1. 首页
  2. 产品
  3. Signaling Pathways 信号通路
  4. DNA Damage | DNA损伤
  5. DNA(RNA) Synthesis

Herboxidiene (GEX1A)

别名: GEX1A; Tan1609; Tan-1609; Herboxidiene; 142861-00-5; QSB7EM5EUD; 2-[(2R,5S,6S)-6-[(2E,4E,6S)-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxypentan-2-yl]-2-methyloxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-5-methyloxan-2-yl]acetic acid; TAN 1609; GEX1A compound; (+)-Herboxidiene; UNII-QSB7EM5EUD; Tan 1609; Herboxidiene Herboxidiene (GEX-1A)
目录号: V51991 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
Herboxidiene (GEX1A) 是一种强效植物毒性聚酮化合物，源自链霉菌 A7847，具有多种活性，包括除草、抗胆固醇、抗肿瘤等。
Herboxidiene (GEX1A) CAS号: 142861-00-5
产品类别: DNA(RNA) Synthesis
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
规格 价格
10mg
Other Sizes
大包装询价
020-31522723 sales@invivochem.cn
点击了解更多
  • 与全球5000+客户建立关系
  • 覆盖全球主要大学、医院、科研院所、生物/制药公司等
  • 产品被大量CNS顶刊文章引用
InvivoChem产品被CNS等顶刊论文引用
产品描述
Herboxidiene (GEX1A) 是一种强效的植物毒性聚酮化合物，来源于链霉菌 A7847，具有多种活性，包括除草、抗胆固醇、抗肿瘤等。Herbodiene 与剪接体相关蛋白 (SAP) 155（剪接体中的 SF3b 亚基）结合，抑制前体 mRNA 剪接过程。
Herboxidiene (GEX1A) 是一种强效植物毒性聚酮化合物，最初从链霉菌（Streptomyces chromofuscus，或链霉菌属 A7847）中分离得到。它具有多种生物活性，包括除草、降胆固醇和抑制前体 mRNA 剪接等作用。此外，它还是一种抗真菌剂和潜在的抗癌化合物。
生物活性&实验参考方法
靶点
Pre-mRNA splicing
Herboxidiene targets the spliceosome machinery by inhibiting splicing factor 3B subunit 1 (SF3B1), a critical component of the spliceosome. It binds to SF3B1 and disrupts pre-mRNA splicing, leading to altered gene expression and cell death. It also up-regulates LDL receptor gene expression, contributing to its anti-cholesterol activity.
体外研究 (In Vitro)
在人类正常成纤维细胞系 WI-38 中，herboxidiene（24 小时）可引起 G1 期和 G2/M 期阻滞，IC50 为 7.6 nM[3]。herboxidiene 对 A431、A549 和 DLD-1 细胞的 IC50 分别为 3.7、21 和 51 nM，表现出细胞毒性[3]。
体外实验表明，Herbodiene（1-100 nM）可抑制多种人类肿瘤细胞系的生长，包括HeLa S3、SK-MEL-2（黑色素瘤）、PC3（前列腺癌）和A549（肺癌）。它能抑制体外和细胞内的前体mRNA剪接，导致内含子滞留和可变剪接的改变。此外，它还能通过上调低密度脂蛋白受体（LDL受体）的表达来降低细胞培养模型中的胆固醇水平。
体内研究 (In Vivo)
赫博西丁（GEX1A）（1 mg/kg；腹腔注射；一次）的抗癌功效值得关注[3]。
酶活实验
对于非细胞SF3B1结合，将纯化的重组人SF3B1蛋白或剪接体复合物与放射性标记的[3H]-Herboxidiene（或其生物素化类似物）在结合缓冲液中孵育。达到平衡后，通过滤膜结合或链霉亲和素磁珠下拉分离结合的和游离的配体，并测量放射性以确定Kd值。或者，也可以使用固定化SF3B1的表面等离子共振(SPR)技术。
细胞实验
为了抑制细胞内的剪接，将人癌细胞系（例如 HeLa、HEK-293）用 Herboxidiene（0.1-100 nM）处理 6-24 小时。提取 RNA，并使用跨越特定基因（例如 RIOK3、GAS2）内含子-外显子连接处的引物，通过 RT-PCR 评估前体 mRNA 的剪接效率。为了抑制细胞生长，将细胞用 Herboxidiene（0.01-100 uM）处理 48-72 小时，并通过 MTT 法检测细胞活力。
动物实验
动物/疾病模型： balb/c (Bagg ALBino) 小鼠：（携带 SVT2 鼠纤维肉瘤）[3]
剂量： 1 mg/kg
给药途径： 腹腔注射；一次
实验结果： 在第 4 天显示出显著的抗肿瘤活性。
在体内评估方面，Herbodiene 已在小鼠异种移植瘤模型中进行了评估。将皮下移植瘤（例如 HeLa S3、A549）的无胸腺裸鼠用 Herboxydiene（1-10 mg/kg，腹腔注射，每日一次或隔日一次）治疗 14-28 天。每周测量两次肿瘤体积。在胆固醇研究中，将 Herboxydiene 口服给予喂食高胆固醇饮食的仓鼠或兔子，并测量血浆低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）水平。
药代性质 (ADME/PK)
赫博西烯的药代动力学数据有限。作为一种天然聚酮化合物（分子量 438.6），其口服生物利用度预计较低。在研究中，通常采用肠外给药。目前尚无正式的药代动力学研究发表。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
Herboxidiene 的毒性数据有限。作为一种剪接抑制剂，其潜在的靶向毒性包括造血抑制和胃肠道毒性。临床前研究表明，该化合物具有剂量依赖性毒性。目前尚无公开的正式 LD50 或 MTD 值。
参考文献

