1,4-b-D-Xylopentaose

别名: 木五糖;木五糖 标准品;木五糖[木丁糖];O-beta-D-吡喃木糖基-(1→4)-O-beta-D-吡喃木糖基-(1→4)-O-beta-D-吡喃木糖基-(1→4)-O-beta-D-吡喃木糖基-(1→4)-D-木糖
目录号: V30409 纯度: ≥98%
1,4-bD-木五糖(木五糖)由 5 个 b-1,4 木糖组成。
1,4-b-D-Xylopentaose CAS号: 49694-20-4
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
1,4-bD-木五糖(木五糖)由 5 个 b-1,4 木糖组成。
生物活性&实验参考方法
靶点
- 1,4-b-D-Xylopentaose binds to carbohydrate binding modules (CBMs), specifically CBM64 and CBM35, which are associated with xyloglucan-degrading enzymesThe binding affinity was characterized by a dissociation constant (Kd) of ~12 μM for CBM64 (measured via isothermal titration calorimetry, ITC) [1]
体外研究 (In Vitro)
- X射线晶体衍射证实,1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)可与CBM64、CBM35形成稳定复合物。复合物结构显示,1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)与CBM64的相互作用包括:其羟基与CBM64的氨基酸残基(如Asn42、Gln68)形成极性接触(氢键),其吡喃糖环与CBM64的芳香族残基(如Trp28)形成CH-Π相互作用 [1]
- 等温滴定量热法(ITC)检测显示,1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)与CBM64存在特异性结合,结合化学计量比(n)约为1:1(1分子1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)结合1个CBM64单体),解离常数(Kd)约为12 μM;ITC实验中未检测到1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)与CBM35的显著结合 [1]
酶活实验
- CBM64与1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)的ITC结合实验:将CBM64蛋白纯化后,在含20 mM Tris-HCl(pH 7.5)和150 mM NaCl的缓冲液中透析。将1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)溶于相同缓冲液,配制成1 mM浓度。ITC实验在25°C下进行,将1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)逐步注入含CBM64(20 μM)的样品池(每次注射2 μL),记录每次注射的热变化,将数据拟合至单位点结合模型,计算解离常数(Kd)、结合化学计量比(n)和结合焓(ΔH) [1]
- CBM64-1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)复合物的X射线晶体衍射实验:将CBM64蛋白在含20 mM Tris-HCl(pH 7.5)和100 mM NaCl的缓冲液中浓缩至10 mg/mL,加入1,4-β-D-木五糖(1,4-b-D-Xylopentaose)(配体与蛋白摩尔比1.5:1),冰浴孵育1小时。采用悬滴气相扩散法培养晶体,储备液含20%聚乙二醇3350和0.2 M柠檬酸钠(pH 6.0)。在同步辐射光源下收集衍射数据,以未结合配体的CBM64结构为模板,通过分子置换法解析复合物结构 [1]
参考文献

[1]. Carbohydrate binding module recognition of xyloglucan defined by polar contacts with branching xyloses and CH-Π interactions. Proteins. 2014 Dec;82(12):3466-75.

其他信息
1,4-β-D-木五糖是一种线性五聚木糖寡糖(β-1,4-连接的D-木吡喃糖单元),可作为模型配体用于研究参与植物细胞壁多糖降解的碳水化合物结合模块(CBM)的底物特异性[1]。1,4-β-D-木五糖与CBM64的结合提供了CBM识别木糖基寡糖的结构信息:复合物中发现的极性接触和CH-π相互作用是CBM-木糖苷结合的保守特征,这有助于解释CBM在将木葡聚糖降解酶靶向其底物中的作用[1]。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H42O21
分子量
678.5884
精确质量
678.222
CAS号
49694-20-4
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
333.67
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O : ~100 mg/mL (~147.36 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.4736 mL 7.3682 mL 14.7364 mL
5 mM 0.2947 mL 1.4736 mL 2.9473 mL
10 mM 0.1474 mL 0.7368 mL 1.4736 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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