KD-8

目录号: V41903 纯度: ≥98%
KD-8是一种新型KRAS G12D抑制剂,具有抗癌活性。
KD-8 CAS号: 2765254-39-3
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
KD-8 是一种新型的 KRAS G12D 抑制剂,具有抗癌活性。KD-8 对三种 KRAS G12D 突变细胞(Panc1、SW1990 和 CT26)均表现出较高的抗增殖活性,平均 IC50 值为 2.1 μM。KD-8 可降低 KRAS G12D 突变癌细胞系(CT26 和 SW1990)中 KRAS 的活性形式(KRAS-GTP),但对 KRAS G13D 突变癌细胞(HCT116)无此作用。此外,KD-8 可下调 CT26 和 SW1990 癌细胞系中磷酸化 Raf 和 Erk 的水平,但对 HeLa 细胞(KRAS WT)无此作用。等温滴定量热法 (ITC) 进一步证实了 KD-8 与 KRAS G12D 蛋白的结合亲和力,其解离常数 (KD) 为 33 nM。此外,KD-8(40 mg/kg 或 60 mg/kg)在 CT26 肿瘤模型中表现出显著的抗肿瘤疗效,肿瘤生长抑制率 (TGI) 分别为 42% 和 53%,且未观察到明显的毒性。综上所述,以上结果表明 KD-8 是一种有前景的 KRAS G12D 抑制剂,值得进一步研究。
KD-8(CAS号:2765254-39-3),又称KRAS G12D抑制剂14,是一种新型噻吩并[2,3-d]嘧啶类小分子,可作为KRAS G12D突变体的共价抑制剂。该化合物直接与KRAS G12D癌蛋白结合,该癌蛋白在胰腺癌、结直肠癌和非小细胞肺癌中普遍存在,KD-8可降低活性KRAS-GTP的水平并下调下游MAPK信号通路,从而抑制KRAS G12D驱动的癌症的生长。
生物活性&实验参考方法
靶点
The compound targets the active GTP-bound state of the KRAS G12D mutant, binding to the switch-II (S-II) pocket. KD-8 is a covalent inhibitor, and its ability to suppress KRAS G12D activity is demonstrated by decreased levels of active KRAS-GTP in KRAS G12D-mutant cancer cells, with selectivity for G12D over G13D and wild-type KRAS. By binding to KRAS G12D, it prevents downstream signaling through the RAF-MEK-ERK pathway.
体外研究 (In Vitro)
针对三种KRAS G12D突变细胞(Panc1、SW1990和CT26),KRAS G12D抑制剂14(化合物KD-8)表现出抗增殖活性,IC50值为2.1 μM。在KRAS G12D突变癌细胞系(CT26和SW1990)中,KRAS G12D抑制剂14降低了KRAS的活性形式(KRAS-GTP);然而,在KRAS G13D突变癌细胞系(HCT116)中未观察到此效应。此外,KD-8有效诱导了CT26和SW1990癌细胞的凋亡。在CT26和SW1990癌细胞系中,KRAS G12D抑制剂14下调了磷酸化Raf和Erk的表达,但在HeLa细胞(KRAS野生型)中未观察到此效应[1]。
生化分析表明,KD-8 与 KRAS G12D 蛋白的结合亲和力 (Kd) 为 33 nM,该值通过等温滴定量热法 (ITC) 测定。该化合物对三种 KRAS G12D 突变型癌细胞系(Panc1 胰腺癌细胞系、SW1990 胰腺癌细胞系和 CT26 结直肠癌细胞系)均表现出较高的抗增殖活性,平均 IC50 值为 2.1 uM。它能降低 KRAS G12D 突变型细胞系中活性 KRAS-GTP 的水平,并以剂量依赖的方式下调磷酸化 Raf 和磷酸化 Erk 的表达,但在 KRAS G13D 突变型或野生型 KRAS 细胞中未观察到此类作用。
体内研究 (In Vivo)
KRAS G12D 抑制剂 14(化合物 KD-8)(40 mg/kg 或 60 mg/kg;腹腔注射)在 CT26 肿瘤模型中显示出显著的抗癌活性,肿瘤生长抑制率 (TGI) 为 42% 或 53%,且不会引起显著的毒性 [1]。
在CT26同源小鼠肿瘤模型中,腹腔注射KD-8(40 mg/kg或60 mg/kg)显示出显著的抗癌活性,肿瘤生长抑制率(TGI)分别为42%和53%。在所测试的剂量下,该化合物未引起明显的毒性,表现为无明显的体重减轻或其他可观察到的不良反应。这些结果证实了KD-8在KRAS G12D驱动的肿瘤模型中的体内疗效。
酶活实验
采用等温滴定量热法 (ITC) 测定 KD-8 与 KRAS G12D 蛋白的结合亲和力。将纯化的重组 KRAS G12D 蛋白置于样品池中,并滴加浓缩的 KD-8 溶液。测量每次滴加过程中的热量变化,并拟合所得结合等温线以计算结合亲和力 (Kd) 和热力学参数 (ΔH, ΔS)。通过 X 射线晶体衍射或分子对接研究验证 KD-8 与 Switch II 口袋的结合模式。
细胞实验
在KRAS G12D突变细胞系(Panc1、SW1990、CT26)和对照细胞(KRAS G13D突变HCT116或KRAS野生型细胞)中评估细胞抗增殖活性。将细胞接种于96孔板中,并用不同浓度的KD-8(0.1-20 uM)处理72-96小时。使用MTT、CCK-8或CellTiter-Glo法检测细胞活力,并计算IC50值。为评估通路抑制情况,将细胞用KD-8(0.5-10 uM)处理4-24小时,裂解细胞,并使用针对KRAS、磷酸化Raf(Ser338)、磷酸化ERK(Thr202/Tyr204)、总ERK的抗体进行Western blot分析,以及进行KRAS-GTP pull-down实验。通过蛋白质印迹法检测裂解的 caspase-3 和 PARP 来评估细胞凋亡。
动物实验
在CT26同源小鼠肿瘤模型中,将CT26细胞皮下注射到6-8周龄的雌性BALB/c小鼠体内。当肿瘤平均体积达到约100-150 mm³时,将小鼠随机分组进行治疗。KD-8配制于合适的溶剂中(例如,10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween-80 + 45%生理盐水),并以40 mg/kg或60 mg/kg的剂量进行腹腔注射,通常每日一次,持续2-3周。每周两次使用游标卡尺测量肿瘤体积,并监测体重作为毒性指标。研究结束时,收集肿瘤组织,通过Western blot分析KRAS-GTP水平和磷酸化ERK,并进行组织病理学检查。
药代性质 (ADME/PK)
KD-8的具体药代动力学参数尚未公布。在小鼠疗效研究中,该化合物采用腹腔注射给药(40-60 mg/kg)。关键的药代动力学特性,例如生物利用度、半衰期和血浆/组织暴露量,需要通过实验测定。该化合物在体内观察到的疗效支持其能够达到足够的肿瘤浓度以抑制KRAS G12D。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
据报道,KD-8 在 40-60 mg/kg 的剂量下,对携带 CT26 肿瘤的小鼠未引起显著毒性,该结果通过体重监测和一般观察评估得出。目前尚无具体的血液学或组织病理学毒理学数据。然而,该化合物特异性靶向 KRAS G12D,而不靶向表达野生型 KRAS 的正常细胞,这表明其可能具有良好的安全性。临床开发需要进行全面的毒理学评估。
参考文献

