ARDP0006

别名: ARDP0006 ARDP 0006 ARDP-0006 1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌; 1,8-二羟基-4,5-二硝基-9,10-蒽二酮;1,8-Dihydroxy-4,5-dinitroanthraquinone 1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌; 1,8-二羟基-4,5-二硝基-9,10-蒽醌;1,8-二羟基-4.5-二硝基蒽醌
目录号: V7142 纯度: ≥98%
1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌 (ARDP0006; DHDNE) 是丝氨酸蛋白酶 NS2B/3(一种登革热病毒蛋白)的有效抑制剂。
ARDP0006 CAS号: 81-55-0
产品类别: New1
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产品描述
1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌(ARDP0006;DHDNE)是登革病毒丝氨酸蛋白酶NS2B/3的强效抑制剂。1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌具有分子间蛋白酶活性和病毒抑制能力,其IC50值分别为432 μM和4.2 μM。同时,1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌在4.2-432 μM的浓度范围内抑制了BHK-21细胞中NS2B/3的裂解。
生物活性&实验参考方法
靶点
Dengue virus NS2B/3 serine proteinase (inhibitor) [1]
体外研究 (In Vitro)
在 100 μM 浓度下,1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌(50 μM-2 mM;90 分钟)通过抑制 NS2B/3 位点显著影响 BHK-21 细胞 [1]。
在无细胞测定中,使用在兔网织红细胞裂解液中产生的最小 NS2B/3 蛋白酶构建体 (NS2B/3pro) 并用 ³⁵S-甲硫氨酸标记,ARDP0006 以浓度依赖的方式抑制 NS2B-3 连接处的分子内切割。抑制该自切割的IC₅₀值约为620 μM [1]。
在NS2B/3pro构建体的脉冲追踪实验中,用100 μM的ARDP0006处理导致切割速率略有但具有统计学意义的降低,前体半衰期从10.8分钟增加到14.9分钟[1]。
使用包含NS3int和NS3-4A切割位点的延长型NS2B/3/4A蛋白酶构建体,当该构建体能够在所有三个位点(NS2B-3、NS3int和NS3-4A)切割时,ARDP0006(100 μM)显著抑制了加工过程,半衰期从70分钟增加到>10¹⁵分钟[1]。
对于构建体对于不能在内部 NS3 位点切割但可在 NS2B-3 和 NS3-4A 位点切割的突变体 (G459L),ARDP0006 (100 μM) 对其加工过程的抑制程度与最小 NS2B/3pro 构建体相似,半衰期从 19 分钟增加到 25 分钟 [1]。
对于可在 NS2B-3 和 NS3int 位点切割但不能在 NS3-4A 位点切割的构建体 (S1L),ARDP0006 (100 μM) 对其加工过程的抑制作用显著增强,半衰期从 40 分钟增加到 66 分钟 [1]。
酶活实验
本研究引用了之前的研究,其中ARDP0006被鉴定为NS2B/3蛋白酶分子间活性的抑制剂,该抑制剂使用最小蛋白酶构建体(NS2B残基49-96通过柔性连接子与NS3残基1-185连接)和荧光底物进行检测。此前报道的溶液中分子间切割的IC₅₀值为432 μM [1]。
本研究开发了一种体外检测方法,用于测定NS2B-3连接处分子内切割的抑制情况。在兔网织红细胞裂解液中,于不同浓度的ARDP0006(50 μM至2 mM)存在下,制备最小蛋白酶(NS2B/3pro)。孵育后,通过SDS-PAGE分离蛋白质,并对剩余的前体进行定量,以确定其自切割的IC₅₀值(约620 μM)[1]。
采用脉冲追踪实验监测NS2B/3pro切割的动力学。将蛋白质与³⁵S-甲硫氨酸一起翻译30分钟,然后加入过量的未标记甲硫氨酸以及100 μM ARDP0006或DMSO。在不同时间点取样,并定量前体损失以计算切割速率[1]。
细胞实验
病毒生长抑制试验:用登革病毒(感染复数,0.1 PFU/细胞)感染BHK-21细胞,并用25 μM ARDP0006或DMSO对照处理。在感染后不同时间点收集细胞外和细胞内病毒,并通过噬斑试验进行定量。在24小时的单次感染周期内,ARDP0006处理使细胞外和细胞内病毒产量降低了约100倍[1]。
细胞毒性试验:用25 μM ARDP0006处理BHK-21细胞,在该浓度下未观察到明显的细胞毒性(参见SI附录图S1)[1]。
耐药性筛选:在含有ARDP0006的培养细胞中传代培养登革病毒,以筛选耐药变异株。在两个独立的筛选池中,未在NS2B/3中发现任何单个或共享突变。NS4A中出现了一个A21V突变,但当单独重建时,该突变并未赋予病毒对ARDP0006的特异性抗性,反而提高了病毒在有无抑制剂存在下的生长速率(见补充信息附录图S2)[1]。
参考文献

[1]. Targeting intramolecular proteinase NS2B/3 cleavages for trans-dominant inhibition of dengue virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Oct 2;115(40):10136-10141.

