5S rRNA modificator 中文名称: FAI

别名: 5S rRNA modificator FAI 1H-咪唑-1-基(2-甲基-3-呋喃基)甲酮; 5S rRNA modificator

目录号: V6442 纯度: ≥98%

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5S rRNA修饰剂是一种rRNA修饰剂，作为亲电子试剂对结构化RNA分子进行2'-羟基酰化，产生与现有探针获得的准确结构信息相当的信息； 5S rRNA RNA 修饰。

5S rRNA modificator CAS号: 1415238-77-5
产品类别: Biochemical Assay Reagents

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Nat Comput Sci. 2026, 6:704-717

Cell Biomaterials 2026

Nat Comm 2026, 17(1):3410

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

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PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

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产品说明书

产品描述
生物活性&实验参考方法
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产品描述

5S rRNA修饰剂是一种rRNA修饰试剂，它作为亲电试剂对结构化的RNA分子进行2'-羟基酰化，从而获得与现有探针（5S rRNA修饰）相当的精确结构信息。
5S rRNA修饰剂（CAS号：1415238-77-5）
5S rRNA修饰剂（CAS号：1415238-77-5），也称为FAI（呋喃酰基咪唑），是一种rRNA修饰试剂，用作RNA结构分析的化学探针。它作为亲电试剂对结构化的RNA分子进行2'-羟基酰化。

生物活性&实验参考方法

靶点	RNA 2'-hydroxyl group [1] 5S rRNA modificator is a chemical reagent used to modify RNA, not a pharmacological target. It is an electrophile that reacts with the 2'-hydroxyl group of ribose in structured RNA molecules, facilitating structural analysis.
体外研究 (In Vitro)	体外转录的小鼠胚胎干细胞来源的 5S rRNA 与 5S rRNA 修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）相比，2'-羟基酰化定量模式相似，相关系数 R^2=0.93 [1]。 5S rRNA 修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）在水中的水解半衰期为 33 分钟，而 FAI 为 73 分钟，NMIA 为 4 分钟 [1]。 ATP 修饰的时间进程表明，5S rRNA 修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）的酰化作用随时间进行，且反应活性高于 FAI [1]。体外 5S rRNA 修饰需要探针浓度高于 20 mM 才能检测到信号；在 13 mM 浓度下未观察到修饰[1]。体外实验表明，5S rRNA 修饰剂可作为亲电试剂，对结构化的 RNA 分子进行 2'-羟基酰化，从而获得与现有探针相当的精确结构信息。它被用于 5S rRNA 修饰的研究。
体内研究 (In Vivo)	5S rRNA修饰剂不作为体内药理学试剂使用。其用途仅限于体外生化研究中的RNA结构分析。
酶活实验	由于5S rRNA修饰剂不具有生物活性，因此目前尚无标准的无细胞酶或受体结合分析方法。其与RNA的反应性可通过将该化合物与结构化的RNA分子孵育，然后利用凝胶电泳或质谱分析酰化产物来表征。
细胞实验	将培养的小鼠胚胎干细胞用 100 mM 的 5S rRNA 修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）在水性缓冲液中处理 1 至 30 分钟。加入 β-巯基乙醇或提取 RNA 可终止反应。逆转录结果显示，修饰残基对应的序列被阻断。修饰最早可在 1 分钟时检测到，并在 15 分钟时达到平台期。处理30分钟后，细胞仍保持贴壁状态，形态正常，台盼蓝染色呈阴性[1]。 5S rRNA修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）也能修饰培养的人类癌细胞、果蝇S2细胞、酵母（酿酒酵母）和大肠杆菌中的5S rRNA，表明其具有广泛的细胞渗透性[1]。核定位的低丰度RNA也被修饰，提示该试剂能够进入细胞核[1]。在酵母细胞中，体内与体外修饰的比较显示，E环中的C72和C73残基具有高反应性，这与晶体结构中的高b因子相对应[1]。目前不直接对5S rRNA修饰剂进行体外细胞实验。相反，它被用于修饰细胞裂解液或纯化RNA样品中的RNA，以进行结构研究。其对细胞功能的影响尚未评估。
动物实验	5S rRNA 修饰剂不用于动物实验，因为它是一种用于体外 RNA 研究的化学探针。
药代性质 (ADME/PK)	5S rRNA修饰剂（CAS号：1415238-77-5）在水中的水解半衰期（t1/2）为33分钟[1]。该反应可通过加入β-巯基乙醇或提取RNA终止[1]。 5S rRNA修饰剂（C9H8N2O2）的分子量为176.17 g/mol，化学名称为咪唑-1-基-(2-甲基呋喃-3-基)甲酮，为浅黄色至黄色固体粉末，用于5S rRNA的修饰。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	用 100 mM 5S rRNA 修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）处理小鼠胚胎干细胞长达 30 分钟后，细胞形态正常，仍能贴附于培养皿，且未被台盼蓝染色，表明其无急性细胞毒性 [1]。长期细胞毒性需要仔细评估 [1]。 5S rRNA 修饰剂的毒性与其作为酰基咪唑化合物的化学性质有关。由于详细的毒理学数据有限，因此应采取适当的安全预防措施进行操作。其主要用于 RNA 生物化学的研究和开发。
参考文献	: RNA SHAPE analysis in living cells. Nat Chem Biol. 2013 Jan;9(1):18-20.; Fairley JA, Mitchell LE, Berg T, Kenneth NS, von Schubert C, Silljé HH, Medema RH, Nigg EA, White RJ. Direct regulation of tRNA and 5S rRNA gene transcription by Polo-like kinase 1. Mol Cell. 2012 Feb 24;45(4):541-52. doi: 10.1016/j.molcel.2011.11.030. Erratum in: Mol Cell. 2012 Jul 13;47(1):148-9. PubMed PMID: 22281053.
其他信息	5S rRNA修饰剂（CAS#: 1415238-77-5）能够对活细胞中的RNA结构进行单核苷酸分辨率的体内SHAPE（选择性2'-羟基酰化后引物延伸）分析[1]。对5S rRNA体内和体外SHAPE谱图的比较揭示了关键的RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用，例如MMA49/MMA50残基（类似于SCU50），由于C环与28S rRNA的对接以及与核糖体蛋白L5的相互作用，该残基发生扭曲并暴露出来[1]。该探针无需体外重组即可读取RNA三级结构和RNA-蛋白质相互作用的变化[1]。它是一种通用的细胞渗透性RNA结构探针，适用于包括小鼠、人类、果蝇、酵母和大肠杆菌在内的多种物种[1]。 5S rRNA修饰剂是一种rRNA修饰试剂。它作为亲电试剂，可对结构化的RNA分子进行2'-羟基酰化，从而获得与现有探针相当的精确结构信息。它也被称为FAI（呋喃酰基咪唑）。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

