| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 5mg |
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| 10mg |
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| 25mg |
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| 50mg |
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| 100mg |
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| Other Sizes |
| 靶点 |
dBRD9 targets BRD9 (bromodomain-containing protein 9, a subunit of the human BAF/SWI/SNF nucleosome remodeling complex) and cereblon (CRBN, a component of the E3 ubiquitin ligase complex). . [1]
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|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
尽管 dBRD9(0.5-5000 nM;4 小时)确实集中了 MOLM-13 细胞中 BRD9 表达的减少,但肌动蛋白、BRD4 和 BRD7 表达并未受到显着影响 [1]。在 MOLM-13 细胞中,dBRD9 (100 nM;2 h) 对 BRD9 具有选择性 [1]。 EOL-1 和 MOML-13 细胞系表现出 dBRD9 的抗增殖作用 (7 d) [1]。
1. dBRD9是一种双功能配体,通过桥接BRD9与CRBN-DDB1 E3泛素连接酶复合物,介导BRD9的降解;其效能较亲本BRD9靶向配体显著增强10-100倍。[1] 2. 在MOLM-13急性髓系白血病(AML)细胞中,经dBRD9处理4小时后,免疫印迹检测(以肌动蛋白actin为内参)显示BRD9呈剂量依赖性降解。[1] 3. dBRD9具有高度的生化和细胞选择性:免疫印迹结果显示,其对MOLM-13细胞中其他含溴结构域蛋白(BRD7、BRD4)的表达无显著影响;溴结构域选择性分析(Bromoscan,噬菌体展示溴结构域位移实验)证实其对BRD9具有特异性结合能力。[1] 4. MM.1S细胞中的机制研究表明,dBRD9诱导的BRD9降解依赖泛素-蛋白酶体途径:预先用蛋白酶体抑制剂卡非佐米(carfilzomib)、NEDD8激活酶抑制剂MLN-4924或CRBN配体来那度胺(lenalidomide)处理细胞4小时,可阻断dBRD9介导的BRD9降解;预先用BRD9溴结构域抑制剂I-BRD9处理也可抵消该效应;此外,在CRBN敲除细胞(MM.1SCRBN−/−)中,dBRD9无法降解BRD9,证实其依赖CRBN发挥作用。[1] 5. 在MOLM-13细胞中,dBRD9诱导的BRD9降解具有时间依赖性:用100 nM dBRD9处理不同时间后,免疫印迹检测显示BRD9蛋白水平随时间显著降低。[1] 6. 对MOLM-13细胞的全细胞裂解液蛋白质组学分析(五重复实验)显示,用100 nM dBRD9处理2小时后(以DMSO为对照),仅BRD9的相对丰度发生显著变化,其余7325种定量蛋白均无明显改变,证实其选择性。[1] 7. dBRD9影响培养的人白血病细胞活力:用dBRD9处理EOL-1和MOLM-13细胞7天后,ATP-Lite实验(四重复均值±标准误)显示细胞活力下降;在MOLM-13 AML细胞中转入重组BRD9基因后,该抑制效应可被逆转(以空载体为对照)。[1] 8. AlphaScreen实验(四重复均值±标准误)证实,dBRD9可促进重组BRD9溴结构域(BRD9(bd))与CRBN-DDB1形成三元复合物;平行实验显示其无法促进BRD4(1)溴结构域与CRBN-DDB1形成复合物,进一步验证选择性。[1] |
| 酶活实验 |
1. BRD9溴结构域位移实验(AlphaScreen):以重组BRD9溴结构域(BRD9(bd))为靶点,检测dBRD9的位移活性;实验设四重复,结果以载体归一化位移值±标准误表示,用于评估dBRD9与BRD9(bd)的结合能力。[1]
2. CRBN-DDB1三元复合物形成实验(AlphaScreen):将重组BRD9(bd)与CRBN-DDB1蛋白与dBRD9共同孵育,通过AlphaScreen检测三元复合物的形成;实验设四重复,结果以载体归一化值±标准误表示;同时以重组BRD4(1)溴结构域进行平行实验,验证dBRD9的选择性(不促进BRD4(1)与CRBN-DDB1形成复合物)。[1] 3. 溴结构域选择性实验(Bromoscan):采用噬菌体展示的多种溴结构域,检测dBRD9对不同溴结构域的位移能力,明确其对BRD9的优先结合选择性。[1] |
| 细胞实验 |
蛋白质印迹分析[1]
细胞类型: MOLM-13 细胞。 测试浓度:0.5、5、50、500 和 5000 nM。 孵化持续时间:4小时。 实验结果:BRD9的表达减少。 1. 免疫印迹检测BRD9降解:将MOLM-13或MM.1S细胞用不同浓度或不同时间的dBRD9处理(时间依赖性实验采用100 nM浓度),制备细胞裂解液后,通过免疫印迹检测BRD9蛋白水平(以actin为内参);选择性验证实验中,同时检测MOLM-13细胞中BRD7和BRD4的蛋白水平。[1] 2. 机制验证实验:MM.1S细胞预先用载体、I-BRD9(BRD9抑制剂)、来那度胺(CRBN配体)、卡非佐米(蛋白酶体抑制剂,预先处理30分钟)或MLN-4924(NEDD8激活酶抑制剂)处理4小时,再用100 nM dBRD9处理2小时,通过免疫印迹检测BRD9降解情况(以actin为内参);同时将MM.1Swt和MM.1SCRBN−/−细胞用不同剂量dBRD9处理4小时,免疫印迹检测BRD9水平。[1] 3. 细胞活力实验:EOL-1和MOLM-13白血病细胞用不同浓度dBRD9处理7天,采用ATP-Lite实验检测细胞活力(四重复均值±标准误);拯救实验中,MOLM-13细胞先转入重组BRD9基因或空载体,再用dBRD9处理,同样通过ATP-Lite实验评估细胞活力。[1] 4. 全细胞蛋白质组学分析:MOLM-13细胞用100 nM dBRD9或DMSO载体处理2小时(五重复实验),制备全细胞裂解液后对7326种蛋白进行定量分析,计算每种蛋白的相对丰度倍数变化及对应的q值,评估dBRD9的选择性。[1] |
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
1. dBRD9 is the first BRD9-directed chemical degrader, designed through iterative optimization of heterobifunctional ligands. [1]
2. The mode of action of dBRD9 involves recruiting the CRBN E3 ubiquitin ligase to BRD9, leading to BRD9 ubiquitination and subsequent degradation via the proteasome pathway. [1] 3. dBRD9 resolves bromodomain polypharmacology in BRD9-targeting agents and serves as a powerful tool for investigating BRD9 function beyond acetyl-lysine recognition. [1] 4. BRD9 has emerged as an attractive therapeutic target in cancer, particularly in acute myeloid leukemia. [1] 5. dBRD9 belongs to the class of naphthiridinone-based BRD9 degraders, with improved biochemical and cellular selectivity compared to earlier thienopyridinone-based degraders. [1] |
