1M7

别名: 1M7; 1-methyl-7-nitro-3,1-benzoxazine-2,4-dione

目录号: V9269 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

1M7 是一种用于 RNA SHAPE-MaP 实验的试剂，能够在 70 秒内以单核苷酸分辨率分析 RNA 二级结构。

1M7 CAS号: 73043-80-8
产品类别: Fluorescent Dye

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

规格	价格	库存	数量
10 mM * 1 mL in DMSO
1mg
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
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Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

纯度/质量控制文件

批次：

纯度: ≥98%

COA

MSDS

NMR

产品说明书

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器
临床试验信息
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产品描述

1M7 是一种用于 RNA SHAPE-MaP 实验的试剂，可在 70 秒内以单核苷酸分辨率分析 RNA 二级结构。用1M7进行的SHAPE化学准确地报告了在天然条件下RNase P特异性结构域的已知结构。1M7反应性检测受碱基配对和特殊的非经典三级相互作用约束的核苷酸。SHAPE化学能够非常精确地分析两种结构之间的差异，例如依赖Mg2+的三级相互作用。1M7在实验室中很容易处理，并且能够在70秒内以单核苷酸分辨率分析大的RNA结构。

生物活性&实验参考方法

体外研究 (In Vitro)	通过引物延伸（SHAPE）化学分析的选择性2'-羟基酰化可以在任何RNA中以单核苷酸分辨率定量评估局部核苷酸的灵活性。SHAPE化学利用核糖2'-羟基的亲核反应性的基于结构的门控，通过核苷酸的受约束或灵活性。SHAPE化学是使用N-甲基isatoic酸酐（NMIA）开发的，该酸酐仅具有适度的亲电性，需要数十分钟才能形成核糖2'-O-加合物。在这里，我们为SHAPE化学设计并评估了一种更有用、快速作用的试剂。将硝基对位引入反应性羰基以形成1-甲基-7-硝基isatoic酸酐（1M7）产生一种试剂，该试剂与RNA反应明显更快地形成2'-O-加合物，并且对有利的自限制水解也更不稳定。使用1M7，RNA结构的单核苷酸分辨率询问在70秒内完成。使用1M7进行的SHAPE分析准确地报告了RNase P特异性结构域的二级和三级结构，并允许以高达91%的准确率预测该RNA的二级结构[1]。
酶活实验	许多生物过程是由RNA介导的，但大多数RNA的高阶结构是未知的，这使得很难理解RNA结构是如何控制功能的。在这里，我们描述了通过引物延伸和突变图谱（SHAPE MaP）分析的选择性2’-羟基酰化，这使得RNA功能基序的从头和大规模鉴定成为可能。通过大规模平行测序测量，在cDNA合成过程中，SHAPE的2'-羟基酰化位点被编码为非互补核苷酸。SHAPE MaP引导的建模确定了已知结构的复杂RNA中超过90%的可接受碱基对，我们用它来定义HIV-1 RNA基因组的新模型。HIV-1模型包含所有已知的结构基序和以前未知的元素，包括实验验证的假结。SHAPE MaP产生准确和高分辨率的二级结构模型，能够分析低丰度RNA，在单个实验中解开序列多态性，并最终使RNA结构分析民主化[2]。
细胞实验	SHAPE MaP在RNA结构探测策略中是独特的，因为它既能测量单核苷酸分辨率的灵活性，又能量化这些测量中的不确定性。我们报告了一个简单的分析框架，该框架结合了这些不确定性，可以检测任何两种状态之间的RNA结构差异，我们在这里使用它来检测健康小鼠滋养层干细胞中的RNA-蛋白质相互作用。我们通过在2分钟的细胞探测实验中分析三种模型细胞质和细胞核核糖核蛋白复合物来验证这种方法。相反，由替代的细胞内SHAPE探测方法产生的数据与SHAPE MaP产生的数据相关性较差（r=0.2），并且不能产生RNA-蛋白质相互作用的准确信号。然后，我们检查RNase MRP复合物中的RNA-蛋白质和RNA-底物相互作用，并通过比较细胞内相互作用位点与疾病相关突变，从分子表型方面表征这些非编码突变。总之，这些结果表明，SHAPE MaP可以在天然细胞条件下定义真正的相互作用位点并推断RNA功能，而对所涉及的蛋白质或RNA的先验知识有限。[3]
参考文献	[1]. A fast-acting reagent for accurate analysis of RNA secondary and tertiary structure by SHAPE chemistry. J Am Chem Soc . 2007 Apr 11;129(14):4144-5. doi: 10.1021/ja0704028. [2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029. [3]. Detection of RNA-Protein interactions in living cells with SHAPE. Biochemistry . 2015 Nov 24;54(46):6867-75. doi: 10.1021/acs.biochem.5b00977.
其他信息	1-methyl-7-nitroisatoic anhydride is a 3,1-benzoxazin-1,4-dione having an N-methyl substituent and a nitro group at the 7-position. It is a benzoxazine and a C-nitro compound.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C9H6N2O5
分子量	222.15434
精确质量	222.027
元素分析	C, 48.66; H, 2.72; N, 12.61; O, 36.01
CAS号	73043-80-8
相关CAS号	73043-80-8;
PubChem CID	12535373
外观&性状	Light yellow to yellow solid powder
密度	1.6±0.1 g/cm3
沸点	395.4±44.0 °C at 760 mmHg
闪点	192.9±28.4 °C
蒸汽压	0.0±0.9 mmHg at 25°C
折射率	1.623
LogP	0.4
tPSA	98.03
氢键供体(HBD)数目	0
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	0
重原子数目	16
分子复杂度/Complexity	350
定义原子立体中心数目	0
SMILES	O=C(O1)N(C)C2=CC([N+]([O-])=O)=CC=C2C1=O
InChi Key	MULNCJWAVSDEKJ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C9H6N2O5/c1-10-7-4-5(11(14)15)2-3-6(7)8(12)16-9(10)13/h2-4H,1H3
化学名	1-Methyl-7-nitro-2H-3,1-benzoxazine-2,4(1H)-dione
别名	1M7; 1-methyl-7-nitro-3,1-benzoxazine-2,4-dione
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month 注意：本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~50 mg/mL (~225.07 mM)
溶解度 (体内实验)	注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。注射用配方 (IP/IV/IM/SC等) 注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline) 生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。注射用配方 2:* DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More 注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。注射用配方 5:* 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline) 注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline) 注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline) 注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil) 注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 口服配方口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More 口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 6: 做成粉末与食物混合注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~50 mg/mL (~225.07 mM)