精确质量	176.058
CAS号	1415238-77-5
PubChem CID	66563653
外观&性状	Light yellow to yellow solid powder
密度	1.3±0.1 g/cm3
沸点	338.5±44.0 °C at 760 mmHg
闪点	158.5±28.4 °C
蒸汽压	0.0±0.7 mmHg at 25°C
折射率	1.608
LogP	0.78
tPSA	48
氢键供体(HBD)数目	0
氢键受体(HBA)数目	3
可旋转键数目(RBC)	1
重原子数目	13
分子复杂度/Complexity	208
定义原子立体中心数目	0
InChi Key	OOBPIWAAJBRELM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C9H8N2O2/c1-7-8(2-5-13-7)9(12)11-4-3-10-6-11/h2-6H,1H3
化学名	Imidazol-1-yl-(2-methylfuran-3-yl)methanone
别名	5S rRNA modificator FAI
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ≥ 52 mg/mL (~295.17 mM)
溶解度 (体内实验)	注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。注射用配方 (IP/IV/IM/SC等) 注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline) 生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。注射用配方 2:* DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More 注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。注射用配方 5:* 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline) 注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline) 注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline) 注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil) 注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 口服配方口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More 口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 6: 做成粉末与食物混合注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ≥ 52 mg/mL (~295.17 mM)

溶解度 (体内实验)

注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)

注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。

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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方

口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。

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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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Design and experimental evaluation of NAI and FAI (a) Structural comparison between NMIA, FAI, and NAI. (b) Chemical mechanism of 2’-O-acylation of RNA. (c) Time course of ATP modification by NAI and FAI. (d) Correlation of 2’-RNA modification of 5S rRNA in vitro. (e) Denaturing gel electrophoresis of NAI modification of 5S rRNA in cells. (f) Secondary structure mapping of NAI modification of 5S rRNA in cells. (g) Three-dimensional model of S.C. 5SrRNA with modifications superimposed onto the structure (PDB 3U5H). RNA SHAPE analysis in living cells. Nat Chem Biol. 2013 Jan;9(1):18-20.

5S rRNA has different modification patterns in cells (a) Denaturing gel electrophoretic analysis of NAI modification of 5S rRNA in M. musculus Embyronic Stem cells and in vitro. (b) Normalized Differential profile of M. musculus Embyronic Stem cell 5S rRNA. (c) Three-dimensional model of S.C. 5SrRNA with differential modifications superimposed onto the structure (PDB 3U5H). (d) Closeup view of hyperreactivity of M.M. A49 and S.C. U50. U50 is near the kink of helix II and helix III, This conformation, wich allows Loop C to interact with 28S rRNA promotes the ejection of S.C. U50 2’-OH thus rendering it more dynamic and reactive to NAI modification. (e) Zoomed-in view of a three-nucleotide bridge that joins loop A to helix II. This conformation results in docking of A11, hiding its 2’-OH through a hydrogen bond with A13-OP2. In addition C10 is forced into a stacking interaction with PHE20, which exposes the 2’-OH, potentially increasing its reactivity with NAI.(f). Close up view of differential modification of Helix IV. The ribosome crystal structure shows many of the residues that are hypomodified in cells are engaged in extensive interactions with ribosomal RNA. Shown is the interaction of U86 with 28S rRNA. Such extensive bonding and stacking may be stabilizing the internucleotide linkages of these residues, limiting their acylation reactivity. (g) Three-dimensional model of S.C. 5SrRNA colored by b-factor (PDB 3U5H). (h) Denaturing gel electrophoretic analysis of NAI modification of 5S rRNA in S. cerevisiae cells and in vitro. (i) Normalized differential profile of S. cerevisiae 5S rRNA. Residues are labeled for their importance in 5S rRNA function as noted in reference 31. RNA SHAPE analysis in living cells. Nat Chem Biol. 2013 Jan;9(1):18-20.