| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
|---|---|---|---|
| 5mg |
|
||
| 10mg |
|
||
| 25mg |
|
||
| 50mg |
|
||
| Other Sizes |
|
描述：ACBI1 是一种新型高效的基于 PROTAC 的 BAF ATPase 亚基 SMARCA2 和 SMARCA4 降解剂，它还能降解多溴相关 BAF (PBAF) 复合物成员 PBRM1。
| 靶点 |
SMARCA2 (DC50 = 6 nM in MV-4-11 cells), SMARCA4 (DC50 = 11 nM in MV-4-11 cells), PBRM1 (DC50 = 32 nM in MV-4-11 cells). [1]
|
|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
ACBI1 在 1–10,000 nM 浓度下，可在 3–7 天内表现出抗增殖作用[1]。SK-MEL-5 细胞在 ACBI1 (0.3 µM; 100 h) 的作用下发生凋亡[1]。ACBI1 由 E3 泛素连接酶 von Hippel-Lindau、连接肽和溴结构域配体组成[1]。
ACBI1 可诱导 MV-4-11 细胞中 SMARCA2 (DC50 6 nM) 和 SMARCA4 (DC50 11 nM) 的完全且强效降解，并在 SMARCA4 缺陷型 NCI-H1568 细胞中诱导类似的 SMARCA2 降解，同时 PBRM1 也发生降解 (DC50 32 nM)。 [1] 降解迅速：在MV-4-11细胞中，1 μM ACBI1处理2小时内即可达到半数最大降解。[1] 抗增殖活性：在MV-4-11细胞中IC50为28 nM，在SK-MEL-5细胞中为77 nM，在NCI-H1568细胞中为68 nM；对SMARCA2/4敲除的NCI-H1703细胞无影响。[1] 诱导SK-MEL-5细胞凋亡，caspase活性增加，与阿霉素（1 μM）相当，40小时后出现裂解的PARP。 [1] 无偏倚的TMT蛋白质组学分析（333 nM ACBI1，MV-4-11细胞中处理8小时）证实了SMARCA2、SMARCA4和PBRM1的选择性敲低，且脱靶效应极小。[1] 免疫沉淀-质谱分析表明，ACBI1处理导致一些BAF亚基（例如ACTL6A、BCL7A、PHF10）从复合物中解离。[1] |
| 酶活实验 |
荧光偏振 (FP) 竞争实验：在有或无饱和浓度 SMARCA2BD (75 μM)、SMARCA4BD (150 μM) 或 PBRM1BD (100 μM) 的情况下，测试了 ACBI1 对 FAM 标记的 HIF-1α 肽从 VCB 上的置换作用。实验缓冲液：100 mM BIS-TRIS、100 mM NaCl、1 mM DTT，pH 7，含 1% DMSO。将 5 nM 肽和 ACBI1 的系列稀释液（14 个浓度点，从 50 μM 到 0.016 nM，以半对数倍数递增）孵育，并在 485/520 nm 处测量 FP 值。拟合 IC50 值并计算 KD 值。ACBI1 的协同性 (α) 约为 30。 [1]
TR-FRET 竞争实验：使用生物素标记的探针 5 (16.6 nM)、Lance Eu-W1024 标记的链霉亲和素 (2.5 nM) 和 ULight 抗 His6 抗体 (50 nM)，在 50 mM HEPES、50 mM NaCl、2 mM DTT、0.008% Brij、0.01% BSA、pH 7.3 的缓冲液中，测定 ACBI1 与 SMARCA2BD (40 nM) 的结合情况，其中含有 1% DMSO。实验在有或无 5 μM VCB（野生型或 R69A 突变体）的情况下进行。ACBI1 的二元 IC50 为 770 nM，三元 IC50 为 26 nM，协同性 α~30。R69A 突变将协同性降低至约 3-4。 [1] Caco-2细胞通透性测定：将ACBI1溶解于含0.25% BSA（0.1-300 μM，0.5% DMSO）的HTP-4缓冲液中。将转运溶液施加于Caco-2细胞单层（接种于滤膜插片上，培养10-25天）的顶端或基底外侧。在2小时内收集供体侧和受体侧的样品，并用HPLC-MS/MS进行分析。通透速率：AB = 2.2×10⁻⁶ cm/s，BA = 3.8×10⁻⁶ cm/s，外排比 = 1.7。[1] |
| 细胞实验 |
细胞增殖测定[1]
细胞类型： MV-4-11、NCI-H1568 细胞 测试浓度： 0-1000 nM 孵育时间： 3-7 天 实验结果： 对 MV-4-11 和 NCI-H1568 细胞均表现出抗增殖活性，IC50 分别为 29 nM 和 68 nM。 细胞凋亡分析[1] 细胞类型：SK-MEL-5 细胞 测试浓度：0.3 µM 孵育时间：100 小时 实验结果：诱导 SK-MEL-5 细胞凋亡。 细胞活力/抗增殖实验：将细胞（1000 个/孔，384 孔板）过夜接种，然后使用数字分液器以对数剂量系列加入 ACBI1，并用 DMSO 进行标准化。分别于第 1 天和第 8 天后，使用 CellTiterGlo 测定细胞 ATP 含量。增殖倍数计算为第 8 天的测量值/第 1 天的测量值。适用于 MV-4-11、SK-MEL-5、NCI-H1568 和 NCI-H1703 细胞。[1] 蛋白质降解测定（毛细管电泳）：将细胞（24 孔板，每孔 20,000 个细胞）用 ACBI1 处理指定时间，然后裂解细胞（1% Triton X-100、350 mM KCl、10 mM Tris pH 7.4、蛋白酶/磷酸酶抑制剂、10 mM DTT、苯甲酸酶）。