CHDI-390576

目录号: V32448 纯度: ≥98%
CHDI-390576,一种有效的细胞穿透/可穿透和中枢神经系统穿透 IIa 类组织乙酰酶 (HDAC) 抑制剂,对于 IIa 类 HDAC 4、HDAC 5、HDAC 7 和 HDAC 9 的 IC50 分别为 54 nM 和 HDAC 9 。
CHDI-390576 CAS号: 1629729-98-1
产品类别: New2
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产品描述
CHDI-390576,一种有效的细胞穿透/可穿透和中枢神经系统穿透 IIa 类组织乙酰酶 (HDAC) 抑制剂,对于 IIa 类 HDAC 4、HDAC 5、HDAC 7 和 HDAC 9 的 IC50 分别为 54 nM 和 HDAC 9 。 60 nM、31 nM、50 nM,比 I 类 HDAC(1、2、3)选择性高 500 倍,比 HDAC8 和 IIb 类 HDAC6 亚型选择性高约 150 倍。
生物活性&实验参考方法
靶点
CHDI-390576 has an affinity (Kd) of 80 nM for the immobilised HDAC4 catalytic domain [1]. CHDI-390576 inhibits class I HDAC (1, 3, 8) and class IIb HDAC6 subtypes at IC50s of 39.7 μM, 25.8 μM, 9.1 μM, and 6.2 μM, respectively [1].
体外研究 (In Vitro)
CHDI-390576 对固定化 HDAC4 催化结构域的亲和力 (Kd) 为 80 nM [1]。 CHDI-390576 抑制 I 类 HDAC (1, 3, 8) 和 IIb 类 HDAC6 亚型,IC50 分别为 39.7 μM、25.8 μM、9.1 μM 和 6.2 μM [1]。
CHDI-390576 在Jurkat细胞中使用Boc-Lys(TFA)底物进行的细胞实验中抑制了IIa类HDAC活性,IC₅₀为69 nM。在使用Boc-Lys(Ac)作为外源性底物的平行细胞实验中,未观察到其对I/IIb类HDAC的活性 (IC₅₀ > 50 µM)。[1]
在A549细胞中,CHDI-390576 对经典的I类底物组蛋白H4K12乙酰化没有显示活性 (IC₅₀ > 30 µM),对IIb类底物微管蛋白乙酰化显示出较弱的活性,IC₅₀为17 µM。[1]
通过表面等离子体共振 (SPR) 测定了其与HDAC4催化结构域的结合亲和力 (Kd) 和动力学,Kd值与生化IC₅₀吻合良好。与HDAC4结合的解离半衰期约为3分钟。[1]
在10 µM的测试浓度下,CHDI-390576 表现出干净的脱靶谱,针对广泛的CNS和外周受体、离子通道、酶和转运蛋白的选择性放射性配体置换率均<25%。[1]
CHDI-390576 在小鼠和人的血浆、全血以及模拟胃液中保持稳定。[1]
体内研究 (In Vivo)
在R6/2转基因小鼠(亨廷顿病模型)及其野生型同窝小鼠的耐受性研究中,口服给予CHDI-390576 (10、30或100 mg/kg,每天两次,持续15天) 耐受性良好,对体重、体温或观察参数无显著影响。[1]
在旷场试验中观察到了行为学效应。与载体对照组相比,30和100 mg/kg剂量的CHDI-390576 导致野生型和R6/2小鼠的总运动距离、中心区运动距离和站立次数均显著增加。平均速度未改变。这些效应初步归因于IIa类HDAC抑制。[1]
酶活实验
对于生化HDAC抑制实验,使用重组人HDACs的催化结构域。使用荧光肽底物测量酶活性:Boc-Lys(TFA)-AMC用于IIa类HDACs (HDAC4, 5, 7, 9) 和HDAC8;Ac-Arg-Gly-Lys(Ac)-AMC用于HDAC1/2;Boc-Lys(Ac)-AMC用于HDAC3和HDAC6。将化合物在DMSO中进行系列稀释,与酶和底物孵育。经过规定时间后,使用含有胰蛋白酶和脱乙酰化检测试剂的显色液终止反应。测量荧光强度,并根据剂量反应曲线确定IC₅₀值。[1]
使用表面等离子体共振 (SPR) 测定结合动力学。将人HDAC4催化结构域固定在传感芯片上。使不同浓度的化合物溶液流过芯片,测量结合和解离速率,从而计算平衡解离常数 (Kd) 和半衰期。[1]
细胞实验
在Jurkat T细胞中评估细胞水平的IIa类HDAC抑制。用系列稀释的化合物处理细胞特定时间。通过添加细胞渗透性的荧光底物Boc-Lys(TFA)-AMC来测量细胞HDAC活性。孵育后,定量荧光以确定细胞内IIa类HDAC抑制的IC₅₀。[1]
使用底物Boc-Lys(Ac)-AMC平行进行I/IIb类HDAC活性的对照筛选,该底物在细胞环境中对此类HDACs的选择性高于IIa类。[1]
在A549细胞中评估了对内源性HDAC底物的活性。用化合物处理细胞,裂解后,使用针对乙酰化组蛋白H4 (Lys12) 的抗体(评估I类HDAC抑制)和针对乙酰化α-微管蛋白的抗体(评估HDAC6 (IIb类) 抑制)通过蛋白质印迹分析蛋白质提取物。量化条带强度以确定IC₅₀值。[1]
动物实验
在药代动力学 (PK) 研究中,喂食后的雄性 C57BL/6 小鼠分别通过静脉注射 (5 mg/kg) 或灌胃 (10、30 或 100 mg/kg) 给予 CHDI-390576。对于灌胃给药,该化合物配制于合适的溶剂中(具体溶剂未在正文中详细说明)。在给药后不同时间点采集血液(用于血浆分析)、脑组织和肌肉组织进行生物分析。[1]
在 R6/2 小鼠的耐受性和行为学研究中,转基因小鼠及其野生型同窝小鼠每天两次 (bid) 灌胃给予 CHDI-390576,剂量分别为 10、30 或 100 mg/kg,或给予溶剂,持续 15 天。监测体重和体温。评估旷场活动以测量运动和探索行为。[1]
药代性质 (ADME/PK)
小鼠单次口服10 mg/kg剂量的CHDI-390576后,血浆总暴露量(AUC)为1960 nM·h,脑组织总暴露量(AUC)为293 nM·h,口服生物利用度为44%[1]。分布容积(Vss)为7.3 L/kg,表明其组织分布广泛。血浆清除率(CL)为3.1 L/h/kg[1]。血浆游离药物浓度(fu,plasma)为4.1%,脑匀浆游离药物浓度(fu,brain)为0.5%。血药浓度峰值(Cmax)时的脑/血浆游离药物分配比(Kp,uu,brain)为0.14[1]。在口服剂量递增研究(10、30、100 mg/kg)中,血浆和脑组织暴露量的增加与剂量呈近似比例关系。当剂量≥30 mg/kg时,血浆和脑组织中的总暴露量在约8小时内超过细胞IIa类HDAC的IC₅₀。[1]
口服100 mg/kg剂量后,估计的游离脑组织Cmax与细胞IIa类HDAC的IC₃₅(35 nM)相当。[1]
该化合物在小鼠肝细胞中显示出较高的固有清除率(383 mL/min/kg)。[1]
在血液和血浆中的分布大致相等。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
在 IonWorks 检测中,CHDI-390576 对 hERG 钾通道未显示出显著抑制作用(IC₅₀ > 10 µM,最大抑制率为 30%)。[1]
在 50 µM 浓度下,CHDI-390576 对主要的人类 CYP450 同工酶(1A2、2C8、2C9、2C19、2D6、3A4)也未显示出抑制作用。[1]
该化合物在 Ames 试验中结果为阴性,表明其不具有潜在的遗传毒性。[1]
在一项为期 15 天的小鼠重复给药研究中,CHDI-390576 在高达 100 mg/kg、每日两次的剂量下耐受性良好,未对体重、体温或一般健康状况产生不良影响。[1]
参考文献

