1M7

别名: 1M7; 1-methyl-7-nitro-3,1-benzoxazine-2,4-dione
目录号: V9269
1M7 是一种用于 RNA SHAPE-MaP 实验的试剂,能够在 70 秒内以单核苷酸分辨率分析 RNA 二级结构。
1M7 CAS号: 73043-80-8
产品类别: Fluorescent Dye
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
10 mM * 1 mL in DMSO
1mg
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
Other Sizes
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纯度: ≥98%

产品描述

描述:1M7 是一种用于 RNA SHAPE-MaP 实验的试剂,可在 70 秒内以单核苷酸分辨率分析 RNA 二级结构。使用 1M7 进行的 SHAPE 化学反应能够准确报告天然条件下 RNase P 特异性结构域的已知结构。1M7 的反应活性可以检测受碱基配对和特异性非经典三级相互作用约束的核苷酸。SHAPE 化学反应能够非常精确地分析两种结构之间的差异,例如 Mg2+ 依赖性三级相互作用。1M7 易于在实验室操作,并可在 70 秒内以单核苷酸分辨率分析大型 RNA 结构。


生物活性&实验参考方法
体外研究 (In Vitro)
选择性2'-羟基酰化引物延伸分析(SHAPE)化学方法能够以单核苷酸分辨率定量评估任何RNA中局部核苷酸的柔性。SHAPE化学利用核糖2'-羟基亲核反应性的结构门控,该门控取决于核苷酸的约束或柔性程度。SHAPE化学最初使用N-甲基异靛酸酐(NMIA)开发,但NMIA的亲电性较弱,且需要数十分钟才能形成核糖2'-O-加合物。本文设计并评估了一种效率更高、反应更快的SHAPE化学试剂。在反应性羰基的对位引入硝基,形成1-甲基-7-硝基异靛酸酐(1M7),得到的试剂不仅能更快地与RNA反应生成2'-O-加合物,而且更容易发生有利的自限性水解。使用 1M7,可在 70 秒内完成 RNA 结构的单核苷酸分辨率分析。利用 1M7 进行的 SHAPE 分析能够准确报告 RNase P 特异性结构域的二级和三级结构,并能以高达 91% 的准确率预测该 RNA 的二级结构 [1]。
1M7 是一种快速的 SHAPE(选择性 2'-羟基酰化引物延伸分析)试剂。它与构象灵活的 RNA 核苷酸的 2'-羟基反应,形成共价 2'-O-加合物。该反应具有结构选择性,柔性核苷酸表现出高反应活性,而受限核苷酸(例如,碱基配对的核苷酸)则表现出低反应活性。该修饰可在天然和变性条件下进行。 [2]在活细胞中,1M7(终浓度为10 mM)可在短时间内迅速修饰RNA。该试剂在约2分钟内即可通过水解完全终止反应。它能有效检测细胞质和细胞核中的核糖核蛋白(RNP)。与反应较慢的试剂NAI-N3(icSHAPE)相比,1M7无需后续富集步骤。[3]
酶活实验
许多生物过程都由RNA介导,但大多数RNA的高级结构尚不清楚,这使得理解RNA结构如何调控其功能变得困难。本文介绍了一种基于引物延伸和突变谱分析的选择性2'-羟基酰化方法(SHAPE-MaP),该方法能够从头大规模地鉴定RNA功能基序。通过大规模平行测序,我们发现SHAPE介导的2'-羟基酰化位点在cDNA合成过程中编码为非互补核苷酸。SHAPE-MaP指导的建模方法在已知结构的复杂RNA中识别出超过90%的已知碱基对,我们利用该方法构建了HIV-1 RNA基因组的新模型。该HIV-1模型包含了所有已知的结构基序和先前未知的元件,包括经实验验证的假结。 SHAPE-MaP 可生成精确且高分辨率的二级结构模型,能够分析低丰度 RNA,在单次实验中解析序列多态性,并最终实现 RNA 结构分析的普及化 [2]。
在 SHAPE-MaP 中,逆转录是在一种能使逆转录酶错误读取 1M7 修饰核苷酸的条件下进行的。该反应使用莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(SuperScript II),缓冲液包含 50 mM Tris-HCl(pH 8.0)、75 mM KCl、6 mM MnCl2 和 14 mM DTT。Mn2+ 的存在促进了酶在大体积 2'-O-加合物位点的通读。逆转录酶在加合物位点掺入与原始序列不互补的核苷酸,从而在 cDNA 中产生突变。[2]
细胞实验
SHAPE-MaP 在 RNA 结构探测策略中独树一帜,它既能以单核苷酸分辨率测量 RNA 的柔性,又能量化这些测量的不确定性。我们提出了一种简便的分析框架,该框架纳入了这些不确定性,从而能够检测任意两种状态之间的 RNA 结构差异。我们利用该框架检测健康小鼠滋养层干细胞中的 RNA-蛋白质相互作用。我们通过分析三种模型胞质和核核糖核蛋白复合物,并在 2 分钟的细胞内探测实验中验证了该方法的有效性。相比之下,其他细胞内 SHAPE 探测方法产生的数据与 SHAPE-MaP 产生的数据相关性较差(r = 0.2),且无法提供准确的 RNA-蛋白质相互作用信号。随后,我们研究了 RNase MRP 复合物中的 RNA-蛋白质和 RNA-底物相互作用,并通过比较细胞内相互作用位点与疾病相关突变,从分子表型的角度表征了这些非编码突变。这些结果共同表明,SHAPE-MaP 能够在对所涉及的蛋白质或 RNA 了解有限的情况下,在天然细胞条件下确定真实的相互作用位点并推断 RNA 功能。[3]
