EM-127

目录号: V42256 纯度: ≥98%
EM127(化合物 11c)是一种选择性、高亲和力、位点特异性共价/不可逆的 SMYD3 抑制剂(KD=13 μM)。
EM-127 CAS号: 1886879-71-5
产品类别: New3
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
EM127(化合物11c)是一种选择性高亲和力且位点特异性的SMYD3共价/不可逆抑制剂(KD=13 μM)。EM127能有效抑制ERK1/2磷酸化,并降低SMYD3靶基因的转录调控。EM127能有效且永久性地减弱甲基转移酶活性。EM127可用于癌症研究,尤其适用于SMYD3阳性肿瘤的研究。
EM-127(CAS号:1886879-71-5,化合物11c)是一种高选择性、高亲和力(KD=13 microM)、位点特异性、共价且不可逆的组蛋白甲基转移酶SET和MYND结构域蛋白3(SMYD3)抑制剂。它能有效且永久性地抑制SMYD3甲基转移酶活性,使其成为研究SMYD3阳性肿瘤的宝贵工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
The target is the SET and MYND domain-containing protein 3 (SMYD3), a histone methyltransferase that methylates histone H3 at lysine 4 (H3K4) and also non-histone proteins. EM-127 is a covalent inhibitor, meaning it forms a permanent chemical bond with its target, leading to sustained inhibition. This is indicated by its KD value of 13 microM.
体外研究 (In Vitro)
在MDA-MB-231和HCT116细胞中,EM127(5 μM;24、48和72小时)表现出强烈的抗增殖作用[1]。当MDA-MB-231细胞中SMYD3表达水平较低或被敲除时,EM127(5 μM;24、48和72小时)不影响SMYD3的表达。然而,它可以降低SMYD3靶基因的表达[1]。在HCT116和MDA-MB-231细胞中,EM127(1、3.5和5 μM;48和72小时)以剂量和时间依赖的方式降低ERK1/2的磷酸化水平[1]。
在细胞实验中,5 uM 的 EM-127 对 MDA-MB-231(乳腺癌)和 HCT116(结肠癌)细胞系均表现出显著的抗增殖作用。它能以剂量和时间依赖的方式有效抑制 ERK1/2 的磷酸化,并降低 SMYD3 靶基因的转录调控。当 SMYD3 被敲低时,这种作用消失,证实了其靶向特异性。
体内研究 (In Vivo)
虽然EM-127的具体体内数据尚未广泛发表,但其强大的体外抗增殖活性和作用机制表明其具有潜在的体内疗效。作为一种共价抑制剂,它能够在体内持续靶向作用。相关研究通常会采用SMYD3阳性乳腺癌或结肠癌的小鼠异种移植模型来评估其对肿瘤生长的抑制作用。
酶活实验
尽管EM-127的具体实验方案尚未详述,但典型的共价SMYD3抑制剂生化检测方法涉及时间依赖性分析。将纯化的重组SMYD3酶与化合物预孵育不同时间(例如0-60分钟),然后稀释至化合物浓度低于其解离常数(KD)。使用肽底物和3H-SAM测定剩余的甲基转移酶活性,随后在滤板上检测3H标记的组蛋白肽。
细胞实验
细胞增殖实验[1]
细胞类型: MDA-MB-231、HCT116 细胞
测试浓度: 5 μM
孵育时间: 24、48、72 小时
实验结果: 48 小时后细胞增殖显著延迟。

RT-PCR[1]
细胞类型: MDA-MB-231 细胞
测试浓度: 0.5、3.5、5 μM
孵育时间: 48 小时
实验结果: 已知的 SMYD3 调控基因 CDK2 和 C-MET 的表达显著降低。细胞外基质成分纤连蛋白1 (FN1) 和N-钙黏蛋白 (N-CAD) 的mRNA丰度降低。

蛋白质印迹分析[1]
细胞类型: HCT116、MDA-MB-231细胞
测试浓度: 1、3.5、5 μM
孵育时间: 48、72小时
实验结果: 在相同浓度下,ERK1/2磷酸化减弱并诱导PARP加工,从而延缓细胞增殖。
为了评估 EM-127 的细胞活性,将 MDA-MB-231 或 HCT116 细胞接种于 96 孔板中,并用不同浓度的 EM-127(例如 0.1-10 uM)处理 48-72 小时。使用 CellTiter-Glo 发光法检测细胞活力。为了进行机制研究,将细胞用 5 uM EM-127 处理 24-72 小时,裂解细胞,并使用针对总 ERK1/2、磷酸化 ERK1/2、裂解型 PARP 和 SMYD3 靶基因产物的抗体进行 Western blot 分析。
动物实验
目前尚无详细的体内动物实验方案。本研究拟在雌性裸鼠体内建立MDA-MB-231异种移植瘤模型。待肿瘤达到一定大小(例如100-150 mm³)后,将小鼠随机分为治疗组和对照组。EM-127将通过合适的给药途径(例如腹腔注射或静脉注射)每日或隔日给药。每周测量两次肿瘤体积和小鼠体重。研究结束时,切除肿瘤组织,用于分析SMYD3靶基因表达和ERK1/2磷酸化水平。
药代性质 (ADME/PK)
现有文献并未详细描述EM-127的具体药代动力学特性。然而,作为一种共价抑制剂,其药效学效应(靶点抑制持续时间)预计会超过其药代动力学持续时间。这种“速效”机制是不可逆抑制剂的特征,可能使其在间歇给药的情况下也能保持持久疗效。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
公开文献中未提供EM-127的详细毒理学数据。初步安全性评估通常会在体内疗效研究期间进行,通过监测体重、动物整体健康状况以及对主要器官进行组织病理学分析来完成。作为一种共价修饰剂,脱靶选择性是其安全性的一个关键因素。
参考文献

[1]. Discovery of the 4-aminopiperidine-based compound EM127 for the site-specific covalent inhibition of SMYD3. European Journal of Medicinal Chemistry, 2022: 114683.

其他信息
SMYD3是一种组蛋白甲基转移酶,在多种癌症中过度表达,因此是一种很有前景的抗癌药物靶点。作为一种共价抑制剂,EM-127能够延长靶点结合时间,并具有持续疗效的潜力。截至目前,EM-127仍处于研究阶段,尚未经过临床试验评估或获准上市。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C14H18CLN3O3
分子量
311.76
精确质量
311.103
CAS号
1886879-71-5
PubChem CID
118949515
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
1.2
tPSA
75.4
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
21
分子复杂度/Complexity
408
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1C(C(NC2CCN(C(CCl)=O)CC2)=O)=NOC=1C1CC1
InChi Key
OENTXAYVUCLRJQ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C14H18ClN3O3/c15-8-13(19)18-5-3-10(4-6-18)16-14(20)11-7-12(21-17-11)9-1-2-9/h7,9-10H,1-6,8H2,(H,16,20)
化学名
N-[1-(2-chloroacetyl)piperidin-4-yl]-5-cyclopropyl-1,2-oxazole-3-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~25 mg/mL (~80.19 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.2076 mL 16.0380 mL 32.0760 mL
5 mM 0.6415 mL 3.2076 mL 6.4152 mL
10 mM 0.3208 mL 1.6038 mL 3.2076 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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