[1]. Discovery of Thieno[2,3-d]pyrimidine-based KRAS G12D inhibitors as potential anticancer agents via combinatorial virtual screening. Eur J Med Chem. 2022;233:114243.

其他信息
KD-8 是一种研究级化学工具,用于研究 KRAS G12D 驱动的癌症并验证 KRAS G12D 作为治疗靶点的有效性。KRAS G12D 突变是人类癌症中最常见的 KRAS 突变之一,约 50% 的胰腺腺癌、30-40% 的结直肠癌和 15-20% 的非小细胞肺癌中存在该突变。KD-8 是一种共价抑制剂,可与 KRAS G12D 的 GTP 激活状态结合,与非共价抑制剂属于不同的药理学类别。截至最新信息,KD-8 尚未获准用于临床。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C20H19F3N4OS
分子量
420.451273202896
精确质量
420.123
CAS号
2765254-39-3
PubChem CID
163196413
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
LogP
4.5
tPSA
78.5
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
9
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
29
分子复杂度/Complexity
597
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C12CCC(NC1)CN2C1N=CN=C2SC(C3=CC(C(F)(F)F)=CC=C3OC)=CC2=1
InChi Key
DYYANULKLUNJSO-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C20H19F3N4OS/c1-28-16-5-2-11(20(21,22)23)6-14(16)17-7-15-18(25-10-26-19(15)29-17)27-9-12-3-4-13(27)8-24-12/h2,5-7,10,12-13,24H,3-4,8-9H2,1H3
化学名
4-(2,5-diazabicyclo[2.2.2]octan-2-yl)-6-[2-methoxy-5-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[2,3-d]pyrimidine
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~118.92 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.3784 mL 11.8920 mL 23.7840 mL
5 mM 0.4757 mL 2.3784 mL 4.7568 mL
10 mM 0.2378 mL 1.1892 mL 2.3784 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们