1M7 用于小鼠滋养层干细胞 (TSC) 的细胞内 RNA 结构探测。用 PBS 洗涤活的 TSC,并加入 900 µL 新鲜培养基。然后,向细胞中加入 100 µL 100 mM 的 1M7 DMSO 溶液(最终浓度为 10 mM),并通过快速旋转培养皿混匀。将细胞在 37°C 下孵育 5 分钟。孵育后,移除培养基,用 PBS 洗涤细胞一次,并分离总 RNA。使用纯 DMSO 代替 1M7,以类似方式制备无试剂阴性对照。 [3]
对于离体分析,从 TSC 中温和提取 RNA,并在缓冲液(100 mM HEPES,pH 8.0,100 mM NaCl,10 mM MgCl2)中折叠。然后,将约 3 µg RNA 与终浓度为 10 mM 的 1M7 处理,并在 37°C 下孵育 5 分钟。[3]
药代性质 (ADME/PK)
1M7 在水溶液中的半衰期 (t1/2) 约为 17 秒,之后会因水解而完全猝灭。这种快速水解是其相对于 NAI-N3(t1/2 约为 30 分钟)等较慢试剂的关键优势。[3]
参考文献
[1]. A fast-acting reagent for accurate analysis of RNA secondary and tertiary structure by SHAPE chemistry. J Am Chem Soc . 2007 Apr 11;129(14):4144-5. doi: 10.1021/ja0704028.
[2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029.
[3]. Detection of RNA-Protein interactions in living cells with SHAPE. Biochemistry . 2015 Nov 24;54(46):6867-75. doi: 10.1021/acs.biochem.5b00977.
其他信息
1-甲基-7-硝基异吲哚菁酐是一种3,1-苯并噁嗪-1,4-二酮,其N位带有甲基取代基,7位带有硝基。它既是苯并噁嗪化合物,也是C-硝基化合物。
1M7 是一种经过充分验证的快速SHAPE试剂,用于精确分析RNA的二级和三级结构。其半衰期短,特别适用于细胞内探测实验,因为它反应迅速且淬灭快,因此能够反映RNA的稳态结构,而不是RNP的组装、解离或细胞周转。相比之下,像NAI-N3这样的反应较慢的试剂对特定的离子和缓冲液的选择非常敏感,其较长的反应时间可能反映与RNA稳态结构无关的事件。 [3]
在 SHAPE-MaP 实验中,1M7 通常以 10 mM 的最终浓度使用,溶于纯 DMSO 中。体外折叠 RNA 的修饰反应在 37°C 下进行 3 分钟。[2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C9H6N2O5
分子量
222.15434
精确质量
222.027
元素分析
C, 48.66; H, 2.72; N, 12.61; O, 36.01
CAS号
73043-80-8
相关CAS号
73043-80-8;
PubChem CID
12535373
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.6±0.1 g/cm3
沸点
395.4±44.0 °C at 760 mmHg
闪点
192.9±28.4 °C
蒸汽压
0.0±0.9 mmHg at 25°C
折射率
1.623
LogP
0.4
tPSA
98.03
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
0
重原子数目
16
分子复杂度/Complexity
350
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C(O1)N(C)C2=CC([N+]([O-])=O)=CC=C2C1=O
InChi Key
MULNCJWAVSDEKJ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C9H6N2O5/c1-10-7-4-5(11(14)15)2-3-6(7)8(12)16-9(10)13/h2-4H,1H3
化学名
1-Methyl-7-nitro-2H-3,1-benzoxazine-2,4(1H)-dione
别名
1M7; 1-methyl-7-nitro-3,1-benzoxazine-2,4-dione
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~225.07 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.5015 mL 22.5073 mL 45.0146 mL
5 mM 0.9003 mL 4.5015 mL 9.0029 mL
10 mM 0.4501 mL 2.2507 mL 4.5015 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
+
+