| 分子式 |
C40H45N7O10
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|---|---|
| 分子量 |
783.826209783554
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| 精确质量 |
783.322
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| CAS号 |
2170679-45-3
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| 相关CAS号 |
dBRD9 dihydrochloride;2341840-98-8
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| PubChem CID |
135397681
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| 外观&性状 |
Light yellow to yellow solid powder
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| LogP |
0.9
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| tPSA |
198
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| 氢键供体(HBD)数目 |
3
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| 氢键受体(HBA)数目 |
13
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| 可旋转键数目(RBC) |
18
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| 重原子数目 |
57
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| 分子复杂度/Complexity |
1500
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| 定义原子立体中心数目 |
0
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| SMILES |
O=C1C(CCC(N1)=O)N1C(C2C=CC=C(C=2C1=O)NCCOCCOCCNC(CN(C)CC1C(=CC(=CC=1OC)C1=CN(C)C(C2C=NC=CC1=2)=O)OC)=O)=O
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| InChi Key |
AIOCFZJGGGEWDK-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C40H45N7O10/c1-45(21-29-32(54-3)18-24(19-33(29)55-4)28-22-46(2)38(51)27-20-41-11-10-25(27)28)23-35(49)43-13-15-57-17-16-56-14-12-42-30-7-5-6-26-36(30)40(53)47(39(26)52)31-8-9-34(48)44-37(31)50/h5-7,10-11,18-20,22,31,42H,8-9,12-17,21,23H2,1-4H3,(H,43,49)(H,44,48,50)
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| 化学名 |
2-((2,6-Dimethoxy-4-(2-methyl-1-oxo-1,2-dihydro-2,7-naphthyridin-4-yl)benzyl)(methyl)amino)-N-(2-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)ethoxy)ethoxy)ethyl)acetamide
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| 别名 |
dBRD-9; dBRD 9; dBRD9
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO : ~100 mg/mL (~127.58 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 :Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案: 1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL; 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用! 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.2758 mL | 6.3789 mL | 12.7579 mL | |
| 5 mM | 0.2552 mL | 1.2758 mL | 2.5516 mL | |
| 10 mM | 0.1276 mL | 0.6379 mL | 1.2758 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);
4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度: mg/mL;
DMSO母液配制方法: mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。
体内配方配制方法:取 μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
![]() Design and characterization of thienopyridinone BRD9-targeted degraders.
Temporal and mechanistic characterization of BRD9 degradation by5. th> |
|---|
![]() Performance of thienopyrininone degraders. Napthiridinone degrader6(dBRD9) offers improved biochemical and cellular selectivity.Angew Chem Int Ed Engl.2017May 15;56(21):5738-5743. td> |
![]() Impact of BRD9 degradation on cultured human leukemia lines.Angew Chem Int Ed Engl.2017May 15;56(21):5738- td> |