溶解度 (体内实验)

注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)

注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。

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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方

口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。

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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	4.5015 mL	22.5073 mL	45.0146 mL
	5 mM	0.9003 mL	4.5015 mL	9.0029 mL
	10 mM	0.4501 mL	2.2507 mL	4.5015 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

临床试验信息

NCT Number	Recruitment	interventions	Conditions	Sponsor/Collaborators	Start Date	Phases
NCT05462145	RECRUITING	Device: Globe Pulsed Field System	Paroxysmal Atrial Fibrillation Persistent Atrial Fibrillation	Kardium Inc.	2023-03-09	Not Applicable

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Accuracy of SHAPE-MaP-directed secondary structure modeling (a) Secondary structure modeling accuracies reported as a function of sensitivity (sens) and positive predictive value (ppv) for calculations performed without experimental constraints, with conventional capillary electrophoresis (CE) data, and with SHAPE-MaP data obtained with the 1M7 reagent22,38 or with three-reagent differential (Diff) data19. Results are colored on a scale to reflect low (red) to high (green) modeling accuracy. (b) Relationship between sequencing read depth, hit level, and accuracy of RNA structure modeling. Structure prediction accuracy (vertical axis) is shown as the geometric average of the sens and ppv of predicted structures with respect to the accepted model38. For the 16S rRNA, this accuracy ranges from 50% in the absence of experimental data to 89% for single-reagent SHAPE (shown), and to 91% for the three-reagent “differential”19 experiment. Boxplots summarize modeling the secondary structure of the 16S ribosomal RNA as a function of simulated SHAPE-MaP read depth. At each depth, 100 folding trajectories were sampled. The line at the center of the box indicates the median value and boxes indicate the interquartile range. Whiskers contain data points that are within 1.5 times the interquartile range and outliers are indicated with (+) marks. Hit level is the total signal above normalized background per transcript nucleotide.[2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029.

SHAPE-MaP analysis of the HIV-1 NL4-3 genome (a) SHAPE reactivities for the NL4-3 HIV-1 genomic RNA. Reactivities are shown as the centered 55-nt median window, relative to the global median; regions above or below the line are more flexible or constrained than the median, respectively. Shannon entropy values for 55-nt windows were calculated by considering the pairing probability of a nucleotide over all structures in a 1M7 and differential SHAPE19 reactivity data-constrained Boltzmann ensemble and reflect how well determined the secondary structure model is for each nucleotide region. Arcs representing base pairs are colored by their respective pairing probabilities, with green arcs indicating highly probable helices. Areas with many overlapping arcs have multiple potential structures. Pseudoknots (PK) are indicated by black arcs. (b) RNA regions identified as having biological functions. Brackets enclose well-determined regions and are drawn to emphasize locations of these regions relative to known RNA features in the context of the viral genome. Regions correspond to low SHAPE-low Shannon entropy domains and are extended to include all intersecting helices from the lowest predicted free-energy secondary structure. 5’ and 3’ UTRs are brown; splice acceptors and donors are green and blue, respectively; polypurine tracts are yellow; variable domains are purple; and the frameshift and RRE domains are red. These elements fall within regions with low SHAPE and low Shannon entropy much more frequently than expected by chance (p = 0.002; see Online Methods). (c) Secondary structure models for regions, identified de novo, with low SHAPE reactivities and low Shannon entropies. Nucleotides are colored by SHAPE reactivity and pseudoknotted structures are labeled in blue. Larger figure images, showing nucleotide identities, are provided in Supplementary Fig. 7.[2]. RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP). Nat Methods . 2014 Sep;11(9):959-65. doi: 10.1038/nmeth.3029.