Orotidine

别名: 脲啶-6-羧酸;乳清苷;血苷
目录号: V30947 纯度: ≥98%
Orotidine,一种核苷酸,是制备/合成DNA和RNA中嘧啶核苷酸的中间产物。
Orotidine CAS号: 314-50-1
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
乳清酸核苷酸(Orotidine)是一种核苷酸,是DNA和RNA中嘧啶核苷酸合成的中间产物。乳清酸核苷酸主要存在于细菌、真菌和植物中。
乳清酸核苷酸(CAS号:314-50-1)是一种天然存在的核苷,由乳清酸(一种嘧啶)通过β-N1-糖苷键与核糖连接而成。它是嘧啶核苷酸生物合成的中间体,尤其是在尿苷单磷酸(UMP)的合成途径中。乳清酸核苷酸由乳清酸磷酸核糖转移酶(OPRT)催化乳清酸和5-磷酸核糖-1-焦磷酸(PRPP)生成。然后,它经乳清酸-5'-磷酸脱羧酶(ODC)脱羧生成UMP。
生物活性&实验参考方法
靶点
Orotidine targets the enzyme orotidine-5'-phosphate decarboxylase (ODC), which catalyzes the decarboxylation of orotidine-5'-phosphate to uridine-5'-phosphate (UMP). This is a key step in de novo pyrimidine biosynthesis. Orotidine itself is a substrate for ODC. It is also a substrate for orotate phosphoribosyltransferase (OPRT) in the reverse reaction. The compound is involved in pyrimidine metabolism.
体外研究 (In Vitro)
目前,RNA和DNA中的经典嘧啶核苷酸的从头合成途径利用乳清酸50-单磷酸酯进行合成。在此过程中,乳清酸(一种完全形成的核碱基)攻击活化的核糖基二磷酸5-磷酸酯,而不是杂环嘌呤核苷酸。这使得乳清酸苷成为唯一通过“直接分子间核基化”步骤产生的核苷酸。在糖类中,环状结构是逐个构建的[1]。体外实验中,乳清酸苷可用作酶活性测定的底物,用于测定鸟氨酸脱羧酶(ODC)和鸟氨酸脱羧酶逆转录酶(OPRT)的活性。它可以添加到细胞培养基中,用于研究嘧啶代谢和核苷酸生物合成。它还可用作分析化学中检测和定量嘧啶核苷的标准品。此外,它还可用于研究嘧啶代谢对细胞增殖和分化的影响。
体内研究 (In Vivo)
在体内,乳清酸苷是嘧啶生物合成的中间体,存在于细胞中。它通常不作为治疗药物使用。然而,鸟氨酸脱羧酶(ODC)缺陷(例如遗传性乳清酸尿症)会导致乳清酸和乳清酸苷的积累,这种情况可通过补充尿苷进行治疗。乳清酸苷水平可以作为嘧啶代谢的标志物,在体液中进行测定。
酶活实验
对于非细胞酶活性测定,乳清酸苷可用作底物来测定鸟氨酸脱羧酶 (ODC) 活性。将该酶与乳清酸苷-5'-磷酸(磷酸化形式)孵育,并测定 UMP 的生成量。乳清酸还原酶 (OPRT) 活性可通过乳清酸和 PRPP 生成乳清酸苷的反应来测定。这些测定可采用分光光度法、色谱法或放射性检测法进行。
细胞实验
在体外细胞实验中,细胞培养于含有乳清酸的培养基中。通过分析核苷酸库,可以评估其对嘧啶生物合成的影响。细胞增殖和活力可通过标准检测方法进行评估。乳清酸可用于研究嘧啶代谢的调控及其在细胞生理中的作用。
动物实验
在体内动物研究中,通常不使用乳清酸苷。然而,可以对嘧啶代谢紊乱(例如鸟氨酸脱羧酶缺乏症)的动物模型进行研究。组织和体液中的乳清酸苷水平可以作为嘧啶代谢的生物标志物进行测量。
药代性质 (ADME/PK)
药代动力学特性包括其在水和二甲基亚砜(DMSO)中的溶解性。它是一种核苷,通过核苷转运蛋白进入细胞。它经鸟氨酸脱羧酶(ODC)代谢为单甲基磷酸酯(UMP)。通常储存于-20°C。它为固体,应按照标准实验室防护措施进行操作。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
关于乳清酸的毒理学数据有限。作为一种天然存在的中间体,它通常被认为是安全的。高浓度可能影响嘧啶代谢和核苷酸池,但尚未有明显的毒性报道。它不适用于人体研究用途。
参考文献

[1]. Synthesis of orotidine by intramolecular nucleosidation. Chem Commun (Camb). 2015 Apr 4;51(26):5618-21.

[2]. A new ribose nucleoside from Neurospora; "orotidine". Proc Natl Acad Sci U S A. 1951 Jul;37(7):396-9.

其他信息
乳清酸糖苷是由乳清酸通过β-N(1)-糖苷键与核糖环连接而成的核苷。它是细菌、真菌和植物的代谢产物。乳清酸糖苷是一种嘧啶单羧酸,属于尿苷类化合物,同时也是一种核苷。据报道,乳清酸糖苷存在于葡萄(Vitis vinifera)、粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)以及其他一些具有相关数据的生物体中。乳清酸是一种天然存在的核苷,也是嘧啶生物合成的中间体。它由乳清酸转运蛋白(OPRT)生成,并由鸟氨酸脱羧酶(ODC)转化为单核苷酸多态性(UMP)。乳清酸糖苷可用作酶活性测定的底物和分析化学的标准品。它在嘧啶代谢和核苷酸生物合成中发挥着关键作用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C10H12N2O8
分子量
288.21100
精确质量
288.059
CAS号
314-50-1
PubChem CID
92751
外观&性状
White to yellow solid powder
密度
1.8±0.1 g/cm3
熔点
200ºC
折射率
1.678
LogP
-1.24
tPSA
162.08
氢键供体(HBD)数目
5
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
20
分子复杂度/Complexity
490
定义原子立体中心数目
4
SMILES
C1=C(N(C(=O)NC1=O)[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)C(=O)O
InChi Key
FKCRAVPPBFWEJD-XVFCMESISA-N
InChi Code
InChI=1S/C10H12N2O8/c13-2-4-6(15)7(16)8(20-4)12-3(9(17)18)1-5(14)11-10(12)19/h1,4,6-8,13,15-16H,2H2,(H,17,18)(H,11,14,19)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1
化学名
3-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2,6-dioxopyrimidine-4-carboxylic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.4697 mL 17.3485 mL 34.6969 mL
5 mM 0.6939 mL 3.4697 mL 6.9394 mL
10 mM 0.3470 mL 1.7348 mL 3.4697 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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