NCGC00247743

目录号: V32865 纯度: ≥98%
NCGC00247743 是组蛋白赖氨酸脱甲基酶 KDM4 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂)。
NCGC00247743 CAS号: 1435192-04-3
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
NCGC00247743 是组蛋白赖氨酸去甲基化酶 KDM4 的抑制剂(阻断剂/拮抗剂)。
NCGC00247743 是一种选择性组蛋白赖氨酸去甲基化酶 KDM4/JMJD2 家族抑制剂,其结构源自 8-羟基喹啉骨架。它是一种用于研究 KDM4 介导的表观遗传调控和癌细胞增殖的化学探针。该化合物对 KDM4 家族的不同亚型具有明显的选择性,主要用于癌症研究,以探究组蛋白去甲基化在前列腺肿瘤生长中的作用。
生物活性&实验参考方法
靶点
NCGC00247743 targets histone lysine demethylase KDM4 (also known as JMJD2 family), specifically KDM4B with high potency. It shows no or weak activity against KDM5A/JARID1A, indicating selectivity within the demethylase family. The compound inhibits the enzymatic activity of KDM4 demethylases, thereby modulating histone methylation status and downstream gene expression involved in cancer cell proliferation.
体外研究 (In Vitro)
结构-活性关系研究表明,由8-羟基喹啉(8HQ)衍生的多种化合物是KDM4E和KDM4A的强效抑制剂。这些化合物经评估对LNCaP细胞增殖的影响后,筛选出NCGC00247751 (A1)、NCGC00244536 (B3)和NCGC00247743 (I9)。这些抑制剂对LNCaP细胞生长的抑制作用显著,IC50值在μM范围内。这些化合物也能降低其他KDM4亚型的酶活性;然而,B3和A1对KDM4A、4C和4D的抑制效力和效率均低于NCGC00247743 (I9),表明这些抑制剂对多种亚型均具有活性,可能具有选择性。KDM4亚型[1]。
NCGC00247743 对 KDM4B 表现出强效的酶抑制活性,IC50 值为 10 nM。在细胞实验中,它能抑制 LNCaP 前列腺癌细胞的生长,IC50 值在微摩尔范围内。该化合物对 KDM5A/JARID1A 没有活性或活性很弱,表明其对 KDM4 家族成员具有选择性。构效关系研究表明,该化合物是 KDM4E 和 KDM4A 亚型的活性抑制剂。
体内研究 (In Vivo)
NCGC00247743 的体内活性数据有限。基于其作为 KDM4 抑制剂的作用机制,该化合物有望通过阻断雄激素受体和 BMYB 调控基因的表达来抑制肿瘤生长。该化合物已在前列腺肿瘤模型中进行研究,结果表明 KDM4 抑制可降低癌细胞增殖。需要进一步的体内研究来全面表征其药代动力学和疗效特征。
酶活实验
KDM4去甲基酶的体外酶抑制试验通常使用重组KDM4蛋白与组蛋白肽底物孵育。酶活性通过检测去甲基化产物来测定,检测方法包括使用针对甲基化赖氨酸残基的特异性抗体或质谱分析。IC50值通过将不同浓度的NCGC00247743与酶和底物孵育,然后定量剩余的甲基化底物来确定。该试验在针对每种KDM4亚型优化的缓冲液条件下,于生理pH和温度下进行。
细胞实验
对于体外细胞实验,将LNCaP前列腺癌细胞培养于适宜的培养基中,并用不同浓度的NCGC00247743处理48-72小时。采用MTT、CellTiter-Glo或直接细胞计数等标准增殖检测方法测定细胞活力。IC50值根据剂量反应曲线计算。细胞在标准培养条件下(37℃,5% CO2)培养,化合物处理通常在三个复孔中进行,以确保统计学可靠性。
动物实验
KDM4抑制剂的体内动物研究通常采用异种移植小鼠模型,将人前列腺癌细胞(例如LNCaP)皮下植入小鼠体内。荷瘤小鼠通过灌胃或腹腔注射给予不同剂量的NCGC00247743。定期使用游标卡尺测量肿瘤体积,并评估肿瘤生长抑制情况,以与载体对照组进行比较。研究结束时,收集肿瘤组织进行组织病理学和分子分析,以确认靶点结合情况和作用机制。
药代性质 (ADME/PK)
现有文献中对 NCGC00247743 的药代动力学性质记载不多。该化合物为小分子,分子量为 391.51,预计口服生物利用度中等。该化合物可溶于 DMSO(10 mM),通常配制成用于体外研究的溶液。对于体内应用,可采用使用 DMSO、PEG 或其他助溶剂的标准制剂方法。需要进一步的药代动力学研究来确定其半衰期、清除率和组织分布。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
NCGC00247743 的毒理学数据在公开领域尚不完善。作为一种研究用化学品,应遵守标准安全预防措施。该化合物仅供实验室使用,不得用于人体治疗。基于其靶向表观遗传调控因子的作用机制,潜在毒性可能与组蛋白甲基化稳态的破坏有关。治疗开发需要进行全面的毒性分析,包括遗传毒性、器官毒性和最大耐受剂量研究。
参考文献

[1]. KDM4/JMJD2 Histone Demethylase Inhibitors Block Prostate Tumor Growth by Suppressing the Expression of AR and BMYB-Regulated Genes. Chem Biol. 2015 Sep 17;22(9):1185-96.

其他信息
NCGC00247743 是一种研究级化学探针,其分子式为 C24H2₉N3O2,分子量为 391.51,结构为 8-羟基喹啉。它是一种选择性 KDM4 抑制剂,在前列腺癌研究中具有潜在应用价值。该化合物尚未获准用于临床,仅供实验室研究之用。需要进一步研究以阐明其完整的药理学特性和治疗潜力。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C24H29N3O2
分子量
391.505965948105
精确质量
391.225
CAS号
1435192-04-3
PubChem CID
89564218
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
4.2
tPSA
65.5
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
9
重原子数目
29
分子复杂度/Complexity
499
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C(NCCCCCCN(C)C)(=O)C1=CC=CC(C2=CC(O)=C3C(=C2)C=CC=N3)=C1
InChi Key
RAUALYDCIUPMKI-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C24H29N3O2/c1-27(2)14-6-4-3-5-12-26-24(29)20-10-7-9-18(15-20)21-16-19-11-8-13-25-23(19)22(28)17-21/h7-11,13,15-17,28H,3-6,12,14H2,1-2H3,(H,26,29)
化学名
N-[6-(dimethylamino)hexyl]-3-(8-hydroxyquinolin-6-yl)benzamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~62.5 mg/mL (~159.64 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.5542 mL 12.7711 mL 25.5421 mL
5 mM 0.5108 mL 2.5542 mL 5.1084 mL
10 mM 0.2554 mL 1.2771 mL 2.5542 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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