[1]. Development and characterization of a CNS-penetrant benzhydryl hydroxamic acid class IIa histone deacetylase inhibitor. Bioorg Med Chem Lett. 2019 Jan 1;29(1):83-88.

其他信息
CHDI-390576是一种可穿透血脑屏障的二苯甲基异羟肟酸抑制剂,旨在选择性地占据IIa类组蛋白去乙酰化酶(HDAC4、5、7、9)的催化位点。[1]
该化合物的设计旨在改善其理化性质(降低拓扑极性表面积,减少氢键供体),从而最大限度地减少P-糖蛋白(P-gp)的外排并增强其在脑内的暴露,这已通过其在MDCK-MDR1细胞中较低的有效外排比率(EER为1.2)得到证实。[1]
该化合物被用作评估IIa类HDAC催化位点占据在体外和体内作用的工具化合物,并探索其在神经退行性疾病(如亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症)、神经肌肉疾病、心脏病和肿瘤治疗中的应用潜力。 [1]
化合物 16 与 HDAC4 催化结构域的共晶结构显示,羟肟酸螯合活性位点锌离子,关键相互作用包括嘧啶封端基团与 HDAC4 的 Phe871 之间的 π-π 堆积相互作用。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C19H13F4N3O2
分子量
391.319038152695
精确质量
391.094
CAS号
1629729-98-1
PubChem CID
81689842
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
3.3
tPSA
75.1
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
28
分子复杂度/Complexity
518
定义原子立体中心数目
0
SMILES
FC1C=CC=CC=1C(C(NO)=O)C1C=CC(C2N=CC(C(F)(F)F)=CN=2)=CC=1
InChi Key
LMGDHGQJJLEAPQ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C19H13F4N3O2/c20-15-4-2-1-3-14(15)16(18(27)26-28)11-5-7-12(8-6-11)17-24-9-13(10-25-17)19(21,22)23/h1-10,16,28H,(H,26,27)
化学名
2-(2-fluorophenyl)-N-hydroxy-2-[4-[5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]phenyl]acetamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~250 mg/mL (~638.86 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (5.32 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween80 + 45% Saline (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入400 μL PEG300中,混匀;然后向上述溶液中加入50 μL Tween-80,混匀;加入450 μL生理盐水定容至1 mL。
*生理盐水的制备:将 0.9 g 氯化钠溶解在 100 mL ddH₂O中,得到澄清溶液。

配方 2 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (5.32 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中,混匀。
*20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备(4°C,1 周):将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中,得到澄清溶液。

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配方 3 中的溶解度: ≥ 2.08 mg/mL (5.32 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将 100 μL 20.8 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入到 900 μL 玉米油中并混合均匀。


请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.5555 mL 12.7773 mL 25.5545 mL
5 mM 0.5111 mL 2.5555 mL 5.1109 mL
10 mM 0.2555 mL 1.2777 mL 2.5555 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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