计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

临床试验信息
NCT Number Recruitment interventions Conditions Sponsor/Collaborators Start Date Phases
NCT05462145 RECRUITING Device: Globe Pulsed Field System Paroxysmal Atrial Fibrillation
Persistent Atrial Fibrillation
Kardium Inc. 2023-03-09 Not Applicable
生物数据图片
  • Accuracy of SHAPE-MaP-directed secondary structure modeling (a) Secondary structure modeling accuracies reported as a function of sensitivity (sens) and positive predictive value (ppv) for calculations performed without experimental constraints, with conventional capillary electrophoresis (CE) data, and with SHAPE-MaP data obtained with the 1M7 reagent22,38 or with three-reagent differential (Diff) data19. Results are colored on a scale to reflect low (red) to high (green) modeling accuracy. (b) Relationship between sequencing read depth, hit level, and accuracy of RNA structure modeling. Structure prediction accuracy (vertical axis) is shown as the geometric average of the sens and ppv of predicted structures with respect to the accepted model38. For the 16S rRNA, this accuracy ranges from 50% in the absence of experimental data to 89% for single-reagent SHAPE (shown), and to 91% for the three-reagent “differential”19 experiment. Boxplots summarize modeling the secondary structure of the 16S ribosomal RNA as a function of simulated SHAPE-MaP read depth. At each depth, 100 folding trajectories were sampled. The line at the center of the box indicates the median value and boxes indicate the interquartile range. Whiskers contain data points that are within 1.5 times the interquartile range and outliers are indicated with (+) marks. Hit level is the total signal above normalized background per transcript nucleotide.[2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029.
  • SHAPE-MaP analysis of the HIV-1 NL4-3 genome (a) SHAPE reactivities for the NL4-3 HIV-1 genomic RNA. Reactivities are shown as the centered 55-nt median window, relative to the global median; regions above or below the line are more flexible or constrained than the median, respectively. Shannon entropy values for 55-nt windows were calculated by considering the pairing probability of a nucleotide over all structures in a 1M7 and differential SHAPE19 reactivity data-constrained Boltzmann ensemble and reflect how well determined the secondary structure model is for each nucleotide region. Arcs representing base pairs are colored by their respective pairing probabilities, with green arcs indicating highly probable helices. Areas with many overlapping arcs have multiple potential structures. Pseudoknots (PK) are indicated by black arcs. (b) RNA regions identified as having biological functions. Brackets enclose well-determined regions and are drawn to emphasize locations of these regions relative to known RNA features in the context of the viral genome. Regions correspond to low SHAPE-low Shannon entropy domains and are extended to include all intersecting helices from the lowest predicted free-energy secondary structure. 5’ and 3’ UTRs are brown; splice acceptors and donors are green and blue, respectively; polypurine tracts are yellow; variable domains are purple; and the frameshift and RRE domains are red. These elements fall within regions with low SHAPE and low Shannon entropy much more frequently than expected by chance (p = 0.002; see Online Methods). (c) Secondary structure models for regions, identified de novo, with low SHAPE reactivities and low Shannon entropies. Nucleotides are colored by SHAPE reactivity and pseudoknotted structures are labeled in blue. Larger figure images, showing nucleotide identities, are provided in Supplementary Fig. 7.[2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029.
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