| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| 250mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
KDM3B (lysine demethylase 3B). PFI-90 is a selective inhibitor of the histone demethylase KDM3B (also known as JMJD1B), a member of the JmjC domain-containing family of demethylases that removes methyl groups from histone H3 at lysine 9 (H3K9me1/me2). KDM3B is involved in transcriptional activation, spermatogenesis, and cancer. In FP-RMS, PFI-90 inhibits KDM3B activity, which suppresses PAX3-FOXO1 fusion oncoprotein function, an oncogenic driver in alveolar rhabdomyosarcoma.
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| 体外研究 (In Vitro) |
在RH4、RH30、OSA-CL和TC-32细胞中，PFI-90表现出明确的反应，IC50值分别为812、3200、1895和1113 nM [1]。向RH4细胞中添加PFI-90（3 μM；24小时）后，
在无细胞生化实验中，PFI-90 可直接抑制 KDM3B 去甲基化酶活性。该化合物对多种组蛋白去甲基化酶 (KDM) 中 KDM3B 的抑制选择性最高。核磁共振 (NMR) 波谱和表面等离子共振 (SPR) 技术已证实 PFI-90 与 KDM3B 存在生物物理结合。PFI-90 对 HDAC1、HDAC2、HDAC3 或 PRMT5 没有显著的抑制活性。它能提高细胞内 H3K4 和 H3K9 的整体甲基化水平，这与 KDM3B 的抑制作用相符。 |
| 体内研究 (In Vivo) |
PFI-90 可诱导 FP-RMS 细胞凋亡和肌源性分化。在 RH4 细胞中，PFI-90 的 EC50 为 0.9 uM。在 RH4、RH30、OSA-CL 和 TC-32 细胞中，PFI-90 表现出明确的反应，IC50 值分别为 812、3200、1895 和 1113 nM。在 3 uM 浓度下，PFI-90 可显著增加细胞死亡。该化合物抑制 PAX3-FOXO1 的功能，诱导细胞凋亡并降低 RNA 聚合酶 II 的活性，但不影响 PAX3-FOXO1 蛋白水平或 DNA 结合。在 10 uM 浓度下，PFI-90 对 KDM3B、KDM4B、KDM5A 和 KDM6B 的抑制率在 46.8% 至 87.1% 之间，表明在高浓度下存在一定的脱靶活性。
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| 酶活实验 |
KDM3B酶活性采用发光去甲基化酶活性测定法进行测定。将重组KDM3B酶与生物素标记的H3K9me2肽底物在α-酮戊二酸、Fe2+和抗坏血酸存在下孵育。在测定缓冲液中加入不同浓度（0.001-100 uM）的PFI-90。孵育后，加入含有去甲基化特异性抗体和AlphaScreen或HTRF供体/受体微珠的检测试剂。测量发光或荧光信号。IC50值由剂量反应曲线计算得出。对于结合研究，通过固定KDM3B蛋白并通入不同浓度（0-1000 nM）的PFI-90进行表面等离子共振（SPR）分析。将传感器图拟合到1:1结合模型以计算解离常数（KD）。基于核磁共振（NMR）的结合测定使用标记蛋白，并通过监测化合物滴定过程中化学位移的变化来检测结合。
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| 细胞实验 |
Western Blot 分析 [1]
细胞类型： RH4 和 SCMC 细胞 测试浓度： 3 μM 孵育时间： 24 小时 实验结果： RH4 和 SCMC 细胞凋亡增加。 FP-RMS 细胞系（RH4、RH30、SJCRH30）培养于添加 10-20% FBS 的 RPMI 1640 或 DMEM 培养基中。将细胞以适当密度（5,000-20,000 个细胞/孔）接种于 96 孔板中，并用浓度为 0.1-100 uM 的 PFI-90 处理 48-96 小时。使用 CellTiter-Glo（ATP 定量）或 MTT 法检测细胞活力，并计算 EC50 值。为评估细胞凋亡，将细胞用 PFI-90（1-10 uM）处理 24-48 小时，然后用 Annexin V-FITC 和碘化丙啶染色进行流式细胞术分析。使用发光底物检测 Caspase-3/7 活性。通过显微镜观察多核肌管的形成，并通过蛋白质印迹法检测肌源性标志物（MyoD、肌生成素、MHC），来评估肌源性分化。对于甲基化分析，从处理后的细胞中提取总组蛋白，并通过蛋白质印迹法或酶联免疫吸附试验（ELISA）测定H3K4me3、H3K9me2和H3K9me3的水平。 |
| 动物实验 |
PFI-90 的体内疗效已在 FP-RMS 小鼠异种移植模型中进行了评估。将携带皮下 FP-RMS 肿瘤（RH4 或 RH30 细胞）的小鼠腹腔注射 PFI-90，剂量通常为 10-50 mg/kg，每日一次或隔日一次，持续 2-3 周。每周两次使用游标卡尺测量肿瘤体积。PFI-90 可诱导细胞凋亡和分化，从而延缓肿瘤进展。研究结束时，收集肿瘤组织，用于分析 KDM3B 抑制标志物（H3K9me2 增加）、细胞凋亡（TUNEL、cleaved caspase-3）和分化（肌生成素表达）。监测体重作为毒性的一般指标。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
目前尚未有大量文献报道PFI-90的药代动力学研究。基于其结构和在小鼠模型中观察到的体内活性，推测腹腔注射PFI-90后，其暴露量足以使其靶向肿瘤组织。该化合物预计会分布至包括肿瘤在内的多种组织。现有文献中尚未报道半衰期、Cmax和口服生物利用度等药代动力学参数。对于研究应用，可使用DMSO:PEG300:水或类似溶剂的标准制剂。临床开发需要进行详细的药代动力学分析。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