[1]. Herboxidiene biosynthesis, production, and structural modifications: prospect for hybrids with related polyketide. Appl Microbiol Biotechnol. 2015;99(20):8351‐8362.

[2]. GEX1 compounds, novel antitumor antibiotics related to herboxidiene, produced by Streptomyces sp. I. Taxonomy, production, isolation, physicochemical properties and biological activities. J Antibiot (Tokyo). 2002;55(10):855‐862.

[3]. Herboxidiene, a new herbicidal substance from Streptomyces chromofuscus A7847. Taxonomy, fermentation, isolation, physico-chemical and biological properties. J Antibiot (Tokyo). 1992;45(6):914‐921.
其他信息
据报道，链霉菌（Streptomyces chromofuscus）中存在赫博西烯（Herbodiene），并且已有相关数据。
另见：Gex1Q1（注：已移至此处）。
赫博西烯是一种聚酮化合物，具有多种活性，包括除草、降胆固醇和抑制前体mRNA剪接等作用。因此，其工业化生产需求巨大，人们已采用多种合理的代谢工程方法来提高其产量。将前体和辅因子库定向用于聚酮化合物的生产，为开发用于聚酮化合物生产的优良宿主提供了理论基础。由于赫博西烯具有多种潜在的生物活性，近年来人们致力于合成各种赫博西烯衍生物，以期找到提高其效力和引入新活性的关键。本研究尝试利用组合生物合成技术，在链霉菌（Streptomyces chromofuscus）中异源表达底物柔性葡萄糖基转移酶（GT）和细胞色素P450，以生成结构和功能多样的赫博西烯衍生物，从而实现结构多样化。该尝试的成功证实了该菌株能够异源表达外源聚酮合酶（PKS）或PKS后修饰基因，为新型或杂合聚酮化合物的合成奠定了基础。[1]
从链霉菌（Streptomyces sp.）培养基中分离出六种结构相关的抗肿瘤抗生素，并命名为GEX1化合物。GEX1A被鉴定为已知的除草剂赫博西烯，其特征在于具有四氢吡喃部分和含有共轭二烯的侧链。GEX1Q1至Q5被鉴定为与赫博西烯相关的新型化合物。所有GEX1化合物在体外均对人肿瘤细胞系表现出细胞毒性，IC50值范围为0.0037至约0.99 μM，但对革兰氏阳性菌或革兰氏阴性菌均无活性。尽管GEX1A/herboxidiene在小鼠肿瘤移植模型中显示出抗肿瘤活性，但GEX1Q3和GEX1Q5未显示出抗肿瘤活性。[2]
Herboxidiene是一种新型聚酮化合物，它是在微生物发酵液筛选杀灭活性化合物的过程中，从一种被鉴定为链霉菌属（Streptomyces chromofuscus）成员的放线菌中发现的。通过优化培养基，Herboxidiene的发酵产量提高了14至20倍。Herboxidiene经反相C18柱层析和Sephadex LH-20柱层析依次纯化。其分子式为 C25H42O6，由高分辨率快原子轰击质谱法 (HRFAB-MS) 确定。Herbodiene 对多种杂草表现出极强的选择性杀灭活性，即使施用量高达 5.6 kg/ha，对小麦也没有影响。[3]
Herboxidiene 是一种用于研究前体 mRNA 剪接和剪接体功能的研究级工具化合物。它已被用于验证 SF3B1 作为癌症药物靶点的有效性。该化合物的结构与剪接抑制素 A 和 pladienolide B 相关。Herboxiene 尚未获准用于人体治疗，也未进入临床试验阶段。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H42O6
分子量
438.60
精确质量
438.298
元素分析
C, 68.46; H, 9.65; O, 21.89
CAS号
142861-00-5
PubChem CID
6438496
外观&性状
White to yellow solid powder
密度
1.056g/cm3
沸点
567.9ºC at 760 mmHg
闪点
