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Gramicidin A

别名: Valinegramicidin A; Valyl gramicidin A; Gramicidin A; 11029-61-1; 1-L-Valinegramicidin A; 4419-81-2; Gramicidin A, 1-L-valine-; GNF-Pf-2578; 1-L-Valinegramicidin A;
目录号: V3684 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
短杆菌肽 A 是短杆菌肽的天然肽成分，短杆菌肽是一种最初从短杆菌中分离出来的抗生素混合物。
Gramicidin A CAS号: 11029-61-1
产品类别: Bacterial
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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Other Forms of Gramicidin A:

  • Gramicidin A TFA
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产品描述
短杆菌肽 A 是短杆菌肽中天然存在的肽成分，短杆菌肽是一种最初从短杆菌中分离出来的抗生素混合物。 Gramicidin A 诱导缺氧诱导因子 1 α (HIF-1α) 降解。
生物活性&实验参考方法
靶点
HIF-1α/hypoxia inducible factor 1 α
体外研究 (In Vitro)
短杆菌肽 A 对革兰氏阳性菌株（包括对多种药物耐药的菌株）表现出强大的广谱抗生素活性[1]。短杆菌肽 A 的一个缺点是其高溶血活性[1]。
与莫能菌素 (HY-N4302) 类似，短杆菌肽 A（0.1 nM–10 μM，72 小时）会降低 RCC 细胞系的活力[2]。 VHL 和 HIF-1α 表达均不会显着影响短杆菌肽 A 的细胞敏感性[2]。在肾细胞癌细胞中，短杆菌肽 A（1 和 10 μM，48 或 72 小时）会导致非凋亡细胞死亡[2]。在肾细胞癌细胞中，短杆菌肽 A（0–10 μM，24 小时）会导致代谢功能障碍并消耗细胞能量[2]。
HIF-1α 和 HIF-2α 蛋白表达、HIF 转录活性和靶基因表达均降低通过短杆菌肽 A（0–1 μM，24-72 小时）[3]。
体内研究 (In Vivo)
短杆菌肽 A（0.11 mg/kg；瘤内注射；每周两次，持续 14 天）可抑制 RCC 肿瘤异种移植物的生长[2]。
短杆菌肽 A（0.22 mg/kg；腹腔注射；每周 3 次）连续 26 天）阻止表达 VHL 的 RCC 肿瘤异种移植物生长和血管生成[3]。
细胞实验
细胞系：A498、786-O、Caki-1、SN12C、ACHN、UMRC6、UMRC6+VHL、HEK293T+pcDNA3、HEK293T+HA-HIF-1α、HEK293T+HA-HIF-1α-mut
浓度：0.1 nM-10 μM
孵育时间：72 小时
结果：降低针对 A498、786-O、Caki-1、SN12C、ACHN、UMRC6、UMRC6+VHL、HEK293T+pcDNA3、HEK293T+HA-HIF 的活力-1α 和 HEK293T+HA-HIF-1α-mut 细胞，IC50 分别为 0.420、0.430、0.228、0.104、0.783、0.253、0.425、0.057、0.058 和 0.067 μM。
动物实验
动物模型：将6至8周龄的无毛雌性Nu/J小鼠皮下注射1.0 × 10^6个SN12C细胞悬液（溶于生长因子浓度降低50%的Matrigel溶液中）[2]。
剂量：0.11 mg/kg体重
给药途径：瘤内注射，每周两次，持续14天
结果：平均肿瘤体积缩小约40%，且未见明显毒性。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
16132269 小鼠口服LD50 1 gm/kg CRC抗生素化合物手册，第1卷-，Berdy, J.，Boca Raton, FL，CRC出版社，1980，4(1)(240)，1980
16132269 小鼠腹腔注射LD50 60 mg/kg CRC抗生素化合物手册，第1卷-，Berdy, J.，Boca Raton, FL，CRC出版社，1980，4(1)(240)，1980
16132269 小鼠静脉注射LD50 5 mg/kg CRC抗生素化合物手册，第1卷-，Berdy, J.，Boca Raton, FL，CRC出版社，1980，4(1)(240)，1980
参考文献

[1]. Discovery of gramicidin A analogues with altered activities by multidimensional screening of a one-bead-one-compound library. Nat Commun. 2020 Oct 1;11(1):4935.