其他信息
1,8-二羟基-4,5-二硝基蒽醌是一种棕金色固体。 (NTP, 1992)
ARDP0006(1,8-二硝基-4,5-二氢蒽醌)是一种登革病毒NS2B/3丝氨酸蛋白酶抑制剂,此前已在高通量筛选中被鉴定出来[1]。
该化合物是目前报道的登革病毒生长最有效的NS2B/3靶向抑制剂之一,此前报道其在感染期间的IC₅₀值为4.2 μM,尽管其在溶液中抑制分子间裂解的IC₅₀值要高得多(432 μM)[1]。
本研究表明,NS3内部裂解位点(NS3int)对ARDP0006的抑制作用高度敏感,其敏感性与病毒本身相当[1]。
该研究提出,抗病毒功效ARDP0006的作用机制可能是由于抑制特定的分子内切割(尤其是在NS3int位点)导致毒性前体积累,而非普遍抑制蛋白水解活性[1]。
观察到对ARDP0006具有较高的耐药屏障,在筛选后未在NS2B/3中发现耐药突变[1]。
平行测试了另一种靶向NS2B/3的分子NSC135618,结果显示病毒抑制IC₅₀(1.7 μM)与分子内切割IC₅₀(490 μM)之间存在类似的差异,表明这种机制可能在某些蛋白酶抑制剂中普遍存在[1]。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C14H6N2O8
分子量
330.2
精确质量
330.012
CAS号
81-55-0
PubChem CID
3378440
外观&性状
Yellow to brown solid powder
密度
1.8±0.1 g/cm3
沸点
669.4±55.0 °C at 760 mmHg
熔点
225 °C (dec.)(lit.)
闪点
280.8±20.0 °C
蒸汽压
0.0±2.1 mmHg at 25°C
折射率
1.782
LogP
4.94
tPSA
166.24
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
0
重原子数目
24
分子复杂度/Complexity
549
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
GJCHQJDEYFYWER-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C14H6N2O8/c17-7-3-1-5(15(21)22)9-11(7)14(20)12-8(18)4-2-6(16(23)24)10(12)13(9)19/h1-4,17-18H
化学名
1,8-dihydroxy-4,5-dinitroanthracene-9,10-dione
别名
ARDP0006 ARDP 0006 ARDP-0006
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~41.67 mg/mL (~126.19 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0285 mL 15.1423 mL 30.2847 mL
5 mM 0.6057 mL 3.0285 mL 6.0569 mL
10 mM 0.3028 mL 1.5142 mL 3.0285 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • Inhibition of dengue virus by ARDP0006. (A) Dengue virus polyprotein organization showing cleavages made by NS2B/3 (black arrows) and host proteases (gray arrows). (B) Two high-resolution crystal structures of full-length NS2B/3 display multiple conformations of the helicase and protease domains relative to each other (Protein Data Bank ID codes 2VBC and 2WHX, green and teal, respectively). The proteinase active site is shown in red with the internal NS3 cleavage site in orange. (C) Chemical structure of NS2B/3 inhibitor ARDP0006. (D and E) Effect of 25 μM ARDP0006 (dashed lines) on extracellular and intracellular dengue virus (multiplicity of infection, 0.1 PFU per cell) during growth in BHK-21 cells. Inhibition of viral growth is comparable to that observed previously (11), with a reported IC50 of 4.2 μM. n = 4 in D and E.[1].Constant DA, et al. Targeting intramolecular proteinase NS2B/3 cleavages for trans-dominant inhibition of dengue virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Oct 2;115(40):10136-10141.
  • Inhibition of NS2B/3pro in vitro by ARDP0006. An in vitro assay was developed to measure inhibition of intramolecular cleavage at NS2B-3 in the dengue minimal proteinase. (A and B) Minimal proteinase was produced in RRL in the presence of increasing concentrations of ARDP0006 (50 μM to 2 mM), and remaining precursor was plotted to determine the IC50 of self-cleavage in vitro (n = 1). (C and D) A pulse–chase assay was developed to monitor the effect of the inhibitor on reaction rate. Peak precursor abundance in RRL occurred at 25 to 30 min (C, lanes 1 to 3), and inactive NS3-S135A protein was robustly translated (C, lane 4) but no cleavage products were observed. The 32-kDa species seen in lane 4 is frequently observed background in this system. After labeling and translation, addition of 100 μM ARDP0006 resulted in modest but statistically significant inhibition of cleavage (D, dashed line) relative to mock treated reactions.[1].Constant DA, et al. Targeting intramolecular proteinase NS2B/3 cleavages for trans-dominant inhibition of dengue virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Oct 2;115(40):10136-10141.
  • NS3-proximal cleavages are sensitive to ARDP0006 inhibition. (A) Reticulocyte lysate reactions programmed with plasmids encoding NS2B/3/4A that contain the following mutations: NS3-S135A (inactive; black), NS3-G459L/NS4A-S1L (both cleavage sites; orange), NS4A-S1L (NS3-4 junction; purple), or NS3-G459L (NS3int junction; red) were incubated for 90 min in the presence of [35S]methionine, and products were visualized by SDS/PAGE to confirm cleavage patterns. (B–D) Degradation kinetics of the gene products from A were monitored in the absence (solid lines) and presence (dashed lines) of 100 μM ARDP0006. Aliquots were taken at the indicated times postchase with unlabeled methionine and drug. Proteolysis was modeled as a single-exponential decay reaction with baseline constrained to 0. Kinetic parameters in the presence of inhibitor were statistically significantly different for all constructs (B–D; n = 4, P = 0.0033; n = 2, P = 0.0003; n = 4, P < 0.0001; respectively) as determined by the extra sum-of-squares F test.[1].Constant DA, et al. Targeting intramolecular proteinase NS2B/3 cleavages for trans-dominant inhibition of dengue virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Oct 2;115(40):10136-10141.
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