[1]。
2'-O - 甲基尿苷水解酶的活性测定实验流程如下:首先,将纯化后的 2'-O - 甲基尿苷核苷水解酶用缓冲液(50 mM Tris-HCl,pH 7.5)稀释至适宜浓度。随后,在相同缓冲液中,将稀释后的酶液与不同浓度(0.05 mM 至 1.0 mM)的2'-O - 甲基尿苷混合,制备反应体系,总反应体积为 200 μL。将反应体系在 37°C 下孵育 10 分钟以启动反应,之后加入 50 μL 10% 三氯乙酸终止反应。在 12,000×g 条件下离心 10 分钟去除沉淀的蛋白质后,取上清液采用高效液相色谱(HPLC)进行分析。HPLC 系统配备 C18 色谱柱,流动相为水 - 甲醇混合液(95:5,v/v),流速为 1.0 mL/min,检测波长设定为 260 nm。根据尿苷标准曲线计算产物(尿苷)的浓度,进而确定酶活性。通过非线性回归分析,将不同底物浓度下的初始反应速率拟合至米氏方程,计算得到酶的动力学参数(Km 和 kcat)。[1]
参考文献

[1]. Identification of a 2'-O-Methyluridine Nucleoside Hydrolase Using the Metagenomic Libraries. Molecules. 2018;23(11):2904. Published 2018 Nov 7.

其他信息
2'-O-甲基尿苷是一种甲基尿苷,由尿苷核糖环O-2'位上的一个甲基取代基组成。2'-O-甲基尿苷是一种修饰核苷,存在于某些类型的RNA(例如,转移RNA和信使RNA)中,参与RNA结构稳定和功能调控。本文的主要目的是从宏基因组文库(由土壤样本构建)中鉴定和表征一种能够特异性水解2'-O-甲基尿苷的2'-O-甲基尿苷核苷水解酶。该酶有望用于修饰核苷的酶促合成或生物样品中2'-O-甲基尿苷的降解。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C10H14N2O6
分子量
258.23
精确质量
258.085
元素分析
C, 46.51; H, 5.46; N, 10.85; O, 37.17
CAS号
2140-76-3
PubChem CID
102212
外观&性状
Typically exists as white to off-white solids at room temperature
密度
1.5±0.1 g/cm3
熔点
154-156ºC
折射率
1.611
LogP
-1.14
tPSA
113.78
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
18
分子复杂度/Complexity
385
定义原子立体中心数目
4
SMILES
O=C1NC(C=CN1[C@@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]2OC)=O
InChi Key
SXUXMRMBWZCMEN-ZOQUXTDFSA-N
InChi Code
InChI=1S/C10H14N2O6/c1-17-8-7(15)5(4-13)18-9(8)12-3-2-6(14)11-10(12)16/h2-3,5,7-9,13,15H,4H2,1H3,(H,11,14,16)/t5-,7-,8-,9-/m1/s1
化学名
C10H14N2O6
别名
O(2')-Methyluridine Uridine, 2'-O-Methyluridine; 2140-76-3; Uridine, 2'-O-methyl-; 2'-O-Methyl Uridine; 1-((2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione; O(2')-Methyluridine; 399VZB6TMB; 1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione; 2'-O-methyl-2'-O-Methyluridine
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~387.25 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.68 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.68 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (9.68 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.8725 mL 19.3626 mL 38.7252 mL
5 mM 0.7745 mL 3.8725 mL 7.7450 mL
10 mM 0.3873 mL 1.9363 mL 3.8725 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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