181.9ºC
蒸汽压
2.92E-15mmHg at 25°C
折射率
1.497
LogP
4.362
tPSA
88.52
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
31
分子复杂度/Complexity
658
定义原子立体中心数目
9
SMILES
O1[C@]([H])([C@]([H])(C([H])([H])[H])[C@]([H])([C@@]([H])(C([H])([H])[H])O[H])OC([H])([H])[H])[C@@]1(C([H])([H])[H])C([H])([H])[C@@]([H])(/C(/[H])=C(\[H])/C(/[H])=C(\C([H])([H])[H])/[C@]1([H])[C@@]([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])[C@]([H])(C([H])([H])C(=O)O[H])O1)C([H])([H])[H]
InChi Key
ISZXEMUWHQLLTC-LSIVYLFASA-N
InChi Code
InChI=1S/C25H42O6/c1-15(14-25(6)24(31-25)18(4)23(29-7)19(5)26)9-8-10-16(2)22-17(3)11-12-20(30-22)13-21(27)28/h8-10,15,17-20,22-24,26H,11-14H2,1-7H3,(H,27,28)/b9-8+,16-10+/t15-,17+,18-,19-,20-,22-,23-,24-,25-/m1/s1
化学名
2-[(2R,5S,6S)-6-[(2E,4E,6S)-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxypentan-2-yl]-2-methyloxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-5-methyloxan-2-yl]acetic acid
别名
GEX1A; Tan1609; Tan-1609; Herboxidiene; 142861-00-5; QSB7EM5EUD; 2-[(2R,5S,6S)-6-[(2E,4E,6S)-7-[(2R,3R)-3-[(2R,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxypentan-2-yl]-2-methyloxiran-2-yl]-6-methylhepta-2,4-dien-2-yl]-5-methyloxan-2-yl]acetic acid; TAN 1609; GEX1A compound; (+)-Herboxidiene; UNII-QSB7EM5EUD; Tan 1609; Herboxidiene
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意： (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中（例如氮气保护），避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
View More

注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
View More

口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.2800 mL 11.3999 mL 22.7998 mL
5 mM 0.4560 mL 2.2800 mL 4.5600 mL
10 mM 0.2280 mL 1.1400 mL 2.2800 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们
电话: 020-31522723 传真: 463611831 邮箱: sales@invivochem.cn
获得最新产品资讯、折扣和优惠
姓名
邮箱

InvivoChem的所有产品仅用于作科学研究，不面向患者销售

Copyright 2020 InvivoChem LLC | All Rights Reserved 粤ICP备20063088号-1

 粤公网安备 44011102003439号

联系我们
Home Classify Cart Member