D13-9001

目录号: V28650 纯度: ≥98%
D13-9001 是 AcrB(AcrAB-TolC 外排泵亚基)和 MexB(MexAB-OprM 外排泵亚基)的抑制剂(阻断剂/拮抗剂)。
D13-9001 CAS号: 957471-96-4
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
D13-9001 是 AcrB(AcrAB-TolC 外排泵亚基)和 MexB(MexAB-OprM 外排泵亚基)的抑制剂(阻断剂/拮抗剂)。其在大肠杆菌和铜绿假单胞菌中的 Kd 值分别为 1.15 μM 和 3.57 μM。D13-9001 具有抗菌活性。
D13-9001(CAS 957471-96-4)是一种强效的细菌多药外排泵抑制剂,特异性靶向 AcrB(AcrAB-TolC 外排泵亚基)和 MexB(MexAB-OprM 外排泵亚基)。它通过阻断抗生素从细菌细胞中的外排而发挥抗菌活性,从而恢复抗生素对耐药菌株的疗效。D13-9001 被用于抗菌药物研究,以探索多药耐药机制。
生物活性&实验参考方法
靶点
D13-9001 targets AcrB, the inner membrane component of the AcrAB-TolC efflux pump in Escherichia coli, and MexB, the corresponding component in Pseudomonas aeruginosa. These efflux pumps are major contributors to multidrug resistance in Gram-negative bacteria. By inhibiting AcrB and MexB, D13-9001 prevents the active extrusion of antibiotics from bacterial cells.
体外研究 (In Vitro)
D13-9001 具有良好的安全性和溶解性[3]。体外实验表明,D13-9001 与大肠杆菌中的 AcrB 结合的 Kd 值为 1.15 μM,与铜绿假单胞菌中的 MexB 结合的 Kd 值为 3.57 μM。它通过阻断外排泵功能发挥抗菌活性。研究人员利用分子动力学模拟研究了该化合物的抑制机制,以了解其与这些外排泵的结合相互作用。
体内研究 (In Vivo)
在第7天结束时,患有致命性肺炎的大鼠对D13-9001(1.25–20 mg/kg;静脉输注;2小时)的治疗反应优于单独使用AZT[3]。
已发表的文献中关于D13-9001体内活性的数据有限。作为一种外排泵抑制剂,它在恢复抗生素对多重耐药菌感染的疗效方面具有潜在应用价值。需要进一步的体内研究来评估其在动物感染模型中的疗效,并阐明其药代动力学和药效学特性。
酶活实验
使用纯化的AcrB或MexB蛋白进行D13-9001的体外酶/受体结合试验。采用表面等离子共振(SPR)或等温滴定量热法(ITC)测定结合亲和力,以确定Kd值。或者,通过测量化合物存在下细菌细胞中荧光底物或放射性标记抗生素的积累来评估外排泵抑制作用。
细胞实验
D13-9001 的体外细胞活性测定采用表达 AcrB 或 MexB 外排泵的细菌菌株。将细菌与该化合物在荧光外排底物或抗生素存在下进行处理,并通过荧光法或放射性标记计数法测量细胞内底物的积累。外排活性的降低程度被量化,并与未处理的对照组进行比较。
动物实验
动物/疾病模型: SD 大鼠(铜绿假单胞菌 PAM1020 肺部感染)[3]
剂量: 1.25 mg/kg、5 mg/kg、20 mg/kg
给药途径: 静脉输注;2 小时
实验结果: 1.25 mg/kg 时,D13-9001 5 mg/kg 和 20 mg/kg 与 AZT 1000 mg/kg 联合使用可提高第 7 天的存活率,而单独使用 AZT 治疗未观察到显著效果。
D13-9001 的体内动物实验方案尚未得到充分记录。作为一种潜在的抗生素佐剂,体内研究通常涉及对细菌感染小鼠模型进行给药。该化合物可单独使用或与抗生素联合使用,疗效将通过测量细菌载量、存活率和感染消退情况来评估。
药代性质 (ADME/PK)
D13-9001的药代动力学性质尚未得到系统表征。该化合物的分子量为693.78,分子式为C₃₁H₃₉N₁₁O₆S。应以粉末形式在-20°C下保存,最长可达3年。该化合物可溶于DMSO。需要进一步的药代动力学研究来确定其吸收、分布、代谢和排泄情况。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
关于D13-9001的毒理学数据报道不多。作为一种研究用化合物,其安全性尚未经过全面的临床前毒理学研究的正式评估。该化合物仅供研究用途,未经批准用于人体治疗。处理该化合物时应遵循标准的实验室安全预防措施。
参考文献

[1]. Recent advances toward a molecular mechanism of efflux pump inhibition. Front Microbiol. 2015 May 5; 6:421.

[2]. Insights into the Inhibitory Mechanism of D13-9001 to the Multidrug Transporter AcrB through Molecular Dynamics Simulations. J Phys Chem B. 2016 Mar 10;120(9):2145-54.

[3]. MexAB-OprM specific efflux pump inhibitors in Pseudomonas aeruginosa. Part 7: highly soluble and in vivo active quaternary ammonium analogue D13-9001, a potential preclinical candidate. Bioorg Med Chem. 2007 Nov 15;15(22):7087-97.

其他信息
D13-9001 是一种强效外排泵抑制剂,CAS 编号为 957471-96-4,分子式为 C₃₁H₃₉N₁₁O₆S,分子量为 693.78。它靶向 AcrB (Kd = 1.15 μM) 和 MexB (Kd = 3.57 μM)。该化合物具有抗菌活性,并被用于抗菌素耐药性研究。本产品仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C31H39N11O6S
分子量
693.776463747025
精确质量
693.28
CAS号
957471-96-4
PubChem CID
17757337
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
LogP
2.5
tPSA
239
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
13
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
49
分子复杂度/Complexity
1460
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CC(C)(C)C1=CSC(=N1)NC(=O)C2=CC3=NC(=C(C(=O)N3C=C2)/C=C/C4=NNN=N4)N5CCC[C@H](C5)OC(=O)NCC[N+](C)(C)CC(=O)[O-]
InChi Key
RVJNIKFVEAWLQC-HXUWFJFHSA-N
InChi Code
InChI=1S/C31H39N11O6S/c1-31(2,3)22-18-49-29(33-22)35-27(45)19-10-13-41-24(15-19)34-26(21(28(41)46)8-9-23-36-38-39-37-23)40-12-6-7-20(16-40)48-30(47)32-11-14-42(4,5)17-25(43)44/h8-10,13,15,18,20H,6-7,11-12,14,16-17H2,1-5H3,(H3-,32,33,35,36,37,38,39,43,44,45,47)/t20-/m1/s1
化学名
2-[2-[[(3R)-1-[8-[(4-tert-butyl-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-4-oxo-3-[(E)-2-(2H-tetrazol-5-yl)ethenyl]pyrido[1,2-a]pyrimidin-2-yl]piperidin-3-yl]oxycarbonylamino]ethyl-dimethylazaniumyl]acetate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.4414 mL 7.2069 mL 14.4138 mL
5 mM 0.2883 mL 1.4414 mL 2.8828 mL
10 mM 0.1441 mL 0.7207 mL 1.4414 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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