[2]. Gramicidin A induces metabolic dysfunction and energy depletion leading to cell death in renal cell carcinoma cells. Mol Cancer Ther. 2013 Nov;12(11):2296-307.

[3]. Gramicidin A blocks tumor growth and angiogenesis through inhibition of hypoxia-inducible factor in renal cell carcinoma. Mol Cancer Ther. 2014 Apr;13(4):788-99.

其他信息
短芽孢杆菌（Bacillus brevis）产生的一组肽类抗生素。革兰氏菌素C或S是一种环状的十氨基酸多肽，而革兰氏菌素A、B、D是线性的。革兰氏菌素是酪氨酸菌素（TYROTHRICIN）的两种主要成分之一。
革兰氏菌素A（1）是一种肽类抗生素，它通过在脂质双层中形成离子通道来破坏跨膜离子浓度梯度。尽管它已在临床上应用多年，但由于其强烈的溶血活性和对哺乳动物的细胞毒性（可能源于其共同的离子转运机制），其应用受到限制。本文报道了一种用于发现具有不同生物活性谱的化合物1类似物的整合高通量策略。我们设计了4096个类似物结构，以保持化合物1的电荷中性、疏水性和通道形成特性。通过类似物的合成、串联质谱测序和3次微量筛选，我们最终鉴定出10个具有代表性的类似物。重新合成和详细的功能评价发现，所有10种类似物均具有相似的离子通道功能，但细胞毒性、溶血性和抗菌活性各不相同。我们的大规模构效关系研究表明，开发能够选择性地诱导靶生物体毒性的化合物1类似物是可行的。[1]
离子载体是脂溶性有机分子，它们通过使生物膜对特定离子通透来破坏细胞跨膜电位。它们包括与金属阳离子络合的移动载体和插入膜中形成亲水孔的通道形成剂。尽管移动载体具有抗癌特性，但对通道形成剂的研究却很有限。在此，我们使用通道形成型离子载体革兰氏菌素A来研究其对肾细胞癌（RCC）细胞生长和存活的影响。RCC是一种组织学异质性很强的恶性肿瘤，对传统疗法具有高度耐药性。我们发现，革兰氏菌素A在亚微摩尔浓度下即可降低多种肾细胞癌（RCC）细胞系的体外活力（所有IC50均<1.0 μmol/L）。革兰氏菌素A对RCC细胞的毒性与组织学亚型、von Hippel-Lindau肿瘤抑制基因及其下游靶基因缺氧诱导因子-1α的表达无关。革兰氏菌素A降低细胞活力的效果与载体莫能菌素相当或更强，具体效果取决于细胞系。机制研究表明，革兰氏菌素A通过抑制氧化磷酸化和糖酵解来阻断ATP生成，导致细胞能量耗竭和非凋亡性细胞死亡。此外，革兰氏菌素A还能有效抑制体内RCC肿瘤异种移植瘤的生长。这些结果揭示了革兰氏菌素A作为RCC潜在治疗药物的新应用前景。 [2]
离子载体是疏水性有机分子，它们通过增加细胞膜对特定离子的通透性来破坏细胞跨膜电位。革兰氏菌素A是一种形成通道的离子载体，它能形成亲水性膜孔，允许一价阳离子快速通过。此前，我们发现革兰氏菌素A可诱导肾细胞癌（RCC）细胞系发生细胞能量应激和细胞死亡。RCC是一种难治性癌症，其特征是转录因子缺氧诱导因子（HIF）的组成型激活。本文中，我们证实革兰氏菌素A可抑制RCC细胞中的HIF。我们发现，在常氧和缺氧条件下，革兰氏菌素A均能使HIF-1α和HIF-2α蛋白不稳定，进而降低HIF的转录活性和多种缺氧反应基因的表达。机制研究表明，革兰氏菌素A通过上调von Hippel-Lindau (VHL)肿瘤抑制蛋白的表达，加速O₂依赖性的HIF下调，VHL靶向羟基化的HIF进行蛋白酶体降解。此外，革兰氏菌素A可抑制人肾细胞癌异种移植瘤的生长，且未对小鼠造成显著毒性。革兰氏菌素A处理的肿瘤也表现出与HIF依赖性血管生成抑制相一致的生理和分子特征。综上所述，这些结果表明革兰氏菌素A作为一种强效的HIF抑制剂，在表达VHL的肾细胞癌中发挥着抑制肿瘤生长和血管生成的新作用。[3]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C99H140N20O17
分子量
1882.29000
精确质量
1881.07
元素分析
C, 63.17; H, 7.50; N, 14.88; O, 14.45
CAS号
11029-61-1
相关CAS号
Gramicidin A TFA
PubChem CID
16132269
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
11.262
tPSA
548.99
氢键供体(HBD)数目
21
氢键受体(HBA)数目
17
可旋转键数目(RBC)
52
重原子数目
136
分子复杂度/Complexity
3980
定义原子立体中心数目
14
SMILES