使用特异性兔抗体，通过毛细管电泳仪测定 SMARCA2、SMARCA4 和 PBRM1 的水平，并以 GAPDH 进行标准化。计算 DC50 值。 [1] 蛋白质降解的Western blot分析：用ACBI1处理细胞（6孔板中的NCI-H1568细胞，10 cm培养皿中的MV-4-11细胞），裂解（1% Triton X-100，150 mM NaCl，1 mM EDTA，50 mM Tris pH 7.4，蛋白酶抑制剂，苯甲酸酶）。蛋白质经SDS-PAGE分离后转移至硝酸纤维素膜，用抗SMARCA2、抗SMARCA4、抗PBRM1、抗β-actin抗体和IRDye二抗进行检测，并成像。[1] 细胞凋亡检测（IncuCyte）：将SK-MEL-5细胞（12孔板，每孔80,000个细胞）接种于含Caspase-3/7 Green试剂（1:1000）的培养基中，过夜孵育，然后用ACBI1（0.3 μM）处理。每 2 小时测量一次相区细胞汇合度和绿色细胞汇合度。细胞凋亡率以增殖率进行标准化（绿色区域/增殖区域 × 1000）。使用抗 PARP 抗体通过 Western blot 检测 PARP 裂解。[1] TMT 蛋白质组学：MV-4-11 细胞（每 100 mm 培养皿 5×10⁶ 个细胞）用 333 nM ACBI1 或顺式-ACBI1 处理 8 小时（重复三次）。细胞在含有蛋白酶抑制剂的 100 mM Tris pH 8.0、4% SDS 缓冲液中裂解。取 200 μg 蛋白质，经 FASP 处理、烷基化、胰蛋白酶消化、脱盐、TMT 10plex 标记、合并，并通过高 pH 反相色谱进行分级分离（80 个馏分合并为 20 个馏分）。使用 LC-MS/MS（Q Exactive HF）进行数据依赖性采集分析。使用 MaxQuant 进行数据检索（1% FDR）。[1] 免疫沉淀-质谱：MV-4-11 细胞用 1 μM ACBI1 或顺式-ACBI1 处理 8 小时或 18 小时。抗 SMARCA2 或抗 ARID1A 抗体交联到 Dynabeads 磁珠上。细胞裂解液（750 μg 蛋白）与磁珠孵育 4 小时，洗涤，用 7.5% SDS 洗脱，还原，烷基化，SP3 纯化，胰蛋白酶消化。肽段通过 LC-MS/MS（Orbitrap Velos）分析。[1] |
| 药代性质 (ADME/PK) |
Caco-2 渗透性：AB 渗透性 = 2.2×10⁻⁶ cm/s，BA 渗透性 = 3.8×10⁻⁶ cm/s，外排比 = 1.7。[1]
|
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
ACBI1是一种首创的化学工具，能够快速且彻底地敲低SMARCA2/4的表达，其开发基于结构PROTAC设计。ACBI1诱导VHL与SMARCA2/4形成协同三元复合物，其中关键的蛋白质-蛋白质相互作用涉及VHL的R69残基和SMARCA2BD的BC环。其降解依赖于VHL的结合、NEDDylation修饰以及蛋白酶体的活性（对VHL抑制剂和蛋白酶体抑制剂均敏感）。ACBI1也能降解PBRM1（第五溴结构域），但PBRM1的过表达并不能挽救其抗增殖作用，而SMARCA2的过表达则会减弱这种作用，表明SMARCA2的缺失是导致该表型的原因。无偏倚蛋白质组学分析表明，该化合物对SMARCA2、SMARCA4和PBRM1具有极高的选择性。[1]
|
| 精确质量 |
935.42
|
|---|---|
| 元素分析 |
C, 62.87; H, 6.25; F, 2.03; N, 13.47; O, 11.96; S, 3.42
|
| 外观&性状 |
White to yellow solid powder
|
| 别名 |
ACBI1; ACBI-1; ACBI 1;
|
| HS Tariff Code |
2934.99.9001
|
| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意： (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。 (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。 |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
|
| 溶解度 (体外实验) |
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
|
|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入到400 μL PEG300中，混匀；然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80，混匀；加入450 μL生理盐水定容至1 mL。 *生理盐水的制备：将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (2.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
InvivoChem的所有产品仅用于作科学研究，不面向患者销售
Copyright 2020 InvivoChem LLC | All Rights Reserved 粤ICP备20063088号-1
粤公网安备 44011102003439号
463611831
