Z-Arg-Leu-Arg-Gly-Gly-AMC

目录号: V54398 纯度: =98.86%
Z-Arg-Leu-Arg-Gly-Gly-AMC 是 SARS-CoV PLpro 的生物活性肽底物。
Z-Arg-Leu-Arg-Gly-Gly-AMC CAS号: 167698-69-3
产品类别: SARS-CoV
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
25mg
50mg
100mg
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纯度: =98.86%

产品描述
Z-Arg-Leu-Arg-Gly-Gly-AMC 是 SARS-CoV PLpro 的生物活性肽底物。
生物活性&实验参考方法
靶点
SARS-CoV PLpro
体外研究 (In Vitro)
中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)属于β冠状病毒属,可导致严重的呼吸系统疾病,并伴有肺炎、多器官衰竭,最终死亡。冠状病毒有能力跨越物种屏障,迅速传播到新的宿主物种中,人与人之间的传播会导致流行病。尽管MERS-CoV对公众健康构成严重威胁,但目前还没有疫苗或药物可用于治疗。MERS-CoV木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)是一种在其复制中起重要作用的关键酶。在本研究中,我们通过蛋白酶抑制试验评估了阿霉素(DOX)对重组MERS-CoV-PLpro的抑制活性。在DOX存在下,Z-RLRGG-AMC–肽键的荧光肽水解在30分钟时显示出1.67μM的IC50值。随后,我们通过热位移分析(TSA)证实了DOX和MERS-CoV-PLpro之间的相互作用,DOX将ΔTm增加了约20°C,清楚地表明了MERS-CoV PL蛋白酶和DOX之间的相干相互作用。使用对接技术和分子动力学(MD)模拟评估了DOX在MERS-CoV-PLpro上的结合位点。DOX结合到MERS-CoV-PLpro的催化结构域的拇指区域。MD模拟结果显示了灵活的BL2环,以及其他潜在的残基,如MERS-CoV-PLpro的R231、R233和G276。药物再利用的发展是一个显著的机会,可以快速检查治疗各种疾病的不同方面的疗效。迄今为止,蛋白酶抑制剂已被发现对MERS-CoV有效,许多候选药物目前正在进行临床试验以证明这一点。我们的努力遵循着类似的方向[1]。
酶活实验
MERS-CoV-PLpro抑制试验[1]
使用基于平板的平底黑色测试384测定不同浓度和持续时间的DOX的IC50值。简言之,水解的荧光肽Z-Arg-Leu-Arg-Gly-Gly肽键7-氨基-甲基香豆素(Z-RLRGG-AMC)显著增加了AMC部分的荧光,使转化率能够准确测量。反应在50µL的总体积中进行,其中包含以下成分:20 mM Tris缓冲液,pH 8.0,30µM Z-RLRGG-AMC和不同浓度的抑制剂(DOX)(1.84 pM–183.98µM)。通过添加PLpro开始测定以产生60nM的最终酶浓度。轻轻摇动平板30秒,在Biotek HT微孔板读取器上记录肽释放AMC的荧光60分钟(γ激发=360nm;γ发射=460 nm,增益=40),IC50值通过Graphpad Prism中的剂量-反应抑制函数计算,具有抑制剂与归一化反应方程。这个实验重复了三次。阳性对照孔,代表100%的抑制作用,包括10μg/mL DOX;阴性对照孔显示零抑制,包括仅含有缓冲液的载体。
热位移测定法(TSA)[1]
阿霉素与MERS-CoV-PLpro蛋白的结合是通过使用Applied Biosystems™PCR机的差示扫描荧光法(DSF)估计的,如前所述。我们还测试了阿昔洛韦(已知的抗病毒药物)作为DOX对MERS-CoV-PLpro的可能相互作用。简言之,使用反应缓冲液作为对照,将MERS-CoV-PLpro蛋白稀释至最终浓度为2 mol/L,然后在25°C下用0.29–18.4μM DOX处理30分钟。使用SYPRO橙,在25°C和95°C之间使用1°C/分钟的温度梯度来记录荧光。熔融温度(Tm)是用TSA CRAFT软件确定的,该软件稳健且对噪声不太敏感(Lee等人,2019)。TSA-CRAFT,通过Boltzmann方程实现曲线拟合以确定熔融温度(Tm)。
细胞实验
SDS-PAGE[1]
使用BioRad Mini蛋白质的SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳:将蛋白质样品与总体积为20μL的含有2X莱姆利缓冲液的缓冲液混合。样品在95°C的水浴中加热5分钟,并立即在冰中冷却,然后在SDS-PAGE上最初在60V下电泳,蛋白质通过堆叠凝胶后在100V下运行。电泳后,用考马斯蓝染色溶液对凝胶进行染色,并在温和搅拌下用50%H2O、10%乙酸和40%甲醇的去染色溶液进行去染色。使用Gel Doc系统拍摄和裁剪SDS-PAGE凝胶的照片,并在没有任何颜色或对比度校正的情况下在Microsoft PowerPoint中发布。