PFI-90 的临床前毒理学数据尚未在公开渠道完全披露。在小鼠异种移植研究中，有效剂量（例如，腹腔注射 10-50 mg/kg）下的 PFI-90 据报道总体耐受性良好，未出现明显的体重减轻或毒性症状。应遵循标准的实验室安全操作规程。作为一种表观遗传酶抑制剂，PFI-90 可能具有改变基因表达谱的潜力，其长期影响需要在慢性毒性研究中进行评估。用于研究时，应将该化合物作为潜在的研究用药物进行处理，并采取适当的预防措施。
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| 参考文献 | |
| 其他信息 |
PFI-90 是一种研究级化学探针，用于研究横纹肌肉瘤和其他癌症类型中 KDM3B 的功能。该化合物是 PFI-63 的改良类似物，具有更高的溶解度和效力。PFI-90 可直接靶向并结合 KDM 活性位点中的金属离子。它能抑制融合阳性横纹肌肉瘤中 PAX3-FOXO1 的致癌活性，诱导肌源性分化和细胞凋亡。KDM3B 和 KDM1A 的联合敲低可模拟 PFI-90 的作用。该化合物源自专利 WO2021101929A1，尚未获准用于人体治疗。
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| 分子式 |
C11H10N4O
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|---|---|
| 分子量 |
214.223
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| 精确质量 |
214.085
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| CAS号 |
53995-62-3
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| PubChem CID |
12499590
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
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| LogP |
1.697
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| tPSA |
66.91
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| 氢键供体(HBD)数目 |
2
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| 氢键受体(HBA)数目 |
4
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| 可旋转键数目(RBC) |
3
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| 重原子数目 |
16
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| 分子复杂度/Complexity |
234
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
C1=CC=NC(=C1)C(=O)NNC2=CC=CC=N2
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| InChi Key |
GCZPXNWBXDWHKM-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C11H10N4O/c16-11(9-5-1-3-7-12-9)15-14-10-6-2-4-8-13-10/h1-8H,(H,13,14)(H,15,16)
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| 化学名 |
N'-pyridin-2-ylpyridine-2-carbohydrazide
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~100 mg/mL (~466.81 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
配方 1 中的溶解度: 2.5 mg/mL (11.67 mM) in 10% DMSO + 90% (20% SBE-β-CD in Saline) (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液; 超声助溶。
例如，若需制备1 mL的工作液，可将100 μL 25.0 mg/mL澄清DMSO储备液加入900 μL 20% SBE-β-CD生理盐水溶液中，混匀。 *20% SBE-β-CD 生理盐水溶液的制备（4°C，1 周）：将 2 g SBE-β-CD 溶解于 10 mL 生理盐水中，得到澄清溶液。 配方 2 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (11.67 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加，逐一添加), 澄清溶液。 例如，若需制备1 mL的工作液，可将 100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液添加到 900 μL 玉米油中并混合均匀。 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 4.6681 mL | 23.3405 mL | 46.6810 mL | |
| 5 mM | 0.9336 mL | 4.6681 mL | 9.3362 mL | |
| 10 mM | 0.4668 mL | 2.3340 mL | 4.6681 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
AOH-1996
hMAO-B-IN-3
Flupyrimin
阿曲库铵
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