OCCNC([C@@H](NC(CNC([C@@H](NC(CNC([C@@H](NC(CNC([C@@H](NC([C@H](NC([C@@H](NC)C(C)C)=O)C(C)C)=O)CC1C2=CC=CC=C2NC=1)=O)=O)CC1C2=CC=CC=C2NC=1)=O)=O)CC1C2=CC=CC=C2NC=1)=O)=O)CC1C2=CC=CC=C2NC=1)=O
InChi Key
ZWCXYZRRTRDGQE-LUPIJMBPSA-N
InChi Code
InChI=1S/C99H140N20O17/c1-51(2)37-73(109-86(123)59(17)107-81(122)49-105-96(133)82(55(9)10)106-50-121)89(126)108-60(18)87(124)117-84(57(13)14)98(135)119-85(58(15)16)99(136)118-83(56(11)12)97(134)116-80(44-64-48-104-72-34-26-22-30-68(64)72)95(132)112-76(40-54(7)8)92(129)115-79(43-63-47-103-71-33-25-21-29-67(63)71)94(131)111-75(39-53(5)6)91(128)114-78(42-62-46-102-70-32-24-20-28-66(62)70)93(130)110-74(38-52(3)4)90(127)113-77(88(125)100-35-36-120)41-61-45-101-69-31-23-19-27-65(61)69/h19-34,45-48,50-60,73-80,82-85,101-104,120H,35-44,49H2,1-18H3,(H,100,125)(H,105,133)(H,106,121)(H,107,122)(H,108,126)(H,109,123)(H,110,130)(H,111,131)(H,112,132)(H,113,127)(H,114,128)(H,115,129)(H,116,134)(H,117,124)(H,118,136)(H,119,135)/t59-,60-,73+,74+,75+,76+,77-,78-,79-,80-,82-,83+,84+,85-/m0/s1
化学名
(2R)-2-[[(2S)-2-[[2-[[(2S)-2-formamido-3-methylbutanoyl]amino]acetyl]amino]propanoyl]amino]-N-[(2S)-1-[[(2R)-1-[[(2S)-1-[[(2R)-1-[[(2S)-1-[[(2R)-1-[[(2S)-1-[[(2R)-1-[[(2S)-1-[[(2R)-1-[[(2S)-1-(2-hydroxyethylamino)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]-4-methylpentanamide
别名
Valinegramicidin A; Valyl gramicidin A; Gramicidin A; 11029-61-1; 1-L-Valinegramicidin A; 4419-81-2; Gramicidin A, 1-L-valine-; GNF-Pf-2578; 1-L-Valinegramicidin A;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意： 请将本产品存放在密封且受保护的环境中，避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.5313 mL 2.6563 mL 5.3127 mL
5 mM 0.1063 mL 0.5313 mL 1.0625 mL
10 mM 0.0531 mL 0.2656 mL 0.5313 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

  • Structures of compounds used in this study.[1].Nat Commun. 2020 Oct 1;11(1):4935.

  • Pilot study and construction of the 1-based OBOC library.[1].Nat Commun. 2020 Oct 1;11(1):4935.

  • Evaluation and classification of the 1-based OBOC library.[1].Nat Commun. 2020 Oct 1;11(1):4935.

  • Structures and four activities of the 10 selected analogues of gramicidin A.[1].Nat Commun. 2020 Oct 1;11(1):4935.
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