Western印迹[1]
对单克隆His抗体进行蛋白质印迹,以确认N-末端6xHis-Tag的存在,如前所述。将通过超声分离的全细胞蛋白(10μL)与2X莱姆利染料混合,并在10%SDS−聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,然后使用transblot turbo机器将其转移到硝化纤维素膜上,然后在室温下在Every Blot Blocking Buffer中封闭10分钟。用TBST缓冲液每隔5分钟洗涤膜5次,然后与一次poly-His抗体一起孵育过夜(4°C)。在用TBST以5分钟间隔连续洗涤5次后,在室温下与第二抗体孵育2小时后,用TBST漂洗膜5次,每次5分钟。使用Luminata™西方化学发光马萝卜过氧化物酶底物扫描条带,然后使用Gel Doc系统。
参考文献
[1].Identification of Doxorubicin as Repurposing Inhibitory Drug for MERS-CoV PLpro. Molecules. 2022 Nov; 27(21): 7553.
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C40H56N12O9
分子量
848.947648048401
精确质量
848.429
CAS号
167698-69-3
PubChem CID
156612994
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
密度
1.4±0.1 g/cm3
沸点
1056.1±75.0 °C at 760 mmHg
闪点
592.5±37.1 °C
蒸汽压
0.0±0.3 mmHg at 25°C
折射率
1.646
LogP
4.91
tPSA
339Ų
氢键供体(HBD)数目
10
氢键受体(HBA)数目
11
可旋转键数目(RBC)
24
重原子数目
61
分子复杂度/Complexity
1610
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O=C([C@H](CC(C)C)NC([C@H](CCC/N=C(\N)/N)NC(=O)OCC1C=CC=CC=1)=O)N[C@H](C(NCC(NCC(NC1C=CC2C(C)=CC(=O)OC=2C=1)=O)=O)=O)CCC/N=C(\N)/N
InChi Key
BOVMHLIAYDDKAY-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C40H56N12O9/c1-23(2)17-30(51-36(57)29(12-8-16-46-39(43)44)52-40(59)60-22-25-9-5-4-6-10-25)37(58)50-28(11-7-15-45-38(41)42)35(56)48-20-32(53)47-21-33(54)49-26-13-14-27-24(3)18-34(55)61-31(27)19-26/h4-6,9-10,13-14,18-19,23,28-30H,7-8,11-12,15-17,20-22H2,1-3H3,(H,47,53)(H,48,56)(H,49,54)(H,50,58)(H,51,57)(H,52,59)(H4,41,42,45)(H4,43,44,46)
化学名
benzyl N-[5-(diaminomethylideneamino)-1-[[1-[[5-(diaminomethylideneamino)-1-[[2-[[2-[(4-methyl-2-oxochromen-7-yl)amino]-2-oxoethyl]amino]-2-oxoethyl]amino]-1-oxopentan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-1-oxopentan-2-yl]carbamate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.1779 mL 5.8896 mL 11.7793 mL
5 mM 0.2356 mL 1.1779 mL 2.3559 mL
10 mM 0.1178 mL 0.5890 mL 1.1779 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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