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2-Deoxyribose 5-phosphate disodium

别名: 2 -脱氧核糖-5-磷酸钠;2-脱氧-D-核糖 5-磷酸酯二钠盐
目录号: V42106 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
2-脱氧核糖 5-磷酸二钠是 2-脱氧核糖-5-磷酸醛缩酶 (DERA) 的底物。
2-Deoxyribose 5-phosphate disodium CAS号: 102916-66-5
产品类别: New2
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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020-31522723 sales@invivochem.cn
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产品描述
2-脱氧核糖-5-磷酸二钠是2-脱氧核糖-5-磷酸醛缩酶（DERA）的底物。DERA属于I类醛缩酶，它催化可逆的醛醇缩合反应，无需任何辅因子。
2-脱氧核糖-5-磷酸二钠（CAS号：102916-66-5）是一种内源性磷酸化脱氧核糖，也是核苷酸代谢中的关键生化中间体。它是2-脱氧核糖-5-磷酸的二钠盐形式，而2-脱氧核糖-5-磷酸是DNA中脱氧核糖的磷酸化形式。该化合物是2-脱氧核糖-5-磷酸醛缩酶（DERA）的关键底物，并用于化学酶法合成。
生物活性&实验参考方法
靶点
The compound is a substrate for the enzyme 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase (DERA), a class I aldolase that catalyzes the reversible aldol condensation of acetaldehyde with glyceraldehyde-3-phosphate to form 2-deoxyribose-5-phosphate. It is also a substrate for deoxyribokinase and deoxyribonucleoside kinases and plays a role in the cellular metabolic network regulating nucleotide pools for DNA replication and repair.
体外研究 (In Vitro)
作为一种天然代谢产物，2-脱氧核糖-5-磷酸二钠本身不具有药理活性。相反，它是多种生化和酶促反应的重要底物。其主要“活性”在于能够被脱氧核糖核苷酸回收酶（DERA）转化为其他代谢产物，从而构成脱氧核糖核苷酸补救途径的基础。它被广泛用作化学酶法制备天然和修饰的嘌呤和嘧啶脱氧核苷的起始原料。
体内研究 (In Vivo)
该化合物并非药物，也不用于疾病治疗相关的体内活性研究。它是一种研究酶促机制和体外合成脱氧核苷的研究工具。其“体内活性”仅限于作为天然代谢产物，不用于任何治疗目的。外源性给药的化合物会通过正常的分解代谢途径迅速代谢。
酶活实验
为了测定DERA活性，在以2-脱氧核糖-5-磷酸二钠为底物的缓冲液中进行酶活性测定。将纯化的DERA酶与不同浓度的化合物一起在合适的缓冲液（例如，50 mM Tris-HCl，pH 7.5）中孵育。加入底物启动反应，并在37℃下进行。通过使用磷酸丙糖异构酶和α-甘油磷酸脱氢酶的偶联酶活性测定，间接测定底物转化为产物（乙醛和甘油醛-3-磷酸）的转化率，并监测340 nm处NADH的氧化情况。
细胞实验
作为一种细胞代谢物，该化合物不直接用于细胞刺激。相反，它被用作无细胞体系中的试剂或某些微生物培养基的补充剂。对于哺乳动物细胞，该化合物可用于代谢标记研究，即将细胞与稳定同位素标记的2-脱氧核糖-5-磷酸共同培养，通过液相色谱-质谱联用（LC-MS）分析追踪脱氧核糖核苷酸补救途径的代谢通量。
动物实验
由于该化合物是用于生化和酶学研究的试剂，因此不适用于体内动物实验。如果要在动物模型中使用，则应将其作为药代动力学示踪研究的一部分，使用稳定同位素标记的化合物来研究脱氧核糖磷酸的吸收、分布和代谢。实验方案包括向小鼠静脉注射标记化合物，然后进行连续采血和液相色谱-质谱联用分析。
药代性质 (ADME/PK)
2-脱氧核糖-5-磷酸二钠是一种小分子、高极性、水溶性分子。其药代动力学与天然代谢物相似；它可通过肾脏滤过和细胞摄取迅速从体循环中清除。由于该化合物并非治疗候选药物，因此无需对其进行具体的定量药代动力学参数研究。其主要关注的特性是溶解度和酶稳定性。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
2-脱氧核糖-5-磷酸二钠是一种内源性代谢产物，在生理浓度下被认为无毒。在研究环境中，标准的实验室安全操作规程即可满足要求。高浓度的全身性药物预计不会产生毒性，但可能破坏正常的核苷酸池平衡。它的主要用途是作为生化工具，而非治疗药物，因此通常不对其作为试剂的用途进行正式的毒理学研究。
参考文献

[1]. Characterization and application of a newly synthesized 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase. J Ind Microbiol Biotechnol. 2013 Jan;40(1):29-39.
其他信息
2-脱氧核糖-5-磷酸二钠是生物化学和酶学中的重要研究工具。它是I类醛缩酶DERA的天然底物，DERA是一种因其在通过碳-碳键形成从头合成新型糖类和复杂分子方面的应用而备受工业界关注的酶。因此，该化合物并非药物，而是应用生物催化和合成生物学的关键起始原料和底物。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C5H9NA2O7P
分子量
258.07
精确质量
234.998
CAS号
102916-66-5
PubChem CID
87357745
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
139.76
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
15
分子复杂度/Complexity
188
定义原子立体中心数目
2
SMILES
C(C=O)[C@@H]([C@@H](COP(=O)([O-])[O-])O)O.[Na+].[Na+]
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~387.49 mM)
H2O : ~83.33 mg/mL (~322.90 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.8749 mL 19.3746 mL 38.7492 mL
5 mM 0.7750 mL 3.8749 mL 7.7498 mL
10 mM 0.3875 mL 1.9375 mL 3.8749 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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电话: 020-31522723 传真: 463611831 邮箱: sales@invivochem.cn
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